简介:摘要目的探索长链非编码RNA(lncRNA)068对黑素瘤细胞系A375迁移的影响及潜在机制。方法2015年12月至2020年11月在南通大学附属医院皮肤科门诊收集经病理确诊的皮肤黑素瘤患者21例,采用定量PCR(qPCR)检测其黑素瘤组织与相邻癌旁组织中lncRNA 068的表达。通过慢病毒转染在A375细胞中过表达或敲降lncRNA 068,过表达实验分为LV-GFP组和LV-lncRNA 068组,低表达实验分为LV-LacZ shRNA组和LV-lncRNA 068 shRNA组,其中LV-GFP组和LV-LacZ shRNA组均作为对照;Transwell实验及划痕实验检测过表达或敲降lncRNA 068对A375细胞迁移的影响,EdU细胞增殖实验和CCK8法分别检测各组增殖细胞比例及细胞活力,细胞免疫荧光染色检测过表达或敲降lncRNA 068对上皮-间质转化的影响。将各组慢病毒转染的A375细胞接种于BALB/c裸鼠腋窝,每3天测量并计算肿瘤体积,30 d后处死所有裸鼠,切除肿瘤组织并测量肿瘤体积和质量。将培养的B16F10细胞接种于BALB/c裸鼠背部和足部皮下构建B16F10移植瘤模型,2周后处死裸鼠,qPCR和Western印迹法分别检测B16F10移植瘤及癌旁组织中炎症因子mRNA的表达及IKK/P65信号通路相关蛋白的表达。两组间比较采用t检验,各组间不同时间点肿瘤体积及质量的比较采用重复测量方差分析。结果qPCR显示,人黑素瘤组织及裸鼠B16F10移植瘤组织中lncRNA 068相对表达量(0.414 ± 0.109、0.717 ± 0.041)均明显低于相应的癌旁组织(1.050 ± 0.103、1.011 ± 0.023,t = 19.48、10.83,均P < 0.001)。Transwell实验及划痕实验均显示,LV-lncRNA 068组细胞迁移能力显著低于LV-GFP组(均P < 0.01),而LV-lncRNA 068 shRNA组明显强于LV-LacZ shRNA组(均P < 0.05)。细胞免疫荧光实验显示,与LV-GFP组相比,LV-lncRNA 068组E钙黏蛋白荧光强度增强,而N钙黏蛋白荧光强度减弱(均P < 0.001);与LV-LacZ shRNA组相比,LV-lncRNA 068 shRNA组E钙黏蛋白荧光强度减弱,而N钙黏蛋白荧光强度增强(均P < 0.05)。体内裸鼠成瘤实验显示,过表达组与敲降组黑素瘤的体积、质量差异均无统计学意义(P > 0.05)。qPCR和Western印迹实验显示,LV-lncRNA 068组A375细胞中白细胞介素(IL)-10、紧密连接蛋白1 mRNA及蛋白的表达均显著高于LV-GFP组(均P < 0.05),而LV-lncRNA 068 shRNA组IL-10、紧密连接蛋白1 mRNA及蛋白表达均显著低于LV-LacZ shRNA组(均P < 0.05)。B16F10黑素瘤组织中IL-10 mRNA的表达量显著低于癌旁组织(P < 0.01),而IL-6、TNF- α mRNA表达及p-P65蛋白表达均显著高于癌旁组织(均P < 0.001),p-IKK蛋白表达量显著高于癌旁组织(P < 0.01)。结论LncRNA 068过表达可抑制黑素瘤细胞A375的迁移,并可能通过抑制IKK/P65信号通路影响炎症的发生,抑制上皮-间质转化过程。
简介:【摘要】目的 探讨不同核酸提取方案对HCV-RNA检验结果影响。方法 60例丙肝患者为样本,时间2020年7月-2021年7月,随机分组,A组固相吸附法提取核酸,B组氯仿-异丙醇法提取核酸,对比检验灵敏度、阳性检出率。结果 A组稀释1X105倍,可完成荧光定量PCR检测,继续稀释无法检测,B组稀释1X104倍,可完成荧光定量PCR检测,继续稀释无法检测;A组阳性检出率较B组高,P<0.05;血红蛋白浓度5g/L,A组抗干扰能力与B组无差异,P>0.05;血红蛋白浓度50g/L时,A组抗干扰能力较B组高,P<0.05。结论 固相吸附法用于HCV-RNA检验中,阳性检出率高、抗干扰能力强,符合临床检验要求,且检测结果可作为丙肝治疗依据。
简介:AbstractBackground:Indoor residual spraying (IRS) is one of the key interventions recommended by World Health Organization in preventing malaria infection. We aimed to conduct a systematic review and meta-analysis of global studies about the impact of IRS on malaria control.Method:We searched PubMed, Web of Science, Embase, and Scopus for relevant studies published from database establishment to 31 December 2021. Random-effects models were used to perform meta-analysis and subgroup analysis to pool the odds ratio (OR) and 95% confidence interval (CI). Meta-regression was used to investigate potential factors of heterogeneity across studies.Results:Thirty-eight articles including 81 reports and 1,174,970 individuals were included in the meta-analysis. IRS was associated with lower rates of malaria infection (OR= 0.35, 95% CI: 0.27-0.44). The significantly higher effectiveness was observed in IRS coverage ≥ 80% than in IRS coverage < 80%. Pyrethroids was identified to show the greatest performance in malaria control. In addition, higher effectiveness was associated with a lower gross domestic product as well as a higher coverage of IRS and bed net utilization.Conclusions:IRS could induce a positive effect on malaria infection globally. The high IRS coverage and the use of pyrethroids are key measures to reduce malaria infection. More efforts should focus on increasing IRS coverage, developing more effective new insecticides against malaria, and using multiple interventions comprehensively to achieve malaria control goals.
简介:AbstractObjective:This study investigates the efficacy of analyzing fetal heart rate (FHR) signals based on Artificial Intelligence to obtain a baseline calculation and identify accelerations/decelerations in the FHR through electronic fetal monitoring during labor.Methods:A total of 43,888 cardiotocograph(CTG) records of female patients in labor from January 2012 to December 2020 were collected from the NanFang Hospital of Southern Medical University. After filtering the data, 2341 FHR records were used for the study. The ObVue fetal monitoring system, manufactured by Lian-Med Technology Co. Ltd., was used to monitor the FHR signals for these pregnant women from the beginning of the first stage of labor to the end of delivery. Two obstetric experts together annotated the FHR signals in the system to determine the baseline as well as accelerations/decelerations of the FHR. Our cardiotocograph network (CTGNet) as well as traditional methods were then used to automatically analyze the baseline and acceleration/deceleration of the FHR signals. The results of calculations were compared with the annotations provided by the obstetric experts, and ten-fold cross-validation was applied to evaluate them. The root-mean-square difference (RMSD) between the baselines, acceleration F-measure (Acc.F-measure), deceleration F-measure (Dec.F-measure), coefficient of synthetic inconsistency (SI) and the morphological analysis discordance index (MADI) were used as evaluation metrics. The data were analyzed by using a paired t-test.Results:The proposed CTGNet was superior to the best traditional method, proposed by Mantel, in terms of the RMSD.BL (1.7935 ± 0.8099 vs. 2.0293 ± 0.9267, t=-3.55 , P=0.004), Acc.F-measure (86.8562 ± 10.9422 vs. 72.2367 ± 14.2096, t= 12.43, P <0.001), Dec.F-measure (72.1038 ± 33.2592 vs. 58.5040 ± 38.0276, t= 4.10, P <0.001), SI (34.8277±20.9595 vs. 54.8049 ± 25.0265, t=-9.39, P <0.001), and MADI (3.1741 ± 1.9901 vs. 3.7289 ± 2.7253, t= -2.74, P= 0.012). The proposed CTGNet thus had significant advantages over the best traditional method on all evaluation metrics.Conclusion:The proposed Artificial Intelligence-based method CTGNet delivers good performance in terms of the automatic analysis of FHR based on cardiotocograph data. It promises to be a key component of smart obstetrics systems of the future.
简介:
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简介:摘要环状RNA(circRNA)是一种新型的长链非编码RNA(ncRNA),具有共价闭环的特征,不受RNA外切酶影响,相较线性RNA更加稳定。研究表明,circRNA在调节细胞的生理病理过程中具有小分子RNA(miRNA)的海绵效应、调控基因剪接和转录、充当自噬调节剂与RNA结合蛋白的相互作用、翻译蛋白质等重要作用。甲状腺乳头状癌(PTC)是最常见的甲状腺恶性肿瘤类型,约占所有甲状腺恶性肿瘤病例的90%,PTC多数预后良好,但部分患者复发率高,预后差。近年来越来越多的研究发现circRNA在PTC的发生和发展中具有重要作用,表明circRNA作为生物标志物的功能及其在该疾病中的治疗意义。
简介:摘要视网膜微血管功能失调、炎症反应过度激活以及神经元的退行性病变是糖尿病视网膜病变(DR)的主要发病机制。环状RNA (circRNA)是一类主要由前体RNA经剪切加工后具有特殊环状结构的内源性非编码RNA,其广泛存在于视网膜中并参与各种眼底疾病的发生发展。已有研究表明,circRNA在DR视网膜组织中存在异常表达,并且其可作为miRNA的"海绵",通过参与视网膜微血管功能失调、炎症反应及神经元退行性病变过程影响DR的发生发展。未来,对circRNA在DR中的探索将深入阐明DR的病理生理过程,使其有望成为DR诊断的生物标志物及治疗的分子靶点,从而实现DR早期诊断及精准治疗的目标。
简介:摘要目的通过构建内源竞争性RNA(ceRNA)网络为探究脑动脉瘤破裂分子机制提供线索。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载含有21个破裂脑动脉瘤和21个未破裂脑动脉瘤组织样本的数据集,利用加权基因共表达网络和差异基因表达分析方法分别获得与脑动脉瘤破裂相关的信使RNA(mRNA)和长链非编码RNA(lncRNAs),并基于miRWalk2.0和miRcode数据库及文献证据分别预测和筛选与上述mRNA和lncRNA相互作用的微小RNA(miRNAs);最后,通过分析mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA相互关系构建脑动脉瘤破裂相关的ceRNA网络。结果通过共表达网络和差异基因分析共获得与脑动脉瘤破裂相关的470个mRNAs和78个lncRNAs,数据库预测到49个miRNAs可与上述mRNAs和lncRNAs结合,结合文献证据共筛选出13个miRNAs、7个lncRNAs和73个mRNAs构建ceRNA网络。结论通过生物信息学分析构建了一个包含13个miRNAs、7个lncRNA和73个mRNAs的ceRNA网络,为探究脑动脉瘤破裂具体分子机制提供了线索。
简介:摘要目的全面分析肝癌的RNA结合蛋白和转录因子基因表达及免疫浸润对肝癌预后的预测价值。方法在癌症基因组图谱(TCGA)(n=365)、基因表达综合数据库GSE54236(n=78)和GSE14520(n=221)中筛选RNA结合蛋白和转录因子的共同基因集,单因素Cox回归分析进行初筛,通过LASSO-Cox构建生存回归模型,通过标准化得到整合RNA结合蛋白和转录因子的复合指数CIRT,根据其中位数将肝癌患者分为CIRThigh组(n=182)和CIRTlow组(n=182),并分析两组免疫浸润等差异。结果共筛选出37个预后相关的RNA结合蛋白和转录因子基因,通过LASSO-Cox构建基于其中7个最相关基因的预后预测模型。CIRThigh组患者的M1型巨噬细胞(P=0.032)、M2型巨噬细胞(P=0.009)、静息肥大细胞(P<0.001)、活化自然杀伤细胞(P=0.007)和静息记忆CD4+ T细胞水平较低(P<0.001),而CIRTlow组的静息树突状细胞(P=0.048)、M0型巨噬细胞(P<0.001)、中性粒细胞(P=0.049)、滤泡辅助性T细胞(P=0.004)和调节性T细胞(P=0.001)水平较低,差异具有统计学意义。基因富集分析显示,CIRThigh组的TCGA和GSE14520在细胞周期、DNA修复过程中高度富集。在TCGA队列中,CIRTlow组的患者比CIRThigh组的患者总生存更优。对TCGA队列中5年随访数据进行分析,CIRT对于肝癌患者长期生存预后具有良好的预测价值(受试者工作特征曲线下面积0.71)。结论在肝癌中建立了基于RNA结合蛋白和转录因子表达谱以及免疫细胞浸润的新的预后指标,CIRT可以作为一个独立的预后预测指标。
简介:摘要目的构建基于长链非编码RNA(lncRNA)的膀胱癌(BLCA)预后模型。方法从TCGA下载BLCA的lncRNA表达数据及临床信息,利用单因素Cox回归评估每个lncRNA表达水平与患者总生存期(OS)的相关性,将经多重比较校正P值<0.01的lncRNA作为候选预测变量,再在训练队列中通过最小化绝对收缩和选择算子回归、多因素逐步Cox回归等方法构建预测模型。同时在验证队列中验证该模型。统计时间依赖的受试者工作特征(tROC)曲线下面积以及Harrel C指数。并将患者预测模型风险评分中位数将患者分为高风险组和低风险组,通过t检验或卡方检验比较两组间临床病理特征差异。结果建立基于13个lncRNA的BLCA预后模型,其中LINC01465、ARHGAP5-AS1、ZFHX4-AS1、MAFG-AS1为预后危险因素(β值分别为0.32、0.16、0.06、0.20),其余为保护因素(β值均<0);该预测模型在完整队列中第1年、第3年、第5年OS的tROC曲线下面积为0.79、0.82、0.80,Harrell C指数为0.74。校正包括年龄和肿瘤分期在内的混杂因素发现,该模型风险评分为BLCA患者总生存的独立不良预后因素(风险比为4.05,P<0.001)。高风险和低风险组患者临床病理特征比较显示,高风险组年龄较低风险组年龄大(70.0 岁>66.1岁,P<0.001)、非乳突型患者较多[74.2%(147/202)比61.2%(123/202),P=0.005]、高分期患者较多[Ⅳ期患者为37.6%(76/202)比28.0%(56/202),P<0.001]、高级别肿瘤较多[98.0%(198/202)比92.0%(183/202),P=0.005]。结论成功建立了基于13个lncRNA的膀胱癌预后模型,该模型可为临床决策和患者咨询提供参考价值。
简介:摘要目的探究微小RNA(miR)-937在肝细胞癌组织及癌旁组织的表达,及其表达水平与肝癌患者生存期、临床病理特征与预后的关系。方法选取2017年3月至2019年3月间146例肝癌及其癌旁组织(定义为距离癌灶边缘>2 cm)作为研究对象。采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术检测肝癌组织及癌旁组织中微小miR-937的表达水平;并探究和分析miR-937表达水平与肝癌患者的生存时间、性别、年龄(≥55岁或≤55岁)、甲胎蛋白(AFP,>50 ng/ml或≤50 ng/ml)、组织分化程度、临床分期(Ⅰ~Ⅱ期或Ⅲ~Ⅳ期)的相关性;采用多因素COX分析探究miR-937表达水平与肝癌患者的预后关系。组间比较采用t检验。结果癌旁组织中miR-937表达水平低于肝癌组织中miR-937表达水平(1.04±0.13比2.65±0.49),差异有统计学意义(t=3.159,P<0.05)。临床分期Ⅰ~Ⅱ期患者miR-937表达水平低于Ⅲ~Ⅳ期患者miR-937表达水平(2.43±0.45比2.79±0.34),差异有统计学意义(t=2.873,P<0.05)。miR-937高表达人群的生存时间低于miR-937低表达人群的生存时间(18.7个月比28.6个月),差异有统计学意义(log-rank=4.385,P<0.05)。同时,采用COX回归分析表明肝癌组织中miR-937表达水平能够预测肝癌患者的3年OS率(HR=2.856,P<0.05)。多因素COX分析表明肝癌患者的临床分期(Ⅰ~Ⅱ期比Ⅲ~Ⅳ期)是影响肝癌组织中miR-937表达水平危险因素(P<0.05),miR-937表达水平变化是影响肝癌患者预后的独立影响因素。结论miR-937表达水平在肝癌组织中显著上调,且与患者的临床分期和生存时间明显相关。
简介:摘要目的探讨结肠癌组织中以及癌细胞株中的微小RNA(miR)-146a的表达并分析与病理特征之间的关系。方法收集整理2017年10月至2018年11月广东医科大学附属医院42例结肠癌组织与正常结肠组织(距癌组织边缘>5 cm),采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测miR-146a在结肠癌组织及正常组织中的表达,同时分析其与病理特征之间的关系,总结抑制miR-146a表达对结肠癌细胞凋亡、增殖等影响。采用方差齐性检验和χ2检验进行统计学分析。结果通过检测发现42例结肠癌组织miR-146a相对表达量显著高于正常癌旁组织,低分化癌细胞lovo中miR-146a表达量均高于中、高分化癌细胞(F=11.80,P<0.01);miR-146a的高表达与患者结肠癌分化程度差、肿瘤过大、淋巴结远处转移等有关(t=10.23、6.78、8.55,P<0.01)。通过抑制miR-146a表达可以有效预防癌细胞增殖及克隆形成。结论检测miR-146a在结肠癌组织的高度表达可有助于预测淋巴转移、肿瘤病变程度。
简介:摘要微小RNA(microRNA,miRNA)是一类大小在21~25个核苷酸的单链内源性非编码RNA,通过转录后的抑制广泛参与不同细胞生物学过程。MiR-146a是miRNA家族中成员之一,参与细胞增殖、分化、凋亡等生物学过程,同时也在恶性肿瘤和炎症疾病的进展中发挥调节作用。进一步研究发现,miR-146a在不同类型的免疫细胞及自身免疫性疾病(autoimmune disease,AID)中存在显著的表达差异,上调或下调miR-146a的表达量对于免疫细胞功能有着极为重要的影响,提示miR-146a很可能成为AID治疗的潜在靶点。文章就miR-146a在免疫细胞中的表达、调控及相关机制进行总结和概述,以期为探索AID的相关诊治提供思路。
简介:[摘要] 目的:环状RNA(circular RNAs,circRNAs) 是一种新型的对基因表达进行精细调控的重要非编码RNA,本文总结了circRNAs在心血管疾病(cardiovascular disease,CVD)领域研究的前沿及经典文献,阐述了circRNAs与心血管疾病相关性的最新研究进展。方法:检索EMbase、Medline、万方数据库、中国生物医学文献数据库、中国循证医学/Cochrane中心数据库(CEBM/CCD)中相关文献,结合临床,进行综合阐述。结果:circRNAs的表达与多种CVD相关, 有望成为CVD新型诊断和预后预测的生物标志物。circRNAs在CVD中的作用机制及调控网络,既可促进也可以拮抗CVD的发生发展。结论:探索与发现更多的circRNAs在心血管疾病中的发生发展中所起的作用,可以为CVD的诊断、靶向治疗以及预后判断等方面提供新的思路。