简介:摘要:胶质瘤是中枢神经系统最常见的恶性肿瘤,尽管进行了手术联合同步放化疗的多模式治疗,但是胶质瘤患者的预后依然很差,因此,深入挖掘胶质瘤发生和进展的分子机制,并以此为基础开发新型靶向治疗药物显得尤为重要。LncRNA是指长度超过200个核苷酸的非编码RNA,序列上保守性差,功能上具有一定保守性[1]。根据lncRNA在基因组上的位置,可以分为如下五类:1、基因间区长链非编码(large intergenic lncRNA),2、内含子区长链非编码RNA(intronic transcript),3、正义链长链非编码RNA(sense lncRNA),4、反义链长链非编码RNA(antisense lncRNA),5、双向长链非编码RNA(bidirectional lncRNA)。LncRNA的功能机制主要包括五个方面:1、介导染色质重塑和组蛋白修饰,调控其下游基因的表达;2、通过碱基互补配对,与编码蛋白质的基因的转录本形成双链结构,干扰编码基因转录本的剪接或者形成内源性小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA);3、与特定的蛋白质结合,调控该蛋白的活性或者组成核酸-蛋白质复合体;4、与特定蛋白质锚定后,改变该蛋白质的亚细胞定位;
简介:摘要慢性阻塞性肺疾病(COPD)是一种以持续性气流受限为特征的疾病,气流受限不完全可逆,呈进行性发展。其发病率逐年上升,造成了极大的疾病负担,目前已成为全球第三大死因。研究表明,COPD的发生、发展过程与多种因素相关。长链非编码RNA(lncRNA)是长度>200 bp,缺乏开放读框的一类功能性非编码RNA,近年来,许多研究表明,lncRNA在细胞炎症、恶性肿瘤、自身免疫、血管疾病等方面发挥重要作用,部分lncRNA在COPD患者中差异表达,与COPD的发病过程密切相关,有望成为COPD早期识别的生物学标志物及治疗的潜在靶点。
简介: 摘要:目的 探讨长链非编码RNA MALAT1在大肠癌中的表达及其临床意义。方法 采用生物信息技术分析MALAT1在肠癌中的表达及其可能的生物学功能和信号通路。选取我院收治并手术治疗的结直肠癌患者70例为研究对象,术中留取患者癌肠癌组织和癌旁正常的肠上皮组织,采用实时荧光定量PCR(real-time PCR)检测MALAT1Z在70例肠癌患者癌组织和癌旁组织中的表达情况,分析MALAT1表达与肠癌患者预后的关系。结果 分析了癌症基因组数据库(TCGA),肠癌组织中MALAT1表达水平显著低于癌旁组织(p<0.05),但其表达水平与患者临床分期无关(p>0.05);STRING数据库构建MALAT1基因相互作用蛋白网络,网络中共有21个蛋白,73个节点,蛋白网络富集明显(P<0.05);根据MALAT1基因表达水平中位数将结直肠癌患者分为高低表达组,结果显示MALAT1基因表达水平与结直肠癌患者总生存(HR=0.59, P=0.026)和无疾病进展生存(HR=1.4, P=0.05)均存在相关性;70例肠癌患者中,高表达者38例,低表达者32例,高表达与低表达着生存差异有统计学意义(HR=0.68, 95%CI:0.31-0.98, p<0.05)。结论MALAT1高表达患者预后好于低表达者,并可作为预后生存的生物学标记物。
简介:摘要目的分析阿尔茨海默病(AD)小鼠脑组织长链非编码RNA(LncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱,构建竞争内源性RNA(ceRNA)调控网络,探讨差异表达LncRNA在AD发病机制中的潜在作用。方法选取3只10月龄雄性APP/PS1转基因小鼠作为AD组,3只年龄及体质量相匹配的普通C57小鼠作为对照组。使用基因芯片技术检测2组小鼠脑组织LncRNA和mRNA的表达,筛选出差异表达的LncRNA和mRNA。对部分差异表达的LncRNA进行实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)。对差异表达的mRNA进行基因本体论(GO)和京都基因、基因组百科全书(KEGG)通路分析。随机挑选6个差异表达LncRNA构建ceRNA网络,进行AD的靶基因功能预测分析。结果与对照组相比,AD组小鼠脑组织差异表达1.5倍以上的LncRNA有933个,其中上调222个,下调711个;差异表达1.5倍以上的mRNA有529个,其中上调189个,下调340个。qRT-PCR检测结果显示,AD组与对照组比较,7个差异表达的LncRNA上调或下调趋势与基因芯片结果一致,差异均有统计学意义(P值均<0.05)。GO和KEGG通路分析结果显示,差异表达基因主要参与氨基酸代谢、炎症反应和免疫反应。ceRNA调控网络靶基因的功能富集分析显示,LncRNA在胰岛素抵抗以及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路中显著富集。结论AD小鼠脑组织LncRNA表达谱发生显著变化,由LncRNA Dgkb、Svip等构建的ceRNA调控网络有助于增进对AD发病分子机制的研究,差异表达的LncRNA或通路有可能成为潜在的治疗靶点。
简介:摘要目的探究Lnc01137对胰腺癌细胞生物学特性的影响。方法收集2021年6月至2021年9月贵州医科大学肝胆外科34例人胰腺癌组织及癌旁组织样本。通过实时定量反转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测Lnc01137在胰腺癌细胞系中和胰腺癌组织中的表达水平。在肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中提取胰腺癌组织与癌旁组织中Lnc01137的表达量,提取胰腺癌患者总生存月数和无病生存月数并进行分析。RT-qPCR检测Lnc01137在细胞核和细胞质中的相对表达,并进行RNA荧光原位杂交(FISH)定位。通过慢病毒转染在胰腺癌细胞中敲低Lnc01137的表达,检测上皮-间充质转化(EMT)相关蛋白的表达。采用通路富集分析(GSEA)在京都基因与基因组百科全书(KEGG)中进行基因富集分析,组间比较采用t检验,组内两两比较采用LSD-t检验。结果Lnc01137在胰腺癌细胞系MIA PaCa-2和PANC-1中表达较高,在胰腺癌组织中的表达明显高于胰腺癌癌旁组织,并在细胞质中呈现高表达状态,另外Lnc01137高表达与患者预后不良相关。功能试验显示敲低Lnc01137显著抑制胰腺癌细胞增殖功能。细胞计数试剂盒(CCK-8)实验显示在吸光度为450 mm,第96小时,siLnc01137-1组与siLnc01137-2组吸光度低于NC组(0.586±0.049、t=11.890,0.281±0.029、t=9.602,P<0.01;0.850±0.125、t=6.811,0.442±0.0.70、t=6.304,P<0.01)差异有统计学意义。划痕实验、Transwell实验显示敲低Lnc01137显著抑制胰腺癌细胞迁移和侵袭功能。蛋白质印迹法(Western blot)实验显示敲低Lnc01137能明显降低胰腺癌细胞EMT相关蛋白的表达。划痕实验显示在48 h时,siLnc01137-1组与siLnc01137-2组的愈合率相比NC组降低(0.696±0.057、t=12.190,0.383±0.064、t=5.987,0.390±0.035、t=11.230,0.207±0.038、t=5.429,P<0.01),差异有统计学意义。Transwell实验中迁移实验结果显示siLnc01137-1组与siLnc01137-2组单位视野穿过细胞数低于NC组[(645.300±21.330)个、t=30.260,(409.700±26.920)个、t=15.220,(580.000±24.790)个、t=23.400,(269.700±14.240)个、t=18.940,P<0.01),差异有统计学意义;侵袭实验显示siLnc01137-1组与siLnc01137-2组单位视野穿过细胞数低于NC组[(193.700±24.890)个、t=7.781,(394.700±18.210)个、t=21.670,(330.000±9.775)个、t=33.760,(151.700±26.060)个、t=5.820,P<0.01],差异有统计学意义。GSEA分析结果显示Lnc01137在JAK-STAT、MAPK、MTOR、P53通路显著富集。错误发现率(FDR)为<0.25和标准化P<0.05的基因集被认为是显著的。结论Lnc01137对胰腺癌细胞生物学性状有显著影响,敲低Lnc01137的表达显著抑制胰腺癌细胞增殖、侵袭、转移的功能和EMT相关蛋白的表达。
简介:摘要目的明确长链非编码RNA LINC00342表达水平与头颈鳞状细胞癌(简称鳞癌)患者临床病理参数的关系,研究LINC00342在头颈鳞癌细胞中的生物学功能。方法分析癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库头颈鳞癌转录组中LINC00342的表达,利用转录组测序技术检测山西医科大学第一医院27例喉鳞癌组织中该基因的表达;利用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qPCR)检测人胚肺二倍体细胞2BS和头颈鳞癌细胞系FD-LSC-1、CAL-27、Detroit562中LINC00342的表达水平;使用RNA干扰(RNA interference,RNAi)技术敲降头颈鳞癌细胞中该基因的表达,利用细胞增殖检测试剂盒(cell counting kit-8,CCK-8)、克隆形成、流式细胞术、Transwell迁移和侵袭等实验检测肿瘤细胞恶性表型的变化;生物信息学方法构建以LINC00342为核心的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,并进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析。使用SPSS 25.0软件和GraphPad Prism 6软件进行统计学分析及作图。结果TCGA数据库收录的头颈鳞癌组织与数据库对应的正常组织相比,LINC00342的相对表达量差异无统计学意义(P=0.522);但其表达水平与患者颈淋巴结转移、病理学分级呈正相关,男性患者的表达水平高于女性患者(P值均<0.05)。通过转录组测序发现,LINC00342在我院27例喉鳞癌中的相对表达量高于癌旁正常黏膜组织(t=1.56,P=0.036)。LINC00342在头颈鳞癌细胞系FD-LSC-1、CAL-27和Detroit562中表达均显著上调(t值分别为-12.17、-23.26和-388.57,P值均<0.001)。分别转染si-LINC00342-1和si-LINC00342-2敲降LINC00342,可抑制头颈鳞癌细胞FD-LSC-1、CAL-27和Detroit562增殖(t值分别为8.95和4.84,2.70和5.55,2.02和3.70)、克隆形成(t值分别为6.66和6.17,7.38和11.65,4.90和5.79)、迁移(t值分别为8.21和7.19,5.76和6.46,6.28和9.92)和侵袭能力(t值分别为9.29和10.25,11.30和11.36,8.02和8.66),同时促进FD-LSC-1及CAL-27细胞凋亡(t值分别为-2.21和-5.83,-3.05和-5.25),差异有统计学意义(P值均<0.05)。以LINC00342为中心的ceRNA调控网络包括10个下调的微核糖核酸(microRNA)节点和647个上调的mRNA节点,GO分析表明这些mRNA主要聚类在22个生物过程、32个分子功能以及12个细胞组分方面。结论LINC00342高表达与头颈鳞癌恶性进展相关,具有促进头颈鳞癌细胞增殖、迁移、侵袭以及拮抗凋亡的重要生物学功能,是头颈鳞癌潜在的重要分子标志物。
简介:摘要目的探讨食管癌5-氟尿嘧啶(5-Fu)耐药细胞外泌体来源的长链非编码RNA(lncRNA)小核仁RNA宿主基因14(SNHG14)在食管癌耐药中的作用。方法实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测郑州大学第一附属医院30例食管癌患者和30例健康对照血浆中lncRNA SNHG14的表达。浓度梯度法构建食管癌5-Fu耐药细胞3组EC9706/5-Fu和3组KYSE150/5-Fu,分离并收集各组食管癌细胞外泌体,RT-qPCR检测SNHG14的表达。分别将3组食管癌细胞EC9706和KYSE150与耐药细胞来源外泌体共培养,细胞计数试剂盒(CCK-8)检测5-Fu作用下细胞活性。敲低3组EC9706/5-Fu细胞中的SNHG14后分离外泌体,通过CCK-8、Transwell、Tunnel实验检测该外泌体对EC9706细胞药物敏感度、迁移和凋亡的影响。采用t检验或单因素方差分析(One-Way ANOVA)进行统计分析。结果食管癌患者血浆中lncRNA SNHG14的表达高于健康对照组(3.30±0.20比1.33±0.09,t=49.910,P<0.001),耐药食管癌细胞(EC9706/5-Fu和KYSE150/5-Fu)外泌体中lncRNA SNHG14的表达高于对照食管癌细胞(2.55±0.42比0.99±0.06,t=6.347;1.70±0.07比0.99±0.11,t=9.191,P<0.05)。在5-Fu作用下,EC9706/5-Fu-exo和KYSE150/5-Fu-exo组的细胞活性分别高于EC9706-exo和KYSE150-exo组[(165.23±5.97)%比(103.90±10.99)%,t=8.494;(139.35±3.82)%比(99.99±5.67)%,t=9.953,P<0.05]。EC9706/5-Fu-exo-si-SNHG14组细胞凋亡高于EC9706/5-Fu-exo组[(9.03±0.63)%比(5.53±0.73)%,F=40.290];细胞侵袭低于EC9706/5-Fu-exo组[(117.92±15.54)%比(339.52±27.43)%,F=152.000];5-Fu作用下细胞活性低于EC9706/5-Fu-exo组[(134.69±6.01)%比(160.38±4.69)%,F=64.090];细胞中JAK和p-STAT3的蛋白表达低于EC9706/5-Fu-exo组(0.86±0.07比1.87±0.10,F=363.100;0.96±0.08比1.83±0.06,F=388.700),差异有统计学意义(P<0.001)。结论食管癌耐药细胞外泌体来源lncRNA SNHG14能够通过激活JAK/STAT3通路提高食管癌对5-Fu的药物耐受。
简介:摘要目的探讨盐酸戊乙奎醚(PHC)对Eca-109食管癌细胞生物学行为的影响。方法分别给予0.01、0.05、1.00 μmol/L剂量的PHC处理人Eca-109食管癌细胞,采用细胞计数试剂8(CCK-8)法、平板克隆形成实验和流式细胞术分别检测细胞增殖、克隆形成及细胞凋亡率;使用划痕实验和Transwell迁移分析实验分别检测细胞迁移和侵袭能力;采用实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测长基因间非蛋白编码RNA 00982(LINC00982)表达量。pcDNA、pcDNA-LINC00982分别转染至Eca-109细胞,si-NC、si-LINC00982分别转染至Eca-109细胞后分别加入0.01、0.05、1.00 μmol/L PHC处理24 h,采用上述方法分别检测细胞增殖、克隆形成数目、细胞凋亡率、迁移及侵袭能力;蛋白质印迹法(Western blot)检测E-钙黏素、B淋巴细胞瘤-2基因(bcl-2)、bcl-2相关X蛋白(bax)和N-钙黏素蛋白表达量。采用独立样本t检验和单因素方差分析。结果PHC低、中和高剂量组Eca-109细胞增殖抑制率[(12.37±0.86)%、(24.88±1.68)%、(42.35±1.76)%比(0.00±0.00)%,F=1769.000,P<0.05]、细胞凋亡率[(11.82±0.57)%、(17.27±0.75)%、(23.16±1.22)%比(7.71±0.41)%,F=636.800,P<0.05]、bax蛋白表达(0.34±0.06、0.46±0.07、0.63±0.09比0.19±0.04,F=68.640,P<0.05)和E-钙粘素蛋白水平(0.20±0.04、0.32±0.05、0.53±0.07比0.11±0.03,F=120.000,P<0.05)高于对照组。PHC低、中和高剂量组LINC00982表达量(1.62±0.08、2.24±0.09、3.43±0.13比1.00±0.00,F=1233.000,P<0.05)高于对照组,细胞克隆形成数目[(86.96±3.52)、(64.52±2.45)、(43.52±2.34)个比(112.87±6.59),F=474.800,P<0.05]、迁移[(190.88±7.76)、(155.71±5.83)、(116.32±3.58)个比(217.55±6.89)个,F=449.200,P<0.05]及侵袭能力[(127.62±3.65)、(95.83±4.32)、(73.32±2.51)个比(157.51±6.21)个,F=634.400,P<0.05]低于对照组,划痕愈合率[(50.73±1.29)%、(38.60±1.78)%、(29.93±1.13)比(63.76±2.48)%,F=636.800,P<0.05]、bcl-2蛋白表达量(0.56±0.08、0.37±0.05、(0.21±0.04比0.72±0.03,F=155.900,P<0.05)和N钙粘素蛋白水平(0.56±0.07、0.44±0.06、0.20±0.03比0.73±0.05,F=150.100,P<0.05)低于对照组,且呈剂量依赖性。pcDNA-LINC00982组细胞增殖抑制率[(34.53±1.09)%比(0.00±0.00)%,t=95.040,P<0.05]、细胞凋亡率[(21.14±0.87)%比(7.59±0.43)%,t=41.890,P<0.05]、bax蛋白表达(0.52±0.06比0.17±0.03,t=15.560,P<0.05)和E-钙粘素蛋白水平(0.44±0.05比0.15±0.03,t=14.920,P<0.05)高于pcDNA组,细胞克隆形成数目[(57.58±2.83)个比(110.56±7.27)个,t=20.370,P<0.05]、迁移[(135.67±6.72)个比(220.81±5.73)个,t=28.920,P<0.05]及侵袭能力[(88.52±3.76)个比(161.72±5.27)个,t=33.920,P<0.05]低于pcDNA组,划痕愈合率[(34.63±2.75)%比(63.87±3.89)%,t=18.140,P<0.05]、bcl-2蛋白表达(0.27±0.04比0.73±0.07,t=17.120,P<0.05)和N-钙粘素蛋白水平(0.24±0.05比0.71±0.08,t=14.950,P<0.05)低于pcDNA组,而转染si-LINC00982可减弱PHC对Eca-109细胞生物学行为的作用。结论PHC可通过上调LINC00982的表达而减弱食管癌Eca-109细胞的增殖、克隆、迁移及侵袭能力,促进细胞凋亡。