简介：目的通过功能富集与网络分析方法,对肝癌浸润相关候选基因进行生物信息学分析,旨在从分子水平系统探究肝癌浸润的发病机制,并为后续实验提供一些有意义的信息。方法首先,从与肝癌相关公共数据库Liverome下载与肝癌浸润相关的差异表达基因,共涉及278个相关候选基因。然后,通过ToppFun、STRING、NetworkAnalyzer等生物信息学分析工具,对涉及的278个与肝癌浸润相关候选基因进行系统的分析。最后,通过网络映射分析方法,对与肝癌浸润相关候选基因进行关键基因（HubGene）筛选,并通过iHOP在线软件,以及Pubmed文献检索方法对这些基因进行文献挖掘分析。结果通过对与肝癌浸润相关候选基因进行功能富集分析发现,这些基因主要参与细胞周期与增殖、细胞迁移与黏附、细胞骨架、血管形成等生物过程,而且这些基因共表达于肝癌与肝癌转移上调和下调等基因功能。对相关基因进行通路富集分析发现,这些基因参与调控细胞周期与增殖、能量供给、赖氨酸降解等生物通路,对肝癌浸润的发生、发展发挥调控作用。除此之外,通过网络分析方法,找到PLK1、AURKB、CDC20、CDK4、MCM3等20个处于网络关键节点的基因（HubGene）。之后,通过文献检索方式,对关键基因进行与肝癌浸润相关的功能验证,发现并预测CDC20、CDCA8、NUP37、ZWINT基因与肝癌浸润过程存在关联但作用机制尚未被挖掘。结论利用生物信息学手段,能够有效分析肝癌浸润的相关基因,并可以从分子水平系统探究其发病机制,为临床诊疗及后续实验提供一些有价值的信息。

简介：Nkx2.5,Mef2c,Gata4/5/6,Tbx5和Hand1等基因作为脊椎动物心脏发育相关基因调控网络的核心基因,对脊椎动物的心脏发育起核心调控作用。本研究主要通过对小鼠心脏发育相关核心基因的生物信息学分析,研究Nkx2.5,Mef2c,Gata4,Gata6,Tbx5和Hand1等核心转录因子之间的相互调控关系,得到小鼠心脏发育的核心基因调控网络（GRNs）。与文献中总结的小鼠的GRNs作比较,发现Nkx2.5在小鼠心脏发育基因调控网络中的核心地位没有改变,并且Nkx2.5在网络中主要扮演了调控者的角色,它直接调控很多转录因子。Gata4是另一个主要起调控者作用的转录因子。另外小鼠的Mef2c和Hand1处于被多个转录因子调控的地位。变化比较大的是Tbx5所涉及的调控网络,主要有两点：Nkx2.5对Tbx5的表达有没有调控作用以及Tbx5对自身的表达有没有调控作用。研究表明生物信息学分析对具体实验研究有一定方向性指导意义。

简介：目的：筛选ATP结合盒E1（ABCE1）基因的相关调节miRNA，为诊治肺癌提供新思路。方法选取20例非小细胞肺癌患者，其中男性13例，女性7例；年龄45～73岁，平均年龄62.9岁。鳞癌11例，腺癌9例。应用生物信息学预测ABCE1基因上游的miRNA，通过实时定量聚合酶链反应（RT-Q-PCR）及免疫组织化学方法，对标本非小细胞癌组织和癌旁组织进行检测，并进行统计学分析，从中筛选出目的miRNA。结果生物信息软件预测7个最有可能调节ABCE1基因的miRNA，分别为miR-29a/b/c、miR-135a/b、miR-203及miR-141；其中miR-29a/b/c、miR-135a、miR-203的表达在癌组织内较癌旁组织都有不同程度的降低，以miR-135a、miR-29c差异最为明显，与之对应ABCE1在相同的肺癌组织内表达上调（P〈0.05）；仅miR-135a与ABCE1在上述肺癌患者内表达呈现负性相关（r=-0.665，P=0.001）。结论在非小细胞肺癌内，很有可能是miR-135a负性调节ABCE1基因，两者结合可能成为诊治肺癌的新靶点。

简介：目的建立10个肺癌相关基因的多重甲基化特异性聚合酶链反应（PCR）检测方法并运用于临床标本的检测。方法选取19例肺癌患者病灶组织标本,患者中男性16例,女性3例;平均年龄57.3岁。1例肺部良性病变患者组织标本为男性,年龄52岁。通过质粒构建及甲基化转移酶和亚硫酸盐修饰制备10个基因的甲基化和非甲基化标准品。通过选择甲基化特异性引物来识别甲基化模板,挑选10对甲基化特异性引物并平均分成2组,经最佳聚合酶及最佳退火温度的选择,建立多重甲基化特异性PCR体系,并应用于19例肺癌组织的检测,计算10个基因的甲基化率。结果在成功构建10个基因的甲基化和非甲基化标准品的基础上,建立了它们的多重甲基化特异性PCR检测方法。临床标本检测结果显示10个肺癌相关基因的甲基化率分别为p16INK4A92%,H-cadherin89%,E-cadherin和DAPK76%,TIMP-363%,RARβ50%,MGMT39%,RASSF1A21%,GSTP111%,hMLH10%。2次实验结果重复性较好。结论这种分2组多重甲基化特异性PCR的方法能一次性检测10个基因甲基化状态,可以应用于临床标本的检测。

简介：目的观察羊体外循环模型中肺损伤的存在，探讨体外循环下肺损伤与水通道蛋白1（AQP-1）基因表达之间的关系。方法健康成年羊16只，雌雄不拘，体质量15-30kg，羊龄8个月。分为脂多糖组和对照组，每组8只。通过建立浅低温体外循环模型，停跳90min，复跳6h，分别比较其血流动力学的指标变化及普通病理组织和超微病理组织的各自特点，测定AQP-1mRNA表达。结果利用体外循环前指标作为自身对照，进行单因素方差分析和Q检验。体外循环缺血再灌注之后，血流动力学较平稳[中心静脉压在体外循环前、心脏复跳前、再灌注至平稳时分别为（5.86±1.12）kPa、（6.52±1.33）kPa、（6.36±1.04）kPa]，肺干质量/肺湿质量比值（体外循环前、心脏复跳前、复跳后1h、复跳后3h、复跳后6h分别为0.232±0.025、0.224±0.021、0.187±0.022、0.153±0.018、0.134±0.023）与体外循环时间呈反相关（P〈0.001），血浆总渗透压与体外循环时间呈正相关（P〈0.01）。病理组织证实，复跳之后3-6h可以见到明显的肺间质水肿及血管内皮细胞损伤。肺内AQP-1mRNA表达与体外循环时间呈反相关（体外循环前、心脏复跳前、复跳后1h、复跳后3h、复跳后6h分别为100.0、98.1±24.4、80.2±20.3、78.1±17.7、55.3±16.4），在复跳后3h与6h分别降至术前水平的77.8%和54.6%（P〈0.01）。结论体外循环造成的肺损伤在心脏复跳后3-6h内表现严重，同时AQP-1的表达下降，存在肺血管内皮损伤。

简介：比较分析本课题组原创的急性、亚急性创伤性深静脉血栓形成大鼠模型中炎症相关基因的表达变化,探讨炎症在创伤性深静脉血栓形成中的意义。分别将急性、亚急性血栓形成模型各150只大鼠,随机分为正常组和模型组。急性血栓模型组采用直接钳夹股静脉＋双后肢石膏固定,亚急性组采用定量击打双侧大腿＋双后肢石膏固定的方式造模。根据深静脉血栓形成过程中不同的生物学状态,将实验动物分为正常对照、创伤即刻、血栓形成初始期、血栓形成高峰期、血栓消退、血栓不消退和血栓不形成7组。采用GenechipRatGenome4302.0芯片,动态测定股静脉RNA表达情况,运用基因芯片数据分析方法（倍数变化分析）,筛选出差异性表达基因。重点分析和比较2种模型中炎症相关基因的表达变化。结果表明：两种模型中共有28个（急性模型中23个,亚急性模型中24个;其中2种模型中均出现差异性的基因19个;仅出现于一种模型中的8个）炎症相关基因呈现差异性表达,但两组的基因表达水平具有统计学差异（Z=-2.513,P=0.012〈0.05）。说明炎症相关基因的变化与创伤性深静脉血栓形成密切相关,它可能通过影响内皮细胞的功能参与血栓形成。

简介：1引言多囊卵巢综合征（polycysticovarysyndrome，PCOS）是青春期及育龄妇女最常见的内分泌和代谢紊乱性疾病，发生率占育龄妇女的4％～12％，其生理病理的主要特征为卵巢分泌过多的黄体生成素（LH）和睾酮（T），发病原因尚未明确，其高度的家族聚集性提示与遗传有关。

简介：目的目前基因治疗方面存在的重要问题是缺乏有效的基因转运体系可以足量、安全地将治疗基因(无论病毒载体或非病毒载体)运送至体内靶细胞并提高其转染效率,以得到基因的高效表达。心血管内基因治疗的特殊性还在于很难把基因专一递送至血管组织的病灶处而不进入血液循环系统。实验研究提出了一种携带质粒DNA的烷基化壳聚糖纳米粒的血管内支架,可以有效地将质粒DNA递送至血管壁靶细胞并达到了高效转染的效果。

简介：细胞自噬作为细胞的一种防御和应激调控机制,参与维持细胞的代谢平衡。在血管内皮细胞中,自噬是影响内皮细胞功能的一个重要因素。流体剪切力也是影响血管内皮细胞形态和功能的重要因素之一。而血管内皮细胞生理功能的维持在整个心血管系统的正常运转中起着重要的作用。我们主要对血管内皮细胞的功能,细胞自噬和流体剪切力对血管内皮细胞功能的调节作用,以及流体剪切力对血管内皮细胞自噬的调节作用等方面进行综述。

简介：目的分析骶尾部窦道的病因及临床治疗。方法7例骶尾部窦道患者,其中男性3例,女性4例,年龄22~59岁。采用手术治疗,术式依病灶而定。比较其临床表现、手术方式、术后病理及其预后。结果7例患者均行单纯一期切除缝合,术中亚甲蓝染色保证完整切除。2例术后病理学诊断为表皮样囊肿,均为中年女性;5例为藏毛窦,年龄22~28岁（男性3例,女性2例）,其中1例术后复发。结论骶尾部窦道病因不同,可依据年龄、分泌物性状、有无局部外伤及手术史等给予诊断,表皮样囊肿或畸胎瘤等保守治疗无效,需及时手术,对于多窦口或手术失败的藏毛窦,建议行off-midline手术,目前认为＂裂上提＂效果较佳,单窦口藏毛窦及其他病因可根据情况采取单纯一期切除缝合。

简介：过去的几年间，干细胞研究已成为了癌症研究中最热门的研究领域之一。然而，在干细胞中，研究较多的并非胚胎干细胞，而是癌症干细胞（cancerstemcell；tumorstemcell；也有译作肿瘤干细胞）。这些突变的细胞，可以无限期地生长，同时还可引发新的肿瘤。癌症干细胞被认为是导致许多（如果不是全部的话）癌症发生的真正诱因。更为可怕的是，化疗或者其他现有的治疗手段在这些持续生长的细胞身上几乎毫无功效。它们的存在也解释了为何肿瘤在治疗后会复发或是转移。因此，越来越多的研究者将快速有效治疗癌症的希望寄托在如何彻底消灭这些干细胞上。然而，事情远远没有想象中的那么简单，因为这些癌症干细胞在肿瘤，即便是大肿瘤中，也是微乎其微，对于它们的研究也因此遇到了巨大障碍。　　现在，研究者们开发出了一种在小鼠身上大量增殖人类乳腺癌干细胞的方法，并且还发现了一个调控癌症干细胞的遗传开关（geneticswitch）。这个调控因子属于一个称作微小RNAs（microRNAs）的分子家族，它可以通过关闭一些特异性的基因，促使干细胞朝分化的方向发育。

简介：据2012年6月6日KitzmanJO[SciTranslMed，2012，4（137）：137ra76]报道，用从1例孕妇及12例即将成为父亲的人身上获取的DNA样本重构了一个人类胎儿的全部基因组序列。

简介：据BerteroA2016年12月1日[Development，2016，143（23）：4405—4418．]报道，英国韦尔科姆基金会桑格研究所和剑桥大学的研究人员构建出一种更加高效的和可控的CRISPR基因组编辑平台——80蹦K0或sOPTiKD。该优化单步骤系统能了解基因如何在体内每个细胞和每个发育步骤中发挥作用。该新方法将有助科学家们开展发育生物学、组织再生和癌症研究。

简介：动态贝叶斯网络（dynamicbayesiannetwork,DBN）是一种基于时序表达数据构建基因调控网络的重要方法。然而目前的DBN方法因计算时间太长,结构不稳定,准确度低,对有效性有很大影响。根据动态贝叶斯网络的度量可分解性质,将动态贝叶斯网络分为初始网络与转移网络分别进行结构寻优,在寻优时将基于静态贝叶斯网络的最大权重生成树算法与贪婪搜索算法相结合,移植入动态贝叶斯网络中,建立基因调控网络模型。提出了一种从时序数据中构建基因调控网络的方法,克服了贝叶斯网络不能描述循环调控的缺陷,也从规模上简化了网络构建问题。通过与相关实验文献的对照,验证了提出方法的有效性,网络学习时间明显缩短,网络结构更加稳定。

简介：新加坡基因组研究院科学家最近成功绘制了4000多个基因开关位置图谱,干细胞如何启动或抑制基因表达的谜底有望随着这项发现而解开。

简介：Bodysurfacepotentialmapping(BSPM)isarecentlydevelopednoninvisivecar-dioelectrophysiologicdiagnostictechnique.Thepurposeofthepresentstudyistoe-valuatetheefficacyandsignificanceofpercutaneoustransluminalcoronaryangioplas-ty(PTCA)usingaBSPM-Ⅲmodelcomputersystem.7patientswitheoronaryheartdiseasewerestudiedpriortoandfollowingPTCAusing98leadsBSPMwithspecial

简介：据vanderHarstP2012年12月6日（Nature,2012.doi：10.1038/nature11677.）报道,在一项新的研究中,研究人员揭示出红细胞是如何形成的和身体如何调节包裹在红细胞中的血红蛋白数量。研究人员还利用基因组分析技术让可能参与红细胞形成的基因区域数量增加了1倍,随后对果蝇进行研究。研究人员利用全基因组关联研究鉴定出似乎影响红细胞形成和它们的血红蛋白含量的基因区域。

简介：研制人线粒体DNA（mitochondrialDNA,mtDNA）表达谱芯片,鉴定芯片的特异性和稳定性,完善芯片的制备和使用程序,优化实验参数,为线粒体功能研究提供物质基础及技术保障。以人mtDNA剑桥序列为标准,设计mtDNA编码的13种mRNA、2种rRNA和9种tRNA基因及蛋白产物定位于线粒体的核DNA（nDNA）编码的5种凋亡相关基因寡核苷酸探针。芯片点样仪点制芯片,进行荧光显示和洗脱,用其检测人宫颈癌上皮Hela细胞和人肾小管上皮Hc1细胞cDNA文库mtDNA编码基因及nDNA编码凋亡相关基因的差异表达情况。所点制的芯片扫描结果显示,样点分布均匀、清晰,规整度好,无漏点、连点。cDNA文库杂交鉴定结果显示,整张芯片荧光信号均匀一致,背景清晰,各基因重复样点杂交结果一致,各质控点能正常显示。成功制备了人mtDNA基因表达谱芯片,完善了该芯片的制备和使用程序,通过初步应用,证明所研制的人mtDNA基因表达谱芯片具有特异性高、稳定性好等优点,可用于不同组织或细胞样本cDNA文库mtDNA基因的差异表达分析。

简介：据2012年7月31日GovanJM（AngewChemIntEdEngl,2012Jul31.doi：10.1002/anie.2012.3222.）报道,美国北卡罗来纳州立大学的研究人员利用细胞内自然产生的过氧化氢开发出一种开启基因表达的方法。该方法也可用作一种高度敏感的过氧化氢检测器，从而可能有助于科学家们确定这种分子在细胞健康和疾病中所发挥的作用。在功能正常的细胞中，过氧化氢作为一种信使发挥作用：它携带信号进入细胞以便让细胞对外部刺激或事件作出反应。一旦信息传递完毕。过氧化氢就扩散开来并消失掉。过氧化氢通过氧化或修饰蛋白中的某些氨基酸从而影响蛋白的功能。研究人员研究目的是是否能够利用过氧化氢的氧化能力来控制基因表达．为此他们利用一种让萤火虫发光的基因作为测试对象，设计出一种分子：它对过氧化氢比较敏感，而且能够让活的哺乳动物细胞中的萤火虫荧光素酶基因表达。当过氧化氢存在时．荧光素酶基因表达．从而导致细胞发光。

简介：Objective:ThispaperistoexploreamethodoftransferringhumanSDF-1anditsmutantSDF-1/54intrakinegeneintoCOS-7cellsfordeterminingtheirexpressionandsubcelluarlocalizationofthefusionprotein.Thiscouldofferfeasibilityforinhibitingthemetastasisofmalignanttumorsbyphonotypicknockoutforblockingfunctionalexpressionofreceptoronthecell-surface.Methods:AmplifythetargetgenewithPCRfromtheconstructedplasimidSDF-WT-Gly×4-Dec/PET-30a(+)withaC-terminalretentionsignalfragmentKDEL.AfterthepcDNA3.1/SDF-1/KDEL,pcDNA3.1/SDF-1/54/KDEL,pEGFP/SDF-1/KDELandpEGFP/SDF-1/54/KDELeukaryoticexpressionvectorswereconstructedandtheDNAsequencewasaccurate,theyweretransferredintoCOS-7cellswithliposome.Theexogenousexpressionswereobserved,fusionproteinSDF-1/HisandSDF-1/54/HiswereconfirmedbyWesternblot,andtheSDF-1/EGFPandSDF-1/54/EGFPweredeterminedbyLaserScanningConfocalMicroscopy.Results:Fourexpressionvectorswereconstructedsuccessfully,thefusionproteinSDF-1/KDEL/HisandSDF-1/54KDEL/HisexpressedinCOS-7cells.SubcelluarlocalizationanalysisshowedthatSDF-1/KDEL/EGFPandSDF-1/54/KDEL/EGFPwerelocatedmainlyinendoplasmicreticulum.Conclusion:FourexpressionvectorspcDNA3.1/SDF-1/KDEL,pcDNA3.1/SDF-1/54/KDEL,pEGFP/SDF-1/KDELandpEGFP/SDF-1/54/KDELwereconstructedsuccessfully,whichcouldexpressineukaryoticcellandlocatemainlyintheendoplasmicreticulum.