简介:摘要目的优化和评估粪便和组织样本高通量测序前处理方法,提高高通量测序在宏病毒组研究中的灵敏度。方法针对粪便样本,选取经粪便排毒的5种病毒阳性样本混合模拟样本,对不同材质的滤器、核酸酶不同处理时间、不同的提取核酸方法进行评价。针对组织样本,选取动物组织中检出的2种病毒阳性样本,对过滤、核酸酶处理和不同的核酸提取方法进行评价。采用TaqMan real-time PCR定量方法评价每步处理对每一种模式病毒核酸载量的影响,采用SYBR Green real-time PCR方法对细菌16S rRNA基因和宿主12S rRNA基因进行定量以评价细菌和宿主的去除效果。结果对于粪便样本,使用0.22 μm的PES滤器过滤效果较好,使用PVDF材质滤器导致样本量减少;核酸酶消化2 h比消化1 h去除细菌的效果更好,且病毒损失较少;使用RPMK试剂盒可以有效减少细菌,但对部分病毒提取效果较差,而MVSK试剂盒提取病毒核酸效果较好。对于组织样本,使用0.22 μm的PES滤器过滤病毒损失较少;核酸酶消化1 h可以有效去除宿主gDNA,且病毒损失较少;使用VNAEK II试剂盒提取病毒核酸效果最好,Trizol LS+RPMK方法去除宿主gDNA效果较好,但病毒损失较大。粪便和组织样本的前处理方法整个流程的病毒损失分别为(1.7-3.0)Ct和(1.6-2.5)Ct。结论粪便样本最佳方法为PES滤器过滤、核酸酶消化2 h、MVSK试剂盒提取核酸;组织样本最佳方法为PES滤器过滤、核酸酶消化1 h、VNAEK II试剂盒提取核酸。
简介:目的:为了充分发挥前处理系统的功能,使前处理系统实现自动接收样本、自动分类编号、自动分杯处理和归档管理功能。方法:编写前处理系统与实验室信息系统的实时索取双向式接口程序及样本定位监控程序,使前处理系统与实验室信.包系统有机结合.以实现样本接收和管理自动化.比较前处理系统样衣自动化接收和管理功能使用前后两种工作方式的工作效率,以对新工作方式进行评价。结果:实时索取双向式接口方式使前处理系统自动完成样衣接收和管理工作,工作流程简单,节约人力,样本差错率显著降低。结论:前处理系统与实验室信息系统间的实时索取双向式接口方式能实现样本自动接收和管理,大大提高工作效率。
简介:摘要:目的 了解样本不同前处理方式对新冠核酸检测的影响,为痰液和粪便新冠核酸检测提供前处理依据,保证实验检测的灵敏度和准确性。方法 对新型冠状病毒核酸检测阳性的痰液和粪便标本采用不同的前处理方式后进行核酸提取,实时荧光PCR进行检测,用配对设计(自身配对设计)资料的t检验方法分析样本CT值差异有无统计学意义。结果 以病毒保存液(不灭活)组作为参照方法,56℃60min灭活,蛋白酶K溶液和Trizol试剂处理组痰液和粪便标本CT值差异无统计学意义。痰液标本4%NaOH处理组与参照方法组相比CT值差异有统计学意义(靶标ORF1AB、N和内标t值分别为7.29、9.285和7.654,自由度v=4,P值均<0.05),4%NaOH处理组CT值较高。结论 应在检测前对痰液和粪便标本56℃60min灭活处理,不能采用4%NaOH处理痰液,蛋白酶K溶液和Trizol试剂处理样本对核酸检测没有显著影响,可根据本实验室情况进行选择。
简介:摘要目的以基因组最大RNA病毒(冠状病毒)为代表,研究不同测序前样本处理模式对高通量测序获得病毒全基因组序列信息质量的影响。方法以细胞培养的人冠状病毒HCoV-OC43样本为代表,分为4种测序前样本处理模式,即:未处理组、核酸提取前DNase和RNase处理组、核酸提取后DNase处理组、核酸提取前DNase和RNase处理且核酸提取后DNase处理组。不同模式处理后的核酸分为两份,一份直接RNA测序(未扩增),另一份经序列非依赖的单引物扩增(SISPA)后DNA测序。结果尽管不同处理方式下获得的病毒基因组覆盖率差别不大,但是样本核酸提取后经DNase处理组直接测序获得了最高的基因覆盖度和测序准确性,而SISPA扩增可有效提高病毒测序读长(reads)比例与基因组各位点的测序深度。结论本研究为优化冠状病毒等RNA病毒全基因组测序策略提供了技术参考。
简介:摘要:目的 分析临床血液样本检测不合格影响因素,讨论应对措施。方法 回顾本院在2020年9月至2021年9月期间采血的1788例患者临床资料,将其中具有代表性的血检样本,共368例,平均分成16份,每份23例,对比不同条件下血液样本指标检测水平,研究影响因素。结果 温度在25℃,末梢采血,不合理添加抗凝剂的条件下,相较于4℃、静脉采血和合理添加抗凝剂情况,K+和PHB水平显著更高,pH则显著更低(P<0.05);患者非空腹、服过药、胆固醇和胆红素较高,相较于空腹、未服药、胆固醇和胆红素正常水平,K+、PH和PHB水平明显更高(P<0.05);24h送检的血液样本,TP、ALT和TG水平明显高于0h送检(P<0.05)。结论 影响临床血液样本检测不合格因素较多,应依照相关制度落实检测要求,避免患者血液样本准确率受到影响。
简介:摘要:目的 分析临床血液样本检测不合格影响因素,讨论应对措施。方法 回顾本院在2020年9月至2021年9月期间采血的1788例患者临床资料,将其中具有代表性的血检样本,共368例,平均分成16份,每份23例,对比不同条件下血液样本指标检测水平,研究影响因素。结果 温度在25℃,末梢采血,不合理添加抗凝剂的条件下,相较于4℃、静脉采血和合理添加抗凝剂情况,K+和PHB水平显著更高,pH则显著更低(P<0.05);患者非空腹、服过药、胆固醇和胆红素较高,相较于空腹、未服药、胆固醇和胆红素正常水平,K+、PH和PHB水平明显更高(P<0.05);24h送检的血液样本,TP、ALT和TG水平明显高于0h送检(P<0.05)。结论 影响临床血液样本检测不合格因素较多,应依照相关制度落实检测要求,避免患者血液样本准确率受到影响。
简介:摘要结合人工神经网络领域的理论成果,量化描述大脑处理信息的过程,分析大脑各生化参数、生理机制对具体信息存储、信息提取的影响,将有助于进一步理解大脑的工作原理。本文介绍了一个量化描述大脑信息存储、信息提取的思路,并结合结构风险最小化原理,分析说明大脑在具体信息处理过程中存在样本量和网络规模匹配的问题。在量化模型的帮助下,可以看到,血液循环的时序控制作用、语言机制等能和大脑的生化参数相互配合,实现如下几点,从而使大脑能对不同信息处理组织起相对独立规模受控的子网络,降低结构风险,准确而高效的处理信息1在处理特定信息的时候,相关网络中细胞的兴奋程度足够大,并且能维持足够长的兴奋时间2在处理特定信息的时候,无关网络中细胞的兴奋程度足够小3兴奋程度大小和时间长短不同造成连接改变程度差异,改变程度差异参数和遗忘机制的参数能相互配合4在实现差异的基础上,又能保证生化环境的稳定,使信息提取时输入神经网络的样本不和训练样本差别过大5子网络的组织有一定的稳定性和灵活性。
简介:摘要血样标本采集和患者准备会影响实验室分析结果,并成为实验室质量控制的重要环节。为探讨血液标本的正确采集方法,根据自己多年来的经验,并参考有关资料分别从采集前准备,采血部位与方法,采血时间,采血容器,采集前的注意事项,血液标本的处理等细节及相应预防措施进行阐述,并为实验室提供合格的,高质量的标本提供参考。