简介：摘要目的通过16S rDNA测序技术探究脓毒症大鼠早期肠道微生态变化。方法将60只雄性SD大鼠按随机数字表法分为盲肠结扎穿孔术（CLP）组和假手术组（Sham组），每组30只。CLP组采用CLP法制备脓毒症大鼠模型；Sham组只开腹但不进行盲肠结扎穿孔。术后24 h每组取8只大鼠肠道粪便及腹主动脉血，其余大鼠用于观察7 d存活情况。采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测血清肿瘤坏死因子-α（TNF-α）水平；对粪便样本进行16S rDNA测序，利用序列对比和聚类后获得的操作分类单元（OTU）信息进行多样性分析（α多样性和β多样性）、主坐标分析及线性判别分析效应量分析（LEfSe），观察脓毒症大鼠早期肠道微生态的变化并挖掘标志性菌群。结果制模后24 h，CLP组大鼠出现呼吸急促、毛发散乱等表现，且血清TNF-α水平较Sham组显著升高（ng/L：43.95±9.05比11.08±3.27，P<0.01）；制模后7 d，Sham组大鼠全部存活，而CLP组大鼠累积生存率仅31.82%。多样性分析显示，Sham组与CLP组α多样性指标比较差异无统计学意义〔物种数量（个）：520.00±52.15比492.25±86.61，Chao1丰富度估计量：707.25±65.69比668.93±96.50，Shannon指数：5.74±0.42比5.79±0.91，Simpson指数：0.93±0.03比0.94±0.05，均P>0.05〕；β多样性分析显示，无论是否根据OTU加权，组间差异均大于组内差异（丰度加权矩阵：R＝0.23，P＝0.04；丰度不加权矩阵：R＝0.32，P＝0.01）。门水平差异菌群分析显示，与Sham组相比，CLP组变形菌门和TM7菌门丰度显著升高〔18.100%（15.271%，26.665%）比6.974%（2.854%，9.764%），0.125%（0.027%，0.159%）%比0.018%（0.008%，0.021%），均P<0.05〕；在属水平上，CLP组螺杆菌属、钌杆菌属、颗粒链菌属、梭菌属ⅩⅧ等机会致病菌的丰度较Sham组显著升高〔5.090%（1.812%，6.598%）比0.083%（0.034%，0.198%），0.244%（0.116%，0.330%）比0.016%（0.008%，0.029%），0.006%（0.003%，0.010%）比0.001%（0%，0.003%），0.094%（0.035%，0.430%）比0.007%（0.003%，0.030%），均P<0.05〕，而拟普雷沃菌属、罗姆布茨菌属等益生菌的丰度较Sham组显著降低〔7.345%（3.662%，11.546%）比22.504%（14.403%，26.928%），0.113%（0.047%，0.196%）比1.229%（0.809%，2.290%），均P<0.01〕。LEfSe分析结果显示，厚壁菌门所属益生菌在Sham组显著富集，罗姆布茨菌是富集最显著的菌种；而螺杆菌属、颗粒链球菌属和梭菌属ⅩⅧ等机会致病菌在CLP组显著富集，螺杆菌_NGSU_2015为富集最显著的菌种。结论脓毒症早期大鼠肠道微生态结构显著改变，主要表现为拟普雷沃菌属等益生菌丰度显著降低，螺杆菌属等机会致病菌丰度显著升高。

简介：摘要目的对高尿酸血症(hyperuricemia，HUA)患者和健康对照人群的肠道菌群特征进行差异性分析，探索肠道菌群与高尿酸之间的相关性。方法在中国人民解放军战略支援部队特色医学中心2021年健康体检人群中招募63名成年志愿者，其中HUA患者25例，健康对照人群38例，采集他们的粪便样本，通过使用全长16S rRNA测序技术，对所有受试者粪便样本进行分析，研究不同尿酸水平人群的肠道菌群构成特征。结果HUA组与健康对照组肠道菌群的整体组成存在差异，α多样性指数在HUA组明显降低，β多样性分析可以看出两组间存在明显差异。在菌群组成上，HUA组表现为拟杆菌门增多，厚壁菌门降低。通过LEfSe差异分析，发现HUA组具有独特的菌群结构，以普拉梭菌(Faecalibacterium prausnitzii)为代表的多种短链脂肪酸(SCFAs)产生菌明显降低；唾液链球菌(Streptococcus salivarius)、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、Fusobacterium hwasookii、Flavonifractor plautii、黏液分枝杆菌(Mycobacterium mucogenicum B)、Blautia sp003287895在HUA组明显升高。此外，通过PICRUSt2功能基因预测发现HUA组人群肠道菌群短链脂肪酸合成途径等相关代谢降低，与特有的菌群结构一致。结论HUA人群与健康对照人群比较，存在特有的肠道菌群构成和代谢特征。

简介：摘要目的基于健康老年人群的肠道菌群组成特征，探索宏基因组测序与16S rDNA测序在后续分析上的差异。方法采用定群研究设计，对山东济南76名健康老年人进行5次重复测量，采集粪便样本并提取基因组DNA，分别进行宏基因组与16S rDNA测序，比较两种测序肠道菌群的组成与多样性；采用Pearson相关分析物种丰度与α多样性的相关性，普氏分析判断β多样性的相关性。结果76名老年人年龄（65.07±2.75）岁，体重指数为（25.03±2.40）kg/m2；男、女各38名；5次重复测量共得到345人次的粪便样品。相较于16Sr DNA测序，宏基因组测序在各个水平的注释物种数更多，且水平越低，两种测序物种数量相差越大；两种测序的物种丰度存在差异，但在门（r=0.88，P<0.001）、属（r=0.77，P<0.001）水平上物种丰度呈高度相关，其中拟杆菌门、厚壁菌门等是共同的优势物种；老年人肠道菌群多样性分析显示，两种测序的α多样性指数存在显著正相关（r=0.70，P<0.001），两组β多样性也呈显著相关（M2=0.84，P<0.05）；结论宏基因组测序注释效率远高于16S rDNA测序；两种测序方法在门水平物种丰度、物种α多样性上具有较高的一致性。

简介：摘要目的研究成年寻常型银屑病患者和健康人群之间肠道微生物的差异。方法采集2017年9月至2018年2月于中国医学科学院皮肤病医院确诊的22例寻常型银屑病患者和23例健康对照者粪便样本，提取肠道菌群总DNA扩增，并采用二代16S rRNA基因靶向测序技术测序，分析菌群多样性及菌群分布。对照Silva数据库进行物种注释及分类，采用秩和检验分析各层级样本物种差异；采用QIIME软件（Version 1.9.1）计算OTU数目及α多样性主要指数（Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数），t检验分析指数差异；PCoA分析反映样本β多样性差异，置换多元方差分析两组群落组成结构差异；秩和检验及LEfSe分析评估物种差异。结果银屑病组OTU数目（147.55 ± 57.07）与健康对照组（148.96 ± 50.45）比较，差异无统计学意义（t = 0.088，P = 0.930）。银屑病组Shannon指数（4.08 ± 0.80）、Chao1指数（169.52 ± 63.17）、Simpson指数（0.87 ± 0.07）与健康对照组（分别为4.11 ± 0.94、175.36 ± 53.59、0.86 ± 0.90）比较，差异均无统计学意义（t = 0.12、0.34、0.27，均P > 0.05）。PCoA分析银屑病组与健康对照组的第一主成分差异为49.8%，第二主成分差异为15.62%，置换多元方差分析显示两组间β多样性差异有统计学意义（P = 0.011）。银屑病组与健康对照组有差异的菌群包括在银屑病组中显著升高的厚壁菌门、梭菌纲、梭菌目，丹毒丝菌目、丹毒丝菌科，健康对照组中显著升高的艾普西隆变形杆菌纲、弯曲杆菌目、弯曲杆菌科、弯曲杆菌属，拟杆菌目、拟杆菌科。结论寻常型银屑病患者与健康人的肠道菌群存在一定差异，肠道菌群有可能成为寻常型银屑病的潜在生物标志物。

简介：摘要目的探索肠道菌群与血清二胺氧化酶(diamine oxidase，DAO)水平之间的相关性，对DAO高水平(DAO-H)人群和正常人群的肠道菌群特征进行差异性分析。方法在战略支援部队特色医学中心2021年健康体检人群中招募62名成年志愿者，其中DAO-H人群31名，正常人群31名，采集粪便样本，通过使用16S rRNA全长基因测序技术，对所有受试者粪便样本进行分析，研究不同DAO水平人群的肠道菌群构成特征。结果DAO-H人群肠道菌群α多样性与正常人群差异无统计学意义，但是菌群结构和功能改变：共生细菌减少，如Phocaeicola、拟杆菌科细菌等；潜在致病菌增加，如肺炎克雷伯菌。DAO-H组的菌群代谢发生变化，菌群鞘脂代谢水平降低，万古霉素类抗生素生物合成(biosynthesis of vancomycin group antibiotics)、叶酸一碳库(one carbon pool by folate)、萜类骨架生物合成(terpenoid backbone biosynthesis)、细胞周期-Caulobacter(cell cycle-Caulobacter)、蛋白质输出(protein export)、碱基切除修复(base excision repair)、氮代谢(nitrogen metabolism)水平较正常组升高。结论血清中DAO-H人群与正常人群比较，存在特有的肠道菌群构成与菌群代谢特征。

简介：摘要目的基于16S核糖体RNA(rRNA)高通量测序分析特重度烧伤患者肠道菌群的动态变化规律。方法本前瞻性观察性研究纳入2017年2—6月中国科学院大学宁波华美医院收治的符合入选标准的5例男性特重度烧伤患者(年龄32～48岁)，采集其休克期(伤后3 d内)、急性感染早期(伤后4～14 d)、急性感染中期(伤后15～28 d)、急性感染后期(伤后29 d至出院前1周)及出院前1周内的粪便样本，各时期样本数均为5。使用pH计测定粪便样本的pH值，高通量测序技术对粪便样本的16S rRNA V3、V4区进行测序。QIIME分析软件分析肠道菌群操作分类单元(OTU)数目、α多样性(Chao1指数、Shannon指数)和门、科的相对丰度，非加权组平均法聚类分析肠道菌群β多样性，Tax4Fun预测肠道菌群功能变化。对数据行单因素重复测量方差分析、Bonferroni法、配对样本Wilcoxon秩和检验及Bonferroni校正。结果(1)本组特重度烧伤患者急性感染早、中期粪便pH值分别为7.40±0.45、7.56±0.45，明显高于休克期的6.68±0.36(P<0.05或P<0.01)。(2)共获得2 333 584条有效高质量序列，序列长度为415 bp左右，共获得1 209个OTU，所有标本测序覆盖度均达99.0%以上。本组特重度烧伤患者急性感染早、中、后期OTU数目、Chao1指数明显低于休克期(Z值均为2.023，P<0.05)；出院前1周内OTU数目、Chao1指数明显高于急性感染早、中、后期，Shannon指数明显高于急性感染早、中期(Z值均为2.023，P<0.05)。(3)本组特重度烧伤患者休克期样本菌群结构与出院前1周内相似度高，与急性感染早、中、后期相似度低。各个单独样本的分析显示，大部分样本聚类规律与分期样本一致。休克期肠道菌群加权Unifrac距离明显短于急性感染早、中、后期(Z＝3.326、2.570、2.690，P<0.05或P<0.01)，其他时期肠道菌群加权Unifrac距离相近。(4)门水平上，与休克期比较，急性感染早、中、后期厚壁菌门细菌相对丰度降低，变形菌门和拟杆菌门细菌相对丰度升高；上述3个菌门细菌相对丰度在出院前1周内与休克期相近。伤后不同时期科水平上相对丰度前5的优势菌有较大差异，休克期的前5优势科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期降低。休克期的非优势科如肠杆菌科、链球菌科、拟杆菌科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期大幅升高，成为这些时期新的优势科；出院前1周内部分产酸菌科细菌相对丰度恢复至接近休克期水平。(5)急性感染早、中期肠道菌群的某些氨基酸代谢、糖酵解和糖异生、丙酮酸代谢等功能较休克期减弱，急性感染后期肠道菌群某些氨基酸和糖类代谢较休克期增强，休克期与出院前1周内肠道菌群功能基因分布相似。结论特重度烧伤患者肠道内环境及菌群结构在急性感染早、中期发生了明显变化，pH值升高，菌群种类及多样性减少，尤其是产酸菌科细菌的相对丰度明显降低，但随着患者治疗结束而恢复。可考虑将粪便pH值和肠道变形菌门及产酸菌科细菌变化作为反映特重度烧伤患者肠道菌群紊乱水平的指标。

简介：AbstractObjective:To characterize and compare the microbiome signature in the maternal, intrauterine, and fetal environments and the associated bacterial species in women who experienced preterm birth and term birth.Methods:A total of 140 women with singleton pregnancies were enrolled in this study. Among them, 31 experienced spontaneous preterm delivery (gestational age < 37 weeks), and 28 of them experienced vaginal delivery at term. Maternal peripheral blood, saliva, and vaginal discharge samples and fetal membrane, amniotic fluid, and cord blood samples were collected immediately after delivery under sterile conditions. DNA was isolated from the fetal membrane and umbilical cord blood samples, and the V3-V4 region of the bacterial 16S rRNA gene was sequenced. The sequence data were quality-filtered, chimera-checked, and organized into operational taxonomic units (OTUs) based on phylogeny. Principal coordinate analysis of beta diversity measures was used for visualization. The linear discriminant analysis effect size (LEfSe) algorithm and Wilcoxon test were used to differentiate the microbiomes found in the fetal membranes and cord blood in the cases of preterm birth.Results:OTU analysis based on the 16S rRNA gene showed similar microbiomes in the maternal peripheral blood, amniotic fluid, fetal membranes, and cord blood. However, the LEfSe algorithm revealed significantly different bacterial compositions in the fetal environment between the preterm and term groups, with some of the bacterial species originating from the maternal peripheral blood or saliva.Conclusions:The bacteria in the intrauterine and fetal environments may originate from other body sites through hematogenous transmission, and may cause the occurrence of preterm birth.

简介：摘要目的采用16S rDNA测序技术研究寻常型天疱疮（PV）患者皮肤菌群多样性。方法收集杭州市第三人民医院皮肤科10例PV患者及10例健康对照，取皮损旁（PV组）及对侧无皮损处皮肤菌群样本（PVn组），正常对照组取相应部位菌群样本。采用16S rDNA扩增子测序技术，对所有样本的菌群基因进行测序与分类，通过Usearch软件对数据聚类分析，得到可操作分类单元（OTU），获得门、纲、目、科、属水平的物种丰度。以Observed species指数、Shannon指数和Simpson指数等反映α多样性，使用主坐标分析法（PCoA）分析β多样性。采用线性判别分析效应量（LEfSe）分析比较各组的差异物种。利用PICRUSt软件进行基因功能预测。2组非参数检验采用Wilcoxon秩和检验，3组间非参数检验采用Kruskal Waills检验。结果注释到门、纲、目、科、属的OTU分别有2 002、1 869、1 751、1 611、1 120个，3组均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为主，在属水平上，PV组及PVn组葡萄球菌属丰度最高，正常对照组为棒状杆菌属。α多样性分析显示，3组间Observed species指数、Shannon指数、Simpson指数差异均有统计学意义（均P< 0.05），PV组Shannon指数（3.24±1.30）和Simpson指数（0.70±0.19）均低于正常对照组（P< 0.05）。PCoA分析显示，3组间β多样性差异无统计学意义（P=0.054）。秩和检验显示，3组间丰度差异有统计学意义的物种共32个，其中相对丰度较高的有富集于PV组的芽孢杆菌纲及富集于正常对照组的微球菌属、短波单胞菌属等。按病程< 3个月、≥ 3个月分组，PV长病程组中富集的物种有梭状芽孢杆菌目、颤杆菌属及鞘氨醇单胞菌属等；短病程组γ变形菌纲富集。功能预测显示，与感染性疾病相关的基因功能富集于天疱疮组。结论16S rDNA测序技术应用于天疱疮微生物组学研究，证实PV皮肤菌群多样性及组成结构与正常人存在一定差异。

简介：摘要目的比较甲真菌病患者病甲与健康甲细菌和真菌微生物菌群差异。方法收集2020年8月至2021年6月于大连市皮肤病医院门诊就诊的31例甲真菌病患者的病甲及健康甲的甲屑样本，提取甲屑菌群总DNA，以细菌16S rDNA的V3-V4区序列及真菌内转录间隔区（ITS）作为目标序列进行基因扩增及Illumina测序，对所测序列采用USEARCH和mothur软件进行OTU聚类分析，采用Wilcoxon rank sum test方法进行α多样性分析，采用相似性分析（Anosim）进行β多样性分析，采用LEFSe方法进行物种差异分析。结果入组甲真菌病患者31例，男16例，女15例，按年龄分青年组（18 ~ 35岁）10例，中年组（36 ~ 60岁）11例，老年组（大于60岁）10例。α多样性分析显示，病甲组标本Shannon指数明显低于健康甲组（W = 290，P = 0.007），而Simpson指数明显高于健康甲组（W = 663，P = 0.010），病甲组细菌菌群的多样性及均匀度低于健康甲组，病甲在真菌菌群的多样性与健康甲无明显区别。β多样性分析显示，基于unweighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组细菌和真菌微生物的组成差异无统计学意义（细菌菌群：R = 0.0052，P = 0.331；真菌菌群：R = 0.0036，P = 0.337）；基于weighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组在细菌菌群及真菌菌群的丰度方面差异均有统计学意义（均P = 0.001）。在物种组成上，病甲组较健康甲组丰度显著降低的细菌菌群有拟杆菌门及变形菌门、β-变形菌纲、伯克氏菌目、罗尔斯顿菌属、鞘氨醇单胞菌属、链球菌属，而芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、葡萄球菌属明显高于健康甲组。病甲组显著升高的真菌菌群有散囊菌纲、爪甲团囊菌目、未分类锤舌菌目、关节皮肤真菌科、黑团孢属、白粉菌属、铁艾酵母属、毛癣菌属、十字花科白粉菌、红色毛癣菌、合轴马拉色菌，而酵母菌纲-酵母菌目-酵母菌科、隐囊菌科、念珠菌、链格孢菌较健康甲组显著降低。结论甲真菌病患者病甲与健康甲细菌菌群的多样性及丰度均有明显的差异，真菌菌群仅丰度存在一定的差异，其中某些真菌和细菌菌属可能具有相关性。

简介：摘要目的基于16S rRNA基因测序技术分析成人隐匿性自身免疫糖尿病（LADA）患者肠道菌群的特征。方法本研究为病例对照研究。选取2019年9月到2020年10月就诊于山西省长治医学院附属和济医院内分泌科的LADA及2型糖尿病（T2DM）患者作为研究对象，并从该院体检中心同期体检的人群中选取健康人群作为正常对照（NCP）者。收集研究对象谷氨酸脱羧酶抗体（GADA）、蛋白酪氨酸磷酸酶2抗体（IA-2A）等，收集研究对象粪便16S rRNA基因序列。使用微生物组分析软件QIIME（version 1.8.0）分析反映肠道菌群丰富性和多样性的alpha多样性指标和反映组间结构相似性的Beta多样性指标，采用t检验或单因素方差分析、Mann‐Whitney U检验或Kruskal-Wallis H检验、χ2检验进行组间比较，基于PICRUST分析微生物功能基因和代谢预测途径的变化特征，采用Spearman相关性分析法分析肠道菌群与各生化及免疫指标的相关性。结果共纳入42例研究对象，NCP组14名，T2DM组14例，LADA组14例。3组间的alpha多样性指数差异均无统计学意义（P>0.05），Beta多样性差异有统计学意义（P<0.05）。与NCP组相比，LADA组的短链脂肪酸产生菌属如毛螺菌属（Lac_Lachnospira）、罗氏菌属（Lac_Roseburia）、瘤胃球菌属（毛螺菌科）［Lac（Ruminococcus）］均降低（P<0.05），与T2DM组相比，LADA组的瘤胃球菌属（毛螺菌科）降低（P<0.05）。与NCP组相比，LADA组的苯丙氨酸合成、初级胆汁酸生物合成、次级胆汁酸生物合成等代谢预测功能途径降低（P<0.05）。Spearman相关性分析结果显示，GADA抗体滴度与瘤胃球菌属（毛螺菌科）呈负相关（r=-0.44），与普雷沃菌属（r=0.38）、小类杆菌属（r=0.34）、瘤胃球菌属（瘤胃球菌科）（r=0.53）均呈正相关（均P<0.05）；IA-2A抗体滴度与巨球菌属呈正相关（r=0.13，P<0.05）。结论LADA患者存在较为特异的肠道微生物群结构，并伴随着短链脂肪酸产生菌属如毛螺菌属、罗氏菌属和瘤胃球菌属（毛螺菌科）的减少，以及苯丙氨酸合成、胆汁酸生物合成等重要的生物功能基因和代谢预测途径的降低。此外，LADA患者胰岛自身抗体与瘤胃球菌属（毛螺菌科）、普雷沃菌属和小类杆菌属等菌属具有相关性。

简介：摘要目的探索对细菌16S rRNA区域和真菌内源转录间隔区(ITS)二代测序技术(NGS)在肾移植受者泌尿系感染(UTI)病原微生物检测中的应用价值。方法收集2017年1月至2019年12月在南方医科大学附属南方医院就诊的90例肾移植受者UTI中段尿标本，对同一份样本分别进行NGS微生物检测和传统尿培养，比较两者病原学检测结果。结果90例样本中，有21例样本因培养出3种及以上微生物而考虑被污染；余69例样本中，16S rRNA基因测序结果阳性36例(52.17%)，尿细菌培养检测阳性25例(36.23%)，两者比较差异有统计学意义(P<0.05)；ITS基因测序结果阳性34例(49.28%)，尿真菌培养检测阳性4例(5.80%)，两者比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论对于肾移植受者UTI的中段尿样本，NGS技术较尿微生物培养有更高的细菌和真菌检出率。随着NGS检测费用的降低，传统尿培养和NGS微生物检测技术的结合可以提高病原微生物的检出率和准确性，更好地进行移植受者泌尿系感染的个体化治疗。

简介：摘要目的探讨呼吸机相关性肺炎（VAP）患者肠道和肺部微生态结构变化及其之间的相关性。方法采用前瞻性观察性研究方法，纳入2019年5月1日至2020年5月1日入住宁夏医科大学总医院重症医学科的31例VAP患者，收集患者同一天的粪便及肺泡灌洗液样本，利用16S rRNA测序技术对粪便和肺泡灌洗液样本进行菌群组成及结构的生物学信息分析，综合测序结果及患者临床资料进行统一分析。结果① VAP患者肺泡灌洗液中菌群α多样性（丰度及多样性）较粪便菌群增高，其中描述菌群丰度的Ace指数、Chao指数及描述多样性的Shannon指数差异有统计学意义〔Ace指数：305.89（214.39，458.66）比204.51（165.15，247.61），Chao指数：259.83（194.20，459.31）比187.67（153.28，234.01），Shannon指数：3.01（2.39，3.54）比2.55（1.86，2.95），均P<0.05〕，描述多样性的Simpson指数差异无统计学意义〔0.14（0.08，0.27）比0.19（0.10，0.33），P>0.05〕。②在VAP患者粪便及肺泡灌洗液测序结果中均存在一些肠道相关菌群，如大肠杆菌属、粪肠杆菌属、拟杆菌属及毛螺菌属等，且丰度均较高。③ 31例VAP患者中有20例肺泡灌洗液临床培养发现可疑致病菌，分别为草绿色链球菌6例、大肠杆菌5例、肺炎克雷伯菌3例、鲍曼不动杆菌3例、金黄色葡萄球菌2例、铜绿假单胞菌1例，且与对应的肺泡灌洗液测序一致，其中17例患者粪便测序中也存在这种可疑致病菌。④ 14例患者合并脓毒症，从未发生脓毒症的患者中选取14例进行样本量匹配，结果显示，VAP合并脓毒症组描述肺-肠菌群相关性的Jaccard相似性指数较VAP组显著升高，差异有统计学意义（0.24±0.08比0.19±0.06，P<0.01）。结论VAP患者存在一定的肺-肠菌群相关性，在排除来源于环境和上呼吸道微吸入导致的肺部感染外，仍有一部分感染源可能来自于下消化道。

简介：摘要目的基于16S核糖体RNA（16S rRNA）高通量测序，探讨加味四君子汤对严重烫伤兔肠道菌群多样性的影响。方法采用实验研究方法。选取90只6~8个月龄雌雄不限日本大耳兔，按照随机数字表法分为正常对照组、单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组，每组18只。正常对照组兔自由饮食、饮水，单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组兔制作30%体表总面积Ⅲ度烫伤模型后分别给予生理盐水、0.2 g/mL加味四君子汤、1.0 g/mL加味四君子汤、5.0 g/mL加味四君子汤灌胃，持续给药7 d。于分组处理第1、3、7天，采用酶联免疫吸附测定法检测各组兔回肠黏膜组织中的肿瘤坏死因子α（TNF-α）、白细胞介素1β（IL-1β）、IL-10水平，各组每个时间点的样本数为6。根据前述实验结果，另外选取9只兔分为正常对照组、单纯烫伤组、烫伤+中剂量组，每组3只，各组兔分组及处理方法同前。于分组处理第7天，采用高通量测序技术对3组兔回肠黏膜菌群的16S rRNA V3、V4区进行测序；采用QIIME软件统计菌群优质序列数目；使用RDP Classifier软件分析菌群的门、纲、目、科、属水平；采用Illumina MiSeq测序技术对菌群行α多样性（Ace、Chao1、Simpson、Shannon指数）和β多样性分析。对数据行析因设计方差分析、SNK检验及Bonferroni校正。结果与正常对照组相比，单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+中剂量组分组处理第1、3天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显升高（P<0.01），单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显升高（P<0.05或P<0.01），单纯烫伤组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均显著降低（P<0.01）。与单纯烫伤组相比，烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第3、7天及烫伤+中剂量组分组处理第1天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低（P<0.01），烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第3、7天及烫伤+中剂量组分组处理第1天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显降低（P<0.01），烫伤+低剂量组分组处理第7天和烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天以及烫伤+高剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均显著升高（P<0.05或P<0.01）。与烫伤+低剂量组相比，烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+高剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低（P<0.01），烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+高剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均显著降低（P<0.05或P<0.01），烫伤+中剂量组分组处理第1、3、7天和烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均显著升高（P<0.05或P<0.01）。与烫伤+中剂量组相比，烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显升高（P<0.01），烫伤+高剂量组分组处理第1、3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均明显降低（P<0.01），烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均显著降低（P<0.01）。与第1天比较，单纯烫伤组分组处理第3、7天以及正常对照组分组处理第3天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显升高（P<0.05或P<0.01），单纯烫伤组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显升高（P<0.01），烫伤+低剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第7天和烫伤中剂量组分组处理第3、7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均明显升高（P<0.05或P<0.01）；烫伤+高剂量组分组处理第3、7天及烫伤+中剂量组分组处理第7天的兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低（P<0.05或P<0.01），烫伤+中剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平明显降低（P<0.01），单纯烫伤组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平明显降低（P<0.01）。与第3天比较，单纯烫伤组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α、IL-1β水平及正常对照组、烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组和烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平均明显升高（P<0.05或P<0.01），烫伤+低剂量组、烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的TNF-α水平均明显降低（P<0.05），烫伤+中剂量组、烫伤+高剂量组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-1β水平均明显降低（P<0.05或P<0.01），单纯烫伤组分组处理第7天兔回肠黏膜组织中的IL-10水平明显降低（P<0.01）。分组处理第7天，正常对照组、单纯烫伤组、烫伤+中剂量组兔回肠黏膜中的菌群分别获96 023、107 365、95 921条优质序列。3组兔回肠黏膜中的菌群在门、纲、目、科、属的分类水平上均分别以拟杆菌门和厚壁菌门、梭菌纲和拟杆菌纲、梭菌目和拟杆菌目、瘤胃菌科和梭菌科及拟杆菌科、梭菌属和拟杆菌属及瘤胃菌属菌群为主，但各组菌群组成不同。3组兔回肠黏膜中菌群的Ace、Chao1、Simpson、Shannon指数均没有显著差异（P>0.05），β多样性无明显差异。结论严重烫伤后兔回肠黏膜炎症反应明显，并呈时间依赖性增加。加味四君子汤可减轻炎症反应，其治疗效果最佳质量浓度为1.0 g/mL。高通量测序法能够精准地反映肠道菌群的结构组成，加味四君子汤对严重烫伤后肠道菌群具有一定的调节作用。

简介：摘要目的探讨作为结肠癌癌前病变的结肠腺瘤性息肉（CAP）中肠道菌群的改变特征。方法随机收集2017年11月至2018年4月在昆明医科大学第一附属医院进行结肠镜检查的结肠腺瘤性息肉患者（CAP组）30例和无腺瘤息肉的健康个体（HC组）30名。通过内镜下电凝电切治疗，收集CAP患者的腺瘤组织和健康志愿者（HC）的肠黏膜组织，提取基因组DNA，对细菌16S rRNA基因V3~V4区进行扩增，通过Illumina MiSeq平台进行序列测定，实验结果使用秩和检验（Wilcoxon检验）进行比较法分析。结果CAP患者的腺瘤组织中肠道菌群α多样性高于健康肠黏膜组织（Chao指数、Ace指数P<0.01）。门水平分析中，CAP组中拟杆菌门（FC=0.38）的丰度显著降低（P<0.01）；属水平分析中，拟杆菌属（FC=0.32）、埃希菌属（FC=0.57）、瘤胃球菌属（FC=0.42）、Blautia（FC=0.27）、Dorea（FC=0.57）在CAP组中丰度降低（P<0.05）；假单胞菌属（FC=2.43）、乳球菌（FC=2.84）、土芽孢杆菌属（FC=2.07）和不动杆菌属（FC=2.36）丰度升高（P<0.05）。结论与HC肠黏膜组织相比，CAP患者腺瘤组织中菌群的丰度和多样性存在显著的差异，表明腺瘤性息肉患者黏膜中菌群存在失衡现象。这种肠道微环境的失衡，对研究结肠腺瘤性息肉的发生和发展具有重要意义。

简介：摘要目的基于16SrRNA测序分析肾结石患者结石及尿液微生态结构。方法选取2016年3月至2020年3月本院收治的肾结石患者102例为研究对象，均行经皮肾镜取石术。采用16SrRNA测序技术检测结石标本和尿液标本中的微生物信息，根据结石成分将标本分为碳酸磷灰石组、草酸钙组、磷酸铵镁组、尿酸组，分析各组样本菌群的多样性和丰富度。结果结石标本中菌群门水平以变形菌门、厚壁菌门、放线菌门为主，科水平以肠杆菌科、黄单胞菌科、假单胞菌科为主，属水平以寡养单胞菌属、假单胞菌属、短波单胞菌属为主；变形菌门是四组结石标本中的优势菌门(>55%)，磷酸铵镁组中放线菌门和无壁菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>8%)，碳酸磷灰石组、草酸钙组中厚壁菌门和放线菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>8%)，尿酸组中拟杆菌门和放线菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>5%)；在属水平中，磷酸铵镁组中的优势菌是奇异变形杆菌、寡养单胞菌属、棒状杆菌属，碳酸磷灰石组是假单胞菌属、寡养单胞菌属、金黄杆菌属，草酸钙组是假单胞菌属、寡养单胞菌属、短波单胞菌属，尿酸组是寡养单胞菌属、假单胞菌属、金黄杆菌属。尿液标本中菌群门水平以变形菌门、厚壁菌门、无壁菌门为优势菌(>13%)，属水平以假单胞菌属、支原体属、克雷伯氏菌属为优势菌(>8%)；结石标本和尿液标本α多样性指标比较，差异无统计学意义(P>0.05)。结论肾结石患者结石标本中寡养单胞菌、金黄杆菌和短波单胞菌含量较高，而尿液中则以假单胞菌属、支原体菌属、乳酸杆菌属为优势菌。

简介：AbstractBackground:The antioxidant effects of bilirubin in Parkinson’s disease (PD) have recently gained much attention from the research community. However, results from these studies have been conflicting. This meta-analysis is conducted to assess the relationship between the serum bilirubin concentration and the risk of PD.Methods:Two reviewers performed a systematic literature search across five databases (MEDLINE, PubMed, EMBASE, Web of Science, and Cochrane Central Register of Controlled Trials). The case-control studies regarding bilirubin levels in PD patients published up to April 2020 were included. These studies were subjected to rigorous scrutiny and data extraction to determine the standard mean difference (SMD) and the 95% confidence interval (CI), which were analyzed using the Stata V.12.0 statistical software.Results:A total of eight studies which included 1463 PD cases and 1490 controls were incorporated into our meta-analysis. SMD analysis showed that there was a higher total bilirubin (TBIL) and direct bilirubin (DBIL) levels in PD patients compared with controls (for TBIL, SMD: 0.300, 95% CI: 0.050-0.549, P = 0.018; for DBIL, SMD: 0.395, 95% CI: 0.102-0.688, P = 0.008). However, no significant relationship was found between the serum indirect bilirubin and PD patients (SMD: -0.223, 95% CI: -0.952-0.505, P = 0.548). A subgroup analysis based on ethnicity indicated that the serum TBIL was higher in PD patients of Caucasian descent in contrast to matched healthy controls (SMD: 0.511, 95% CI: 0.324-0.698, P = 0.000, I2 = 58.0%).Conclusion:Higher serum bilirubin levels in PD patients suggest that bilirubin might play a role in the pathogenesis of PD and have the potential to be utilized as a biochemical marker for PD diagnosis and treatment.

简介：摘要目的探讨非小细胞肺癌（NSCLC）甲醛固定石蜡包埋（FFPE）组织样本的不同保存年限对DNA质量及靶向捕获二代测序的影响。方法收集上海市胸科医院经手术切除、FFPE后常规储存的NSCLC标本共147例。这些标本按储存年限分为<1年（n=43）、1~3年（n=40）、>3~5年（n=37）、>5年（n=27）4组，采用磁珠法提取DNA，然后对其进行靶向捕获二代测序。分析不同保存时间对DNA片段化程度、文库产量、文库复杂度、测序成功率及测序突变类型的影响。结果随标本保存年限的增长，DNA片段化程度增高；文库总产量、总建库复杂度、测序成功率降低；测序单碱基突变类型C>T（G>A）频率最高。结论在常规FFPE标本储存条件[可控的低湿度室温（20~25 ℃）环境]下，3年内的FFPE标本能够进行二代测序且结果高度可信；>3~5年的FFPE标本可进行二代测序，但存在假阴、阳性结果；5年以上的FFPE标本大部分仅可尝试进行二代测序检测。

简介：摘要目的探究钙结合蛋白S100A16在胰岛素抵抗中的作用。方法用S100A16抗体进行免疫沉淀，然后用蛋白质谱分析寻找与S100A16相互作用的蛋白。实验1转染Vector质粒的HepG2细胞作为对照，用转染shRNA质粒、S100A16过表达质粒干预作为处理组。实验2以慢性胰岛素刺激细胞构建胰岛素抵抗模型，采用转染shRNA质粒的细胞作为对照，用未转染和转染Vector质粒干预作为处理组。实验3以不做任何处理的细胞作为对照，在胰岛素抵抗模型中用吡格列酮干预作为处理组。Western blot检测相关蛋白的表达水平。组间比较采用成组t检验。结果与转染Vector质粒比较，转染S100A16过表达质粒中胎球蛋白A表达（1.39±0.54比2.85±0.25）水平上调（P < 0.05）；与转染Vector质粒比较，转染shRNA质粒胎球蛋白A蛋白表达（0.36±0.03比0.20±0.03）水平降低（P < 0.01）。在胰岛素抵抗条件下，与转染shRNA质粒的细胞比较，未转染和转染Vector质粒的IRS-2蛋白表达（0.11±0.04比1.65±0.48）水平上调（P < 0.01）；与不做任何处理的细胞比较，用吡格列酮处理的细胞IRS-2表达（0.26±0.11比0.52±0.05）水平上升（P < 0.01）。结论S100A16在HepG2细胞中通过胎球蛋白A促进胰岛素抵抗。

简介：摘要目的确定东莞地区耳聋基因的变异类型和携带率。方法收集新生儿及门诊筛查的16 182名个体，新生儿采集足跟血片，非新生儿采集外周静脉血样，对18个耳聋易感基因的100种变异进行检测。结果共检出1631例耳聋基因变异，总体检出率为10.08%，其中5例为纯合变异。SLC26A4基因变异的检出率最高(5.22%)，共845例，其余依次为GJB2(673例，4.16%)、GJB3(100例，0.62%)、TMC1(12例，0.07%)、MYO15A(1例，0.01%)。GJB2基因c.235delC变异检出率最高(3.24%)，共524例，其次为SLC26A4基因IVS7-2A>G变异(270例，1.67%)。33名个体(0.20%)同时携带两个变异，其中7例(0.04%)携带同一基因的复合杂合变异。结论扩大耳聋易感基因变异的筛查范围有助于了解携带情况及耳聋的遗传因素，对提早发现先天性耳聋、对受检者提供干预和遗传咨询具有重要的价值。

简介：摘要目的分析和讨论HBsAg和Anti-HBs双阳性HBV感染患者的临床特征及S区基因测序情况。方法收集HBsAg阳性患者乙肝五项及定量结果、肝功能和HBV DNA载量，记录其基本临床信息。根据Anti-HBs的阴阳性分组，并对两组结果的临床和病毒学特点进行分析。同时，17 320例HBsAg阳性HBV感染患者中有994例进行了基因测序检测，对该994例患者的S区氨基酸突变、位点变异检出率和基因型进行统计分析。结果HBsAg和Anti-HBs双阳性率为4.36%(756/17 320)。HBsAg+/Anti-HBs+组HBV相关性肝硬化(19.71%)显著高于HBsAg+/Anti-HBs-组(15.94%)，而慢性乙型肝炎(62.04%)显著低于HBsAg+/Anti-HBs-组(67.06%)。同时，HBsAg+/Anti-HBs+组HBsAg-QN以及ALT均显著低于HBsAg+/Anti-HBs-组，HBeAg阳性率显著高于HBsAg+/Anti-HBs-组，HBV DNA则高于HBsAg+/Anti-HBs-组但差异无统计学意义。994例HBV感染者进行了基因测序检测，两组的C基因型(81.79%)最多，B基因型(17.40%)次之，D基因型(0.80%)最少。HBV感染患者C基因型的sP120Q/T/A/S位点检出率HBsAg+/Anti-HBs+组显著高于HBsAg+/Anti-HBs-组；无论B或C基因型或整体比较，HBV感染患者的sG145A/E/K/R位点检出率HBsAg+/Anti-HBs+组均显著高于HBsAg+/Anti-HBs-组，差异具有统计学意义。结论HBsAg和Anti-HBs双阳性HBV感染患者更易发展为肝硬化，且进行基因测序的乙肝患者以C2型为主。HBV感染患者的S区sP120Q/T/A/S和sG145A/E/K/R位点耐药变异是导致HBsAg和Anti-HBs双阳性的重要原因。