简介：摘要目的通过16S rDNA测序技术探究脓毒症大鼠早期肠道微生态变化。方法将60只雄性SD大鼠按随机数字表法分为盲肠结扎穿孔术（CLP）组和假手术组（Sham组），每组30只。CLP组采用CLP法制备脓毒症大鼠模型；Sham组只开腹但不进行盲肠结扎穿孔。术后24 h每组取8只大鼠肠道粪便及腹主动脉血，其余大鼠用于观察7 d存活情况。采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测血清肿瘤坏死因子-α（TNF-α）水平；对粪便样本进行16S rDNA测序，利用序列对比和聚类后获得的操作分类单元（OTU）信息进行多样性分析（α多样性和β多样性）、主坐标分析及线性判别分析效应量分析（LEfSe），观察脓毒症大鼠早期肠道微生态的变化并挖掘标志性菌群。结果制模后24 h，CLP组大鼠出现呼吸急促、毛发散乱等表现，且血清TNF-α水平较Sham组显著升高（ng/L：43.95±9.05比11.08±3.27，P<0.01）；制模后7 d，Sham组大鼠全部存活，而CLP组大鼠累积生存率仅31.82%。多样性分析显示，Sham组与CLP组α多样性指标比较差异无统计学意义〔物种数量（个）：520.00±52.15比492.25±86.61，Chao1丰富度估计量：707.25±65.69比668.93±96.50，Shannon指数：5.74±0.42比5.79±0.91，Simpson指数：0.93±0.03比0.94±0.05，均P>0.05〕；β多样性分析显示，无论是否根据OTU加权，组间差异均大于组内差异（丰度加权矩阵：R＝0.23，P＝0.04；丰度不加权矩阵：R＝0.32，P＝0.01）。门水平差异菌群分析显示，与Sham组相比，CLP组变形菌门和TM7菌门丰度显著升高〔18.100%（15.271%，26.665%）比6.974%（2.854%，9.764%），0.125%（0.027%，0.159%）%比0.018%（0.008%，0.021%），均P<0.05〕；在属水平上，CLP组螺杆菌属、钌杆菌属、颗粒链菌属、梭菌属ⅩⅧ等机会致病菌的丰度较Sham组显著升高〔5.090%（1.812%，6.598%）比0.083%（0.034%，0.198%），0.244%（0.116%，0.330%）比0.016%（0.008%，0.029%），0.006%（0.003%，0.010%）比0.001%（0%，0.003%），0.094%（0.035%，0.430%）比0.007%（0.003%，0.030%），均P<0.05〕，而拟普雷沃菌属、罗姆布茨菌属等益生菌的丰度较Sham组显著降低〔7.345%（3.662%，11.546%）比22.504%（14.403%，26.928%），0.113%（0.047%，0.196%）比1.229%（0.809%，2.290%），均P<0.01〕。LEfSe分析结果显示，厚壁菌门所属益生菌在Sham组显著富集，罗姆布茨菌是富集最显著的菌种；而螺杆菌属、颗粒链球菌属和梭菌属ⅩⅧ等机会致病菌在CLP组显著富集，螺杆菌_NGSU_2015为富集最显著的菌种。结论脓毒症早期大鼠肠道微生态结构显著改变，主要表现为拟普雷沃菌属等益生菌丰度显著降低，螺杆菌属等机会致病菌丰度显著升高。

简介：摘要目的对高尿酸血症(hyperuricemia，HUA)患者和健康对照人群的肠道菌群特征进行差异性分析，探索肠道菌群与高尿酸之间的相关性。方法在中国人民解放军战略支援部队特色医学中心2021年健康体检人群中招募63名成年志愿者，其中HUA患者25例，健康对照人群38例，采集他们的粪便样本，通过使用全长16S rRNA测序技术，对所有受试者粪便样本进行分析，研究不同尿酸水平人群的肠道菌群构成特征。结果HUA组与健康对照组肠道菌群的整体组成存在差异，α多样性指数在HUA组明显降低，β多样性分析可以看出两组间存在明显差异。在菌群组成上，HUA组表现为拟杆菌门增多，厚壁菌门降低。通过LEfSe差异分析，发现HUA组具有独特的菌群结构，以普拉梭菌(Faecalibacterium prausnitzii)为代表的多种短链脂肪酸(SCFAs)产生菌明显降低；唾液链球菌(Streptococcus salivarius)、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、Fusobacterium hwasookii、Flavonifractor plautii、黏液分枝杆菌(Mycobacterium mucogenicum B)、Blautia sp003287895在HUA组明显升高。此外，通过PICRUSt2功能基因预测发现HUA组人群肠道菌群短链脂肪酸合成途径等相关代谢降低，与特有的菌群结构一致。结论HUA人群与健康对照人群比较，存在特有的肠道菌群构成和代谢特征。

简介：摘要目的基于健康老年人群的肠道菌群组成特征，探索宏基因组测序与16S rDNA测序在后续分析上的差异。方法采用定群研究设计，对山东济南76名健康老年人进行5次重复测量，采集粪便样本并提取基因组DNA，分别进行宏基因组与16S rDNA测序，比较两种测序肠道菌群的组成与多样性；采用Pearson相关分析物种丰度与α多样性的相关性，普氏分析判断β多样性的相关性。结果76名老年人年龄（65.07±2.75）岁，体重指数为（25.03±2.40）kg/m2；男、女各38名；5次重复测量共得到345人次的粪便样品。相较于16Sr DNA测序，宏基因组测序在各个水平的注释物种数更多，且水平越低，两种测序物种数量相差越大；两种测序的物种丰度存在差异，但在门（r=0.88，P<0.001）、属（r=0.77，P<0.001）水平上物种丰度呈高度相关，其中拟杆菌门、厚壁菌门等是共同的优势物种；老年人肠道菌群多样性分析显示，两种测序的α多样性指数存在显著正相关（r=0.70，P<0.001），两组β多样性也呈显著相关（M2=0.84，P<0.05）；结论宏基因组测序注释效率远高于16S rDNA测序；两种测序方法在门水平物种丰度、物种α多样性上具有较高的一致性。

简介：摘要目的研究成年寻常型银屑病患者和健康人群之间肠道微生物的差异。方法采集2017年9月至2018年2月于中国医学科学院皮肤病医院确诊的22例寻常型银屑病患者和23例健康对照者粪便样本，提取肠道菌群总DNA扩增，并采用二代16S rRNA基因靶向测序技术测序，分析菌群多样性及菌群分布。对照Silva数据库进行物种注释及分类，采用秩和检验分析各层级样本物种差异；采用QIIME软件（Version 1.9.1）计算OTU数目及α多样性主要指数（Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数），t检验分析指数差异；PCoA分析反映样本β多样性差异，置换多元方差分析两组群落组成结构差异；秩和检验及LEfSe分析评估物种差异。结果银屑病组OTU数目（147.55 ± 57.07）与健康对照组（148.96 ± 50.45）比较，差异无统计学意义（t = 0.088，P = 0.930）。银屑病组Shannon指数（4.08 ± 0.80）、Chao1指数（169.52 ± 63.17）、Simpson指数（0.87 ± 0.07）与健康对照组（分别为4.11 ± 0.94、175.36 ± 53.59、0.86 ± 0.90）比较，差异均无统计学意义（t = 0.12、0.34、0.27，均P > 0.05）。PCoA分析银屑病组与健康对照组的第一主成分差异为49.8%，第二主成分差异为15.62%，置换多元方差分析显示两组间β多样性差异有统计学意义（P = 0.011）。银屑病组与健康对照组有差异的菌群包括在银屑病组中显著升高的厚壁菌门、梭菌纲、梭菌目，丹毒丝菌目、丹毒丝菌科，健康对照组中显著升高的艾普西隆变形杆菌纲、弯曲杆菌目、弯曲杆菌科、弯曲杆菌属，拟杆菌目、拟杆菌科。结论寻常型银屑病患者与健康人的肠道菌群存在一定差异，肠道菌群有可能成为寻常型银屑病的潜在生物标志物。

简介：【目的】谷斑皮蠹是一种重要的检疫性害虫,在新疆周边多个国家分布,口岸检疫人员多次从进境货物中截获谷斑皮蠹,该虫对新疆的农业生产极具威胁。【方法】以谷斑皮蠹的16SrDNA基因为靶序列,用昆虫通用引物对4种供试皮蠹进行PCR扩增,将扩增产物进行克隆和测序,用生物软件设计检测谷斑皮蠹的特异性引物与探针。【结果】设计的特异性引物（TG-SNP-F/TG-SNP-R）及所建立的常规PCR方法能有效检测出谷斑皮蠹,其扩增产物的片段大小为250bp,灵敏度为3ng·μL^-1设计的特异性引物（TG-F/TG-R）和探针（TG-probe）,以及所建立的实时荧光PCR方法,对谷斑皮蠹的检测特异性强,灵敏度达0.8fg·μL^-1【结论】建立的常规PCR方法和实时荧光PCR检测方法能够对谷斑皮蠹进行准确鉴定,为口岸检疫人员检测进境货物中携带的谷斑皮蠹提供技术支持。

简介：摘要目的探索肠道菌群与血清二胺氧化酶(diamine oxidase，DAO)水平之间的相关性，对DAO高水平(DAO-H)人群和正常人群的肠道菌群特征进行差异性分析。方法在战略支援部队特色医学中心2021年健康体检人群中招募62名成年志愿者，其中DAO-H人群31名，正常人群31名，采集粪便样本，通过使用16S rRNA全长基因测序技术，对所有受试者粪便样本进行分析，研究不同DAO水平人群的肠道菌群构成特征。结果DAO-H人群肠道菌群α多样性与正常人群差异无统计学意义，但是菌群结构和功能改变：共生细菌减少，如Phocaeicola、拟杆菌科细菌等；潜在致病菌增加，如肺炎克雷伯菌。DAO-H组的菌群代谢发生变化，菌群鞘脂代谢水平降低，万古霉素类抗生素生物合成(biosynthesis of vancomycin group antibiotics)、叶酸一碳库(one carbon pool by folate)、萜类骨架生物合成(terpenoid backbone biosynthesis)、细胞周期-Caulobacter(cell cycle-Caulobacter)、蛋白质输出(protein export)、碱基切除修复(base excision repair)、氮代谢(nitrogen metabolism)水平较正常组升高。结论血清中DAO-H人群与正常人群比较，存在特有的肠道菌群构成与菌群代谢特征。

简介：摘要：微生物研究从人工分离培养开始，但是，大部分微生物无法在实验室条件下生存，这对微生物多样性研究产生直接的影响。基于此，在高通量 DNA测序技术的应用下，以 16S rRNA和宏基因组高通量测序为基础，对微生物多样性展开研究，并以水体微生物、人体舌苔微生物（变量为是否有胃病）对比为研究对象，旨在实现 16S rRNA和宏基因组高通量测序在微生物多样性研究中的应用效果提升。

简介：TherRNAgeneticlocusisfoundinallprokaryoticorganisms,andishighlyconservative,althoughitsrelativelystablevariationsarefoundfrequentlyindifferentbacteria.Theutilityofthislocusasataxonomicandphylogenetictoolhasbeenreportedwidely.Thisstudy,aimedat16SrRNAgene(16SrDNA)andwiththehelpofbiomolecularmethods,attemptedtoachievethegoalofrapididentificationofcommonpathogensInthisstudy,333clinicalisolatedpathogenicbacteriawerecollected。TwopairsofprimerswerechosenandlabeledwithdifferentfluorescentdyesandthenusedtoamplifythegenomicDNAextractedfrombacteria.ThePCRproductswerethendetectedbycapillaryelectrophoresis-singlestrandconformationpolymorphism(CE-SSCP).Inordertopursuehigherresolutionandpeak-separationeffect,ahighefficientseparatingmedium,linerpolyacrylamidedel(LPA),wasputtouseinthisstudy.Finally,everybacteriacolonygenerateddistinctpatternsfromeachother,whichwereeasilytobeusedforidentification.TheseresultsindicatedthatPCR-CE-SSCPwasarapididentificationmethodforbacterialidentification,withtheaspectsofhighefficiencyandhighprecision.Comparedwithtraditionalmethod,thistechnologyisofgreatutilityforclinicaluseespeciallyforitshighsensitivity.

简介：摘要 目的：利用16S rDNA测序分析微生态制剂在预防儿童抗生素相关性腹泻中的疗效。方法：采用随机对照临床研究，将90例患者分为实验组A、实验组B和对照组各30例。实验组A：口服布拉氏酵母菌散（亿活），实验组B：口服双歧杆菌四联活菌片（思连康），疗程2周，对照组予蒙脱石对症治疗，利用16S rDNA测序技术治疗后7天检测患儿肠道菌落微生态变化。结果：实验组和对照组在AAD发生率、腹泻症状消失时间及肠道菌群分布存在显著差异。实验组A、B和对照组，AAD发生率分别为23.33%、26.67%、43.33%，腹泻症状消失时间分别为5±1.41天、5.7±1.88天、7.9±2.17天。肠道菌群在属水平上，对照组主要以拟杆菌属(47.61％)、普雷沃氏菌属(13．98％)占比较高，实验组A组主要以拟杆菌属(57.88％)、普雷沃氏菌属(5．23％)、布拉氏酵母菌(1．52％)为主，B组中拟杆菌属外双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌属可见明显上升。结论：儿童肠道菌群种类和结构存在显著差异，微生态制剂可明显改变肠道菌群结构、影响菌群平衡、降低AAD发生率，治疗中微生态制剂的选择存在个体差异。

简介：

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简介：摘要目的基于16S核糖体RNA(rRNA)高通量测序分析特重度烧伤患者肠道菌群的动态变化规律。方法本前瞻性观察性研究纳入2017年2—6月中国科学院大学宁波华美医院收治的符合入选标准的5例男性特重度烧伤患者(年龄32～48岁)，采集其休克期(伤后3 d内)、急性感染早期(伤后4～14 d)、急性感染中期(伤后15～28 d)、急性感染后期(伤后29 d至出院前1周)及出院前1周内的粪便样本，各时期样本数均为5。使用pH计测定粪便样本的pH值，高通量测序技术对粪便样本的16S rRNA V3、V4区进行测序。QIIME分析软件分析肠道菌群操作分类单元(OTU)数目、α多样性(Chao1指数、Shannon指数)和门、科的相对丰度，非加权组平均法聚类分析肠道菌群β多样性，Tax4Fun预测肠道菌群功能变化。对数据行单因素重复测量方差分析、Bonferroni法、配对样本Wilcoxon秩和检验及Bonferroni校正。结果(1)本组特重度烧伤患者急性感染早、中期粪便pH值分别为7.40±0.45、7.56±0.45，明显高于休克期的6.68±0.36(P<0.05或P<0.01)。(2)共获得2 333 584条有效高质量序列，序列长度为415 bp左右，共获得1 209个OTU，所有标本测序覆盖度均达99.0%以上。本组特重度烧伤患者急性感染早、中、后期OTU数目、Chao1指数明显低于休克期(Z值均为2.023，P<0.05)；出院前1周内OTU数目、Chao1指数明显高于急性感染早、中、后期，Shannon指数明显高于急性感染早、中期(Z值均为2.023，P<0.05)。(3)本组特重度烧伤患者休克期样本菌群结构与出院前1周内相似度高，与急性感染早、中、后期相似度低。各个单独样本的分析显示，大部分样本聚类规律与分期样本一致。休克期肠道菌群加权Unifrac距离明显短于急性感染早、中、后期(Z＝3.326、2.570、2.690，P<0.05或P<0.01)，其他时期肠道菌群加权Unifrac距离相近。(4)门水平上，与休克期比较，急性感染早、中、后期厚壁菌门细菌相对丰度降低，变形菌门和拟杆菌门细菌相对丰度升高；上述3个菌门细菌相对丰度在出院前1周内与休克期相近。伤后不同时期科水平上相对丰度前5的优势菌有较大差异，休克期的前5优势科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期降低。休克期的非优势科如肠杆菌科、链球菌科、拟杆菌科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期大幅升高，成为这些时期新的优势科；出院前1周内部分产酸菌科细菌相对丰度恢复至接近休克期水平。(5)急性感染早、中期肠道菌群的某些氨基酸代谢、糖酵解和糖异生、丙酮酸代谢等功能较休克期减弱，急性感染后期肠道菌群某些氨基酸和糖类代谢较休克期增强，休克期与出院前1周内肠道菌群功能基因分布相似。结论特重度烧伤患者肠道内环境及菌群结构在急性感染早、中期发生了明显变化，pH值升高，菌群种类及多样性减少，尤其是产酸菌科细菌的相对丰度明显降低，但随着患者治疗结束而恢复。可考虑将粪便pH值和肠道变形菌门及产酸菌科细菌变化作为反映特重度烧伤患者肠道菌群紊乱水平的指标。

简介：AbstractObjective:To characterize and compare the microbiome signature in the maternal, intrauterine, and fetal environments and the associated bacterial species in women who experienced preterm birth and term birth.Methods:A total of 140 women with singleton pregnancies were enrolled in this study. Among them, 31 experienced spontaneous preterm delivery (gestational age < 37 weeks), and 28 of them experienced vaginal delivery at term. Maternal peripheral blood, saliva, and vaginal discharge samples and fetal membrane, amniotic fluid, and cord blood samples were collected immediately after delivery under sterile conditions. DNA was isolated from the fetal membrane and umbilical cord blood samples, and the V3-V4 region of the bacterial 16S rRNA gene was sequenced. The sequence data were quality-filtered, chimera-checked, and organized into operational taxonomic units (OTUs) based on phylogeny. Principal coordinate analysis of beta diversity measures was used for visualization. The linear discriminant analysis effect size (LEfSe) algorithm and Wilcoxon test were used to differentiate the microbiomes found in the fetal membranes and cord blood in the cases of preterm birth.Results:OTU analysis based on the 16S rRNA gene showed similar microbiomes in the maternal peripheral blood, amniotic fluid, fetal membranes, and cord blood. However, the LEfSe algorithm revealed significantly different bacterial compositions in the fetal environment between the preterm and term groups, with some of the bacterial species originating from the maternal peripheral blood or saliva.Conclusions:The bacteria in the intrauterine and fetal environments may originate from other body sites through hematogenous transmission, and may cause the occurrence of preterm birth.

简介：摘要目的采用16S rDNA测序技术研究寻常型天疱疮（PV）患者皮肤菌群多样性。方法收集杭州市第三人民医院皮肤科10例PV患者及10例健康对照，取皮损旁（PV组）及对侧无皮损处皮肤菌群样本（PVn组），正常对照组取相应部位菌群样本。采用16S rDNA扩增子测序技术，对所有样本的菌群基因进行测序与分类，通过Usearch软件对数据聚类分析，得到可操作分类单元（OTU），获得门、纲、目、科、属水平的物种丰度。以Observed species指数、Shannon指数和Simpson指数等反映α多样性，使用主坐标分析法（PCoA）分析β多样性。采用线性判别分析效应量（LEfSe）分析比较各组的差异物种。利用PICRUSt软件进行基因功能预测。2组非参数检验采用Wilcoxon秩和检验，3组间非参数检验采用Kruskal Waills检验。结果注释到门、纲、目、科、属的OTU分别有2 002、1 869、1 751、1 611、1 120个，3组均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为主，在属水平上，PV组及PVn组葡萄球菌属丰度最高，正常对照组为棒状杆菌属。α多样性分析显示，3组间Observed species指数、Shannon指数、Simpson指数差异均有统计学意义（均P< 0.05），PV组Shannon指数（3.24±1.30）和Simpson指数（0.70±0.19）均低于正常对照组（P< 0.05）。PCoA分析显示，3组间β多样性差异无统计学意义（P=0.054）。秩和检验显示，3组间丰度差异有统计学意义的物种共32个，其中相对丰度较高的有富集于PV组的芽孢杆菌纲及富集于正常对照组的微球菌属、短波单胞菌属等。按病程< 3个月、≥ 3个月分组，PV长病程组中富集的物种有梭状芽孢杆菌目、颤杆菌属及鞘氨醇单胞菌属等；短病程组γ变形菌纲富集。功能预测显示，与感染性疾病相关的基因功能富集于天疱疮组。结论16S rDNA测序技术应用于天疱疮微生物组学研究，证实PV皮肤菌群多样性及组成结构与正常人存在一定差异。

简介：摘要目的比较甲真菌病患者病甲与健康甲细菌和真菌微生物菌群差异。方法收集2020年8月至2021年6月于大连市皮肤病医院门诊就诊的31例甲真菌病患者的病甲及健康甲的甲屑样本，提取甲屑菌群总DNA，以细菌16S rDNA的V3-V4区序列及真菌内转录间隔区（ITS）作为目标序列进行基因扩增及Illumina测序，对所测序列采用USEARCH和mothur软件进行OTU聚类分析，采用Wilcoxon rank sum test方法进行α多样性分析，采用相似性分析（Anosim）进行β多样性分析，采用LEFSe方法进行物种差异分析。结果入组甲真菌病患者31例，男16例，女15例，按年龄分青年组（18 ~ 35岁）10例，中年组（36 ~ 60岁）11例，老年组（大于60岁）10例。α多样性分析显示，病甲组标本Shannon指数明显低于健康甲组（W = 290，P = 0.007），而Simpson指数明显高于健康甲组（W = 663，P = 0.010），病甲组细菌菌群的多样性及均匀度低于健康甲组，病甲在真菌菌群的多样性与健康甲无明显区别。β多样性分析显示，基于unweighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组细菌和真菌微生物的组成差异无统计学意义（细菌菌群：R = 0.0052，P = 0.331；真菌菌群：R = 0.0036，P = 0.337）；基于weighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组在细菌菌群及真菌菌群的丰度方面差异均有统计学意义（均P = 0.001）。在物种组成上，病甲组较健康甲组丰度显著降低的细菌菌群有拟杆菌门及变形菌门、β-变形菌纲、伯克氏菌目、罗尔斯顿菌属、鞘氨醇单胞菌属、链球菌属，而芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、葡萄球菌属明显高于健康甲组。病甲组显著升高的真菌菌群有散囊菌纲、爪甲团囊菌目、未分类锤舌菌目、关节皮肤真菌科、黑团孢属、白粉菌属、铁艾酵母属、毛癣菌属、十字花科白粉菌、红色毛癣菌、合轴马拉色菌，而酵母菌纲-酵母菌目-酵母菌科、隐囊菌科、念珠菌、链格孢菌较健康甲组显著降低。结论甲真菌病患者病甲与健康甲细菌菌群的多样性及丰度均有明显的差异，真菌菌群仅丰度存在一定的差异，其中某些真菌和细菌菌属可能具有相关性。

简介：摘要目的基于16S rRNA基因测序技术分析成人隐匿性自身免疫糖尿病（LADA）患者肠道菌群的特征。方法本研究为病例对照研究。选取2019年9月到2020年10月就诊于山西省长治医学院附属和济医院内分泌科的LADA及2型糖尿病（T2DM）患者作为研究对象，并从该院体检中心同期体检的人群中选取健康人群作为正常对照（NCP）者。收集研究对象谷氨酸脱羧酶抗体（GADA）、蛋白酪氨酸磷酸酶2抗体（IA-2A）等，收集研究对象粪便16S rRNA基因序列。使用微生物组分析软件QIIME（version 1.8.0）分析反映肠道菌群丰富性和多样性的alpha多样性指标和反映组间结构相似性的Beta多样性指标，采用t检验或单因素方差分析、Mann‐Whitney U检验或Kruskal-Wallis H检验、χ2检验进行组间比较，基于PICRUST分析微生物功能基因和代谢预测途径的变化特征，采用Spearman相关性分析法分析肠道菌群与各生化及免疫指标的相关性。结果共纳入42例研究对象，NCP组14名，T2DM组14例，LADA组14例。3组间的alpha多样性指数差异均无统计学意义（P>0.05），Beta多样性差异有统计学意义（P<0.05）。与NCP组相比，LADA组的短链脂肪酸产生菌属如毛螺菌属（Lac_Lachnospira）、罗氏菌属（Lac_Roseburia）、瘤胃球菌属（毛螺菌科）［Lac（Ruminococcus）］均降低（P<0.05），与T2DM组相比，LADA组的瘤胃球菌属（毛螺菌科）降低（P<0.05）。与NCP组相比，LADA组的苯丙氨酸合成、初级胆汁酸生物合成、次级胆汁酸生物合成等代谢预测功能途径降低（P<0.05）。Spearman相关性分析结果显示，GADA抗体滴度与瘤胃球菌属（毛螺菌科）呈负相关（r=-0.44），与普雷沃菌属（r=0.38）、小类杆菌属（r=0.34）、瘤胃球菌属（瘤胃球菌科）（r=0.53）均呈正相关（均P<0.05）；IA-2A抗体滴度与巨球菌属呈正相关（r=0.13，P<0.05）。结论LADA患者存在较为特异的肠道微生物群结构，并伴随着短链脂肪酸产生菌属如毛螺菌属、罗氏菌属和瘤胃球菌属（毛螺菌科）的减少，以及苯丙氨酸合成、胆汁酸生物合成等重要的生物功能基因和代谢预测途径的降低。此外，LADA患者胰岛自身抗体与瘤胃球菌属（毛螺菌科）、普雷沃菌属和小类杆菌属等菌属具有相关性。

简介：摘要目的探索对细菌16S rRNA区域和真菌内源转录间隔区(ITS)二代测序技术(NGS)在肾移植受者泌尿系感染(UTI)病原微生物检测中的应用价值。方法收集2017年1月至2019年12月在南方医科大学附属南方医院就诊的90例肾移植受者UTI中段尿标本，对同一份样本分别进行NGS微生物检测和传统尿培养，比较两者病原学检测结果。结果90例样本中，有21例样本因培养出3种及以上微生物而考虑被污染；余69例样本中，16S rRNA基因测序结果阳性36例(52.17%)，尿细菌培养检测阳性25例(36.23%)，两者比较差异有统计学意义(P<0.05)；ITS基因测序结果阳性34例(49.28%)，尿真菌培养检测阳性4例(5.80%)，两者比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论对于肾移植受者UTI的中段尿样本，NGS技术较尿微生物培养有更高的细菌和真菌检出率。随着NGS检测费用的降低，传统尿培养和NGS微生物检测技术的结合可以提高病原微生物的检出率和准确性，更好地进行移植受者泌尿系感染的个体化治疗。

简介：摘要目的探讨呼吸机相关性肺炎（VAP）患者肠道和肺部微生态结构变化及其之间的相关性。方法采用前瞻性观察性研究方法，纳入2019年5月1日至2020年5月1日入住宁夏医科大学总医院重症医学科的31例VAP患者，收集患者同一天的粪便及肺泡灌洗液样本，利用16S rRNA测序技术对粪便和肺泡灌洗液样本进行菌群组成及结构的生物学信息分析，综合测序结果及患者临床资料进行统一分析。结果① VAP患者肺泡灌洗液中菌群α多样性（丰度及多样性）较粪便菌群增高，其中描述菌群丰度的Ace指数、Chao指数及描述多样性的Shannon指数差异有统计学意义〔Ace指数：305.89（214.39，458.66）比204.51（165.15，247.61），Chao指数：259.83（194.20，459.31）比187.67（153.28，234.01），Shannon指数：3.01（2.39，3.54）比2.55（1.86，2.95），均P<0.05〕，描述多样性的Simpson指数差异无统计学意义〔0.14（0.08，0.27）比0.19（0.10，0.33），P>0.05〕。②在VAP患者粪便及肺泡灌洗液测序结果中均存在一些肠道相关菌群，如大肠杆菌属、粪肠杆菌属、拟杆菌属及毛螺菌属等，且丰度均较高。③ 31例VAP患者中有20例肺泡灌洗液临床培养发现可疑致病菌，分别为草绿色链球菌6例、大肠杆菌5例、肺炎克雷伯菌3例、鲍曼不动杆菌3例、金黄色葡萄球菌2例、铜绿假单胞菌1例，且与对应的肺泡灌洗液测序一致，其中17例患者粪便测序中也存在这种可疑致病菌。④ 14例患者合并脓毒症，从未发生脓毒症的患者中选取14例进行样本量匹配，结果显示，VAP合并脓毒症组描述肺-肠菌群相关性的Jaccard相似性指数较VAP组显著升高，差异有统计学意义（0.24±0.08比0.19±0.06，P<0.01）。结论VAP患者存在一定的肺-肠菌群相关性，在排除来源于环境和上呼吸道微吸入导致的肺部感染外，仍有一部分感染源可能来自于下消化道。

简介：目的：建立肿瘤研究常用动物小鼠病原菌快速检测方法。方法：提取经常规方法已被鉴定的小鼠病原菌绿脓杆菌、溶血性链球菌和大肠埃希氏菌DNA，利用PCR技术扩增病原菌16srDNA全长，经纯化后直接测序。利用BLAST软件从GenBank数据库中搜索相关菌株的序列进行序列比对和同源性分析，确定病原菌的种属。结果：测序结果与数据库中搜索到的相关菌株的序列进行序列比对显示，3种病原菌测序序列分别与绿脓杆菌、溶血性链球菌和大肠埃希氏菌序列一致。结论：16srDNAPCR方法可准确地检测肿瘤研究常用动物小鼠病原菌绿脓杆菌、溶血性链球菌和大肠埃希氏菌感染，并且缩短了检测时间。

简介：用定序技术的16SrDNA基因，entomopatho遗传因子的线虫(杀虫剂的一种)的非共生的细菌的三不同的种(Steinernemasp。并且Heterorhabditissp)从感染的昆虫死尸被孤立并且识别{街郎mellonella幼虫)在48小时的柱子感染以后。顺序类似分析表明紧张SRK3，SRK4和SRK5分别地属于Ochrobactrumcytisi，Schineria幼虫和Ochrobactrumanthropi。isolatesO。anthropi和S。幼虫被发现分别地，而，与Heterorhabditisindica紧张BDU-17和Yer-136被联系O。cytisi与Steinernemasiamkayai紧张BDU-87被联系。Phenotypically，时间的杀虫剂的一种细菌是相当与共生杀虫剂的一种细菌(Photorhabdus和Xenorhabdus类)有关。紧张SRK3和SRK5phylogeographically类似于几非共生者并且污染了在德国(LMG3311T)和中国(X-14)孤立的杀虫剂的一种细菌，当紧张SRK4与S的isolates相同时。从在匈牙利的Wohlfahrtiamagnifica的幼虫(Ll/57，Ll/58，Ll/68和L2/11)。结果被RNA第二等的结构和排列序列的最小的精力计算进一步证实。这研究建议这些线虫的非共生者phylogeographically由于阶段变化在某程度被分叉。因此，这些紧张不是主人依赖者，但是环境特定孤立。