简介:摘要目的探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱,为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据,根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组,每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析,应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络,筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法,通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分,根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果TCGA数据分析显示,AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因,其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调,451个基因表达下调。GO功能分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要与附属肢体发育、肢体发育、骨架系统发育等过程有关,而低表达基因则与异源物代谢、类固醇代谢、细胞对异生物刺激反应等代谢相关过程有关。KEGG通路分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要参与原发性免疫缺陷、神经活性配体-受体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用通路,而低表达基因主要与视黄醇代谢、化学致癌作用、类固醇激素的生物合成等通路相关。鉴定出1个预后相关特征基因集,该基因集包括AURKB、TTK、CENPA、UBE2C、HJURP、KIF15,其高表达与HCC患者的无复发生存和总生存有关,且特征基因集富集分数与AFP表达呈正相关(r=0.475,P<0.001)。RNAseq数据验证结果与TCGA数据分析结果基本一致。RT-qPCR检测结果显示,特征基因集中AURKB、KIF15和UBE2C在AFP高表达HCC组织中显著高表达,其表达虽然与HCC患者的无病生存、总生存无关,但AFP低表达组患者的无病生存曲线和总生存曲线均在AFP高表达组患者之上。结论AFP高表达和AFP低表达HCC在基因表达谱上存在较大差异。筛选出的特征基因集可能协同AFP共同促进HCC的发生发展,其对解释不同水平AFP HCC的作用机制有一定作用,并为HCC的预后判断提供了新的思路和依据。
简介:摘要目的探索可能影响肾脏衰老的相关基因,并验证时钟基因Arntl在衰老肾脏中的表达变化。方法通过全转录组测序鉴定C57BL/6雄性24月龄小鼠(衰老组)和3月龄小鼠(年轻组)的差异表达基因,并通过生物信息学方法分析其所富集的生物学通路及关键蛋白。应用实时荧光定量PCR和Western印迹验证Arntl的mRNA及蛋白表达量。结果(1)全转录组测序结果显示在C57BL/6衰老组小鼠及年轻组小鼠中共筛选出119个显著差异表达基因。差异表达基因主要富集于节律过程、昼夜节律、基因表达的昼夜调控等生物学过程(均P<0.001)。蛋白质互作网络分析结果显示,Nfil3、Hspa8、Arntl、Hlf、Rorc、Per3、Npas2等是差异表达基因中的关键蛋白。时钟基因Arntl、Nfil3、Npas2、Per3在衰老组及年轻组小鼠之间的mRNA表达差异(均P<0.05)与测序结果一致。(2)相较于C57BL/6年轻组小鼠和SAMR1快速老化小鼠,Arntl蛋白表达量在衰老组小鼠和SAMP8快速老化小鼠肾脏组织中均有下降趋势。结论时钟基因及其参与的昼夜节律生物学通路可能在肾脏衰老过程中发挥重要作用。Arntl在衰老肾脏中表达量有下降趋势。
简介:摘要目的通过构建过表达IL-35的慢病毒载体,转染鼻咽癌细胞,建立稳定表达IL-35的鼻咽癌细胞株,为进一步研究IL-35对鼻咽癌细胞的影响奠定基础。方法根据GenBank中的EBI3和IL-l2p35基因序列,设计引物克隆EBI3和IL-l2p35基因。PCR产物和pLVX-IRES-ZsGreenl质粒(命名为H145)经过经酶切、转化、筛选、测序鉴定等后获得重组质粒pLVX-mIL-35-IRES-ZsGreenl,命名为H11864。将重组质粒H11864和H145经过慢病毒包装后转染HEK-293T细胞,收取病毒浓缩液并检测其滴度。用病毒浓缩液感染CNE细胞,用Real-time PCR和ELISA检测IL-35的表达情况。检测IL-35过表达对鼻咽癌细胞增殖能力的影响。结果测序结果显示,本研究成功构建重组质粒pLVX-mIL-35-IRES-ZsGreenl。pCDH-GFP组及pCDH-IL-35-GFP组的慢病毒滴度分别为5.10×108 TU·ml-1和1.03×109 TU·ml-1。Real-time PCR检测结果显示,与CNE-H11864(4 626 159.23±246 221.40)相比,CNE-H145(1.22±0.77)和CNE(0.80±0.65)中IL-35的mRNA表达量显著较低(均P<0.01)。ELISA检测显示,CNE-H11864中IL-35的蛋白含量为344.84 pg/ml,与CNE-H145的33.00 pg/ml相比,显著增高(P<0.01)。CCK-8检测结果表明,与空白组和质粒对照组相比,CNE-H11864组在转染72 h后吸光度值明显升高(均P<0.05),并且在96 h进一步升高(均P<0.01)。结论本研究成功构建稳定表达IL-35的鼻咽癌细胞株,IL-35蛋白能够促进人鼻咽癌细胞的增殖能力。
简介:摘要目的探讨驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)在人表皮生长因子受体2(HER2)过表达型乳腺癌中的表达和临床意义。方法回顾性分析82例HER2过表达型乳腺癌病例的临床病理特征资料。用免疫组织化学的方法检测组织中KIF20A的表达,分析HER2过表达型乳腺癌中KIF20A的表达及与临床病理特征的关系。通过生物信息学的方法分析KIF20A在HER2过表达型乳腺癌组织及癌旁正常组织中的mRNA水平,并分析其表达与患者的生存率间的关系。结果KIF20A的阳性表达在胞核,成棕黄色颗粒。在HER2过表达型乳腺癌组织中,KIF20A阳性高表达率为57.3%,而在癌旁组织中主要是低表达或无表达。KIF20A高表达与肿瘤大小和pTNM分期显著相关,而与年龄和肿瘤分级的相关性无统计学意义。生物信息学分析结果提示侵袭性乳腺癌中KIF20A高表达与不良的无疾病生存期显著相关。结论KIF20A在HER2过表达型乳腺癌中存在异常表达,与HER2过表达型乳腺癌肿瘤分级和pTNM分期相关,并且KIF20A高表达提示预后不良。
简介:摘要目的通过对创伤性脑损伤(TBI)后脑组织的基因表达谱数据进行权重基因共表达网络分析(WGCNA),筛选具有重要意义的基因集,并明确其涉及的功能及信号通路,为TBI的机制研究和治疗提供参考。方法在基因表达数据库(GEO)中下载大鼠TBI基因表达谱数据GSE2871,将全部47个大鼠脑组织样本的8 799个基因的表达情况进行WGCNA分析;计算选择β加权软阈值后,对全部基因构建无向加权基因网络,识别具有高度绝对相关性的基因集;从数据库中获取样本信息并计算样本特征与模块间的相关性,选取与损伤程度及取样部位相关的模块进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,从而获悉上述关键模块中基因涉及的生物学过程和通路;计算关键模块内基因的模块相关度和性状相关度,进而遴选关键模块中的核心基因。结果将GSE2871表达谱数据库中的所有大鼠脑组织样本和基因纳入WGCNA,共得出22个模块,分别标记为模块A~V。其中模块E、G、T、U与取样部位显著相关,模块E和模块G同时与损伤程度显著相关;GO分析和KEGG通路分析提示,与损伤程度和取样部位均显著相关的模块E、G中的基因主要参与白细胞迁移、细胞趋化及各种免疫反应调控等相关生物学过程,涉及抗原处理与呈递、细胞因子-细胞因子受体相互作用及白细胞介素(IL)-17信号等信号通路。与取样部位显著相关的模块T、U主要参与低氧反应、细胞代谢、细胞膜离子通道调控和信号传导等生物学过程,涉及神经退行性疾病信号通路、核糖体、自噬、神经活性的配体-受体相互作用等信号通路;Tuba1b/1c、Ifitm3、Cebpd、Nfkbia、Serinc3、Pmpcb、Cyp4a8等为上述关键模块的核心基因。结论与大鼠TBI显著相关的基因主要参与免疫激活、炎症反应、能量代谢异常、钙离子通道失调、自噬异常及细胞凋亡等病理生理环节。
简介:摘要目的探讨非小细胞肺癌(NSCLC)患者外周血中微小RNA(miR)-25表达水平与病灶内癌基因表达变化的相关性。方法选择海南省人民医院2018年3月至2020年12月期间NSCLC患者为NSCLC组,以同期健康志愿者作为对照组,测定外周血中miR-25的表达水平以及肺癌组织、癌旁组织中miR-25、抑癌基因、增殖侵袭基因的表达水平,应用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测肺癌细胞株和正常肺上皮细胞BEAS-2B中的miR-25表达水平。不同组间计量资料的分析采用独立样本t检验。相关分析采用Pearson检验。结果NSCLC组患者外周血中miR-25的表达水平高于对照组(1.88±0.24比1.03±0.14,t=22.432,P<0.05),肺癌病灶内miR-25的表达水平高于癌旁病灶(2.19±0.32比1.05±0.17,t=21.797,P<0.05)且NSCLC组患者外周血中miR-25的表达水平与肺癌病灶内miR-25的表达水平呈正相关(r=0.641、P<0.01)。miR-25在NSCLC细胞株中的表达量高于正常人肺上皮细胞(2.05±0.35比1.01±0.15,t=15.237,P<0.05);肺癌病灶内Krüppel样因子4(KLF4)、B细胞易位基因2(BTG2)、含F-框及WD重复域蛋白7(FBXW7)、Kazal基序逆向诱导半胱氨酸丰富蛋白(RECK)的mRNA表达量水平均低于癌旁病灶(分别0.44±0.08比1.04±0.17、0.64±0.07比1.01±0.15、0.59±0.08比0.98±0.13、0.48±0.06比1.02±0.14,t=22.407、15.681、18.053、24.827,P<0.05)且与外周血中miR-25的表达水平呈负相关(r=-0.574、-0.625、-0.512、-0.663,P<0.05)。肺癌病灶内细胞周期蛋白(Cyclin) D1、c-Myc、N-钙黏蛋白(N-cadherin)、基质金属蛋白酶(MMP)-2、MMP-9的mRNA表达量水平均高于癌旁病灶(分别2.33±0.32比0.97±0.14、1.93±0.24比1.04±0.18、2.08±0.28比0.99±0.11、2.27±0.31比1.02±0.15、2.55±0.38比1.03±0.17,t=28.771、21.567、26.832、26.756、26.966,P<0.05)且与外周血中miR-25的表达水平呈正相关(r=0.564、0.692、0.503、0.672、0.485,P<0.05)。结论NSCLC患者外周血中miR-25的高表达与抑癌基因表达下调、增殖侵袭基因表达上调密切相关,NSCLC细胞株中的miR-25的表达也高于正常肺上皮细胞。
简介:摘要目的寻找与肠正常黏膜(NOR)到结直肠腺瘤(CRA)再到结直肠癌(CRC)的进展密切相关的基因。方法利用数据集GSE37364(包括38例NOR,29例CRA及27例CRC)构建加权基因共表达网络分析(WGCNA),选择软阈值为10确保基因无尺度网络分布,构建关系矩阵转换为邻接矩阵,进一步构建拓扑重叠矩阵鉴定与疾病进展相关的基因模块并寻找其枢纽(Hub)基因。对Hub基因在数据集GSE20916中进行单因素方差分析及组间t检验,数据集GSE14333中进行t检验,以确认Hub基因与疾病进展的相关性。结果筛选出1 858个差异表达基因进行分析,确定一个重要的基因模块(黄色模块)和该模块中的4个Hub基因:抑制素βA(INHBA)、趋化因子配体8(CXCL8)、趋化因子配体1(CXCL1)、CCAAT增强子结合蛋白(CEBPB),进一步线性回归分析发现INHBA与疾病进展高度相关(R2=0.793)。基因富集分析表明,该模块中的INHBA主要参与细胞增殖的调控。在GSE20916数据集中进行分析,INHBA在NOR、CRA、CRC中表达分别为2.732±0.1441、2.81±0.1347、2.946±0.1603,INHBA表达与NOR至CRA再至CRC的进展密切相关(F=16.99,P<0.0001),在CRA及CRC表达均高于NOR(P<0.05),在CRC中表达高于CRA中表达(P<0.01)。在数据集GSE14333中,INHBA表达在Dukes分期A、B、C、D期CRC中表达分别为9.658±1.349、10.32±1.105、10.56±1.234、10.26±1.26,Dukes分期B、C、D中INHBA表达均高于Dukes分期A期CRC,差异有统计学意义(P<0.05),在B、C、D期中表达差异无统计学意义。结论通过共表达分析发现INHBA可能通过调节细胞增殖与NOR、CRA和CRC的进展有关。
简介:摘要目的探讨非小细胞肺癌(NSCLC)组织中含Sushi重复蛋白X连锁2(SRPX2)蛋白的表达及与磷酸化RAS/MAPK信号通路活化蛋白(pERK1/2)表达的关系。方法选取温州医科大学附属第一医院病理科收集的84例NSCLC癌组织标本、42例癌旁组织标本,采用免疫组化染色检测两组标本中的SRPX2蛋白表达,采用Western blot检测两组标本中的SRPX2、pERK1/2蛋白表达,并分析二者的相关性。结果NSCLC组织中的SRPX2蛋白阳性表达率(60.71%)显著高于癌旁组织(21.43%),差异具有统计学意义(P<0.05);在不同TNM分期、是否发生淋巴结转移的NSCLC组织中的SRPX2蛋白阳性表达率比较,差异具有统计学意义(P<0.05);不同年龄、性别、肿瘤长径、肿瘤分化的NSCLC患者SRPX2蛋白阳性表达率差异无统计学意义(P>0.05);NSCLC组织中的SRPX2、pERK1/2蛋白相对表达量均高于癌旁组织(P<0.05);NSCLC组织中的SRPX2、pERK1/2蛋白相对表达量呈正相关(r=0.559,P<0.05)。结论NSCLC组织中的SRPX2蛋白表达显著增强,并且与肿瘤的发生发展及MAPK信号通路蛋白pERK1/2的表达具有显著的相关性。
简介:摘要目的探讨非小细胞肺癌(NSCLC)组织中含Sushi重复蛋白X连锁2(SRPX2)蛋白的表达及与磷酸化RAS/MAPK信号通路活化蛋白(pERK1/2)表达的关系。方法选取温州医科大学附属第一医院病理科收集的84例NSCLC癌组织标本、42例癌旁组织标本,采用免疫组化染色检测两组标本中的SRPX2蛋白表达,采用Western blot检测两组标本中的SRPX2、pERK1/2蛋白表达,并分析二者的相关性。结果NSCLC组织中的SRPX2蛋白阳性表达率(60.71%)显著高于癌旁组织(21.43%),差异具有统计学意义(P<0.05);在不同TNM分期、是否发生淋巴结转移的NSCLC组织中的SRPX2蛋白阳性表达率比较,差异具有统计学意义(P<0.05);不同年龄、性别、肿瘤长径、肿瘤分化的NSCLC患者SRPX2蛋白阳性表达率差异无统计学意义(P>0.05);NSCLC组织中的SRPX2、pERK1/2蛋白相对表达量均高于癌旁组织(P<0.05);NSCLC组织中的SRPX2、pERK1/2蛋白相对表达量呈正相关(r=0.559,P<0.05)。结论NSCLC组织中的SRPX2蛋白表达显著增强,并且与肿瘤的发生发展及MAPK信号通路蛋白pERK1/2的表达具有显著的相关性。
简介:摘要中国儿科各专业全面发展,不仅在常见病多发病诊断与治疗方面已具备比较娴熟的技能,诊断与治疗部分遗传代谢性罕见病、原发性免疫缺陷病的能力也有所提高。但在临床上仍然有持续多年的、或争论不休的儿科某些常见体征描述上的不规范和不统一,如“前囟闭合延迟”“乳牙萌出延迟”“下肢弯曲”“拇指内收”等,希望将来发表文章、教材编写、临床应用时正确描述,以体现儿科学术严谨风气。
简介:摘要目的了解SARS-CoV-2受体血管紧张素转化酶2(angiotensin-converting enzyme 2,ACE2)在小鼠呼吸道及口腔(包括舌头和颊黏膜上皮)的分布。方法利用单细胞公共数据库和最新的单细胞RNASeq技术,对小鼠气管,肺脏进行单细胞数据可视化分析,对颊黏膜上皮进行重新聚类分析。结果小鼠肺脏少量II型肺泡上皮细胞(AT2)表达ACE2,与人体相似,气管中各类型细胞散在表达ACE2,在小鼠舌头的角质形成细胞(41.74%)表达ACE2,在小鼠的分化期口腔颊黏膜上皮细胞中表达ACE2,并且与肺脏ACE2+ AT2相同,也表达病毒进程相关基因,部分基因呈现特异性表达。结论冠状病毒可能定植于口腔中,并通过舌头黏膜等口腔器官分泌物进行传播。
简介:摘要目的探讨旋转刺激对上皮钠通道α亚基(α-ENaC)蛋白在大鼠内耳不同部位表达分布的影响。方法以12只SD大鼠为实验对象,按照实验设计分为对照组和实验组,每组6只。对照组不作任何处理;实验组旋转刺激后采用免疫组化染色观察α-ENaC蛋白在其内耳不同部位的表达变化。结果旋转刺激后,实验组α-ENaC蛋白在大鼠耳蜗血管纹、螺旋神经节神经元胞体、周围卫星细胞的表达较对照组有所增加,在前庭部位的椭圆囊斑上皮和基质细胞及前庭神经节的神经元胞体中的表达也有所增加,在半规管壶腹嵴上皮和基质细胞中的分布有所减少,而在耳蜗螺旋韧带和赖斯纳氏膜、前庭部位的球囊斑上皮和基质细胞以及半规管上皮细胞中的分布基本不变。结论α-ENaC蛋白在大鼠内耳中广泛表达,且旋转刺激后在不同部位的表达变化存在差异;ENaC可能通过对内耳内淋巴平衡和前庭觉的调控参与运动病的发生。
简介:摘要目的通过沉默人永生化角质形成细胞HaCaT细胞中nicastrin(NCSTN)基因的表达,研究其下游细胞增殖及分化相关信号通路的改变。方法将HaCaT细胞分为干扰组、阴性对照组和空白对照组:干扰组转染特异性NCSTN-siRNA,阴性对照组转染阴性对照siRNA,空白对照组转染等量转染试剂。实时PCR及Western印迹检测各组NCSTN mRNA和蛋白表达验证转染效率。运用Agilent人类全基因组表达谱芯片技术研究干扰组HaCaT细胞基因表达谱与阴性对照组之间的差异,以表达上调或者下调倍数≥ 2.0且P ≤ 0.05为标准,将差异基因用GO分析进行富集,筛选出表达差异显著且与角质形成细胞增生分化相关的基因,用实时PCR验证结果。结果干扰组HaCaT细胞NCSTN mRNA及蛋白相对表达量分别为0.287 ± 0.090、0.443 ± 0.085,明显低于阴性对照组(0.969 ± 0.127、1.047 ± 0.114)以及空白对照组(1.000 ± 0.151、1.000 ± 0.111),差异均有统计学意义(F值分别为30.787、31.139,P值均为0.001)。表达谱芯片显示,与阴性对照组相比,干扰组表达下调基因605条,上调基因444条。GO分析显示,干扰后差异表达基因富集到上皮发育、上皮细胞分化、角质形成细胞分化、角化4种生物学过程。对表达差异显著且与角质形成细胞增生分化相关的Sprouty相关蛋白2基因、表皮生长因子7基因、胰岛素样生长因子结合蛋白5基因、人Rho关联含卷曲螺旋蛋白激酶2基因和骨形成发生蛋白6基因通过实时PCR验证,验证结果与芯片结果显示的差异趋势一致。结论NCSTN基因功能缺失有可能通过调节其下游细胞增殖及分化相关信号通路的表达,影响角质形成细胞的正常增殖和分化。
简介:摘要目的探索蛋白质二硫键异构酶(PDI)A3(protein disulfide isomerase A3,PDIA3)在肝细胞肝癌组织中表达的临床意义和PDIA3对肝癌细胞中IL6、IL17表达的影响。方法用免疫组化检测88例肝癌患者组织及其癌旁组织标本中PDIA3的表达情况。将HepG2细胞分为实验组和对照组,实验组细胞转染PDIA3-siRNA质粒,对照组细胞转染MOCK-siRNA质粒,荧光定量PCR检测各组细胞PDIA3 mRNA含量,蛋白质印迹法(Western blot)检测各组细胞的PDIA3、IL6、IL17表达情况,CCK8检测各组细胞的增殖能力。结果肝癌患者组织PDIA3阳性率为85.22%(75/88),癌旁组织组织中表达率为6.81%(6/88),PDIA3在肝癌组织中的表达率显著高于癌旁组织,差异具有统计学意义(P<0.001)。转染siRNA后,实验组和对照组HepG2细胞中PDIA3 mRNA表达量分别为1.23±0.20和0.43±0.12,PDIA3蛋白表达量分别为1.19±0.11和0.23±0.08,IL6表达量分别为1.11±0.15和0.57±0.09,IL17表达量分别为1.19±0.14和0.45±0.08,IL6、IL17的表达显著下降(均P<0.05);实验组和对照组HepG2细胞CCK8实验120 h的吸光度分别为2.28±0.10和1.11±0.09,实验组细胞增殖能力明显下降(P<0.05)。结论PDIA3在肝细胞肝癌中表达明显升高,可能与肝癌的恶性程度相关;且PDIA3通过调控IL6、IL17的表达影响肝细胞肝癌细胞的增殖能力。
简介:摘要目的建立猪带绦虫(Ts)14-3-3.2原核表达系统,并观察Ts14-3-3.2蛋白在Ts成虫和囊尾蚴中的表达情况。方法在遵义医科大学寄生虫学教研室前期获得Ts14-3-3.2基因序列的基础上,采用基于PCR的精确合成(PAS)方法全基因合成Ts14-3-3.2基因,经限制性内切酶NdeⅠ和XbaⅠ双酶切后连接质粒pCzn1,构建重组质粒pCzn1-Ts14-3-3.2。将重组质粒转化至大肠埃希菌ArcticExpress感受态细胞中诱导表达,采用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和考马斯亮蓝染色分析和鉴定表达产物,通过镍(Ni)柱亲和纯化获得纯化Ts14-3-3.2重组蛋白。采用该纯化重组蛋白免疫新西兰大白兔,制备Ts14-3-3.2重组蛋白多克隆抗体,采用免疫印迹法(Western blot)检测Ts14-3-3.2蛋白在Ts成虫和囊尾蚴中的表达情况。结果成功构建重组质粒pCzn1-Ts14-3-3.2,诱导表达后菌体上清液和沉淀均在相对分子质量约29.31 × 103处出现Ts14-3-3.2目的蛋白条带。纯化后带有His标签的Ts14-3-3.2重组蛋白能被抗His单克隆抗体识别,获得效价为1∶512 000的Ts14-3-3.2重组蛋白多克隆抗体。Western blot结果显示,Ts14-3-3.2蛋白在Ts成虫和囊尾蚴中均有表达。结论成功建立Ts14-3-3.2原核表达系统,获得了高纯度、高效价的Ts14-3-3.2重组蛋白多克隆抗体。Ts14-3-3.2蛋白在Ts成虫和囊尾蚴阶段均有表达。