简介:摘要目的建立同时检测疱疹病毒(human herpesvirus, HHV)-6A、B和核糖核酸酶P/MRP 30 kDa亚基(RPP30)的三重芯片式数字PCR(chip digital PCR,cdPCR)方法确定HHV-6A与HHV-6B感染的病毒载量,及高病毒载量的HHV-6是否由病毒整合到染色体导致。方法根据已建立的HHV-6A、HHV-6B实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR, RT-qPCR)方法,建立HHV-6三重cdPCR方法。分别使用HHV-6A、HHV-6B病毒培养物进行敏感性检测,并与其他疱疹病毒进行特异性检测。随后,使用127份全血样本进行三重cdPCR方法验证。结果HHV-6 cdPCR与RT-qPCR方法检测结果的相关性良好(R2>0.97),且与其他疱疹病毒无交叉反应。对经RT-qPCR与cdPCR检测均为阳性的14份样本,经三重cdPCR方法检测,得到HHV-6A和HHV-6B的最低检测病毒载量分别为50拷贝/ml和105拷贝/ml。并且14份样本中HHV-6病毒载量与(RPP30拷贝数/2)的比值均小于1。结论建立的三重cdPCR具有较好的敏感性和特异性,且HHV-6三重cdPCR方法可以定量检测HHV-6A、HHV-6B的病毒载量以及RPP30的拷贝数。通过检测样本中HHV-6病毒载量与(RPP30拷贝数/2)的比值,可以确定高病毒载量的HHV-6是否存在染色体整合。
简介:摘要目的了解人鼻病毒(human rhinovirus,HRV)在成人住院肺炎患者中的检出率及基因特征。方法采集2021年9~12月安徽蚌埠某医院住院肺炎患者咽拭子,以实时荧光定量PCR方法进行14种常见呼吸道病原体检测。巢式PCR法扩增HRV阳性样本的VP4/VP2编码区基因,扩增产物测序。使用MEGA7.0软件构建HRV-VP4/VP2基因序列系统发育树。结果共采集住院肺炎患者咽拭子146份,其中检出阳性样本52份,检出率为35.62%(52/146),HRV、腺病毒、冠状病毒OC43和乙型流感病毒检出率位居前四位。HRV共检出23例,占检出病毒样本的44.23%(23/52),其中HRV混合感染有9例(39.13%,9/23);结合临床数据分析,HRV混合感染组白细胞、中性粒细胞计数、合并高血压、糖尿病、辅助通气比例以及不良预后比例均高于单一感染组(P<0.05)。系统发育树结果显示本研究的HRV感染主要以A组与B组为主。结论HRV是2021年安徽蚌埠秋冬季成人肺炎患者中最常见的病原体,其中HRV-A与HRV-B为优势株。HRV与其他呼吸道病毒混合感染易出现在合并高血压和糖尿病的患者,临床治疗中更需要辅助通气,易出现不良预后。
简介:摘要目的分析厦门市一起境外输入新型冠状病毒肺炎疫情及传播特点,为制定入境人员防控策略提供科学依据。方法采集11月19日俄罗斯航班入境人员鼻咽拭子及血清,检测新型冠状病毒核酸和相关抗体。对核酸检测阳性的病例和无症状感染者进行个案调查。4例进行全基因组核酸测序。根据核酸和抗体检出先后,以及病例在飞机上的座次分析其机舱内传播风险。结果同一架次飞机输入8例确诊病例和1例无症状感染者。9例病例均自俄罗斯乘机回国。2020年11月21日,3例核酸检测阳性;11月22日,4例核酸阳性;11月25日和26日,分别检出一例核酸阳性。3例获得全基因组序列,1例获得85%序列。根据流行病学、病毒基因组进化特点、核酸和抗体检测结果,以及病例座次存在聚集,飞机机舱内存在聚集传播风险。结论此为1起入境人员机舱内暴发疫情,存在机舱内传播风险。厦门市对境外输入人员采取全链条闭环管控,及时有效发现输入病例,遏制疫情传播扩散,为国内经飞机输入病例发现和处置提供了借鉴。