简介:摘要目的建立柯萨奇病毒B4型病毒的分离方法,并对已分离到的江苏地方株进行基因进化分析。方法使用荧光定量PCR方法检测江苏省哨点医院收治的呼吸道感染患者咽拭子样本中肠道病毒感染情况,使用HeLa细胞对阳性样本进行病毒分离,然后进行VP4基因测序与进化树分析。结果荧光定量PCR检测肠道病毒阳性12例,1份样本经病毒分离后呈现细胞病变效应,RT-PCR扩增出特异性的VP4基因,测序显示该病毒株与其他20株CVB4病毒株的VP4核苷酸同源性都在86.56%~93.59%之间,确诊为CVB4江苏地方株。进化树分析显示,该病毒株只与CVB4病毒KY369904株形成一个聚簇。结论本研究采用HeLa细胞分离与鉴定到了1株肠道病毒,VP4基因进化分析判断为CVB4江苏地方株,对预防与控制当地的肠道病毒感染具有重要价值。
简介:摘要目的建立指环病毒7型(TTV7)、8型(TTV8)、10型(TTV10)实时荧光定量PCR检测体系并进行临床验证。方法本研究根据GenBank已发布的TTV7、TTV8、TTV10基因序列设计特异性引物,构建重组质粒pMD19-T-TTV7、pMD19-T-TTV8、pMD19-T-TTV10,以其作为阳性标准品建立了基于FAM-Eclipse探针法的实时荧光定量PCR检测,并进行特异性、敏感性试验与临床样本检测。结果TTV7、TTV8、TTV10的实时荧光定量PCR检测体系标准曲线方程分别为y=-0.340 2x+114.780 0、y=-0.351 1x+114.940 0、y=-0.348 9x+115.020 0,相关系数都在0.99以上,与其他病毒无交叉反应,检测敏感性分别为108拷贝/μl、84拷贝/μl、98拷贝/μl。在临床小儿血清样本中的检测阳性率分别为10.9%、2.1%和4.3%。结论本研究建立的TTV7、TTV8、TTV10实时荧光定量PCR检测体系具有特异性强、灵敏性高等特点,可为临床血清样本TTV检测提供一个快速手段。
简介:摘要目的建立同时检测疱疹病毒(human herpesvirus, HHV)-6A、B和核糖核酸酶P/MRP 30 kDa亚基(RPP30)的三重芯片式数字PCR(chip digital PCR,cdPCR)方法确定HHV-6A与HHV-6B感染的病毒载量,及高病毒载量的HHV-6是否由病毒整合到染色体导致。方法根据已建立的HHV-6A、HHV-6B实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR, RT-qPCR)方法,建立HHV-6三重cdPCR方法。分别使用HHV-6A、HHV-6B病毒培养物进行敏感性检测,并与其他疱疹病毒进行特异性检测。随后,使用127份全血样本进行三重cdPCR方法验证。结果HHV-6 cdPCR与RT-qPCR方法检测结果的相关性良好(R2>0.97),且与其他疱疹病毒无交叉反应。对经RT-qPCR与cdPCR检测均为阳性的14份样本,经三重cdPCR方法检测,得到HHV-6A和HHV-6B的最低检测病毒载量分别为50拷贝/ml和105拷贝/ml。并且14份样本中HHV-6病毒载量与(RPP30拷贝数/2)的比值均小于1。结论建立的三重cdPCR具有较好的敏感性和特异性,且HHV-6三重cdPCR方法可以定量检测HHV-6A、HHV-6B的病毒载量以及RPP30的拷贝数。通过检测样本中HHV-6病毒载量与(RPP30拷贝数/2)的比值,可以确定高病毒载量的HHV-6是否存在染色体整合。
简介:摘要目的总结生物安全二级(bio-safety level 2,BSL-2)实验室开展新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)核酸检测过程中的生物安全管理经验与效果。方法检测样本来源于2020年2月21日到2020年11月5日送达中国疾控中心病毒病预防控制所病毒资源中心科室的人体咽拭子、鼻拭子、痰液、尿液、便液等。在遵循常规生物安全管理要求的基础上,在检测过程中积极进行人员、岗位、标本、过程、安全巡视等生物安全管理。结果共开展了27 692人次样本的SARS-CoV-2核酸检测,平均每天检测(2.32±0.11)批样本,每批平均检测(87.22±6.83)件样本,BSL-2实验室平均每天工作时间(3.43±0.23) h。在检测过程中未出现任何生物安全问题。结论BSL-2实验室在长时间的SARS-CoV-2核酸检测过程中,要积极从多方面加强生物安全管理,从而保障检测工作安全有序进行。
简介:摘要目的青岛地区2020年儿童肺炎住院患者人鼻病毒(human rhinovims,HRV)的分离与鉴定,为儿童肺炎的预防提供科学数据。方法收集2020年儿童肺炎住院患者的咽拭子样本,共计98份。应用荧光定量RT-PCR方法进行常见呼吸道病毒筛查,鉴定出HRV阳性的样本接种于H1-HeLa细胞,观察细胞病变。荧光定量RT-PCR鉴定后,扩增HRV-VP4/VP2基因并测序,使用MEGA软件构建系统进化树和同源性分析。结果98例肺炎住院患儿咽拭子样本中HRV阳性11例。接种H1-HeLa细胞,两份样本出现典型的细胞病变。经荧光定量RT-PCR鉴定为HRV病毒。VP4/VP2基因测序结果显示,分离的2株毒株的血清型分别为HRV-A28和HRV-A58。HRV-A28分离株与2011年新加坡参考株、2017年突尼斯参考株和2017年肯尼亚的参考株遗传距离较近,同属一个小分支。HRV-A58分离株与2009澳大利亚、2011年委内瑞拉、2011蒙古和2014年的美国的参考株的遗传距离较近,同属一个小分支。结论本研究首次在青岛地区的儿童肺炎患者咽拭子中分离出HRV-A28和HRV-A58毒株。
简介:摘要目的了解2020年冬季青岛地区上呼吸道感染患者的人鼻病毒(human rhinovirus,HRV)流行状况和基因分型特征。方法采集青岛地区101例上呼吸道感染患者的咽拭子样本,提取核酸,应用荧光定量PCR方法进行15种常见呼吸道病毒的检测。对检测出HRV阳性的样本,应用RT-PCR方法扩增HRV VP4/VP2区并测序,对测序所获得的序列进行系统进化树和同源性分析。结果101例上呼吸道感染患者样本中,涉及6种常见病毒。检出1种病毒感染的样本34例(34/101,33.66%),检出混合病毒感染的样本2例(2/101,1.98%)。其中HRV的检出率最高,为21.78%(22/101)。扩增出20条HRV VP4/VP2区序列,分别为HRV-A组16株和HRV-C组4株,共涉及14种血清型。结论鼻病毒是2020年冬季青岛地区上呼吸道感染患者主要的病毒性病原之一,且以A组HRV感染为主。