简介:摘要目的采用液质联用的血液代谢组学技术研究三妙丸对类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)模型大鼠的抗炎作用及机制。方法将大鼠根据体重随机分成空白组、模型组和给药组,每组8只。模型组和给药组大鼠采用臀部多点注射完全弗氏佐剂0.1 ml制备RA大鼠模型。实验第7天开始给药,给药组大鼠灌胃三妙丸溶液0.054 g/ml,按1 ml/100 g大鼠体重灌胃,连续给药7 d。分别于实验第1、14天测定各组大鼠足肿胀程度。末次给药后代谢48 h,采集血液样本进行代谢指纹图谱分析。对非靶向的轮廓质谱数据(Continuum模式)采用无监督的主成分分析处理,通过降维处理后明确RA大鼠与健康大鼠的最大代谢差异,在通过有监督的模式识别分析筛选和锁定差异离子,最终通过权威的代谢组学数据库HMDB等及自动化的分析软件进行结构鉴定和相关代谢通路分析。结果与模型组比较,给药组大鼠足肿胀度[(2.01±0.19)ml比(2.27±0.30)ml]减轻(P<0.01)。给药组大鼠的代谢轮廓主要分布在空白组和模型组间,表明三妙丸对RA模型大鼠有一定的干预作用,整体代谢水平向健康状态发展。通过聚焦分析得到20个与RA相关的血液生物标志物,主要涉及氨酰tRNA生物合成代谢,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,丙氨酸、天门冬氨酸和谷氨酸代谢,亚油酸代谢,花生四烯酸代谢等代谢通路。结论三妙丸对RA模型大鼠具有一定的干预作用,其作用机制可能与调节丙氨酸、天门冬氨酸和谷氨酸代谢等关键代谢酶及代谢通路有关。
简介:摘要目的分析芜湖市2014年首例人感染A(H7N9)禽流感病毒基因组特征。方法患者标本经Real-time RT-PCR检测A(H7N9)核酸阳性后送检中国国家流感中心分离毒株并进行全基因组测序,序列提交GenBank并Blast。运用生物信息学软件DNAStar Lasergene 7.1和MEGA7.0对该病毒基因组进行同源性、关键氨基酸位点突变及系统进化树分析。结果毒株命名为A/Wuhu/1/2014(H7N9),血凝素(hemagglutinin,HA)系统进化树分析属于W2-4分支,HA裂解位点为PEIPKGR↓G,对比高致病性疫苗株A/Guangdong/17SF003/2016(H7N9)缺失4个氨基酸KRTA插入序列。HA受体结合位点发生T160A、G186V和Q226L突变。神经氨酸酶(neuraminidase,NA)茎区69~73位缺失5个氨基酸QISNT。PB2出现L89V、M535L及E627K突变。PB1 I368V,PA V100A、K356R和S409N,NS1 P42S和N205S,NS2 T48A,M1 N30D和T215A均发生了位点突变。NA未发生E119V、R152K、H274Y和R292K突变,但M2出现了S31N突变。结论A/Wuhu/1/2014(H7N9)毒株来源为禽类,起源于长江三角洲地区,对人类受体有亲和力、不耐NA抑制剂、耐M2离子通道抑制剂以及对哺乳动物毒力和人类的适应性增强,属于低致病性A(H7N9)禽流感病毒。
简介:摘要目的探讨基于MR T1WI的最优影像组学机器学习模型及其预测软组织肉瘤分级的价值。方法回顾性分析2009年5月至2018年11月青岛大学附属医院113例软组织肉瘤患者的术前MR T1WI资料,采用随机分层抽样的方法将患者随机分为训练组(n=80)和验证组(n=33)。根据法国国家癌症研究中心(FNCLCC)系统将软组织肉瘤病理分级分为Ⅰ~Ⅲ三个级别。Ⅰ级为低级别,Ⅱ、Ⅲ级为高级别。训练组中18例为低级别、62例为高级别病变,验证组中7例低级别、26例高级别病变。图像进行标准化后,采用A.K软件对肿瘤感兴趣区进行特征提取,并基于不同特征选择方法(加入和不加入递归式特征消除)、机器学习算法(随机森林和支持向量机算法)和采样技术(不进行过采样、使用少数样本合成过采样技术、使用随机过采样技术),组合成12种机器学习算法组合,应用弃一法交叉验证进行验证,建立分类模型。采用受试者操作特征(ROC)曲线评价模型预测软组织肉瘤病理级别的效能。结果在12种机器学习算法建立的软组织肉瘤分级预测模型中,联合使用递归式特征消除和少数样本合成过采样技术的随机森林分类算法效能最佳,其在验证组中预测软组织肉瘤分级的ROC曲线下面积为0.909 (95%可信区间为0.808~1.000),准确率、灵敏度和特异度分别为84.85%、86.21%和75.00%。结论基于影像组学的机器学习方法在预测软组织肉瘤病理分级方面有较大的应用价值。
简介:摘要目的建立不同CT扫描时相图像鉴别非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)纵隔淋巴结的影像组学模型,并探讨不同模型的诊断效能。方法回顾性分析86例NSCLC患者的术前CT图像,所有患者均行平扫期、动脉期和静脉期CT扫描。选取231枚纵隔淋巴结为研究对象,将2015年1月—2017年6月入组的163枚淋巴结作为训练组,2017年7月—2018年6月入组的68枚淋巴结作为验证组。分别在三时相图像上勾画感兴趣区域(regions of interest,ROI),每个ROI提取841个影像特征,使用LASSO算法筛选特征,基于各时相CT影像组学特征和两不同时相CT影像组学特征的差值建立模型。比较不同模型的受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)下面积(AUC值)、敏感性、特异性、准确度、阳性预测值和阴性预测值的差异。结果共建立6个模型,其AUC值均>0.800。平扫期CT模型具有最优的鉴别效能,其训练组的AUC值、特异性、准确度、阳性预测值分别为0.926、0.860、0.871、0.906,验证组的AUC值、特异性、准确度、阳性预测值分别为0.925、0.769、0.882、0.870,均高于其他模型。平扫和静脉期CT图像联合动脉期CT图像之后,训练组的敏感性、阴性预测值分别从0.879、0.821和0.919、0.789提高到0.949、0.878和0.979、0.900。结论CT各时相影像组学模型均可用于辅助临床诊断淋巴结。平扫CT影像组学模型的AUC值最高,而联合动脉期CT图像可提高模型的敏感度及阴性预测值。
简介:摘要目的对1例影像学检查提示长骨短小的胎儿进行全外显子组测序,为其产前诊断提供依据。方法收集胎儿的临床及影像学检查结果,采集羊水样本提取DNA,通过全外显子组测序结果筛选疑似致病变异,用Sanger测序进行家系验证。结果超声提示胎儿四肢短小,但未见其他明显异常。全外显子组测序提示胎儿携带SLC26A2基因两处未见报道的杂合性致病变异c.484G>T和c.1436dupA,分别源自其母亲和父亲。结论产前超声检查结合全外显子组测序诊断胎儿为骨发育不全2型。SLC26A2基因复合杂合变异为其致病原因,该结果为胎儿的产前诊断及其父母的再生育提供了依据。
简介:摘要目的探讨职业因素对钢铁工人颈动脉粥样硬化(CAS)的影响。方法采用病例对照研究方法,选取2017年2-6月经超声检查诊断为CAS的1 033名工人为病例组,选择同期体检的1 033名正常工人为对照组。收集工人基本情况、饮食情况、行为生活方式、血生化指标和职业史等。利用单因素和多因素logistic回归分析职业有害因素对CAS的影响,利用环境风险评分(ERS)评估多种职业有害因素对CAS的联合作用。结果高温、噪声、职业紧张、夜班天数增加罹患CAS的风险;随着高温、噪声、累积暴露量、职业紧张程度和夜班天数的增加,CAS的发生风险成上升趋势(趋势检验:χ2=37.53,P<0.01;χ2=16.98,P<0.01;χ2=13.93,P<0.01;χ2=5.59,P<0.05);与P20组比,调整协变量后,P40、P60、P80、P100组发生颈动脉危险分别为高温1.61(1.19~2.18)、1.69(1.25~2.30)、1.84(1.36~2.49)、2.43(1.77~3.34);噪声1.70(1.15~2.52)、1.68(1.20~2.35)、1.80(1.34~2.42)、2.23(1.53~3.26);职业紧张1.39(1.04~1.86)、1.41(1.06~1.89)、1.45(1.09~1.95)、1.48(1.10~1.98);夜班天数1.58(1.08~2.33)、1.66(1.12~2.47)、1.55(1.04~2.31)、1.76(1.17~2.64)。环境风险评分结果显示,随着ERS评分增加,患颈动脉硬化的风险增加(趋势检验χ2=51.61,P<0.01);RCS结果显示,钢铁工人ERS与CAS之间存在相关性(P<0.01),且呈线性关系(非线性检验P>0.05)。结论高温、噪声、职业紧张、夜班天数与CAS发生有关;ERS与钢铁工人CAS之间存在线性剂量-反应关系。
简介:摘要目的明确耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)临床主要流行株CC92克隆复合群(CC92)基因组中耐药基因和毒力基因的分布,并探讨CRAB耐药和毒力的分子特征。方法本研究共纳入2019年1~7月自首都医科大学附属北京地坛医院检验科分离的33株CRAB分离株,行细菌全基因组测序研究。利用CLC Genomics Workbench v10.0软件对全基因组测序数据进行序列的质量修整后,开展序列拼接、组装与注释,并进行耐药基因与毒力基因研究,分析CC92克隆复合群CRAB基因组中携带的耐药基因和毒力基因的分布。结果基因组测序数据分析表明,33株CRAB菌株中30株为CC92型克隆复合群(包括ST195、ST208、ST369和ST540),2株为ST229型,1株为国际上未报道新序列型别。以上CRAB中包括大量的耐药基因,包括大环内酯类、四环素和链霉素耐药基因在内的8~18个耐药基因,以及包括编码与侵袭和黏附等毒力功能相关的12种毒力基因。同时,本研究发现CC92克隆复合群,除携带碳青霉烯类耐药基因以外,还携带了其他非CC92克隆群不具备的耐药基因(如blaOXA-66和blaTEM-1D)和毒力基因(如bauA和bap基因)。此外,在CC92克隆复合群中可能存在大环内脂类耐药基因[msr(E)和mph(E)]、氨基糖苷类的耐药基因(armA)、链霉素耐药基因(strA、strB)与四环素耐药基因[tet(B)]的重组。结论CC92克隆复合群的CRAB基因组存在大量耐药基因和毒力基因,且存在耐药基因重组现象,迫切需要对CRAB进一步开展全基因组水平监测,为临床病原诊断和治疗提供必要的依据。
简介:摘要目的研究丙型肝炎不同分期肝纤维化患者血清中N-聚糖丰度变化,依此建立丙型肝炎肝纤维化诊断N-糖组模型并评估其临床应用价值。方法纳入169例丙型肝炎肝纤维化患者资料,采用基于DNA测序仪的荧光标记糖电泳技术,检测和分析患者血清中9种N-聚糖。基于肝纤维化各期N-聚糖相对含量变化,应用二元Logistics回归方法建立诊断模型,采用受试者操作特征曲线等评价其诊断效力,并与其他肝纤维化诊断模型比较。结果N-糖组诊断模型(模型B和模型C)在区分纤维化S1~S2与S3~S4和S1~S3与S4受试者操作特征曲线下面积最大(受试者操作特征曲线下面积= 0.776,0.827),高于GlycoFibroTest (受试者操作特征曲线下面积= 0.760,0.807)、GlycoCirrhoTest(受试者操作特征曲线下面积= 0.722,0.787)、天冬氨酸转氨酶与血小板的比值指数(受试者操作特征曲线下面积= 0.755,0.751)、肝纤维化4项指数(受试者操作特征曲线下面积= 0.730,0.774)和S指数(受试者操作特征曲线下面积= 0.707,0.744),但模型A(受试者操作特征曲线下面积= 0.752)在区分纤维化S1与S2~S4时诊断效力仅低于天冬氨酸转氨酶与血小板的比值指数(受试者操作特征曲线下面积= 0.807)。当N-糖组模型与天冬氨酸转氨酶与血小板的比值指数联合诊断各期肝纤维化时,受试者工作特征曲线下面积(模型A、模型B和模型C)为0.839、0.825和0.837,提高了诊断效力。结论血清N-糖组模型诊断丙型肝炎肝纤维化具有潜在临床应用价值。
简介:摘要目的探讨多参数MRI(mp-MRI)影像组学特征术前预测三阴性(TNBC)和非三阴性(NTNBC)乳腺癌的价值。方法回顾性分析河南省人民医院2017年1月至2019年7月371例经手术病理证实为乳腺癌患者的临床及术前MRI资料。根据术后病理标本免疫组织化学(IHC)和荧光原位杂交(FISH)检测结果将其分为TNBC和NTNBC,并将这些患者随机分为训练集(n=250)和验证集(n=121)。提取基于动态对比增强T1(DCE-T1WI)序列和脂肪抑制T2WI序列的三维病灶定量影像组学特征,并通过Mann-Whitney U检验、弹性网和支持向量机递归特征消除最终筛选32个定量影像组学特征。应用支持向量机算法分别基于脂肪抑制T2WI序列、DCE-T1WI序列和二者序列联合的mp-MRI影像组学特征构建3个影像组学标签,用受试者操作特征(ROC)曲线计算出的ROC曲线下面积(AUC)、准确率、灵敏度和特异度评估预测效能。结果本研究371例患者中,TNBC患者61例,NTNBC患者310例。NTNBC与TNBC患者间病理组织学分级差异有统计学意义(χ²=24.544,P<0.001),其他临床病理特征(包括年龄、肿块最大径、是否合并脉管癌栓及腋窝淋巴结转移)差异均无统计学意义(P>0.05)。预测TNBC和NTNBC最佳效能模型是基于mp-MRI影像组学特征构建影像组学标签,ROC AUC、准确率、灵敏度和特异度在训练集分别为0.91[95%可信区间(CI)0.881~0.932]、86.0%、84.4%、86.3%,在验证集分别为0.84(95%CI 0.807~0.868)、75.2%、68.7%、76.1%。结论基于mp-MRI影像组学特征可有效地预测TNBC和NTNBC,为临床医师治疗决策提供科学依据。
简介:摘要目的用单基因组测序技术分析HIV-1感染者体内基因型耐药动态变化,了解耐药相关突变发生特征。方法对4例抗逆转录病毒治疗失败病例及其基线冻存血浆样本进行标准基因型耐药检测和共享测序。采用倍比稀释法进行pol基因片段单基因组扩增和测序(SGS),分析准种变异和耐药动态变化特征。获得的基因序列用斯坦福大学HIV耐药数据库判断基因型耐药及耐药程度解析。结果NA2302-00病例存在传播性耐药突变(TDR,M184//G190A突变型),在治疗5个月后突变位点增多并导致治疗失败。3例未检测到TDR,但是CD4细胞计数均低于200个/μl,在治疗4~6个月后出现获得性耐药和治疗失败。所有病例均对所服用的拉米夫定和依非韦伦药物存在高度耐受,2例对替诺福韦高度耐受。从4个病例的治疗基线和失败两个采样时间点血浆样本中共获得291条pol基因SGS序列。2个无TDR的病例基线样本SGS序列存在劣势耐药相关突变(2.4%~2.9%),但这些突变在随访样本中未检测到。NA2302-00的27条SGS序列均检测到该TDR突变型。治疗失败样本SGS序列表现出复杂的准种变异,进化为不同耐药突变型。2个病例的治疗失败样本SGS序列突变型为1~2个,另2个病例分别有4和13个突变型,>20%优势毒株突变型各2个。4个病例在更换蛋白酶抑制剂为主的二线药物后,维持较好的病毒抑制效果。结论单基因组测序可以揭示感染者体内毒株准种变异和耐药发生特征。在药物选择压力下,感染者体内病毒发生适应性进化,产生复杂的耐药相关突变模式,尤其需要加强艾滋病期感染者治疗第一年的随访和监测。
简介:摘要结核病的蛋白质组学研究是当前的热点,蛋白质组学分析在寻找新的结核病诊断标志物、筛选药物靶点、评估新疫苗及了解疾病发生机制方面具有广阔的前景。本文旨在综述蛋白质组学在结核病诊断标志物筛选中的研究进展,重点介绍蛋白质组学策略及蛋白质组学技术在活动性结核病、结核分枝杆菌潜伏感染、耐药结核病和儿童结核病诊断标志物筛选中的作用,探讨生物标志物转化在临床应用方面的潜力和挑战。
简介:摘要目的探讨基于术前增强MRI图像的影像组学预测模型在预测高级别胶质瘤异柠檬酸脱氢酶-1(IDH 1)基因型的价值。方法回顾性分析2012年12月至2018年1月在青岛大学附属医院经手术病理证实、具有完整术前颅脑增强MRI图像的高级别胶质瘤患者182例,其中,IDH 1突变型79例(WHO Ⅲ级45例,WHO Ⅳ级34例),IDH 1野生型103例(WHO Ⅲ级33例,WHO Ⅳ级70例),按7∶ 3比例随机分为训练组和验证组。使用GE A.K分析软件进行影像特征提取,Kruskal-Wallis非参数检验和Spearman相关性分析进行特征降维,使用R语言软件包"GLM"函数,建立Lasso-logistic回归模型,以交叉验证方法对回归模型进行检验。采用受试者操作特征(ROC)曲线评价模型鉴别高级别胶质瘤IDH 1突变型和IDH 1野生型的预测效能。结果预测模型在训练组中鉴别预测效能的ROC曲线下面积(AUC)为0.870,95%可信区间为0.754~0.855,准确率为79.8%,灵敏度为85.5%,特异度为75.4%,阳性预测值为0.734,阴性预测值为0.867;在验证组中的AUC为0.860, 95%可信区间为0.690~ 0.913,准确率为78.9%,灵敏度为91.3%,特异度为69.0%,阳性预测值为0.700,阴性预测值为0.909。结论基于术前增强MRI建立的影像组学预测模型可以有效的术前预测高级别胶质瘤的IDH 1基因型。
简介:摘要目的以基因组最大RNA病毒(冠状病毒)为代表,研究不同测序前样本处理模式对高通量测序获得病毒全基因组序列信息质量的影响。方法以细胞培养的人冠状病毒HCoV-OC43样本为代表,分为4种测序前样本处理模式,即:未处理组、核酸提取前DNase和RNase处理组、核酸提取后DNase处理组、核酸提取前DNase和RNase处理且核酸提取后DNase处理组。不同模式处理后的核酸分为两份,一份直接RNA测序(未扩增),另一份经序列非依赖的单引物扩增(SISPA)后DNA测序。结果尽管不同处理方式下获得的病毒基因组覆盖率差别不大,但是样本核酸提取后经DNase处理组直接测序获得了最高的基因覆盖度和测序准确性,而SISPA扩增可有效提高病毒测序读长(reads)比例与基因组各位点的测序深度。结论本研究为优化冠状病毒等RNA病毒全基因组测序策略提供了技术参考。
简介:摘要宏基因组二代测序从技术上具备同时检测所有病原体的能力,但临床实践数据仍需要进一步积累。本研究报道1例儿童艾滋病合并进行性多灶性脑白质病。患儿6岁,以中枢神经系统症状起病,曾按弓形虫脑病治疗,效果欠佳。入院后脑脊液宏基因组二代测序查见大量JC病毒序列片段,聚合酶链反应检测JC病毒特异性,Sanger测序进一步验证了宏基因组二代测序结果。提示宏基因组二代测序可以用于检测进行性多灶性脑白质病。
简介:摘要目的探讨经直肠超声引导下前列腺穿刺活检120例临床病理特征及免疫组化分析结果,提高对前列腺癌的临床和病理诊断准确率。方法选取2018年7月至2019年7月永康市第一人民医院行直肠超声引导下前列腺穿刺活检的前列腺疾病患者120例的临床资料,对患者穿刺活检样本进行临床病理特征和免疫组化分析。结果120例患者中,经病理确诊检测前列腺癌(PCA)患者45例,占37.5%;前列腺上皮瘤变(PIN)Ⅰ级3例,占2.5%;良性前列腺增生症55例,占45.8%;不典型腺瘤样增生5例,占4.2%;慢性前列腺炎患者12例,占10.0%。病理结果显示,前列腺癌腺体结构紊乱,复杂多样,间质浸润,部分侵犯神经等病理形态改变。通过Gleason评分法进行分级,45例前列腺癌患者中,6例高分化腺癌(<5分),25例中分化癌(6~7分),14例低分化癌(≥8分)。免疫组化分析显示,前列腺癌患者p63和CK34βE12表达为阴性,P504S和PSA表达为阳性。结论经直肠超声引导下前列腺穿刺对前列腺癌诊断具有安全、准确、操作简便,是有效的诊断方法。可通过对临床病理特征与免疫组化分析进行综合判断,有助于前列腺疾病的鉴别诊断,能提高诊断的准确率。
简介:摘要目的探讨高危型人乳头瘤病毒(HPV)A9组的感染情况,及其联合液基细胞学(TCT)检查在宫颈癌筛查中的价值。方法收集衢州市妇幼保健院2017年1月至2018年5月检查的患者9 010例,采用Cervista法进行HPV检测,联合TCT检测,并对部分HPV阳性或HPV及TCT检测两项均异常的患者进行阴道镜下宫颈活检病理检查。结果在9 010例患者中HPV阳性1 401例,其中以A9组感染率(6.98%)最高。联合TCT检查进行阴道下活检,其中A9组在未见上皮内病变或恶性细胞(NILM)、意义不明确的非典型鳞状细胞(ASC-US)、低级别鳞状上皮内病变(LSIL)、高级别鳞状上皮内病变(HSIL)、非典型鳞状细胞不能除外高级别鳞状上皮内病变(ASC-H)、鳞状细胞癌(SCC)中的感染率分别为25.96%、80.10%、100.00%、100.00%、100.00%,与阴道镜活检组织学的诊断符合率随液基细胞学级别的升高而升高。且与高级别病变具有高度的相关性。结论A9组感染是引起衢州地区妇女宫颈上皮内病变的最主要原因,HPV检测特别是A9组感染联合TCT检查,能有效提高宫颈癌筛查的准确率。
简介:摘要目的基于MRI平扫T2WI和增强T1WI的影像组学特征值,探讨机器学习模型随机森林(random forest,RF)对子宫内膜癌肌层浸润深度预测价值。材料与方法回顾性分析行盆腔MRI平扫及增强检查并经手术病理证实为子宫内膜癌患者的影像资料114例(ⅠA期86例,ⅠB期28例),以4∶1的比例通过分层抽样的方法分为训练集和测试集。采用ITK-SNAP软件分别在矢状面平扫T2WI图像及多期增强T1WI图像第二时相进行手动逐层勾画ROI,分别对T2WI和增强T1WI数据集进行影像组学特征值提取(https://github.com/Radiomics/pyradiomics),并对随机森林模型进行训练和测试(http://scikit-learn.org/),采用ROC曲线评价预测效能。结果基于平扫T2WI图像特征值建立的RF模型预测子宫内膜癌肌层浸润深度在测试集的曲线下面积(AUC)为0.938,其准确度、敏感度、特异度分别为91.3%、87.5%、93.3%,模型中重要性排名前3位的特征分别为形状平坦度(shape flatness,SF)、灰度级带矩阵区域方差(GLSZM zone variance,GLSZM-ZV)、灰度级长矩阵运行方差(GLRLM run variance,GLRLM-RV);基于增强T1WI图像建立的RF模型在测试集的AUC为0.818,准确度、敏感度、特异度分别为81.8%、100%、75.0%,模型中重要性排名前3位的特征分别为SF、灰度相关矩阵高灰度依赖程度(GLDM large dependence high gray level emphasis,GLDM-LDHGLE)、灰度共生矩阵相关性(GLCM correlation)。结论基于MRI影像组学的随机森林模型在预测子宫内膜癌肌层浸润深度中具有较大应用潜力,其中基于平扫T2WI图像建立模型较增强T1WI显示出更大的诊断价值。