简介:摘要:目的:运用网络药理学方法探讨芍药甘草汤治疗胃癌的作用机制。方法:构建“疾病-药物-活性成分-靶点”网络,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:筛选出121个靶点为芍药甘草汤与胃癌症的共同基因靶点。结论:芍药甘草汤在治疗胃癌中有着多靶点调控、多方面作用的特点。
简介:摘要目的基于网络药理学探讨芍药甘草汤干预紧张性头痛作用机制。方法通过TCMSP筛选得到芍药甘草汤的潜在有效成分与靶点,运用GeneCards、DisGeNET、Drugbank和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获取紧张性头痛的作用靶点,得到"芍药甘草汤-紧张性头痛"交集靶点,上传至STRING数据库绘制蛋白相互作用网络(protein-protein interaction, PPI)并进行拓扑分析,借助Cytoscape 3.6.1软件构建"芍药甘草汤-药物成分-靶点-紧张性头痛"可视化网络,并对交集靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果芍药甘草汤与紧张性头痛的交集靶点有51个,拓扑属性分析提示CASP3、JUN、HSP90AA1、MAPK1、STAT3、CCND1、ESR1、RELA、PTGS2、MAPK14等可能是芍药甘草汤干预紧张性头痛的重要潜在靶点。GO富集分析得到876个细胞生物学过程,62个细胞组分,101个分子功能。KEGG通路富集分析得到TNF信号通路、5-羟色胺能突触通路、核苷酸寡聚化结构域(NOD)样受体信号通路、多巴胺能突触通路和胆碱能突触通路等25条相关信号通路。结论芍药甘草汤对紧张性头痛的干预作用具有多成分、多靶点、多通路的作用机制特点,可为临床用药提供指导。
简介:摘要:目的:运用网络药理学方法探讨枳实芍药散治疗产后腹痛的作用机制。方法:构建“疾病-药物-活性成分-靶点”网络,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:筛选出55个靶点为枳实芍药散与产后腹痛症的共同基因靶点。结论:枳实芍药散在治疗产后腹痛中有着多靶点调控、多方面作用的特点。
简介:摘要目的运用网络药理学探讨温胆汤治疗高血压的分子机制。方法通过TCMSP和中医药整合药理学研究平台(TCMIP)筛选温胆汤的潜在活性成分和作用靶点,通过药物靶标数据库(TTD)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、GeneCards数据库收集高血压疾病靶点,STRING数据库进行蛋白相互作用分析,采用Cytoscape v3.7.1构建网络,再用ClueGO进行GO功能和KEGG通路富集分析,最后以适合的分子和靶点进行分子对接。结果共筛选出温胆汤141个潜在活性成分和108个潜在治疗靶点;通过cytoHubba中MCC算法筛选出排位前20的核心靶点,GO分析包含164条显著性条目,包括生物过程133条、分子功能24条、细胞定位7条。KEGG通路富集筛选出7条枢纽通路,且活性成分与靶点间对接良好。结论温胆汤可通过多途径、多靶点治疗高血压,可为其临床应用提供数据。
简介:摘要:目的:运用网络药理学方法探讨厚朴三物汤治疗便秘的作用机制。方法:构建“疾病-药物-活性成分-靶点”网络,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:筛选出122个靶点为厚朴三物汤与便秘症的共同基因靶点。结论:厚朴三物汤在治疗便秘中有着多靶点调控、多方面作用的特点。
简介:摘要目的运用网络药理学和分子对接技术分析七方胃痛颗粒干预胃癌的潜在作用机制。方法运用TCMSP、TCMID和Swiss Target Prediction数据库筛选七方胃痛颗粒的药物化学成分及相关靶点,采用GeneCards、OMIM数据库筛选胃癌作用靶点,并获得药物-疾病共同靶点,上传至STRING数据库,构建蛋白相互作用关系(PPI)网络,得到关键靶点,在Oncomine肿瘤数据库中分析关键靶点与胃癌的相关性。通过Cytoscape软件构建药物-疾病调控网络,采用Cytoscape软件的CluoGO插件和R语言对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。通过分子对接验证药物分子和靶分子结合的可能性。结果获得七方胃痛颗粒的药物化学成分168个,胃癌作用靶点2 803个,药物-疾病共同靶点49个。药物-疾病调控网络中度值较高的化学成分为β-谷甾醇、芒柄花素、豆甾醇等。PPI网络中关键靶点为MAPK8、FOS、AR等,GO富集分析集中于凋亡信号通路中线粒体外膜通透性的正调控等,KEGG富集分析显著富集在细胞凋亡通路等。分子对接结果显示药物分子与靶分子结合性好、构象稳定。结论七方胃痛颗粒可诱导与胃癌相关的基因、蛋白表达,影响激素水平、细胞凋亡等生物学过程,激活凋亡信号通路来发挥主效应。
简介:摘要目的基于网络药理学及分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死的作用机制。方法利用TCMSP、中医药综合数据库(TCMID)、有机小分子生物活性数据库(PubChem)、Uniprot及Swiss Target Prediction数据库对复元醒脑汤的药物活性成分及作用靶点进行筛选,应用GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank和PharmGKB数据库筛选脑梗死疾病靶点,将复元醒脑汤中药物靶基因与脑梗死疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape 3.8.2软件构建成分-靶点网络,使用STRING数据库及Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络,筛选核心靶点。对复元醒脑汤-脑梗死疾病共同靶点基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析,得出相关信号通路,运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果得到复元醒脑汤治疗脑梗死的有效成分80个,复元醒脑汤-脑梗死共同靶点214个,核心靶点MAPK1、RELA、TP53、JUN、AKT1、HSP90AA1等与脑梗死疾病的关键靶点相互关联,参与调控对药物的反应、对脂多糖的反应、对含氧量的反应等生物过程,细胞组成涉及膜筏、膜微区、神经元胞体等;分子功能主要集中于核受体活性、配体激活转录因子活性、DNA-结合转录因子结合等;并涉及脂质和动脉粥样硬化、化学致癌-受体激活、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路;分子对接显示,槲皮素与HSP90AA1(-9.4 kJ/mol)、山柰酚与HSP90AA1(-9.4 kJ/mol)、异鼠李素与HSP90AA1(-9.1 kJ/mol)、槲皮素与JUN(-8.6 kJ/mol)具有较好的结合活性。结论复元醒脑汤通过调控血管内皮功能、促进血液循环、修复及改善神经功能、保护血脑屏障、减少细胞凋亡及调节免疫和炎症反应等机制防治脑梗死。
简介:摘要:目的:运用网络药理学方法探讨小承气汤治疗消化溃疡的作用机制。方法:构建“疾病-药物-活性成分-靶点”网络,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:筛选出144个靶点为小承气汤与消化溃疡症的共同基因靶点。结论:小承气汤在治疗消化溃疡中有着多靶点调控、多方面作用的特点。
简介:摘要目的通过网络药理学和分子对接方法探讨半夏厚朴汤治疗紧张型头痛的有效成分及作用机制。方法通过TCMSP筛选得到半夏厚朴汤有效成分与靶点,运用GeneCards、PharmGKB、TTD、Drugbank和OMIM获取紧张型头痛作用靶点,利用Perl软件得到“半夏厚朴汤-紧张型头痛”交集靶点,上传至STRING数据库绘制蛋白相互作用网络并进行拓扑分析,借助Cytoscape 3.8.0软件构建“半夏厚朴汤-药物成分-靶点-紧张型头痛”可视化网络,利用R 4.1.0语言及相关程序对交集靶点进行GO及KEGG通路富集分析。采用AutoDockTools-1.5.6软件进行分子对接分析。结果半夏厚朴汤与紧张型头痛的交集靶点有33个,拓扑属性分析提示MAPK1、TP53、ESR1、PTGS2、MYC、CYP1A2、CYP3A4、GSTP1等可能是半夏厚朴汤防治紧张型头痛的重要潜在靶点。GO富集分析得到516个细胞生物学过程,62个细胞组分,149个分子功能;KEGG通路富集分析得到G蛋白偶联受体途径、胆碱能突触通路、5-羟色胺能突触通路和TNF信号通路等94条等相关信号通路。结论半夏厚朴汤防治紧张型头痛具有多成分、多靶点、多通路的作用特点,主要通过ESR1、TP53、PGTS2等多靶点,作用于5-HT突触通路、TNF信号通路、胆碱能突触通路、G蛋白偶联受体途径等多种通路发挥作用。
简介:摘要目的基于网络药理学及分子对接技术研究当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的分子机制。方法利用TCMSP筛选当归拈痛汤的有效成分与相应靶点,检索GeneCards、OMIM、PharmGKB及DrugBank数据库得到痛风性关节炎相关靶点,映射取交集得到当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的潜在作用靶点。借助Cytoscape软件绘制当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的中药复方调控网络及PPI网络,使用David数据库对当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的靶点进行GO及KEGG通路富集分析,采用Autodock软件进行分子对接。结果当归拈痛汤治疗痛风性关节炎的有效成分有198个,关键有效成分为槲皮素、山柰酚;关键靶点有46个,其中NFE2L2、HMOX1、PPARA、PTGS2、IL1β、CXCL8为核心靶点;GO功能富集结果显示,关键基因主要介导炎症反应调节、对氧化应激的反应、脂肪酸代谢过程、类固醇代谢过程、对脂多糖的反应、活性氧类代谢过程等生物过程;KEGG通路富集结果显示,当归拈痛汤重点介导IL-17信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、AGE-RAGE信号通路等发挥治疗痛风性关节炎的作用;分子对接结果显示,当归拈痛汤相关中药的有效成分与痛风性关节炎的作用靶点可高效结合,且结构稳定。结论当归拈痛汤具有多成分-多通路-多靶点的治疗特点,通过对免疫炎症反应和对氧化应激反应的调控作用来治疗痛风性关节炎。
简介:摘要目的利用网络药理学技术研究经典药对当归-白芍治疗心血管疾病的作用及机制。方法检索TCMSP和相关文献筛选得到当归-白芍药对中潜在活性化合物,并结合SWISS、STITCH数据库挖掘化合物对应的靶点;通过治疗靶标数据库(TTD)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和DrugBank数据库挖掘心血管疾病靶点;构建蛋白互作网络,分析主要靶点;利用生物学信息注释数据库(DAVID 6.8)进行KEGG信号通路注释分析,并应用Cytoscape构建成分-主要靶点-关键通路网络。结果构建的成分-靶点-通路网络中包括17个药对成分,54个主要靶点及10条关键通路。涉及的通路包括炎症相关通路(TNF信号通路)、心血管系统相关通路(PI3K-AKT信号通路、FoxO信号通路、VEGF信号通路、Rap1信号通路等)、催乳素信号通路和雌激素信号通路。结论应用网络药理学验证了当归-白芍药对多成分、多靶点、整体调节的作用特点,推测其主要通过调节血管生成、炎症反应和细胞凋亡等途径发挥治疗心血管疾病的作用。
简介:摘要:目的:运用网络药理学方法探讨四君子汤防治新型冠状病毒肺炎的作用机制。方法:构建“疾病-药物-活性成分-靶点”网络,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:筛选出115个靶点为四君子汤与新型冠状病毒肺炎症的共同基因靶点。结论:四君子汤在防治新型冠状病毒肺炎中有着多靶点调控、多方面作用的特点。
简介:摘要目的筛选当归补血汤改善化疗所致骨髓抑制的主要活性成分,预测其关键作用靶点及信号通路,建立多层次网络结构,全面揭示当归补血汤多成分、多靶点改善本病的协同作用机制。方法通过检索TCMSP获得当归补血汤组成药物的主要成分,结合文献补充完善。将化合物作用的蛋白质靶点在UniProt蛋白质数据库进行规范。借助TTD数据库、GeneCards数据库、DrugBank数据库、OMIM数据库检索化疗所致骨髓抑制的疾病靶点。筛选当归补血汤有效成分和疾病共同靶点,利用STRING 11.0数据库进行PPI网络分析,构建有效成分-疾病靶点PPI网络。借助Metascape对候选基因进行GO功能和KEGG通路分析,将富集结果可视化。利用AutoDock软件进行分子对接,探究核心靶点与活性成分的相互作用,将结果导入PyMOL软件进行可视化分析。结果当归补血汤改善化疗所致骨髓抑制的中药活性成分共22个,潜在作用靶点294个,疾病作用靶点3 301个,中药与疾病共同靶点210个;通过网络拓扑分析及分子对接得到核心靶点,前5个分别为ESR1、MAPK1、RELA、AKT1、PIK3R1;GO功能富集到2 430个生物过程、125个细胞组分和217个分子功能,主要涉及对无机物质的反应、膜筏、微膜区、转录因子结合等;KEGG通路富集通路385条,其中癌症通路、PI3K-Akt信号通路等为主要信号通路;分子对接结果显示,当归中β-谷甾醇与HSP90AA1、黄芪中芒柄花素与RELA等结合性能较好。结论当归补血汤通过槲皮素、芒柄花素、β-谷甾醇等多种有效成分,调节ESR1、MAPK1、RELA、AKT1等核心靶点,干预PI3K-AKT等相关信号通路改善化疗所致骨髓抑制,为其临床应用提供依据。