简介：摘要多基因组学测序研究开启了非小细胞肺癌（NSCLC）的靶向精准治疗时代，然而，小细胞肺癌（SCLC）基因组学研究较少，目前其发病机制、驱动基因尚未明确。组织获取困难、致瘤因素复杂、疾病进展迅速、化疗耐药机制不清是SCLC转化研究难以突破的主要原因。因此，多基因组学测序研究对于全面解析SCLC的基因组特征、明确肿瘤驱动基因以及探索药物治疗靶点显得尤为重要。文章分析了SCLC已发表的多基因组学等相关研究结果，并对其临床相关性等进行了初步探讨。

简介：摘要分子诊断正在迅速发展，但许多尚未得到外部评价。Kelly Holloway及其同事发现目前监管体系的不足，并报告了近期做出的一些改革举措。

简介：摘要：目的: 探究母血游离胎儿DNA检测在染色体非整倍体无创产前早筛的可靠性及其临床价值研究。方法：选取宁夏医科大学总医院B超异常孕妇外周血样本120例，利用无创产前基因检测（NIPT）技术进行出生缺陷的筛查。结果：通过NIPT 检查120例发现，,109例正常，,11例异常，占比9.1%，21三体6例，18三体3例，13三体2例。结论NIPT在21-三体综合征的检测中灵敏度高于 18和13-三体综合征及性染色体非整倍体，可以作为21三体综合征的协助诊断方法。

简介：摘要目的开发一套能高效准确地从GWAS Catalog公开数据库中筛选全基因组关联研究（GWAS）的R脚本。方法参考既往研究制定GWAS的筛选原则。将人工在GWAS Catalog的筛选过程抽象为标准的算法，2名程序员共同撰写R脚本（gwasfilter.R）后，由他人多次对脚本进行测试。结果采用gwasfilter.R筛选GWAS包含6个步骤。该脚本内置5个主要函数，可以同时根据“是否有验证人群”“样本量大小”和“研究人群种族”等条件对GWAS进行筛选。筛选单个性状时，程序用时不超过1秒。结论gwasfilter.R操作简便，筛选过程高效而标准化，可灵活应用于GWAS筛选。脚本源代码网址：https：//github.com/lab319/gwas_filter。

简介：摘要基因组的稳定性是细胞正常生长、发育等过程的必须条件。当DNA复制过程中出现损伤，进行及时的应答与修复对于维持基因组稳定性至关重要。在DNA损伤应答的过程中，翻译后修饰对于蛋白的调控与维持基因组稳定性及完整性具有重要意义。本文将对在DNA损伤修复应答过程中SUMO化修饰的研究进展进行阐述。

简介：摘要目的研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型（CV-A8）全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析。方法对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列，采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析。结果序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7 393~7 400 bp之间，与原型株比较，在编码区无碱基插入或缺失，在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3%~98.6%和92.6%~99.7%；与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3%~98.2%和92.6%~99.7%。对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析，可将CV-A8分为5个基因型：A、B、C、D和E，本研究11株CV-A8分属于C（1株）、D（2株）、E（8株）3个基因型。11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3%%~98.8%和95.9%~99.5%，P2区进化树图显示，本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近，P3区进化树图显示，本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近。结论本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性，非衣壳区呈现重组多样性，提示CV-A8正在经历变异动态变化； CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体，因此需要进一步加强监测CV-A8。

简介：摘要免疫疗法在各种恶性癌症治疗的进展中已被证明具有广阔的应用前景。然而，在晚期前列腺癌(PCa)的试验中却出乎意料地令人失望。对参与前列腺癌患者治疗的病理学家和临床医生来说，了解影响PCa生物学和生殖系(可遗传)突变的风险、PCa中发生的体细胞(获得性)突变的作用以及这些突变对潜在治疗的影响至关重要。本文将对前列腺癌的基因组突变包括错配修复基因(MMR)、乳腺癌易感基因1(BRCA1)或乳腺癌易感基因2(BRCA2)、细胞周期蛋白依赖性激酶12(CDK12)，以及其新的、发展的治疗领域，包括免疫治疗、聚ADP-核糖聚合酶(PARP)抑制剂、疫苗及其联合治疗进行综述。这些治疗方法结合起来可能会改变转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)的未来前景和患者的预后。

简介：摘要对山东省人感染猪链球菌菌株开展基因组流行病学及病原学分析，为制定合理、精准的猪链球菌预防、控制措施提供依据。本研究对分离的猪链球菌菌株开展分子分型、基因组系统进化树、毒力基因型别、耐药谱、耐药基因及其传播元件等方面的分析，并通过比较菌株刺激宿主细胞产生细胞因子的能力评价不同菌株的致病力。结果显示，血清2型、ST1型是山东患者来源猪链球菌的优势型别，其主要临床表现为脑膜炎。系统进化树分析表明山东菌株主要由5个分枝组成。山东菌株均属高致病型菌株，但细胞因子试验表明分枝2的菌株致病力显著强于其他山东菌株。除分枝3的SD2与SD4菌株外，其余山东菌株均携带不同种类的耐药基因及其传播元件。综上，山东猪链球菌的来源及进化途径存在多样性的特征，且致病能力有显著差异，需要在基因组水平开展菌株监测的工作。

简介：摘要目的探讨核型分析及基于二代测序技术的基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-Seq)对于超声异常胎儿的诊断价值。方法采用CNV-Seq及核型分析技术检测201例超声异常胎儿的羊水标本。结果在201例样本中，染色体核型分析检出17例异常核型(8.46%)，包括非整倍体异常15例(7.46%)，其中21三体7例、18三体4例、其他4例。71.43%的21三体胎儿超声表现为不同程度的脑室扩张或合并其他超声异常，75%的18三体胎儿超声表现为脉络丛囊肿；两种检测方法有17.64%(3/17)的染色体异常结果存在差异，均为非整倍体的嵌合体。在184例核型分析正常的标本中，CNV-Seq额外检出了11例CNVs(5.98%)，包含6例明确致病性CNVs，5例致病性未知(variants of unknown significance，VOUS)CNVs。结论不论是胎儿超声软指标高风险还是结构异常，核型分析及CNV-Seq技术相结合的方法进行产前诊断是准确且有效的方法。

简介：摘要：目的: 探究母血游离胎儿DNA检测在染色体非整倍体无创产前早筛的可靠性及其临床价值研究。方法：选取宁夏医科大学总医院B超异常孕妇羊水标本195例，分别运用染色体微阵列分析技术（CMA）检测胎儿核型变化、利用这种技术进行出生缺陷的筛查。结果：通过CMA共检查195例，结果正常168例，异常，27例，占比是16.9%。与核型图谱结果一致；结论：CMA是胎儿出生缺陷的重要诊断技术，能够检出各染色体片段的微重复和微缺失。

简介：摘要基因组结构变异（SV）是血液肿瘤中一组重要的遗传学异常形式。目前常用的细胞遗传学和基因检测技术在SV检测方面具有显著的局限性。基因组光学图谱技术提供了超长片段、高分辨率、自动化、高通量和全基因组范围分析SV的能力，又被称为新一代细胞遗传学（NGC）技术。近年来已有将NGC技术用于白血病基因组SV分析的研究报道。现结合第62届美国血液学会年会的报道对相关研究进展进行介绍。

简介：摘要出生缺陷与罕见病已成为重大公共卫生问题，早期防控和阻断是目前最有效的干预措施。近年来随着高通量测序等基因组检测技术的飞速发展，遗传性出生缺陷与罕见病的筛查和诊断水平得到了极大提高。本文从基因组学技术在孕前/胚胎植入前、产前、新生儿期各阶段的应用以及临床转化趋势等方面展开阐述，突显在基因组医学时代下构建早期精准预防控制体系的广阔前景。

简介：摘要目的采用全基因组测序对南京"5.7"192Ir源事故患者外周血及组织进行照后第2 047天(5年7个月零7天)基因变异分析，探讨其电离辐射引起的体细胞变异情况，为明确电离辐射引起的远后效应提供理论依据。方法收集南京"5.7"192Ir源事故患者王某照后第2 047天的背部正常皮肤组织、受照射范围内的骨及软组织、外周血3种样本，分别提取DNA后采用全基因组测序技术对样本进行高通量测序，并通过生物信息学对原始测序数据进行分析。以背部正常皮肤组织为对照，开展受照射范围内的骨及软组织、外周血的基因变异检测分析。结果与背部正常皮肤组织相比，受照射范围内的骨及软组织和外周血的基因组出现了多种基因变异，包括碱基置换(碱基转换、碱基颠换)、小片段插入、小片段缺失、拷贝数变异(拷贝数增加、拷贝数减少)以及结构变异(大片段缺失、大片段重复、倒位、染色体内易位以及染色体间易位)，受照射范围内的骨及软组织出现10 666个基因变异，外周血出现11 233个基因变异，变异DNA涉及上万个基因。这些基因变异存在于外显子、内含子、3'UTR(3'untranslated region，3'端非编码区)、5'UTR(5'untranslated region，5'端非编码区)、剪切位点附近、转录起始位点上游5 kb区域以内、转录终止位点下游5 kb区域以内、非编码RNA以及基因间隔区域，且所有染色体都存在基因变异。结论南京"5.7"192Ir源放射事故患者照后第2 047天受照射范围内的骨及软组织和外周血中存在大量的基因变异，可能影响机体的功能及电离辐射诱发的远后效应。

简介：摘要DM/PM患者中尤其是无肌病性皮肌炎（ADM），易出现急性进展性肺间质病变，病死率极高。可能与病毒感染有关，特别是抗黑素瘤分化相关蛋白5（MDA5）抗体阳性的患者。固有免疫细胞中巨噬细胞具有异质性和可塑性，在不同因素的诱导下可分化为M1巨噬细胞（经典促炎型）和M2巨噬细胞（选择性活化型-抗炎型），极化偏移即平衡失调在DM/PM的发病机制中至关重要。病毒感染可影响DM/PM患者巨噬细胞的分化，从而影响M1与M2巨噬细胞的平衡，导致病情恶化。自2020年3月11日以来，WHO已宣布新型冠状病毒肺炎（COVID-19）为大流行。随着全球数以千万计的风湿病包括DM/PM患者接受糖皮质激素和DMARDs，免疫系统受损的大量风湿病患者可能为新型冠状病毒感染的易感者，其与巨噬细胞极化偏移的相关性成为风湿界学者们关注的前沿领域。在此时期，深入研究巨噬细胞的极化及其与病毒感染的关联在DM/PM中的作用，通过新兴的病毒宏基因组学研究机体病毒感染的机制，具有深远的意义，将为DM/PM治疗及改善预后探寻新靶点。

简介：摘要目的分析深圳市南山区食源性单核细胞增多性李斯特菌（Lm）基因组遗传家系、耐药基因、毒力基因和进化关系的特征性基线信息。方法对2009—2019年南山区食品中分离的46株Lm进行全基因组提取和二代测序（PE-150，100×），运用CLC Genomics Workbench 12.0软件组装、比对基因组及分析其管家基因、耐药基因、毒力基因和k-mer系统进化关系等特征。结果46个Lm基因组组装后均满足分析条件（contigs N50>20 kb），平均GC含量为38.3%、预测基因数为5 960个、基因组大小为2 952 608 bp；南山区Lm全基因组k-mer系统发生树可见14簇，总体遗传距离较大，其遗传家系包括21株Lineage 1、23株Lineage 2和2株Lineage 3，Lineage 1以ST87为主，其余为ST3、ST59、ST224和ST429，Lineage 2以ST8和ST9为主，其余为ST121、ST155、ST199、ST204和ST321，Lineage 3只见ST299；发现本地区Lm携带fosX（17株）、tetM（6株）、dfrG（4株）、catB3（1株）和mefA（1株）5种耐药基因，均携带flaA、iap、actA、hly、mpl、prfA、plcA、plcB和inlB 九种毒力基因，同时有6株inlA与3株inlJ发生变异和2株inlC缺失。结论深圳市南山区分离的食源性Lm呈现遗传进化多样性，携带耐药基因情况较为严重，特别是来源于生禽肉和金针菇的分离株，且功能明确的毒力基因丰富齐全。

简介：摘要目的了解苏州市2019新型冠状病毒感染病例的病毒分子变异及宿主适应性情况。方法采集苏州市9例本土2019新型冠状病毒感染病例和6例境外输入2019新型冠状病毒感染病例的咽拭子样本，提取病毒核酸进行病毒全基因组测序。以武汉株Wuhan-Hu-1为参考序列进行比对分析。采用MEGA 7.0软件构建病毒全基因组序列系统进化树。结果15条2019新型冠状病毒基因组序列分别按照中国分型法、Nextstrain分型法、Pangolin分型法和全球共享流感数据倡议组织(Global Initiative on Sharing All Influenza Data, GISAID)分型法可分为7个型、6个型、8个型和5个亚型/谱系。与Wuhan-Hu-1参考株相比，基于核苷酸翻译的氨基酸序列突变位点中位数为3个，范围为0~12个。6条境外输入病毒株刺突蛋白均检出可导致传播力增强的D614G突变。输入病例的基因序列中未发现可导致病毒传播力明显增强的阿尔法变异株、贝塔变异株和伽马变异株。15条序列核苷酸突变位点中位数为8个，范围为3~23个。结论2019新型冠状病毒在不断变异，已衍生出多种进化谱系/基因型。苏州市境外输入病毒株均携带可致传染性增强的突变。

简介：摘要左乙拉西坦（LEV）是第二代广谱抗癫痫药，与其他抗癫痫药相比，具有独特的抗癫痫机制、良好的疗效及耐受性。随着LEV的广泛应用，其不良反应也越来越受到临床关注，尤其是精神相关不良反应。基因多态性可能是造成上述药物反应个体差异性的重要因素。本文以LEV药物基因组学相关的作用靶点、代谢、不良反应相关的遗传变异及疗效预测等研究进展进行综述，为临床实践中癫痫患者应用LEV个体化治疗提供决策，进而提高癫痫患者的生活质量，减轻癫痫患者的疾病负担。

简介：摘要2020年1月30日，世界卫生组织宣布由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)导致的新型冠状病毒肺炎疫情成为国际关注的突发公共卫生事件。自2002年严重急性呼吸综合征冠状病毒和2012年中东呼吸综合征冠状病毒引起的肺炎大流行以来，SARS-CoV-2的出现并导致新型冠状病毒肺炎的暴发，标志着冠状病毒再次跨越物种屏障并导致在人类中大规模流行。目前对于SARS-CoV-2的防治主要借鉴于对冠状病毒的治疗经验，仅局限在对症支持治疗，并无针对性的有效治疗措施。本文从基因组、蛋白质及疫苗方面综述了SARS-CoV-2的研究进展，为防治SARS-CoV-2提供新思路。

简介：摘要遗传作为肿瘤发生的重要因素，影响着肿瘤的发生发展。依托于基因组学和遗传学的进步，遗传性肿瘤风险评估也得以在肿瘤学、遗传学、基因组学护理等领域不断地发展。护理人员充分利用基因组学知识对患者可能患有与遗传基因相关疾病风险进行评估，极大地提高了肿瘤高风险人群进行早期预防与干预的意识。遗传性肿瘤风险评估在欧美国家得到了充分的发展和应用，但在我国仍处于起步阶段。本文将从基因组学护理的概念和发展概况、遗传性肿瘤风险评估的发展现状和工作流程以及目前遗传性肿瘤风险评估在基因组学护理中的应用现状进行综述，旨在为国内护理事业发展遗传性肿瘤风险评估提供信息。

简介：摘要目的对1例无痛无汗症合并白化病患儿及其父母进行基因变异分析。方法对患儿及其父母进行全外显子组测序(whole exome sequencing，WES)，在未完全找到变异位点的情况下对先证者进行了全基因组测序(whole genome sequencing，WGS)，用Sanger测序对患儿及其父母的变异位点进行了验证。结果WES结果显示患儿NTRK1基因存在c.1729G>C(p.G577R)杂合错义变异，OCA2基因存在c.1363A>G(p.R455G)杂合错义变异和c.1182+1G>A内含子杂合变异。WGS另外检测到了NTRK1基因c.[851-798C>T; 851-794C>G]深度内含子杂合变异。结论患儿同时患有无痛无汗症和白化病两种遗传病，分别由于NTRK1基因复合杂合变异和OCA2基因复合杂合变异引起。在WES没有检测到编码区变异位点的情况下，可以考虑应用WGS对整个基因组进行检测以期找到变异位点。