简介:摘要目的通过构建内源竞争性RNA(ceRNA)网络为探究脑动脉瘤破裂分子机制提供线索。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载含有21个破裂脑动脉瘤和21个未破裂脑动脉瘤组织样本的数据集,利用加权基因共表达网络和差异基因表达分析方法分别获得与脑动脉瘤破裂相关的信使RNA(mRNA)和长链非编码RNA(lncRNAs),并基于miRWalk2.0和miRcode数据库及文献证据分别预测和筛选与上述mRNA和lncRNA相互作用的微小RNA(miRNAs);最后,通过分析mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA相互关系构建脑动脉瘤破裂相关的ceRNA网络。结果通过共表达网络和差异基因分析共获得与脑动脉瘤破裂相关的470个mRNAs和78个lncRNAs,数据库预测到49个miRNAs可与上述mRNAs和lncRNAs结合,结合文献证据共筛选出13个miRNAs、7个lncRNAs和73个mRNAs构建ceRNA网络。结论通过生物信息学分析构建了一个包含13个miRNAs、7个lncRNA和73个mRNAs的ceRNA网络,为探究脑动脉瘤破裂具体分子机制提供了线索。
简介:摘要创面愈合作为重要的公共卫生问题之一,一直是世界性难题。由于独特的生物创面环境,创面愈合是一个非常复杂的过程,目前治疗周期长、疗效欠佳,患者经济负担重。越来越多的研究表明,非编码RNA(ncRNA)在创面愈合过程中扮演着重要角色。竞争性内源性RNA(ceRNA)假说是近些年新提出的一种RNA相互调控假说,该假说提出了不同RNA之间的一种“交流方式”。ceRNA调控网络(ceRNET)将蛋白质编码mRNA的功能与ncRNA(如微小RNA、长链非编码RNA、假基因和环状RNA)的功能联系起来。最新的研究表明,ceRNA在创面愈合过程中发挥重要作用,这可能为创面愈合提供新的有效治疗靶标。本文从ceRNET着手,系统综述各种ceRNA在创面愈合中的作用研究进展及未来研究的挑战,旨在深入探究ceRNA在创面愈合过程中的分子机制及临床意义。
简介:摘要目的构建胃癌相关竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探索胃癌发生、发展的分子机制。方法应用生物芯片技术测定胃癌及对应癌旁组织的信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,应用R软件中的edgeR包筛选差异表达基因并绘制火山图,基于miRNA-lncRNA在线预测工具lncBase数据库和miRNA靶基因预测数据库预测mRNA、miRNA和lncRNA的相互作用关系,采用Cytoscape软件构建胃癌lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,根据cytohubba计算各节点degree得分筛选关键基因(hub基因)。运用注释、可视化和集成发现数据库(DAVID),对差异表达的mRNA进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。在OncoLnc数据库中,选择肿瘤基因组计划(TCGA)数据集的胃癌项目,输入hub基因,以标准化后基因表达量中位数为界值,将样本分为高表达组和低表达组,并进行生存分析。结果共筛出差异表达的mRNA 766个,miRNA 10个,lncRNA 110个,其中90个mRNA、6个miRNA和4个lncRNA构成ceRNA网络,20个hub基因中有2个与患者预后有关。经TCGA胃癌数据库验证,LncRNA MAP3K20的反义RNA 1(MLK7-AS1)、分泌性磷酸化糖蛋白(SPP1)、硫酸酯酶1(SULF1)hsa-miR-1307-3p等基因在胃癌组织生物芯片中高表达,金属硫蛋白2A(MT2A)、金属硫蛋白1X(MT1X)等基因低表达,与TCGA胃癌数据库一致。生物学功能和通路分析显示,差异表达的mRNA主要在生物学过程(BP)和矿物吸收的通路中显著富集。在TCGA胃癌数据中,碳水化合物磺基转移酶1(CHST1)和miR-183-5p均与患者生存时间有关,CHST1表达量越高患者生存时间越短,而miR-183-5p表达量越高患者生存时间越长。结论胃癌ceRNA网络的构建有助于深入了解胃癌的分子生物学机制,CHST1和mi-183-5p可作为胃癌预后的预测指标。
简介:摘要子痫前期是妊娠期特有并发症,具体发病机制尚不明确,早期诊断及治疗方法尚不完善,选择合适的时机及时终止妊娠成为预防该病进一步发展和避免不良妊娠结局的唯一途径。近年来,随着深入研究发现非编码RNA与滋养层细胞的增殖、凋亡等重要过程相关,且这些非编码RNA之间可以相互调控,形成错综复杂的竞争性内源性RNA调控网络。本文主要介绍非编码RNA在调控子痫前期患者滋养层细胞侵袭和增殖中的生物学作用,以及这些非编码RNA之间可能存在的相互调控关系,并简要分析非编码RNA作为诊断子痫前期的生物标志物及相应治疗靶点的潜在临床应用价值。
简介:摘要椎间盘退变(IDD)是骨科脊柱疾病最常见的疾病之一,其主要包括髓核、纤维环以及软骨板的退变。椎间盘退变的病因复杂多样,发病机制尚不清楚,制约了其长期有效的诊断和治疗。近年来,基因技术的发展为IDD发生机制研究和诊疗提供了新的思路。越来越多的研究表明,长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)以及信使RNA(mRNA)等与IDD的发生、发展密切相关。进一步研究结果显示,上述RNAs主要通过竞争性结合微小RNA(miRNA)发挥调节彼此表达水平的作用,从而在IDD发生机制中扮演着重要的角色,而这一类型的RNAs被称之为竞争性内源RNA(ceRNA)。随着椎间盘退变机制研究的深入,ceRNAs调控椎间盘髓核细胞(NPC)凋亡、细胞外基质(ECM)代谢、髓核细胞氧化应激反应等作用逐渐被阐明。本文将ceRNAs的生物学功能以及其在IDD分子作用机制中的作用研究进展作一综述。
简介:摘要目的通过生物信息学分析建立结直肠癌竞争性内源RNA(ceRNA)网络,对筛选出的ceRNA C14orf132-GAS1的表达及意义进行探讨。方法基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库对结直肠癌数据集进行分析,筛选差异表达的长非编码RNA(lncRNA)和mRNA,采用倍数法(fold change)和t检验识别差异表达基因,校正后P<0.05且|log2 fold change|>1的基因被鉴定为差异表达基因。采用超几何检验方法筛选出lncRNA-mRNA形成的ceRNA对,并对可能的靶微小RNA(miRNA)进行筛选。从TCGA数据库下载结直肠癌临床数据集。使用R包的"survival"和"survminer"进行生存分析。选取30例新鲜的结直肠癌及癌旁组织,应用荧光实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)对筛选出的ceRNA对和miRNA进行检测,并对这些分子间的相关关系进行Pearson相关分析。结果肿瘤组织中上调的mRNA数量为1 731,下调的为3 691;上调的lncRNA为1 126,下调的为2 105;上调的miRNA为14,下调的为190。经过筛选,确定C14orf132-miR-33a-GAS1轴可能为结直肠癌进展中有重要意义的ceRNA。生物信息学结果显示,C14orf132-GAS1作为ceRNA对,在肿瘤中表达水平(13.37±1.76、14.45±4.55)低于正常组织(15.71±0.62、16.00±2.42,t=-9.44、-2.40,P<0.05);miR-33a在肿瘤中表达水平(5.53±1.84)高于正常组织(3.25±0.77,t=4.10,P<0.01)。组织验证结果与生物信息学结果符合。结论由C14orf132-miR-33a-GAS1轴形成的ceRNA机制可能在结直肠癌进展过程中发挥重要作用。
简介:摘要:竞争性谈判和竞争性磋商的具体程序在政府采购法律法规中没有明确规定,如何提高谈判和磋商效率,同时避免水利招投标程序漏洞和质疑的发生,需要在制定采购文件时综合考虑。本文重点围绕竞争性谈判和竞争性磋商的程序展开分析。
简介:摘要竞争内源性RNA(ceRNAs)是基于共享微小RNA(miRNA,miR)反应元件构建的转录调控体系,长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNAs)及假基因均被证明可作为ceRNAs参与ceRNA网络的构建,上述ncRNAs可竞争结合miRNA,影响靶基因的翻译或稳定性,从而实现转录水平的基因调节。结肠直肠癌(CRC)是全球第三常见及第二位肿瘤致死疾病,越来越多的证据表明,ceRNAs、miRNAs的异常表达与CRC的发生、发展密切相关。本文综述了lncRNA、circRNA及假基因分别作为ceRNAs在ceRNA网络中同miRNA及mRNA之间的相互作用,并参与CRC增殖、上皮-间充质转化(EMT)、迁移、侵袭及放化疗抵抗等过程,以更好地了解ceRNA网络在CRC发病机制中的作用。讨论了目前关于ceRNA研究的不足及其作为CRC治疗靶点的可能性。