简介:摘要目的构建胃癌相关竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探索胃癌发生、发展的分子机制。方法应用生物芯片技术测定胃癌及对应癌旁组织的信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,应用R软件中的edgeR包筛选差异表达基因并绘制火山图,基于miRNA-lncRNA在线预测工具lncBase数据库和miRNA靶基因预测数据库预测mRNA、miRNA和lncRNA的相互作用关系,采用Cytoscape软件构建胃癌lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,根据cytohubba计算各节点degree得分筛选关键基因(hub基因)。运用注释、可视化和集成发现数据库(DAVID),对差异表达的mRNA进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。在OncoLnc数据库中,选择肿瘤基因组计划(TCGA)数据集的胃癌项目,输入hub基因,以标准化后基因表达量中位数为界值,将样本分为高表达组和低表达组,并进行生存分析。结果共筛出差异表达的mRNA 766个,miRNA 10个,lncRNA 110个,其中90个mRNA、6个miRNA和4个lncRNA构成ceRNA网络,20个hub基因中有2个与患者预后有关。经TCGA胃癌数据库验证,LncRNA MAP3K20的反义RNA 1(MLK7-AS1)、分泌性磷酸化糖蛋白(SPP1)、硫酸酯酶1(SULF1)hsa-miR-1307-3p等基因在胃癌组织生物芯片中高表达,金属硫蛋白2A(MT2A)、金属硫蛋白1X(MT1X)等基因低表达,与TCGA胃癌数据库一致。生物学功能和通路分析显示,差异表达的mRNA主要在生物学过程(BP)和矿物吸收的通路中显著富集。在TCGA胃癌数据中,碳水化合物磺基转移酶1(CHST1)和miR-183-5p均与患者生存时间有关,CHST1表达量越高患者生存时间越短,而miR-183-5p表达量越高患者生存时间越长。结论胃癌ceRNA网络的构建有助于深入了解胃癌的分子生物学机制,CHST1和mi-183-5p可作为胃癌预后的预测指标。
简介:摘要目的基于miRNA-mRNA调控网络进行生物信息学分析,探讨骨关节炎病变的相关分子机制。方法从GEO数据库下载人血清样本miRNA表达数据集,通过R语言limma包获取差异表达miRNA,采用miRwalk 2.0版数据库预测其对应靶基因(mRNA),并构建miRNA-mRNA调控网络。对靶基因进行功能GO分析和KEGG信号通路分析,构建靶基因所编码的蛋白质相互作用网络(PPI),从中筛选出骨关节炎病变的核心基因。结果共筛选出7个差异表达的miRNA(表达均为下调)和900个mRNA,这些基因主要涉及蛋白结合、DNA结合、转录等生理过程,参与Cell cycle、p53、Neurotrophin、PI3K-Akt等信号通路。蛋白相互作用分析表明MAPK1、TP53、MAPK14、CCND1、EP300、POLR2E、POLR2F、ABL1、RAC1、SKIV2L2为该调控网络的核心靶基因。结论OA的发生和发展涉及多个的miRNA、靶基因和作用途径,而通过构建骨关节炎相关miRNA-mRNA调控网络,可为找出骨关节炎病的分子机制和今后临床上诊疗提供新的思路。
简介:摘要创面愈合作为重要的公共卫生问题之一,一直是世界性难题。由于独特的生物创面环境,创面愈合是一个非常复杂的过程,目前治疗周期长、疗效欠佳,患者经济负担重。越来越多的研究表明,非编码RNA(ncRNA)在创面愈合过程中扮演着重要角色。竞争性内源性RNA(ceRNA)假说是近些年新提出的一种RNA相互调控假说,该假说提出了不同RNA之间的一种“交流方式”。ceRNA调控网络(ceRNET)将蛋白质编码mRNA的功能与ncRNA(如微小RNA、长链非编码RNA、假基因和环状RNA)的功能联系起来。最新的研究表明,ceRNA在创面愈合过程中发挥重要作用,这可能为创面愈合提供新的有效治疗靶标。本文从ceRNET着手,系统综述各种ceRNA在创面愈合中的作用研究进展及未来研究的挑战,旨在深入探究ceRNA在创面愈合过程中的分子机制及临床意义。
简介:摘要目的通过构建内源竞争性RNA(ceRNA)网络为探究脑动脉瘤破裂分子机制提供线索。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载含有21个破裂脑动脉瘤和21个未破裂脑动脉瘤组织样本的数据集,利用加权基因共表达网络和差异基因表达分析方法分别获得与脑动脉瘤破裂相关的信使RNA(mRNA)和长链非编码RNA(lncRNAs),并基于miRWalk2.0和miRcode数据库及文献证据分别预测和筛选与上述mRNA和lncRNA相互作用的微小RNA(miRNAs);最后,通过分析mRNA-miRNA和lncRNA-miRNA相互关系构建脑动脉瘤破裂相关的ceRNA网络。结果通过共表达网络和差异基因分析共获得与脑动脉瘤破裂相关的470个mRNAs和78个lncRNAs,数据库预测到49个miRNAs可与上述mRNAs和lncRNAs结合,结合文献证据共筛选出13个miRNAs、7个lncRNAs和73个mRNAs构建ceRNA网络。结论通过生物信息学分析构建了一个包含13个miRNAs、7个lncRNA和73个mRNAs的ceRNA网络,为探究脑动脉瘤破裂具体分子机制提供了线索。
简介:摘要子痫前期是妊娠期特有并发症,具体发病机制尚不明确,早期诊断及治疗方法尚不完善,选择合适的时机及时终止妊娠成为预防该病进一步发展和避免不良妊娠结局的唯一途径。近年来,随着深入研究发现非编码RNA与滋养层细胞的增殖、凋亡等重要过程相关,且这些非编码RNA之间可以相互调控,形成错综复杂的竞争性内源性RNA调控网络。本文主要介绍非编码RNA在调控子痫前期患者滋养层细胞侵袭和增殖中的生物学作用,以及这些非编码RNA之间可能存在的相互调控关系,并简要分析非编码RNA作为诊断子痫前期的生物标志物及相应治疗靶点的潜在临床应用价值。
简介:摘要环状核糖核酸(circular RNA,circRNA)是一类新型非编码RNA分子,通常表现为共价闭合的环状分子,同时缺少5′帽和3′尾。它在真核生物中大量存在,成为近年来RNA领域的研究热点。环状RNA具有多种功能,例如丰富的表达,细胞或组织特异性表达,以及对RNA酶引起的更高降解抵抗力。它与组织发育和疾病发生发展密切相关,在多种疾病的发病和发展中发挥重要作用,并且可作为新型疾病分子标志物。因此,该综述总结了circRNA在内分泌疾病调控中的最新研究进展,以更好地了解内分泌疾病的生物学机制。
简介:摘要椎间盘退变(IDD)是骨科脊柱疾病最常见的疾病之一,其主要包括髓核、纤维环以及软骨板的退变。椎间盘退变的病因复杂多样,发病机制尚不清楚,制约了其长期有效的诊断和治疗。近年来,基因技术的发展为IDD发生机制研究和诊疗提供了新的思路。越来越多的研究表明,长链非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA)以及信使RNA(mRNA)等与IDD的发生、发展密切相关。进一步研究结果显示,上述RNAs主要通过竞争性结合微小RNA(miRNA)发挥调节彼此表达水平的作用,从而在IDD发生机制中扮演着重要的角色,而这一类型的RNAs被称之为竞争性内源RNA(ceRNA)。随着椎间盘退变机制研究的深入,ceRNAs调控椎间盘髓核细胞(NPC)凋亡、细胞外基质(ECM)代谢、髓核细胞氧化应激反应等作用逐渐被阐明。本文将ceRNAs的生物学功能以及其在IDD分子作用机制中的作用研究进展作一综述。
简介:摘要目的探讨血浆微小核糖核酸-101-3p(miR-101-3p)及微小核糖核酸-141-3p(miR-141-3p)在脓毒症患儿中的表达及其临床意义。方法选择2016年1月至2019年10月三亚市人民医院收治的153例脓毒症患儿,根据其病情严重程度分为脓毒症非休克组(94例)和脓毒症休克组(59例);根据脓毒症患儿28 d的生存情况,将其分为存活组(107例)和死亡组(46例),另选取60例健康儿童作为健康对照组。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)检测所有研究对象血浆miR-101-3p及miR-141-3p表达水平。应用受试者工作特征曲线(ROC)分析血浆miR-101-3p、miR-141-3p及降钙素原(PCT)水平对脓毒症诊断及预后评估的价值。采用Pearson相关分析脓毒症患儿血浆miR-101-3p及miR-141-3p表达水平与PCT、急性生理和慢性健康Ⅱ(APACHE Ⅱ)评分、序贯器官衰竭评分(SOFA评分)、白细胞计数及C反应蛋白水平的相关性。结果脓毒症休克组和脓毒症非休克组血浆miR-101-3p、miR-141-3p及PCT水平均高于健康对照组,差异均有统计学意义(均P<0.001),且脓毒症休克组血浆miR-101-3p(4.25±1.46比1.86±0.75)、miR-141-3p(3.17±1.08比1.20±0.52)及PCT[(20.75±9.36) μg/L比(5.80±2.40) μg/L]水平均明显高于脓毒症非休克组,差异均有统计学意义(均P<0.001)。死亡组和存活组血浆miR-101-3p、miR-141-3p及PCT水平均明显高于健康对照组,差异均有统计学意义(均P<0.001),且死亡组血浆miR-101-3p(4.83±1.62比1.40±0.58)、miR-141-3p(3.50±1.13比0.96±0.47)及PCT[(26.30±11.72) μg/L比(3.25±2.16) μg/L]水平均明显高于存活组,差异均有统计学意义(均P<0.001)。ROC曲线分析显示,miR-101-3p、miR-141-3p及PCT联合诊断脓毒症的曲线下面积(AUC)和95%可信区间(95%CI)明显高于miR-101-3p、miR-141-3p或PCT单独指标[0.908(0.850~0.970)比0.810(0.748~0.873)、0.784(0.723~0.844)、0.825(0.764~0.883),Z1=4.682、Z2=5.380、Z3=4.417,均P<0.05],其敏感度为92.5%,特异度为84.0%。miR-101-3p、miR-141-3p及PCT联合预测脓毒症患儿死亡的AUC和95%CI明显高于miR-101-3p、miR-141-3p或PCT单独指标[0.930(0.872~0.986)比0.848(0.786~0.907)、0.792(0.730~0.853)、0.820(0.762~0.878),Z1=4.537、Z2=5.728、Z3=5.106,均P<0.05],其敏感度为94.6%,特异度为87.0%。相关性分析显示,脓毒症患儿血浆miR-101-3p及miR-141-3p表达水平与PCT(r=0.804、0.773,均P<0.001)、APACHE Ⅱ评分(r=0.738、0.695,均P<0.001)及SOFA评分(r=0.752、0.764,均P<0.001)均呈正相关。结论脓毒症患儿血浆miR-101-3p及miR-141-3p表达水平明显升高,与脓毒症患儿的严重程度相关,miR-101-3p及miR-141-3p联合PCT对儿童脓毒症诊断及预后评估具有较高价值。
简介:摘要目的探讨长基因间非蛋白质编码核糖核酸174(LINC00174)调控骨质疏松分子机制。方法选择烟台山医院47例骨质疏松症患者和47例正常健康人为研究对象。人骨髓间充质干细胞(hBMSCs)购自美国ScienCell公司。过表达LINC00174质粒(pcDNA-LINC00174)、过表达阴性对照(pcDNA-NC)、LINC00174小干扰RNA(si-LINC00174)、小干扰RNA阴性对照(si-NC)转染至hBMSCs。实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测基因信使核糖核酸(mRNA)表达;噻唑蓝(MTT)检测细胞增殖活性;流式细胞仪检测细胞凋亡率;蛋白质印迹法检测蛋白表达;酶联免疫吸附法检测丙二醛(MDA)、超氧化物歧化酶(SOD)及过氧化氢酶(CAT)水平。两组间比较行t检验,多组间比较采用单因素方差分析,组间两两比较采用LSD-t检验。结果骨质疏松症患者血清中LINC00174表达水平显著高于健康对照(2.38±0.21比1.00±0.11),差异有统计学意义(t=39.908,P<0.05)。pcDNA-LINC00174组hBMSCs细胞LINC00174表达(3.01±0.25比1.00±0.08)、凋亡率[(23.25±1.42)%比(12.46±1.07)%]和活化的天冬氨酸蛋白水解酶3(cleaved Caspase-3)表达(0.75±0.05比0.39±0.03)显著高于pcDNA-NC组,增殖活性(0.53±0.04比0.91±0.06)、细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、(0.42±0.05比0.86±0.06)、碱性磷酸酶(ALP)(0.37±0.03比0.65±0.05)、Runt相关转录因子2(RUNX2)(0.41±0.04比0.83±0.06)和骨钙蛋白(OCN)(0.27±0.03比0.72±0.05)蛋白表达显著低于pcDNA-NC组,差异有统计学意义(t=15.671、20.877、9.564、12.431、17.498、21.652、18.932、21.774,P<0.05)。si-LINC00174组hBMSCs细胞LINC00174表达(0.38±0.04比1.01±0.09)、凋亡率[(8.46±0.78)%比(13.73±1.43)%]和cleaved Caspase-3(0.26±0.02比0.45±0.04)表达显著低于si-NC组,增殖活性(1.21±0.08比0.78±0.05)、Cyclin D1(0.78±0.06比0.54±0.04)、ALP(0.75±0.06比0.49±0.04)、RUNX2(0.89±0.06比0.53±0.05)和OCN(0.92±0.06比0.68±0.05)蛋白表达显著高于si-NC组,差异有统计学意义(t=13.032、16.541、10.125、19.356、15.238、18.981、9.237、11.343,P<0.05)。pcDNA-LINC00174组hBMSCs细胞Nrf2(0.39±0.03比0.88±0.06)和Kelch样环氧氯丙烷相关蛋白1(Keap1)(0.24±0.02比0.59±0.05)蛋白表达显著低于pcDNA-NC组,差异有统计学意义(t=17.238、14.045,P<0.05)。si-LINC00174组hBMSCs细胞核因子红系2相关因子2(Nrf2)(0.94±0.05比0.72±0.04)和Keap1(0.86±0.05比0.47±0.04)蛋白表达显著高于si-NC组,差异有统计学意义(t=13.032、16.541,P<0.05)。结论LINC00174可调控骨质疏松,其机制可能与通过Nrf2/Keap1信号通路调控hBMSCs增殖、成骨细胞分化、凋亡及氧化应激有关。