简介:摘要目的研究同源盒A(homebox A,HOXA)家族基因在肺鳞癌中的表达、预后价值及潜在分子机制。方法利用基因芯片技术检测HOXA家族基因在广西医科大学第一附属医院2017年8月至2017年10月收集的3对肺鳞癌及癌旁组织标本中的表达量,并整合其他多种技术分析计算标准化均数差(SMD)评价HOXA家族基因在1 214例肺鳞癌和1 139例非癌肺样本中的差异。绘制Kaplan-Meier曲线并通过Cox比例风险分析计算风险率(HR)评价HOXA家族各基因表达对肺鳞癌患者总体生存的影响。使用Pearson检验分析测序数据中HOXA家族基因在肺鳞癌中的甲基化程度与表达值的相关性。结果HOXA9、HOXA10、HOXA7、HOXA1和HOXA13在肺鳞癌中显著高表达(SMD=1.14、0.41、0.61、1.72、1.03);HOXA5在肺鳞癌中显著低表达(SMD=-1.21)。HOXA家族中高表达基因的预后模型具有显著的预后分层价值(HR=1.41,P<0.05)。HOXA家族基因在肺鳞癌中的表达值与甲基化程度呈显著负相关(r=-0.640,P<0.05)。结论HOXA家族基因在肺鳞癌中的表达受异常甲基化的调控。HOXA家族联合预后模型有望应用于肺鳞癌患者的临床预后评估。
简介:目的检测配对盒家族基因1(PAX1)在不同宫颈病变宫颈脱落细胞中的甲基化水平,评估其作为宫颈上皮细胞癌变分子标志物的价值。方法采用焦磷酸测序法检测PAX1基因的甲基化情况。比较正常组织与低级别宫颈鳞状上皮内病变(LSIL)、高级别宫颈鳞状上皮内病变(HSIL)和宫颈癌组织(各组20例)甲基化水平的差异。并采用受试者工作特性曲线(ROC)确定癌变组与非癌变组之间的判别临界值。结果①正常宫颈组PAX1基因甲基化水平为(4.57±2.43)%,LSIL组为(3.383±2.364)%,HSIL组为(13.64±13.35)%,宫颈癌组为(26.39±18.53)%,其中正常宫颈组与LSIL组PAX1基因甲基化水平比较,差异无统计学意义(P〉0.05),其他各组间比较,差异均有统计学意义(P〈0.05)。②ROC曲线下面积(AUC)为0.893,提示有较高的诊断价值。取PAX1甲基化水平27%作为临界值,检测灵敏度为97.1%,特异度为85.2%。结论焦磷酸测序法PAX1基因甲基化水平定量检测对于宫颈癌早期临床诊断具有潜在的诊断价值。
简介:摘要鼻咽癌是我国常见的恶性肿瘤之一,其相关性因素有EB病毒感染,化学致癌因素,遗传因素,其中鳞状细胞癌比较常见,为此众多学者对其作出了广泛的研究和关注。虽然目前鼻咽癌的病因尚未知晓,但大多数学者认为其病因如同其他很多恶性肿瘤一样,鼻咽癌的发生、发展是各种致癌因素共同作用的结果,地域,生活习惯、职业、暴露致癌物质情况、发病年龄,癌基因与抑癌基因失控以及机体的免疫功能状况等因素1。这种病在早期鼻咽癌有多种症状。常见临床症状为鼻塞、涕中带血、耳闷堵感、听力下降、复视及头痛等,或回吸后咳出血痰。由于早期症状并不明显,所以这些症状被误认为是鼻炎或鼻窦炎,所以很容易被忽视。而我国的鼻咽癌发病率则是世界上最高的国家之一,西方基本上没有患者患有鼻咽癌。根据统计,世界上将近八成的鼻咽癌患者都是发生在中国的,南方的鼻咽癌发病几率要比比方比较高,主要在广东,广西,福建等地发生,浙江也属于鼻咽癌的高发地,鼻咽癌的发生几率其实和遗传环境还有生活习惯有着紧密的联系,鼻咽癌患者有三成左右都有家族的历史。其中华南地区、广东和香港等地属于高发地区,比其他国家高出100倍以上。目前还未查出鼻咽癌的发病机制,大多人认为是遗传、病毒感染和环境等因素导致的。有学者提出三次打击学说对鼻咽癌进行解释某些家族性病例会携带种系突变,再加上EB病毒和环境因素的综合作用造成鼻咽癌的发生。而且鼻咽癌具有鲜明的家族聚集性特征,某个家族出现鼻咽癌病史,其他的家族成员患上鼻咽癌的几率比正常人要高出很多。我国的鼻咽癌高发区居民移居他国后,其发病率就会有所降低,但与当地居民相比还是略高一筹,这种情况充分说明鼻咽癌受到了遗传因素的影响。因此本文就鼻咽癌与MTS1基因分子的相关性进行了研究,现报道如下。
简介:类Y染色体编码睾丸特异蛋白基因家族(Testis—specificproteinYencoded-like,TSPYL)编码一类具有参与核小体装配,维持细胞活力状态功能的蛋白。这些蛋白在人体内分部广泛,并参与机体的多种生理病理过程。近期研究表明该类基因的变异及其表观遗传学调控与某些发育性疾病和肿瘤的发生发展有较为密切的关系。通过研究TSPYL类基因的生物学特性和功能,以及与其相关疾病的关系,可为今后的基因靶向治疗提供新的方向和策略。
简介:摘要目的探讨四关节盒1(FJX1)基因在结直肠癌中的差异表达及其与预后的关系,以及相关作用机制。方法于2021年7月16日,从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载结直肠癌的转录组数据以及临床资料,分析FJX1 mRNA在结直肠癌肿瘤组织和癌旁组织中的表达情况、FJX1 mRNA与患者临床病理特征和预后的关系;绘制受试者工作特征(ROC)曲线,评估FJX1 mRNA预测结直肠癌患者生存的价值;采用Cox比例风险模型评估FJX1 mRNA是否为结直肠癌独立的预后影响因素。从基因表达综合(GEO)数据库中下载结直肠癌患者总生存(OS)时间和生存状态,分析FJX1 mRNA与预后的关系。从加州大学圣克鲁斯分校(UCSC xena)数据库中下载结直肠癌的甲基化数据,确定FJX1 mRNA各位点的甲基化程度及FJX1 mRNA的表达水平与各位点甲基化程度的相关性。采用基因集合富集分析法(GSEA)(4.1.0)分析结直肠癌中与FJX1 mRNA相关的信号通路。利用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库研究FJX1 mRNA与肿瘤浸润免疫细胞的相关性。采用Spearman分析与小分子/药物敏感性分析探讨FJX1 mRNA表达水平与药物敏感性的相关性。结果TCGA数据库612例结直肠癌的转录组数据中,FJX1 mRNA在肿瘤组织中较癌旁组织高表达(P<0.001);549例有完整资料结直肠癌患者FJX1 mRNA表达与M分期(P=0.007)、病理分期(Ⅳ期比Ⅰ期,P=0.016;Ⅳ期比Ⅱ期,P=0.03;Ⅳ期比Ⅲ期,P=0.012)相关,与年龄、性别、T分期、N分期均无关(均P>0.05)。TCGA数据库和GEO数据库中,按照FJX1 mRNA表达量的中位值将患者分为高表达组和低表达组,FJX1 mRNA高表达组OS均较低表达组差(均P<0.05)。利用TCGA数据库中数据绘制FJX1 mRNA表达对结直肠癌患者1、3、5年OS率的ROC曲线,曲线下面积(AUC)分别为0.595、0.625、0.764。多因素Cox回归分析结果显示年龄(HR=1.050,95% CI 1.028~1.073,P<0.001)、T分期(HR=1.787,95% CI 1.090~2.927,P=0.021)和FJX1 mRNA高表达(HR=1.160,95% CI 1.049~1.282,P=0.004)是结直肠癌OS较差的独立影响因素。基因集合富集分析发现FJX1 mRNA与结直肠癌、TGF-β信号通路、VEGF信号通路、Wnt信号通路等有关。结肠癌中FJX1 mRNA的表达与FJX1 mRNA的甲基化程度呈负相关(r=-0.16,P<0.001),直肠癌中FJX1 mRNA的表达与FJX1 mRNA的甲基化程度呈正相关(r=0.33,P<0.001)。FJX1 mRNA表达量与静息记忆CD4+ T细胞、M0型巨噬细胞、静息树突细胞浸润有关。FJX1 mRNA与甲氨蝶呤、5-氟尿嘧啶、吉非替尼等多种化疗药物和肿瘤靶向药物的耐药显著相关。结论FJX1 mRNA可能是结直肠癌潜在的生物标志物,且与免疫细胞浸润有关。
简介:根据拟南芥的MIKC型MADS—box蛋白序列构建HMM(hiddenmarkovmodel)模型,在大豆基因组中确定了57个MIKC型MADS-box同源基因。分子进化树分析表明,57个大豆MIKC型MADS-box基因分为14个亚类,而MIKC^+型基因又分为两个进化支。控制花形态建成的ABCDE同源异型基因(如AP1,AG,AP3和PI等)和重要的控制开花时间的基因(如SVP和SOCl)在大豆基因组中表现出多拷贝的特征。MEME和SMART分析表明,大豆和拟南芥MIKC型MADS—box基因具有保守的MADS和K-box基序,还有一些亚类具有特异的基序。MIKC型MADS—box基因结构较为保守,多数基因具有7~8个外显子。本研究得到的MIKC型MADS—box基因为下一步研究大豆花形态建成和开花时间调控的分子机制提供了重要参考依据。
简介:摘要目的报道一家族性多发脑海绵状血管瘤(CCM)家系中CCM1基因新发突变情况。方法长期跟踪观察于哈尔滨医科大学附属第一医院神经外科确诊的一家族性多发CCM家系,并对家系中部分患者、健康成员的血液和(或)病理组织基因组DNA进行全外显子测序及生物信息学分析以筛选出该家系可能的致病基因,然后对致病基因进行Sanger测序验证及其蛋白产物三维结构预测。结果全外显子测序显示,患者均存在一种CCM1基因缺失-移码突变(c.1635delA),该突变导致参考碱基"T"的缺失且该突变目前尚未被报道,而健康成员未存在上述突变。Sanger测序验证显示,CCM1基因第15号外显子1635处碱基"A"缺失,引起CCM1基因阅读框架改变,导致1652~1654位的核苷酸提前出现终止密码子TAG。蛋白产物三维结构预测显示该新发突变可能导致KRIT1蛋白功能区(C-末端)的Ferm-3结构域部分缺失。结论一种CCM1基因新发缺失-移码突变(c.1635delA)致使该家系中家族性多发CCM的发生。
简介:摘 要:TCP蛋白家族是一类植物特有的转录因子家族,它们参与了植物的多种生理生化过程,具有重要的调控作用。根据其代表成员TB1,CYC和PCFs 的首位字母缩写,把含有这段保守氨基酸序列的基因命名为TCP,把这段保守氨基酸序列命名为TCP结构域(Cubas et al.,1999)。TCP结构域中的螺旋-环-螺旋区域(bHLH)含有两个由保守的亲水氨基酸所构成的中性螺旋结构和一个在中间负责连接两个螺旋区域的环结构。目前对TCP转录因子家族的研究主要是模式植物拟南芥、水稻和玉米,对蔬菜和果树尤其是苹果的研究报道还非常少。进一步研究TCP在苹果生长发育和代谢过程方面的功能是下一步的研究重点。
简介:摘要目的分析滇南地区人群溶质载体有机阴离子转运蛋白家族1b1(SLCO1B1)和载脂蛋白E(ApoE)基因分布情况。方法回顾性分析云南省滇南中心医院(红河哈尼族彝族自治州第一人民医院)2019年5月至2020年6月诊治的患者104例的资料,分析SLCO1B1和ApoE基因分布情况,分析其与民族、性别及年龄的关系,并与其他地区进行比较。结果滇南地区人群SLCO1B1基因的5种表型*1a/*1a、*1a/*1b、*1b/*1b、*1a/*15、*1b/*15所占比例分别为4.81%、32.69%、42.31%、12.50%、7.69%,未检测到*1a/*5、*5/*5、*5/*15和*15/*15,携带SLCO1B1正常代谢型占79.81%,中间代谢型占20.19%,未检测到弱代谢型。滇南地区人群ApoE基因的5种表型E2/E2、E2/E3、E3/E3、E3/E4、E4/E4所占比例分别为0.96%、16.35%、70.19%、11.54%、0.96%,未检测到E2/E4基因,ApoE保护型基因、正常型基因及风险型基因的人群占比分别为17.31%、70.19%及12.50%。SLCO1B1和ApoE基因的多态性位点突变频率观察值符合Hardy-Weinberg遗传平衡(P > 0.05),具有恒定性及群体代表性。使用Fisher检验发现,滇南地区人群少数民族与汉族SLCO1B1基因分布差异有统计学意义(P=0.013),不同性别及不同年龄的SLCO1B1基因分布差异无统计学意义(P > 0.05),少数民族与汉族、不同性别及不同年龄的ApoE基因分布差异均无统计学意义(均P > 0.05)。结论滇南地区人群SLCO1B1基因与民族有关,与性别及年龄无关;ApoE基因与民族、性别及年龄无关。
简介:目的对北京大学人民医院不同年度临床分离的铜绿假单胞菌进行整合子基因盒检测,分析其变化趋势及其与细菌耐药性的相关性。方法应用PCR对2006--2008年临床分离的420株铜绿假单胞菌进行整合子检测,对阳性PCR产物采用HinfI内切酶作限制片段多态性(RFLP)分析进行整合子分类,并对整合子阳性株进行耐药基因盒的扩增与测序。结果420株铜绿假单胞菌中116株(27.6%)检出I类整合子,未检出Ⅱ、Ⅲ类整合子。对2006年及2008年的整合子阳性菌株可变区基因盒扩增得到7种不同的基因盒图谱,片段大小在710~2526bp,基因盒为介导氨基糖苷类抗生素耐药的aadB、aadA族和介导甲氧苄啶耐药的dfrA1和dhfrXVB。结论该院铜绿假单胞菌中整合子检出率随年度呈上升趋势,携带的基因盒与其耐药表型有相关性。
简介:摘要目的总结APOB基因变异致纯合型家族性低β脂蛋白血症(Ho-FHBL)的基因型与临床特点。方法回顾性病例总结2021年5月复旦大学附属儿科医院肝病病区诊治的1例Ho-FHBL患儿的病史、体征、实验室检查、肝脏病理等临床资料及基因检测的特点,并分别以“家族性低β脂蛋白血症”“低β脂蛋白血症”“低β-脂蛋白血症”“低脂蛋白血症”“familial hypobetalipoproteinemia”“hypobetalipoproteinemias”“hypo beta lipoproteinemia”“hypolipoproteinemias”为检索词,对中国知网、万方、维普、中国生物医学文献数据库、PubMed数据库建库至2022年5月的相关文献进行检索,总结APOB基因变异致Ho-FHBL的临床及遗传学特点。结果患儿,男,4岁6月龄,因“发现肝功能异常8个月”入院,血生化检测提示转氨酶升高,血脂减低。肝组织活检提示脂肪性肝炎伴早期肝硬化形成(Brunt评分F3G2S4),全外显子组测序发现APOB基因2种新变异(c.3745C>T,p.Q1249*,父亲杂合携带;c.4589_4592delinsAGGTAGGAGGTTTAACTCCTCCTACCT,p.T1530Kfs*12,母亲杂合携带),诊断为APOB基因复合杂合变异所致的Ho-FHBL。文献检索到英文文献36篇,中文文献0篇,结合本例,合计55例APOB基因变异致Ho-FHBL,其中男23例、女32例,末次随访年龄1月龄至75岁。共检测到APOB基因致病性变异54种,包括23种移码变异、15种无义变异、8种剪接位点变异、7种错义变异与1种大片段缺失。55例Ho-FHBL患者中28例表现为脂质吸收不良、19例表现为早期生长发育不良、12例无症状。21例患者出现脂溶性维生素缺乏相关表现,其中棘红细胞增多症14例、神经症状10例、眼部病变6例。34例患者肝脏受累,包括转氨酶升高25例、脂肪肝21例、肝肿大15例、肝纤维化9例、肝硬化3例、肝血管瘤和肝肿瘤性结节各1例。结论Ho-FHBL中APOB基因变异以移码变异与无义变异为主,患者可表现为脂质吸收不良和(或)早期生长发育不良,也可无任何症状,肝脏受累多见。
简介:摘要随着基因测序技术的发展,目前已在编码NMDA受体的GRIN基因家族中发现了多种变异。这些变异与神经发育障碍相关,通过对变异受体的功能进行药理学分析,可能揭示相关疾病的分子机制,并进一步探索治疗的策略。本文就NMDA受体的结构和功能以及GRIN家族基因变异相关的神经发育障碍进行综述。