简介:为了解香蕉NBS抗病基因的密码子使用特点,掌握其基因编码规律,以香蕉全基因组NBS基因的74条高置信蛋白编码信息为数据来源,借助CodonW等软件对蛋白质的每个氨基酸编码数据进行了统计分析。结果表明,G+C含量范围为32.8%~45.4%,共鉴定获得了GUC和UAC等8个最优密码子且全部以G或C结尾。中性绘图分析发现,大部分基因分布在对角线及其附近区域,ENC与GC3的关联分析显示大部分基因落在标准曲线附近,这些都表明密码子偏好性受到碱基突变影响较大。密码子各参数相关性分析表明,ENC和G3s、C3s的大小都呈显著负相关,在基因表达密码子使用时,更倾向于选择第三位碱基是G/C的同义密码子。本研究分析了香蕉全基因组NBS基因的密码子偏好性,为通过密码子优化来提高NBS基因在香蕉中的表达,对香蕉进行抗性改良具有十分重要的指导作用。
简介:简单重复序列(SSR)广泛存在于基因组中,是亲缘关系分析、DNA指纹图谱构建和遗传多样性研究领域中非常重要的遗传标记之一。红豆树群体已处于濒危状态,且属无参基因组,其近缘种开发的SSR引物亦很少,为满足红豆树遗传多样性研究及制定合理的保护策略,本研究基于SLAF-seq(specific-locusamplifiedfragmentsequencing)技术对天然群体中典型红豆树进行简化测序,利用MISA软件对测序获得所有SLAF片段进行SSR位点搜索,并对SSR位点特征进行统计分析,最后利用PrimerPremier5.0软件进行引物批量设计。与日本晴水稻的测序数据相比,红豆树参考基因组的双端比对效率为90.14%,酶切效率为92.37%,说明SLAF建库正常;测序Q30为92.32%,GC含量为37.17%,说明达到测序要求。本研究共获得6426462reads和592221个SLAF标签,其中16653个多态性SLAF标签,含有17868个SSR位点,平均每6.98kb就分布有1个SSR位点。不同核苷酸重复类型的基元类型数量及SSR位点数量间差异较大,除单核苷酸外,二、三核苷酸重复类型数量较多,分别占总SSR位点的17.15%和15.02%,其中AT/TA和GAA/TTC基元重复数量最多,分别为1090个(43.1%)和349个(15.2%)。通过批量引物设计共得到2817对引物,以二、三核苷酸类型较多,两者所占比例高达94.8%。结果表明:SLAF-seq技术可以很好的应用于红豆树(无参基因组)SSR位点的开发,基于简化基因组测序数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记开发提供信息,并有助于后续群体遗传多样性和交配系统分析等。
简介:植物生长延缓剂能够抑制植物细胞生长,使植株长得粗壮,根系发达,从而增强植物的抗逆性。试验研究了不同浓度的植物生长延缓剂矮壮素(CCC)和多效唑(PP_(333))对越冬期辣韭矢竹组培苗生长的影响。结果表明:经CCC和PP_(333)处理后的苗木,植株高生长明显降低,而分枝率和分蘖率显著增加;对植株叶绿素荧光参数的影响表现为,PSⅡ最大光化学效率(Fv/Fm)、非光化学猝灭系数(NPQ)和电子传递速率(ETR)均显著上升,光化学量子效率(ΦPSII)和光化学猝灭系数(qP)均显著下降,表明竹苗接受和传递光电子的能力增强,光合潜力上升,光机构得到保护,受低温伤害减轻,植株抗寒性增强。比较不同浓度CCC和PP_(333)的处理效果显示,800mg/L的PP_(333)和3000mg/L的CCC处理的植株均有较好的抗寒能力。综合来看,3000mg/L的CCC对辣韭矢竹苗在寒冷条件下的保护最全面。
简介:【目的】研究烤烟品系LY1306经不同时间干旱胁迫下的生理及基因转录表达的变化,以明确其烟叶应激响应基因表达组学特征。【方法】采用15%PEG-6000处理模拟干旱胁迫,分别测定干旱胁迫处理0h、16h、24h后叶片的超氧化物歧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶活性和丙二醛、脯氨酸含量,并用转录组测序的方法对差异表达基因进行GO、KEGG分析。【结果】LY1306烤烟叶片在15%PEG-6000处理下过氧化物酶和超氧化物歧化酶活性增加较快,脯氨酸含量迅速提高。差异基因GO分析表明盐胁迫响应、赤霉素响应等生物过程,以及细胞质核周区和转录因子活性等功能基因在16h、24h处理的样品中均表现为上调。KEGG代谢通路分析表明,LY1306烤烟叶片植物激素信号转导途径关键基因在干旱处理后16h和24h的处理中均表现为上调。【结论】烤烟LY1306品系在15%PEG干旱胁迫下过氧化物酶和超氧化物歧化酶为其抗旱生理表现的主要应激酶类,同时脯氨酸的积累也起到了积极的抗旱作用。赤霉素等植物激素信号转导途径及多种抗旱相关生物过程和代谢通路的基因表达水平上调,是LY1306烤烟品系抵御和适应干旱胁迫的主要途径。
简介:以3种兰科植物建兰纹瓣兰杂交种(XTW)、春石斛兰(DendrobiumspotRight)和密花石斛(D.densiflorum)为材料,以1/2MS+蔗糖40g/L+卡拉胶8g/L+活性炭1.0g/L为基本培养基(MMS),通过单因素试验,初步探讨了植株成熟度(培养2个月、6个月)和细胞分裂素(TDZ、6-BA)对这三种兰科植物试管花诱导的影响。结果表明,MMS+6-BA1.0mg/L+TDZ0.1mg/L,MMS+6-BA10mg/L+TDZ1.Omg/L对XTW培养2个月的根状茎花芽诱导率分别为3.3%和6.7%;MMS+6-BA5.0mg/L对D.spotRight培养6个月的侧芽花芽诱导率为20%。植株成熟度对这3种兰科植物试管花的诱导有决定性作用,兰科植物试管开花的诱导存在种间差异;3种兰花的营养芽诱导、组培增殖对细胞分裂素(6-BA+TDZ)组合的响应结果存在成熟度与品种方面的差异。