简介:简单重复序列(SSR)广泛存在于基因组中,是亲缘关系分析、DNA指纹图谱构建和遗传多样性研究领域中非常重要的遗传标记之一。红豆树群体已处于濒危状态,且属无参基因组,其近缘种开发的SSR引物亦很少,为满足红豆树遗传多样性研究及制定合理的保护策略,本研究基于SLAF-seq(specific-locusamplifiedfragmentsequencing)技术对天然群体中典型红豆树进行简化测序,利用MISA软件对测序获得所有SLAF片段进行SSR位点搜索,并对SSR位点特征进行统计分析,最后利用PrimerPremier5.0软件进行引物批量设计。与日本晴水稻的测序数据相比,红豆树参考基因组的双端比对效率为90.14%,酶切效率为92.37%,说明SLAF建库正常;测序Q30为92.32%,GC含量为37.17%,说明达到测序要求。本研究共获得6426462reads和592221个SLAF标签,其中16653个多态性SLAF标签,含有17868个SSR位点,平均每6.98kb就分布有1个SSR位点。不同核苷酸重复类型的基元类型数量及SSR位点数量间差异较大,除单核苷酸外,二、三核苷酸重复类型数量较多,分别占总SSR位点的17.15%和15.02%,其中AT/TA和GAA/TTC基元重复数量最多,分别为1090个(43.1%)和349个(15.2%)。通过批量引物设计共得到2817对引物,以二、三核苷酸类型较多,两者所占比例高达94.8%。结果表明:SLAF-seq技术可以很好的应用于红豆树(无参基因组)SSR位点的开发,基于简化基因组测序数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记开发提供信息,并有助于后续群体遗传多样性和交配系统分析等。
简介:为了探究热带地区居民点分布特征及优化模式,采用Voronoi图变异系数与景观格局指数,分析海南省陵水县居民点空间分布特征,利用ArcGIS的空间分析技术,选取髙程、坡向、水源、道路、城镇、商业点、居民点规模和聚集度共8个指标,使用多指标综合评价法,进行陵水县居民点人居适宜性评价及空间格局优化。结果显示:1)陵水县居民点在县级和乡镇级别均呈现髙度集群模式。2)髙程、坡度和道路对居民点分布有显著影响,90%以上的居民点集中在髙程低于海拔100m、坡度<6毅的滨海台地及中部平原地区;60%c的居民点集中在距道路距离<500m的范围内;城镇对于农村居民点的吸引力在2000m以内逐级增加,2000m以外减少,该值可作为城镇划分的参考半径。3)根据人居适宜性,将居民点分为城镇转化型、内部挖潜型、并地改造型和异地迁移型4类,并提出相应优化措施。研究成果将为陵水县居民点空间格局优化,提供可行决策依据。