简介：摘要目的了解分化中晶状体的转录谱，包括mRNA、长链非编码RNA（lncRNA）和环状RNA（circRNA）。方法实验研究。提取人源性分化晶状体RNA并纯化。然后使用Illumina HiSeq 2500对16、23、25周晶状体总RNA样本进行测序，并使用生物信息学工具进行分析，筛选出最高表达和差异表达的mRNA和lncRNA；用维恩图分析3个时期晶状体的重叠基因表达情况；分析晶状体特异性基因的表达趋势，并用实时荧光定量PCR验证。结果在16、23、25周晶状体中分别获得67 518 311、99 440 160和67 262 320条映射序列。基因重叠表达分析显示，前1 000个高表达mRNA、前300个高表达lncRNA和前100个高表达circRNA中分别有740、170、69个在16、23、25周晶状体中同时表达。晶状体特异性基因表达分析显示，晶状体蛋白（CRY）AA、CRYGA、CRYGB、CRYGC、CRYGD、CRYGEP和CRYGS基因表达随晶状体分化时间上调，缝隙连接（GJ）蛋白GJA3和GJA8基因表达随晶状体分化时间下调。结论晶状体转录组表达谱显示不同分化阶段晶状体的高表达mRNA、lncRNA和circRNA中重叠表达者占半数以上，且均高表达晶状体特异性蛋白基因，如CRY、GJ蛋白基因等。（中华眼科杂志，2020，56：356-363）

简介：【摘要】目的：本研究旨在探讨宏基因组二代测序（mNGS）在预测院内感染方面的应用价值，并与常规微生物学检测（CMT）进行比较。方法：我们回顾性分析了2022年1月至2022年12月在我院收治的75例疑似院内感染患者。所有样本都同时进行了CMT和mNGS检测。结果：通过CMT确诊感染的有30例（40%），而通过mNGS确诊的有45例（60%）。统计分析显示，mNGS在诊断准确性（P=0.01）、报告时间（P=0.004）、病原体种类检出（P=0.003）以及混合感染检出率（P=0.01）方面均显著优于CMT。结论：mNGS在院内感染的预测和诊断方面具有高度的应用价值，表现出对多种病原体以及混合感染的高灵敏度和准确度，且能在更短的时间内给出结果。

简介：

简介：摘要胰腺癌病死率高，5年生存率仅有8%。PDAC占所有胰腺恶性肿瘤约90%，早期诊断困难，手术切除是其唯一可能的治愈方法，治疗方式一直缺少突破性进展。二代测序(NGS)可以发现PDAC的突变基因，运用NGS的PDAC分子分型提出了PDAC的潜在治疗靶点和发生机制。NGS还可以应用于生物标志物的检测，有助于早期诊断和术后随访。对患者进行NGS检测可以对药物作用靶点进行筛选，提供个体化治疗的可能。

简介：摘要目的评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本，分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养，结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准，比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能，同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。P<0.05为差异有统计学意义。结果37例患者年龄32～90岁。感染部位：31例为脊柱，6例为其他骨关节。入院前症状：12例患者表现为感染部位疼痛和发热，11例表现为疼痛，5例表现为疼痛和活动受限，5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退，2例表现为疼痛、发热及活动受限，1例表现为疼痛伴体质量减轻，1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物，累计检出频次为42例次，其中细菌39例次(包括10个菌属)，占92.8%(39/42)；真菌2例次，占4.8%(2/42)；柯克斯体1例次，占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例，占78.4%(29/37)；单纯真菌感染2例，占5.4%(2/37)；单纯柯克斯体感染1例，占2.7%(1/37)；5例患者同时检测出两种及以上病原体，占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37)，差异有统计学意义(χ2＝13.987，P<0.05)；29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29)，差异有统计学意义(χ2＝16.913，P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)、1.000(95%CI：1.000～1.000，P<0.05)和0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)，诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗，其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日，1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×109/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L，均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×109/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L]，差异均有统计学意义(t＝6.536、8.302和6.373，P均<0.05)。结论mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序技术（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）在新生儿脓毒症病原诊断及对临床决策中的影响。方法回顾性选择2019年1月至2021年2月复旦大学附属上海市第五人民医院新生儿病房收治的疑似脓毒症、同时行mNGS及血培养检测的新生儿为研究对象，分析mNGS检出病原是否受抗菌药物影响及对临床治疗和管理的影响。结果共收治35例疑似脓毒症、同时行mNGS和血培养检查的患儿，确诊脓毒症24例，其中病原体阳性12例（mNGS+血培养阳性3例，仅mNGS阳性8例，仅血培养阳性1例），确诊脓毒症新生儿中mNGS病原检出率高于血培养检出率（45.8%比16.7%，P=0.049），mNGS和血培养一致性为74.3%。21例（60.0%）检测前使用过抗菌药物，14例未使用过抗菌药物，检测前是否使用抗菌药物mNGS和血培养的病原检出率差异均无统计学意义（19.0%（4/21）比4.8%（1/21），P=0.343；28.6%（4/14）比21.4%（3/14），P=1.000）。8.6%的患儿因mNGS结果调整了临床用药。结论mNGS可提高新生儿脓毒症病原检出率，与血培养有较好的一致性，值得应用于新生儿脓毒症临床诊疗。

简介：摘要目的评价宏基因组二代测序(mNGS)在骨关节感染诊断中的潜在应用价值。方法回顾性分析青岛市胸科医院脊柱外科2019年1月至12月临床确诊为骨关节感染的37例住院患者临床资料。所有患者均经过穿刺或手术途径获取感染病灶核心部位组织样本，分别对样本进行分枝杆菌、需氧菌和厌氧菌常规培养，结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。采用卡方检验或Fisher确切概率法比较mNGS和常规培养病原体及单纯细菌感染检出率。以临床确诊为金标准，比较常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测对骨关节结核分枝杆菌感染的诊断效能，同时采用受试者工作特征曲线(ROC)评估三种方法在骨关节结核诊断中的价值。采用配对t检验比较患者抗感染治疗前后白细胞(WBC)计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白。P<0.05为差异有统计学意义。结果37例患者年龄32～90岁。感染部位：31例为脊柱，6例为其他骨关节。入院前症状：12例患者表现为感染部位疼痛和发热，11例表现为疼痛，5例表现为疼痛和活动受限，5例表现为疼痛、发热、乏力及食欲减退，2例表现为疼痛、发热及活动受限，1例表现为疼痛伴体质量减轻，1例表现为疼痛、发热伴腹泻。mNGS共发现3类病原微生物，累计检出频次为42例次，其中细菌39例次(包括10个菌属)，占92.8%(39/42)；真菌2例次，占4.8%(2/42)；柯克斯体1例次，占2.4%(1/42)。37例患者中单纯细菌感染29例，占78.4%(29/37)；单纯真菌感染2例，占5.4%(2/37)；单纯柯克斯体感染1例，占2.7%(1/37)；5例患者同时检测出两种及以上病原体，占13.5%(5/37)。37例患者mNGS和常规培养病原体检出率分别为100.0%(37/37)和67.6%(25/37)，差异有统计学意义(χ2＝13.987，P<0.05)；29例单纯细菌感染患者mNGS和常规培养检出率分别为100.0%(29/29)和69.0%(20/29)，差异有统计学意义(χ2＝16.913，P<0.05)。常规培养、mNGS和MTB-DNA扩增检测诊断骨关节结核分枝杆菌感染的ROC曲线下面积分别为0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)、1.000(95%CI：1.000～1.000，P<0.05)和0.958(95%CI：0.866～1.000，P<0.05)，诊断效能均较好。37例患者均根据mNGS及常规培养结果进行针对性抗感染药物治疗，其中28例接受手术干预。随访至2020年4月30日，1例患者死亡。随访3个月后患者WBC计数、红细胞沉降率和C-反应蛋白分别为(5.5±1.5)×109/L、(41±38)mm/h和(5.0±4.6)mg/L，均低于抗感染治疗前水平[(8.0±2.9)×109/L、(79±42)mm/h和(63±52)mg/L]，差异均有统计学意义(t＝6.536、8.302和6.373，P均<0.05)。结论mNGS对于骨关节感染的鉴别诊断可能具有重要临床价值。

简介：摘要目的研究宏基因组二代测序技术（mNGS）对不同类型结核病的诊断价值。方法回顾性分析2019年1月1日至12月31日上海市肺科医院收治的行mNGS检测并行结核分枝杆菌（MTB）抗酸染色涂片法、MTB培养法及利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测技术（Xpert MTB/RIF）检测的疑似结核病患者，研究共纳入疑似结核病205例，男120例，女85例，中位年龄为34 （16， 70）岁。其中结核病165例，男92例，女73例，中位年龄30（12， 67）岁；非结核病40例，其中感染性疾病28例，恶性肿瘤12例，男28例，女12例，中位数年龄45（24， 78）岁。以最终诊断为参考标准，计算mNGS对不同类型的结核病（肺结核与肺外结核）及与不同诊断方法诊断效率的差异，P<0.05为差异有统计学意义。结果以临床诊断结果作为参考标准，mNGS诊断结核病的敏感度为60%（99/165，95%CI为0.53~0.67），特异度为100%（40/40，95%CI 为0.90~1.00）， 阳性预测值为100%（99/99， 95%CI为0.95~1.00），阴性预测值为38%（40/106，95%CI为0.29~0.48）。mNGS诊断肺结核的敏感度为59% （59/100），显著高于涂片法（15%，15/100）和培养法（26%，26/100）， 差异均有统计学意义（均P<0.001），但与Xpert法（52%，52/100）比较差异无统计学意义（P=0.090）；mNGS诊断肺外结核的敏感度为62%（40/65），显著高于涂片法（5%，3/65）、Xpert法（31%，20/65）及培养法（18%，12/65）， 三者比较差异均有统计学意义（均P<0.001）。结论mNGS法检测MTB快速、高效，对于结核病特别是肺外结核病的诊断优于其他常用的诊断方法。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术检测支气管肺泡灌洗液(BALF)的病原微生物在异常肺部影像诊断中的临床应用价值。方法回顾性研究。空军特色医学中心2018年9月至2020年11月收治的58例异常肺部影像患者的临床资料，BALF均行mNGS检测和常规病原微生物检测(普通细菌及真菌培养，涂片包括：抗酸染色、Grocntt六胺银染色、吉姆萨染色，病毒核酸检测)，比较2种方法在病原检测上的特点。结果确诊为感染性肺部疾病42例(感染组)，非感染性肺部疾病16例(非感染组)，感染组BALF中的中性粒细胞百分比高于非感染组(P<0.05)；mNGS检测病原微生物的检出率(81.0%，47/58)明显高于常规方法(8.6%，5/58)，差异有统计学意义(χ2＝61.486，P<0.001)。mNGS的检测时间少于常规方法(2.00±0.01) d比(3.25±0.50) d(P＝0.002)；mNGS的检测法较常规检测法检测病原的敏感度、准确度、阴性预测值均较高，假阴性较低，88.1%比9.5%、74.1%比32.8%、54.5%比28.3%、11.9%比90.1%。结论异常肺部影像患者，mNGS检测技术检测BALF中病原微生物检出率、敏感度、准确度高，结合临床，可快速且精准诊断，阴性结果有排除感染性疾病的价值。

简介：摘要目的分析宏基因组二代测序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）技术在脑脓肿病原菌检测中的应用价值。方法回顾性分析天津市环湖医院2019年1月至2021年12月年脑脓肿患者资料，所有患者均行立体定向下脓肿穿刺引流。根据病原菌检测方法不同，分为细菌培养组（仅行细菌培养）与mNGS组（行mNGS同时行细菌培养）。比较两组患者的临床症状、脓肿部位、细菌培养和mNGS结果，抗生素应用方案及预后，对两组患者细菌检测结果进行分析，并对患者抗生素应用情况及预后进行比较。采用X2检验或精确概率法及Mann-Whitney U检验，比较两组差异有无统计学意义。结果共纳入脑脓肿患者43例，其中细菌培养组21例，mNGS组22例。细菌培养组细菌阳性率42.9%（9/21），mNGS组细菌培养阳性率45.5%（10/22）。mNGS检测阳性率100%（22/22），细菌培养组仅3例有较明确的细菌来源，mNGS组根据细菌结果17例明确细菌来源，两组差异有统计学意义（χ2=19.69，P<0.001）。细菌培养回报时间为7.0（4.0，7.0）d，mNGS回报时间为1.5（1.5，1.5）d，两组细菌回报时间差异有统计学意义（Z=0.00，P<0.001），细菌培养组抗生素使用费用为2.40（0.56，3.10）万元，mNGS组抗生素使用费用为1.20（0.21，2.00）万元，两者差异有统计学意义（Z=5.22，P=0.026）。结论mNGS能够快速准确地明确脑脓肿病原菌种类及来源，指导临床更有针对性地应用抗生素，降低抗生素使用费用，是脑脓肿病原菌检测的有效手段。

简介：摘要目的对3例无焦痂恙虫病患儿的病原宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析，探讨其在临床的应用价值。方法回顾性分析。2018年6月至2019年10月温州医科大学附属第二医院、育英儿童医院收治的3例重症无焦痂儿童恙虫病的临床资料，2例为5岁男童，1例为6岁女童。3例患儿的外周血均进行mNGS检测。结果3例患儿经mNGS检测后均提示恙虫病东方体感染，且未并其他病原感染。例1死亡，例2和例3治愈出院。结论无焦痂恙虫病患儿早期诊断困难。对于临床感染性疾病，特别是早期无法确诊的疑难危重性感染性疾病，mNGS能够提供快速准确的病原学诊断支持，为精准治疗提供帮助。

简介：摘要目的分析鹦鹉热衣原体肺炎的临床表现及辅助检查特征，旨在提高对该病的认识及诊疗水平。方法收集首都医科大学大兴教学医院2021年5月至2022年3月基于宏基因组二代测序(mNGS)诊断的鹦鹉热衣原体肺炎病例8例，分析其临床表现、实验室检查、影像学表现及治疗经过。结果8例患者中，男3例，女5例，中位年龄55岁，年龄范围为42~76岁。7例有禽类接触史，主要表现为高热(8/8)、咳嗽(7/8)、头痛(5/8)、呼吸困难(4/8)。白细胞计数大多正常(6/8)，C反应蛋白升高(8/8)，肝酶、心肌酶升高(5/8)，血钠降低(4/8)，凝血功能异常(8/8)。8例患者胸部CT均表现为大片斑片实变影，单肺病变(7/8)，右侧为主，2例伴胸腔积液。诊断后给予四环素类、大环内酯类或喹诺酮类药物治疗，7例好转出院，1例死亡。结论鹦鹉热衣原体肺炎通常表现为高热、咳嗽伴肺部斑片实变影，对临床可疑病例应加强询问流行病学史，尽早行mNGS检测明确病原体，及时针对性抗感染治疗。

简介：摘要鹦鹉热衣原体的主要宿主为鹦鹉及鸟类，人类通过直接接触或呼吸道吸入感染。临床上对鹦鹉热衣原体肺部感染较为重视而对于病原体的血行播散缺乏关注。本文报道2例通过二代测序检测出下呼吸道分泌物及血液中高核酸序列数鹦鹉热衣原体的病例，考虑病原体吸入致肺炎，并入血造成血流感染。对传统培养无法明确的少见、复杂病原体感染以及经验性抗感染治疗无效的重症感染，二代测序技术是有效的补充手段。

简介：摘要感染是儿童常见的疾病谱，精准、快速的病原体诊断能帮助临床医师有的放矢地进行治疗，改善患儿预后。传统的病原体诊断方法存在耗时长、灵敏度低等缺陷，近些年来二代测序技术不断发展并应用于临床，成为病原学诊断的新方法。其中宏基因二代测序技术应用最多，它可以无偏移地将标本中所有病原体的核酸都检测出来，此技术包括了样本采集、核酸提取、文库制备、高通量测序、生物信息分析和报告解读几个基本步骤。由于整个流程涉及临床、微生物、生物信息多个领域，故对于报告结果的判读需要临床医生结合患者及其他辅助诊断手段仔细斟酌反复求证。临床医生需要了解二代测序的优势和局限性，才能更好地利用这项技术服务于患者。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在免疫缺陷并发重症肺炎患儿中的应用，了解病原体分布，为临床经验性预防和治疗提供参考。方法收集2019年7月至2020年7月在我院PICU确诊为重症肺炎的免疫缺陷患儿的一般临床资料、传统检测方法报告及mNGS结果，评估两者与临床判断的一致性。结果23例患儿中，男15例，女8例，年龄1个月28 d～10岁，平均年龄(3.67±3.20)岁，共7例治愈，2例好转，14例死亡。均行mNGS检测，其中血标本21例，肺泡灌洗液标本2例。23例患儿中，单一感染者5例，混合感染15例。检测的病原中真菌15例(65.22%)，其中耶氏肺孢子菌12例，烟曲霉2例，白色念珠菌2例；病毒14例(60.87%)，其中巨细胞病毒10例(8例合并有耶氏肺孢子菌感染)，疱疹病毒3例，细环病毒2例(1例合并疱疹病毒感染)；细菌10例，其中不动杆菌3例，肺炎克雷伯杆菌1例，嗜麦芽窄食单胞菌1例，皮疽诺卡菌1例，葡萄球菌4例，地衣芽孢杆菌1例；支原体3例，且均为混合感染。mNGS的检验阳性率及与临床判断符合率均高于传统检验方法，差异有统计学意义(P<0.05)。共19例使用激素或免疫抑制剂，当发生重症肺炎时，使用时间1～6个月者达17例。结论免疫缺陷并发重症肺炎患儿多为混合感染，其常见病原菌为耶氏肺孢子菌及巨细胞病毒，使用mNGS可显著提高病原检出率，有效指导治疗。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在免疫缺陷并发重症肺炎患儿中的应用，了解病原体分布，为临床经验性预防和治疗提供参考。方法收集2019年7月至2020年7月在我院PICU确诊为重症肺炎的免疫缺陷患儿的一般临床资料、传统检测方法报告及mNGS结果，评估两者与临床判断的一致性。结果23例患儿中，男15例，女8例，年龄1个月28 d～10岁，平均年龄(3.67±3.20)岁，共7例治愈，2例好转，14例死亡。均行mNGS检测，其中血标本21例，肺泡灌洗液标本2例。23例患儿中，单一感染者5例，混合感染15例。检测的病原中真菌15例(65.22%)，其中耶氏肺孢子菌12例，烟曲霉2例，白色念珠菌2例；病毒14例(60.87%)，其中巨细胞病毒10例(8例合并有耶氏肺孢子菌感染)，疱疹病毒3例，细环病毒2例(1例合并疱疹病毒感染)；细菌10例，其中不动杆菌3例，肺炎克雷伯杆菌1例，嗜麦芽窄食单胞菌1例，皮疽诺卡菌1例，葡萄球菌4例，地衣芽孢杆菌1例；支原体3例，且均为混合感染。mNGS的检验阳性率及与临床判断符合率均高于传统检验方法，差异有统计学意义(P<0.05)。共19例使用激素或免疫抑制剂，当发生重症肺炎时，使用时间1～6个月者达17例。结论免疫缺陷并发重症肺炎患儿多为混合感染，其常见病原菌为耶氏肺孢子菌及巨细胞病毒，使用mNGS可显著提高病原检出率，有效指导治疗。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在间质性肺病(ILD)伴肺部感染患者中的初步应用。方法本研究为病例对照研究。采用单纯随机抽样法，选取2018年1月至2019年8月南京大学医学院附属鼓楼医院呼吸与危重症医学科住院、诊断为ILD伴感染患者61例为研究对象。按照是否进行mNGS检测，分为mNGS组(n＝18)和对照组(n＝43)。收集研究对象的临床、实验室及胸部影像学资料，并进行电话随访。比较2组患者的临床资料，比较mNGS检测与传统病原微生物培养的差异。采用Kaplan-Meier法及Cox回归模型分析患者生存情况及预后因素。结果2组患者比较，除了mNGS组住院时间较对照组明显延长(P＝0.001)，其他临床变量间差异均无统计学意义(P值均>0.05)。mNGS组检测结果与临床综合判断结果符合率为83.3%，传统实验室培养结果与临床综合判断结果符合率为33.3%，差异有统计学意义(P＝0.008)。有50.0%(9/18)的患者根据mNGS检测结果调整治疗方案，44.4%(8/18)的患者经调整治疗后病情好转。Kaplan-Meier生存分析显示mNGS组患者总生存时间较对照组显著延长，差异有统计学意义(P＝0.031)，其中mNGS组患者30 d、180 d、360 d生存率明显高于对照组(P值均<0.05)。单因素Cox回归分析发现外周血白细胞计数、C反应蛋白、降钙素原、血清白蛋白、乳酸脱氢酶、氧合指数、丙种球蛋白使用、mNGS检测均与ILD伴感染患者生存时间有关(P值均<0.05)；多因素Cox回归分析显示血清乳酸脱氢酶水平(HR＝1.01，95% CI：1.00~1.01，P＝0.001)和mNGS检测(HR＝0.12，95% CI：0.02~0.98，P＝0.048)是ILD伴感染患者生存的独立预测因素。结论mNGS检测可以及时准确地明确ILD伴感染患者致病原，指导临床医师合理进行抗感染治疗，从而提高患者的生存率，改善患者预后。

简介：摘要肺孢子菌肺炎是免疫低下人群中常见的机会性感染，易造成进行性缺氧、急性呼吸衰竭，病死率较高。肺孢子菌肺炎的临床表现没有特异性，快速、准确的微生物学诊断对于早期治疗、改善预后极其重要。近年来研究显示，宏基因组学二代测序技术可应用于肺孢子菌检测，具有快速、全面、灵敏度高等优点，其诊断价值值得进一步研究、探讨。

简介：摘要目的分析北京市一株人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus, HRSV)A亚型全基因组序列的变异和遗传特征。方法对北京友谊医院住院儿童鼻咽抽吸物样本核酸进行二代测序，获得了一株HRSV A亚型全基因组序列，与其他相关参考株构建系统发生树，并对主要蛋白编码区进行同源性分析、单核苷酸多态性分析以及N-糖基化位点预测。结果系统发生树和同源性分析结果提示，本研究获得的HRSV病毒株(RSVA/Beijing-China/2017)属于A亚型ON1基因型。核苷酸和氨基酸变异分析表明G蛋白、F蛋白和L蛋白变异性较大。氨基酸变异位点分析显示G蛋白第142位发生了氨基酸替换(L142S)。F蛋白P27肽中(110-136aa)有一处氨基酸替换(S105N)，在抗原位点Ø(62-69aa和196-210aa)中也发生了氨基酸替换(C69Y)。N-糖基化位点预测发现该毒株的F蛋白N-糖基化位点有5个，G蛋白N-糖基化位点有4个。结论本研究所得的HRSV毒株属于A亚型ON1基因型，G蛋白、F蛋白和L蛋白变异较大，G和F蛋白共发生22处氨基酸替换。

简介：摘要目的探讨基于假体周围组织的宏基因组二代测序技术（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）在关节置换术后假体周围感染（periprosthetic joint infection，PJI）的诊断效率和价值。方法回顾性分析2019年6月至2020年6月接受髋或膝关节翻修术33例患者的病历资料。诊断为PJI的病例设为感染组共21例，男9例，女12例；年龄（59.14±14.55）岁（范围：28~84岁）；膝关节17例，髋关节4例；体质指数（body mass index，BMI）为（23.7±2.8） kg/m2（范围：17.7~29.4 kg/m2）。诊断为假体无菌性松动的病例设为对照组共12例，男4例，女8例；年龄为（53.08±10.05）岁（范围：39~70岁）；膝关节4例，髋关节8例；BMI为（25.2±2.9） kg/m2（范围：18.3~31.2 kg/m2）。收集所有病例关节液和组织微生物培养的结果，收集所有病例mNGS检测假体周围组织的结果。比较微生物培养和mNGS检测对膝或髋关节PJI诊断的敏感性和特异性，总结和比较两种技术检出致病菌的种类，比较取样前2周内抗生素的使用对两种技术检出率的影响。结果感染组21例中mNGS共检出13例阳性，微生物培养共检出6例阳性。对照组12例中mNGS仅检出1例阳性，微生物培养结果均为阴性。在PJI的诊断中，mNGS敏感性（61.9%）与微生物培养（28.6%）的差异有统计学意义（χ2=4.71，P=0.03）；mNGS特异性（91.7%）与微生物培养（100%）的差异无统计学意义（χ2=1.04，P=0.31）。在2周内有抗生素暴露的PJI病例中，mNGS阳性率（53.8%）明显高于微生物培养（15.4%），差异有统计学意义（χ2=4.25，P=0.04）；而在2周内无抗生素暴露的PJI病例中，mNGS阳性率（66.7%）与微生物培养（44.4%）的差异无统计学意义（χ2=0.90，P=0.34）。在致病菌检出上，mNGS共检出9种细菌（金黄色葡萄球菌、科氏葡萄球菌、奥斯陆莫拉菌、痤疮丙酸杆菌、毗邻颗粒链菌、表皮葡萄球菌、结核分枝杆菌、里昂葡萄球菌、脆弱拟杆菌）和2种真菌（烟曲霉菌、近平滑念珠菌）；微生物培养共检出3种细菌（金黄色葡萄球菌、卡他莫拉菌、结核分枝杆菌）和1种真菌（近平滑念珠菌）。mNGS和微生物培养均为阳性的患者共5例，3例检出完全一致的致病菌（金黄色葡萄球菌、结核分枝杆菌、近平滑念珠菌），1例部分一致（mNGS检出更多致病菌），1例完全不同。另外，mNGS在3例结核性PJI的诊断中表现出100%的特异性和敏感性，优于微生物培养。结论基于假体周围组织的mNGS检测技术是诊断PJI和确定致病菌的有效手段。取样前抗生素暴露对mNGS技术检出效力的影响小于微生物培养。