简介:SSR和SNP被推荐为玉米品种DNA指纹鉴定优选标记技术。本研究选用大面积推广的11套玉米杂交种及其亲本作为试验材料,基于SNP芯片分型平台和SSR荧光毛细管电泳平台分析比较两种标记在玉米品种真实性鉴定中的应用。基于上述两种检测平台获得3072个SNP位点和40对SSR引物的基因型数据,分析比较各个参数。结果显示:(1)两种标记数据获得率均较高,3072个SNP位点平均数据获得率为98.4%,40对SSR引物平均数据获得率为99.47%。(2)两种标记均具备较高品种区分能力,3072个SNP位点平均MAF(minorallelefrequency)值为0.357,MAF值大于0.30占71%,平均DP(discriminationpower)值为0.515,DP大于0.5的占56%;40对SSR引物平均PIC(polymorphisminformationcontent)值为0.605,PIC大于0.51有32对,平均DP值为0.745,DP值大于0.71有29对。(3)两种标记位点鉴定样品杂合率、亲子关系方面结果是一致的,样品杂合率均介于0.4~0.6之间,平均杂合率分别为0.525和0.514;SNP数据显示符合亲子关系位点百分比介于95.2%~99.9%之间,SSR数据显示符合亲子关系位点介于36~40个之间。综上所述,SSR和SNP两种标记在数据完整性、区分品种能力、位点稳定性等方面差别较小。
简介:橡胶树起源热带雨林,对低温敏感。在中国橡胶树(Heveabrasiliensis)种植受到严重的低温胁迫影响,而CBF/DREB1(C-repeatbindingfactor/dehydrationresponsiveelementbindingfactor1)是低温信号通路中重要的转录因子,但目前橡胶树中仅克隆到HbCBF1。本研究从橡胶树中克隆出两个新的CBF家族基因HbCBF2和HbCBF3。经测序,HbCBF2和HbCBF3分别编码了234个和242个氨基酸。氨基酸序列分析表明HbCBF2和HbCBF3均含有CBF家族特有两个短肽序列包括一个保守的DNA结合结构域和NLS簇。通过构建进化树发现HbCBF2、HbCBF3与HbCBF1以及拟南芥中的CBF序列同源性很高。将HbCBF2和HbCBF3构建到pGEX4T-1原核表达载体上,在Transetta(DE3)中进行表达。SDS-PAGE电泳检测它们蛋白质表达量为51.8kD和53kD,与预期一致。对蛋白的诱导条件进行优化,构建融合表达质粒pGEX4T-1-CBF2和pGEX4T-1-CBF3,在28℃、IPTG浓度为0.4mmol/L的情况下表达量最佳。实验为纯化蛋白和研究HbCBF2和HbCBF3在橡胶树中的功能提供理论帮助。
简介:本实验在形态学分析的基础上,采用5对中国传统菊花的芽变品种和2组形态相似品种,运用随机扩增DNA多态性(randomamplifiedpolymorphicDNA,RAPD)分子标记方法对其进行了品种鉴定。通过反复试验,建立了稳定的RAPD反应体系;从22个20碱基随机引物中筛选出4个高效引物,扩增出13条带,扩增的多态性片段多在501~1000bp之间,其中有2个引物(ch1.21和ch1.25)能将试验中的7组材料全部清楚地区分开。研究结果表明:4个高效引物的RAPD分析能够有效地将选定的样本区分开。因此作者提出RAPD分析方法可以应用到菊花芽变及相似品种鉴定中。这就为进一步开发更多RAPD随机引物,开展菊花的品种鉴定和保护工作提供了参考资料。
简介:番茄的颜色和色素含量是决定果实品质的两个重要特性。在本研究中,使用绿色和紫色番茄植株分别作为母本和父本,分别产生了6个遗传群体,即P1、P2、F1、BC1、BC2和F2。通过数量性状的多代联合分析研究果实颜色和色素含量的遗传规律。结果表明,绿色和紫色果之间的果实颜色的最佳遗传模型为MX1-AD-ADI。BC1、BC2和F2代色度值的主基因遗传率分别为82%、59%和77%,多基因遗传率分别为8%、10%和13%。番茄红素含量的遗传符合MX2-ADI-AD模型,BC1、BC2和F2的主基因遗传率分别为64%、74%和93%,而多基因的遗传率分别为20%、0%和0%。叶绿素的遗传模型为MX1-AD-ADI,BC1、BC2和F2的主基因遗传率分别为59%、74%和59%,多基因的遗传率均为0%。胡萝卜素的遗传符合MX2-ADI-ADI模型,BC1、BC2和F2的主基因遗传率分别为76%、4%/5%和54%,而多基因的遗传率分别为0%、0%和13%。
简介:为了利用关联分析发掘与重要农艺性状相关的数量性状基因位点,本研究采用全基因组扫描的方法,利用分布在基因组上的60对SSR引物,对140份东北三省水稻种质资源进行群体结构和连锁不平衡分析。结果表明:本研究中东北粳稻可分为2个类群,线性和非线性组合中,都有一定的连锁不平衡存在。群体中,19.2%的标记位点可以观察到显著的LD(P〈0.05),其中第一类群和第二类群基于D’统计概率(P〈0.05)支持的LD成对位点比例分别为2.1%和16.6%。第2类群连锁不平衡衰减(D’〈0.5)所延伸的遗传距离变幅为0.32—120.4cM,回归方程为:y=-0.0276ln(x)+0.3994。
简介:为筛选出与黄瓜抗枯萎病相关基因连锁的SSR分子标记,以对黄瓜抗枯萎病为单显性基因的母本WIS2757和感枯萎病父本津研2号及其F1、F2分离群体为试材,通过构建抗、感池对黄瓜枯萎病抗性进行SSR分析。结果表明:通过对278对SSR引物进行筛选,获得在双亲间存在多态性的引物102对,进一步通过抗、感池筛选,获得抗感池DNA间有差异的引物10对。经F2感病群体验证,共获得9个与黄瓜枯萎病抗性基因(Foc-4)连锁的SSR分子标记,并初步将Foc-4基因定位在2号染色体两标记SSR17631和SSR00684之间,距基因Foc-4的遗传距离分别为1.0cM和0.9cM,为进一步开发抗枯萎病分子标记及克隆黄瓜抗枯萎病基因奠定了基础。
简介:为了确保反应体系的可行性,以便更好地开展大蒜野生近缘种的SRAP标记的遗传多样性分析,本研究以新疆大蒜野生近缘种为材料,采用L16(44)正交法,对其反应体系进行4因素4水平优化试验。结果表明:对大蒜野生近缘种PCR扩增影响最大的是dNTPs浓度,影响最小的是Taq酶浓度。筛选出15对引物,经过程序和温度筛选,最终确定SRAP的反应程序为:94℃条件下预变性1min,其次在94℃变性1min、35℃退火1min、72℃延伸1min的环境下进行5个循环的反应,再与前5个循环相同环境下,提高其退火温度至52℃进行35个循环,最后72℃延伸10min。2μL10×PCRBuffer,dNTPs浓度0.225mmol/L,引物浓度0.250μmol/L,Taq酶用量1.000U,模板DNA用量75.000ng,ddH2O补足20μL,为最佳SRAP-PCR反应体系。研究结果为进一步开展大蒜野生近缘种的遗传多样性分析、亲缘关系鉴定和分子标记辅助育种提供技术支持。
简介:以卷丹、麝香百合品种富田和离体鲜切花的花蕾为材料,比较Trizol法、异硫氰酸胍法、CTAB改进法和SDS改进法提取总RNA的效果,结果表明,SDS改进法能有效去除多糖,提取的RNA中28SrRNA亮度约为18SrRNA的两倍,OD260/OD280值介于1.7-2.2之间,卷丹RNA得率为132.52μg/g,富田RNA得率为186.88μg/g。进一步用SDS改进法分别提取富田外轮花瓣、内轮花瓣、雄蕊、雌蕊、叶和茎的RNA,同样可以获得完整的纯度高的RNA,其中28SrRNA亮度约为18SrRNA的两倍,OD260/0D280值介于1.7~2.2之间,说明此方法适用于百合各个组织RNA的提取。经RT—PCR获得了花发育基因的特异性条带,说明用SDS改进法从百合中提取的RNA质量好、产率高、完整性强,完全适合于百合进一步的分子生物学研究。
简介:虎尾草(Chlorisvirgata)是禾本科虎尾草亚族的一种一年生草本植物,适应性极强,能在恶劣的盐碱化土壤上生长。本实验构建了虎尾草的cDNA基因文库,随机挑选出2300个克隆,并且通过点杂交分析在NaCl胁迫下这些基因的表达情况。结果表明有59个基因在NaCl胁迫下强烈表达,这些上调基因中23个同时也被NaHCO3胁迫表达。这个结果暗示了NaCl逆境与NaHCO3逆境在基因表达的应答机制存在明显的差异。59个基因可以分成8类:能量代谢(21.70%),信号转导(5.0%),氧化逆境(13.30%),光合作用(10.0%),生长发育(5.5%),转录因子(1.67%),各种酶类00.0%)和一些未知基因(28.3%)。从中选出了一些上调基因进行Northern杂交分析,Northern杂交表明这些基因中的有些是在根或叶中表达,与点杂交的结果有一致的趋势。
简介:本研究用珍佳B(佳辐占/珍汕97B//珍汕97B的回交重组自交系F11,即BC1F11)×珍汕97B的F2群体,对稻米粒长、粒宽、长宽比、粒厚和垩白粒率性状进行遗传分析与QTL定位。结果表明,粒宽、长宽比、粒厚和垩白粒率均属于由多基因控制的数量性状,而粒长受一个主效基因控制。共检测到13个控制糙米粒长、粒宽、长宽比、粒厚和垩白粒率的QTLs。其中,在第3号染色体着丝粒附近RM16-RM411区间同时控制粒长、粒宽、长宽比和粒厚性状,遗传贡献率分别为49.8%、12.6%、39.3%和5.3%;在第5号染色体着丝粒附近RM7118-RM3683区间同时控制垩白粒率、粒宽、长宽比和粒厚性状,遗传贡献率分别为43.9%、44.5%、28.0%和15.0%;同时,在RM169-RM289区间也同时控制垩白粒率、粒宽、长宽比和粒厚性状,但各性状的遗传贡献率均较RM7118-RM3683区间的小。
简介:目前中国番木瓜产业受到环斑花叶病等病害的严重威胁,利用生物技术手段创制新种质、培育高产优质的抗病新品种成为番木瓜产业发展的亟需。本研究以‘一尺瓜’品种的140-150d龄果实成熟种子为外植体,研究了其体细胞胚诱导和植株再生技术。结果发现了一种非常简单有效的外植体杀菌消毒方法,即用自来水将果实外表清洗干净,然后用70%酒精对果实进行表面消毒即可。该品种成熟种子理想的胚性愈伤组织诱导培养基组成为:1/2MS(MurashigeandSkoog,1962)+2mg/L2,4-D(2,4dichlorophenoxyaceticacid)+400mg/L谷氨酰胺+60g/L蔗糖+7g/L琼脂粉,胚性愈伤组织诱导率可达45%。将胚性愈伤组织置于含1mg/L2,4-D的增殖培养基继代培养2个周期后,可获得大量均质的表面含有白色体细胞胚的胚性愈伤组织。胚性愈伤组织团在不含任何激素的培养基上可完成体细胞胚的诱导、成熟、萌发和生根过程。挑取具有芽和根的体细胞胚转移到再生培养基培养30d后可获得具有正常叶片和根系的完整植株,其发育为正常植株的百分率为52.5%。本研究为番木瓜生物技术育种建立一套简单、高效的体细胞胚再生技术体系提供技术支撑。
简介:微卫星标记(SSR)是分子育种中常用的遗传标记,葫芦科中仅有黄瓜、甜瓜、西瓜进行了大规模的SSR标记开发,其他作物均不同程度地面临SSR标记缺乏的情况。利用近源物种间分子标记具有一定的通用性,本研究合成源于黄瓜、甜瓜和西瓜的60对SSR标记,从中筛选出42对可用标记,对甜瓜、西瓜、黄瓜、南瓜、苦瓜、冬瓜、节瓜和丝瓜8种葫芦科作物进行验证,分析这三种瓜类SSR标记在葫芦科中的穿梭性。结果表明,42对标记中有29对(69%)能在8种常见葫芦科作物中都得到有效扩增,在5种及5种以上物种中有扩增的引物达到38对,占90.5%,表明这三种瓜类SSR标记在葫芦科作物中有良好的穿梭性,这为葫芦科中数目庞大的未测序作物提供一种切实可行、高效低成本的分子标记开发方法。
简介:本研究应用ISSR和SSR技术建立了24个水稻光温敏核不育系的DNA指纹图谱,利用13个ISSR引物和20对SSR引物,分别获得174个多态性片段和62个多态性片段,平均每个ISSR引物检测到13.38个多态性片段,远远高于SSR引物的检测率.根据遗传距离进行的聚类分析表明,利用这两种标记所得的聚类结果十分相似,24个材料被聚为粳型,偏籼型和籼型三个类群,在籼型不育系类群内,又可明显的分成三个亚类群,其中7个安农S-1衍生的不育系聚为一类,与农垦58S衍生的不育系有明显的遗传差异.根据两种标记计算的遗传距离及其遗传关系,所得的结果仍有一些差异,但总体趋势是一致.研究结果表明,ISSR和SSR标记适用于构建DNA指纹图谱,进行分类鉴定和遗传分析.
简介:本研究通过卷丹百合在不同浓度的盐胁迫下确定了盐浓度阈值,利用同源克隆和RACE技术获得了盐阈值浓度处理下卷丹百合MAPK基因的保守区(Genbank登录号:JQ437268),并对其进行生物信息学分析。同时利用了DNAman软件和Blastn序列比对在基因和蛋白角度分析了MAPK基因在盐阈值浓度处理下的表达情况。分析表明,卷丹百合盐阈值浓度为1.09mg/mL,MAPK基因保守区长627bp,推测编码209个氨基酸,有1个高度保守的区域(TRWYRAPE)存在于MAPK氨基酸序列中,通过NCBI上的BLAST比对分析,发现这段保守区序列为促分裂原活化蛋白激酶超家族的催化活性区。
简介:作为植物特有的转录因子家族,TCP基因处于植物多种信号传导途径的中心节点位置。对蒺藜苜蓿全基因组进行检索,共获得21个TCP基因序列。蒺藜苜蓿TCP成员间在蛋白质大小、等电点等方面具有明显的差异。对蒺藜苜蓿TCP基因进行基因结构、染色体定位和系统进化分析,发现蒺藜苜蓿TCP基因结构较为简单,一般不含有内含子,仅一个外显子。21个基因中仅有5个基因有内含子。系统进化关系上其中4个基因亲缘关系非常近。这4个基因位于1号、4号、7号染色体上TCP基因聚集存在的位置。蒺藜苜蓿TCP基因在各个器官间特异性的表达。TCP基因参与蒺藜苜蓿根瘤发育的过程,也响应外界盐胁迫和病菌侵染刺激。本研究发现的蒺藜苜蓿TCP基因家族信息,可为蒺藜苜蓿乃至豆科植物育种提供有价值的信息。