简介:目的通过功能富集与网络分析方法,对肝癌浸润相关候选基因进行生物信息学分析,旨在从分子水平系统探究肝癌浸润的发病机制,并为后续实验提供一些有意义的信息。方法首先,从与肝癌相关公共数据库Liverome下载与肝癌浸润相关的差异表达基因,共涉及278个相关候选基因。然后,通过ToppFun、STRING、NetworkAnalyzer等生物信息学分析工具,对涉及的278个与肝癌浸润相关候选基因进行系统的分析。最后,通过网络映射分析方法,对与肝癌浸润相关候选基因进行关键基因(HubGene)筛选,并通过iHOP在线软件,以及Pubmed文献检索方法对这些基因进行文献挖掘分析。结果通过对与肝癌浸润相关候选基因进行功能富集分析发现,这些基因主要参与细胞周期与增殖、细胞迁移与黏附、细胞骨架、血管形成等生物过程,而且这些基因共表达于肝癌与肝癌转移上调和下调等基因功能。对相关基因进行通路富集分析发现,这些基因参与调控细胞周期与增殖、能量供给、赖氨酸降解等生物通路,对肝癌浸润的发生、发展发挥调控作用。除此之外,通过网络分析方法,找到PLK1、AURKB、CDC20、CDK4、MCM3等20个处于网络关键节点的基因(HubGene)。之后,通过文献检索方式,对关键基因进行与肝癌浸润相关的功能验证,发现并预测CDC20、CDCA8、NUP37、ZWINT基因与肝癌浸润过程存在关联但作用机制尚未被挖掘。结论利用生物信息学手段,能够有效分析肝癌浸润的相关基因,并可以从分子水平系统探究其发病机制,为临床诊疗及后续实验提供一些有价值的信息。
简介:Nkx2.5,Mef2c,Gata4/5/6,Tbx5和Hand1等基因作为脊椎动物心脏发育相关基因调控网络的核心基因,对脊椎动物的心脏发育起核心调控作用。本研究主要通过对小鼠心脏发育相关核心基因的生物信息学分析,研究Nkx2.5,Mef2c,Gata4,Gata6,Tbx5和Hand1等核心转录因子之间的相互调控关系,得到小鼠心脏发育的核心基因调控网络(GRNs)。与文献中总结的小鼠的GRNs作比较,发现Nkx2.5在小鼠心脏发育基因调控网络中的核心地位没有改变,并且Nkx2.5在网络中主要扮演了调控者的角色,它直接调控很多转录因子。Gata4是另一个主要起调控者作用的转录因子。另外小鼠的Mef2c和Hand1处于被多个转录因子调控的地位。变化比较大的是Tbx5所涉及的调控网络,主要有两点:Nkx2.5对Tbx5的表达有没有调控作用以及Tbx5对自身的表达有没有调控作用。研究表明生物信息学分析对具体实验研究有一定方向性指导意义。
简介:目的 探讨脊髓髓内动静脉畸形(SAVM)的血管构筑从而选择适宜的治疗方式。材料和方法 回顾性分析本中心治疗的120例SAVM病人的临床资料、血管造影影像资料及治疗方法和效果。结果 根据脊髓髓内动静脉畸形团的形状,将AVM分成两种类型:团块型和幼稚型。血管构筑学分析包括供血动脉、供血方式、伴随病变。其供血动脉为脊髓前动脉、脊髓后动脉和/或软膜动脉。经超选择脊髓血管造影可见畸型团有5种构筑方式:(1)终末供血形式,本组104例行栓塞治疗,其中85例单纯栓塞,70例神经功能恢复与改善;19例行术前栓塞、减少术中出血;(2)穿支供血形式本组16例,少量部分的用颗粒栓塞,栓塞后症状均改善;(3)动静脉直接交通1例;(4)AVM伴有动脉瘤13例,首先行动脉瘤栓塞;(5)AVM含有静脉动脉瘤样扩张2例。结论 脊髓髓内AVM的血管构筑学有助于选择治疗方案,终末型供血可行胶栓塞。穿支供血只能少量部分的用颗粒栓塞。AVM内的动脉瘤应首先栓塞,可明显减少再出血的危险。团块型AVM术前栓塞有利于手术切除。幼稚型AVM只能栓塞治疗。