简介:以氨基酸组成为特征对膜蛋白的分类,忽略了序列残基之间的相关性信息,而采用传统支持向量机算法作为分类算法,在解决多类问题时会出现分类盲区问题。针对这两种情况,计算蛋白质序列的氨基酸组成、二肽组成以及6种氨基酸相关系数,将三类特征结合,作为膜蛋白序列的特征向量;同时采用模糊支持向量机作为分类器,解决了传统支持向量机在多类数据识别中的盲区问题。测试结果表明,在相同特征输入下,模糊支持向量机分类性能优于传统支持向量机;在相同分类器的情况下,氨基酸组成、二肽组成和相关系数组合的特征选择方法的分类性能优于只使用其中一类或两类特征的方法;而采取组合特征和模糊支持向量机相结合的分类策略,在独立性数据集测试中的整体预测精度达到97%,优于现有的多种分类策略,是目前最有效的膜蛋白分类方法之一。
简介:LFA-1andMac-1,twoβ2integrinmembersconstitutivelyexpressedonneutrophils,mediateleukocyterecruitmentcascadebybindingtothesameligandofICAM-1.TheslowrollingandfirmadhesionofleukocytesrelyonLFA-1whilethecellcrawlingisdependentonMac-1.Wehypothesizedthattheirdistinctroleswerelikelyattributedtothedifferencesinthebindingkineticsorinthediverseresponsesofoutside-inandinside-outsignaling.Inthisstudy,wecomparedtheICAM-1bindingfeaturesbetweensolubleormembrane-expressedLFA-1andMac-1withdifferentaffinityconformationsusingopticaltraptechnique.Ourdataindicatethattheaffinityup-regulationfromwidetype(WT)tohighaffinity(HA)isoff-ratedependentforLFA-1buton-ratedependentforMac-1.Thestructuralbasesofthisnewfindingwerefoundtobeconsistentwithourprevioussimulations.Theseresultsfurtheredourunderstandingontheirfunctiondifferencesundershearflow.
简介:Objective:Toachieveanoptimizedmethodforsolubleexpressionofhumancarboxylesterase1(hCE-1)inescherichiacoilandpurificationbyNi2+-NTAagaroseaffinitychromatography,togetimprovedproteinyieldandpurityforfurtherdevelopmentofhepatocellularcarcinoma(HCC)diagnosisELISAkits.Methods:ThebestantigenepitopesofhCE1werepredictedbycomparingsecondarystructure,flexibleregions,hydrophilicity,antigenicindexsurfaceprobabilityofresidues.Afterwards,pET-42a(+)withaHis-tagandaGST-tagwasappliedtoformrecombinantplasmidpET-42a(+)/hCE1,whichfacilitatedpurificationwhenusingNi2+-NTAagaroseaffinitychromatography.ProteinqualitywasmeasuredbySDS-PAGEandBCAproteinassay.Western-blotidentificationwasalsoperformedtoensurethecorrectexpressionofhCE1protein.Results:Theresiduesfrom500to567nearC-terminalofhCE1proteinwereconsideredthebestepitopeswhichexhibitedhighhydrophilicityandhighsurfaceprobabilityandrelativelyflexiblesecondarystructureandlowhomologycomparedwithhCE2andhCE3.His-hCE1500-567fusionproteinwasachievedbyIPTG-inductedexpressionwithanexpectedmassof42kDa.Afterpurification,thefinalproductwasspeciallyidentified,whichreachedover95%purityandmorethan10mg/Lofmicrobialculture.InWesternblot,thepurifiedfusionproteinwasrecognizedbyanti-hCE1monoclonalantibody,alongwithprevioussequencingvalidation,whichdemonstratedthecorrectpreparationofsolublehCE1protein.Conclusion:ThisisanefficaciousandaffordablestrategytogeneratefusionhCE1ofhighqualityinEcoli,whichfacilitatespreparationofhCE1monoclonalantibodyandfurtherHCCdiagnosisresearch.
简介:目的观察羊体外循环模型中肺损伤的存在,探讨体外循环下肺损伤与水通道蛋白1(AQP-1)基因表达之间的关系。方法健康成年羊16只,雌雄不拘,体质量15-30kg,羊龄8个月。分为脂多糖组和对照组,每组8只。通过建立浅低温体外循环模型,停跳90min,复跳6h,分别比较其血流动力学的指标变化及普通病理组织和超微病理组织的各自特点,测定AQP-1mRNA表达。结果利用体外循环前指标作为自身对照,进行单因素方差分析和Q检验。体外循环缺血再灌注之后,血流动力学较平稳[中心静脉压在体外循环前、心脏复跳前、再灌注至平稳时分别为(5.86±1.12)kPa、(6.52±1.33)kPa、(6.36±1.04)kPa],肺干质量/肺湿质量比值(体外循环前、心脏复跳前、复跳后1h、复跳后3h、复跳后6h分别为0.232±0.025、0.224±0.021、0.187±0.022、0.153±0.018、0.134±0.023)与体外循环时间呈反相关(P〈0.001),血浆总渗透压与体外循环时间呈正相关(P〈0.01)。病理组织证实,复跳之后3-6h可以见到明显的肺间质水肿及血管内皮细胞损伤。肺内AQP-1mRNA表达与体外循环时间呈反相关(体外循环前、心脏复跳前、复跳后1h、复跳后3h、复跳后6h分别为100.0、98.1±24.4、80.2±20.3、78.1±17.7、55.3±16.4),在复跳后3h与6h分别降至术前水平的77.8%和54.6%(P〈0.01)。结论体外循环造成的肺损伤在心脏复跳后3-6h内表现严重,同时AQP-1的表达下降,存在肺血管内皮损伤。
简介:胸痛三联征在临床上有相似的胸痛症状,误诊率居高,其确切病因尚不十分明确。针对经典支持向量机不适用于胸痛三联征此类非平衡数据集分类的缺点,本研究结合径向基核函数、布谷鸟算法以及支持向量机,提出一种基于布谷鸟算法优化支持向量机的分类识别模型,用于胸痛三联征的分类诊断。在收集到的735例有效样本数据集上,采用Java程序抽取平衡数据集。实验结果显示,基于平衡数据集,该模型的平均正确率为80.667%;基于非平衡数据集,其平均正确率为97.767%,相比经典支持向量机、粒子群算法-支持向量机、遗传算法-支持向量机均有不同程度的提高。因此,本研究模型对胸痛三联征的分类诊断具有一定的参考价值。
简介:目的设计一套适用于立体定向放射性粒子植入肿瘤治疗手术的计划系统。方法采用线性布源原则,设计结合立体定向手术方式的粒子植入治疗计划设计模块;采用基于图形处理单元的粒子剂量快速计算方法,进行放射剂量场的实时计算和更新;研究术前MRI图像和术后CT图像的自动配准和融合方法,实现术后剂量的定量验证,并提出一种基于体积重合率的剂量比较方法。结果实现了一套设计合理、功能完善的神经外科放射性粒子植入治疗计划系统软件。经临床试用,完全满足临床需求。结论该系统能够有效地辅助医生进行放射性粒子植入手术的术前治疗计划设计、优化和术后的放射剂量验证,具有重要的临床价值和广泛的应用前景。
简介:目的:筛选ATP结合盒E1(ABCE1)基因的相关调节miRNA,为诊治肺癌提供新思路。方法选取20例非小细胞肺癌患者,其中男性13例,女性7例;年龄45~73岁,平均年龄62.9岁。鳞癌11例,腺癌9例。应用生物信息学预测ABCE1基因上游的miRNA,通过实时定量聚合酶链反应(RT-Q-PCR)及免疫组织化学方法,对标本非小细胞癌组织和癌旁组织进行检测,并进行统计学分析,从中筛选出目的miRNA。结果生物信息软件预测7个最有可能调节ABCE1基因的miRNA,分别为miR-29a/b/c、miR-135a/b、miR-203及miR-141;其中miR-29a/b/c、miR-135a、miR-203的表达在癌组织内较癌旁组织都有不同程度的降低,以miR-135a、miR-29c差异最为明显,与之对应ABCE1在相同的肺癌组织内表达上调(P〈0.05);仅miR-135a与ABCE1在上述肺癌患者内表达呈现负性相关(r=-0.665,P=0.001)。结论在非小细胞肺癌内,很有可能是miR-135a负性调节ABCE1基因,两者结合可能成为诊治肺癌的新靶点。
简介:Objective:ThispaperistoexploreamethodoftransferringhumanSDF-1anditsmutantSDF-1/54intrakinegeneintoCOS-7cellsfordeterminingtheirexpressionandsubcelluarlocalizationofthefusionprotein.Thiscouldofferfeasibilityforinhibitingthemetastasisofmalignanttumorsbyphonotypicknockoutforblockingfunctionalexpressionofreceptoronthecell-surface.Methods:AmplifythetargetgenewithPCRfromtheconstructedplasimidSDF-WT-Gly×4-Dec/PET-30a(+)withaC-terminalretentionsignalfragmentKDEL.AfterthepcDNA3.1/SDF-1/KDEL,pcDNA3.1/SDF-1/54/KDEL,pEGFP/SDF-1/KDELandpEGFP/SDF-1/54/KDELeukaryoticexpressionvectorswereconstructedandtheDNAsequencewasaccurate,theyweretransferredintoCOS-7cellswithliposome.Theexogenousexpressionswereobserved,fusionproteinSDF-1/HisandSDF-1/54/HiswereconfirmedbyWesternblot,andtheSDF-1/EGFPandSDF-1/54/EGFPweredeterminedbyLaserScanningConfocalMicroscopy.Results:Fourexpressionvectorswereconstructedsuccessfully,thefusionproteinSDF-1/KDEL/HisandSDF-1/54KDEL/HisexpressedinCOS-7cells.SubcelluarlocalizationanalysisshowedthatSDF-1/KDEL/EGFPandSDF-1/54/KDEL/EGFPwerelocatedmainlyinendoplasmicreticulum.Conclusion:FourexpressionvectorspcDNA3.1/SDF-1/KDEL,pcDNA3.1/SDF-1/54/KDEL,pEGFP/SDF-1/KDELandpEGFP/SDF-1/54/KDELwereconstructedsuccessfully,whichcouldexpressineukaryoticcellandlocatemainlyintheendoplasmicreticulum.
简介:CHANGESOF6-K-PGF1aRELEASEFROMTHELUMINALSURFACEOFDACRONSEEDEDWITHAUTOLOOUSVENOUSTISSUEFRAGMENTSCHANGESOF6-K-PGF1aRELEASEFROMTH...
简介:为了探讨束缚+温水(36±1)℃应激是否能引起大鼠胃粘膜损伤、是否对延髓和下丘脑Fos蛋白表达有影响,本研究将雄性Wistar大鼠随机分两组:实验组,束缚+温水(36±1)℃应激1h;对照组,室温下单纯束缚应激1h。应激后处死,测直肠温度;取胃,观察胃粘膜损伤程度;取脑,应用免疫组化染色方法观察两组动物延髓、下丘脑神经元的Fos蛋白表达。结果显示:两组动物胃粘膜损伤程度均较轻或基本无胃粘膜损伤,延髓和下丘脑各核团Fos蛋白表达均无显著性差异,直肠温度也无显著性差异。这些结果提示,由于束缚+温水(36±1)℃应激不改变动物的体温,因而不引起延髓和下丘脑控制胃机能的核团神经元活动加强,从而也不诱发急性胃粘膜损伤。
简介:目的p27Kip1是一种细胞周期素依赖激酶抑制物,它抑制G1期的进程并对其进行调节。方法采用乳化-溶剂挥发法制备含p27kip1的纳米粒子,粒度集中分布在243~343nm,平均粒度为288.9nm,粒径呈窄分布,粒度分布指数为0.192。p27Kip1纳米粒子的载基因率为3%。包封效率为86%。p27Kip1基因纳米粒子的体外释放,开始的5d累积释放曲线接近直线,约1周后释放量开始变慢,释放曲线缓慢上升,可平稳维持释放2周以上。用p27kip1基因纳米粒子转染大鼠动脉平滑肌细胞,分为p27Kip1基因纳米粒子组、空白纳米粒子组、对照组,培养48h后收集细胞,流式细胞仪测定p27kip1纳米粒子对细胞周期调控的结果显示转染前细胞G1/G0期比例为92.4%,转染后48h,对照组及空白纳米粒子组G1/G0期比例为64.5%、68.3%,S期为12.4%、10.3%,表明G0/G1→S的过程非常迅速,细胞增殖活跃。而基因组G1/G0期比例为88.3%,S期为7.2%,说明细胞发生G1期阻滞,细胞增殖受到抑制。建立大鼠自体静脉移植模型,随机分成转基因治疗组、空白纳米粒子组、单纯静脉移植组,应用显微...