简介:PrimerHunter是一款多重PCR引物设计软件,该软件能够高效地设计出具有特异性的多重引物,但是只能在Linux系统的命令行中运行,而且没有考虑引物二聚体的问题。针对这些问题,文章建立了基于PrimerHunter的多重PCR引物设计系统,实现了PrimerHunter的界面化,完成了C/S模式向B/S模式的转换,同时增加了原软件不具备的引物二聚体检测模块,能够有效检测引物对之间的二聚体情况,为相关生物学领域研究提供了一种高效的多重PCR引物设计工具。
简介:对伞房属CCR基因进行扩增,对影响PCR的条件进行优化,结果筛选出引物对A-3198适宜的PCR循环条件为:94℃预变性5min;94℃变性30s,60℃退火lmin,72℃延伸2min,运行30个循环;最后72℃后延伸7min。对伞房属树种进行PCR扩增时,发现用同一引物对,一个样本可以扩增出不同长度的条带。将目的片段进行克隆测序,得到6个序列。所分析的基因片段从Exon3-Exon5,其中Exon3变异位点具有3个,Intron3无变异位点;Exon4变异位点具有7个,Intron4变异位点最多,达到276个,Exon5变异位点也只有6个。从变异位点所占百分数分析,所有外显子包括Exon3、Exon4和Exon5,变异数百分率很低,从1.67%-1.98%,说明外显子是相对保守和稳定的。Intron3最稳定,无任何差异位点。Intron4差异最大,差异百分数高达,19.99%。在Intron4有4处插入发生。第1处插入发生在第2041-2067,插入27个碱基。第2处插入发生在第2127-2289,插入163个碱基。第3处插入为PolyA,6个样本都存在PolyA。第4处为SSR序列。在外显子上未发现2个或2个以上碱基的插入/缺失。从氨基酸的变异来分析,所发生的核苷酸变异很多是无义突变,只有Exon3的2个氨基酸、Exon4的3个氨基酸,以及Exon5的2个氨基酸发生有义突变。本试验于国内外首次发现伞房属树种CCR基因具有多拷贝现象,而在桉树另外2个属桉属和杯果木属的CCR研究中未曾发现。
简介:目的:探讨原位检测内源性基因表达产物的灵敏方法,研究IgA样新基因SNC66在消化系统肿瘤组织中的表达及其与肿瘤之间的相关性.方法:在组织切片原位逆转录反应后进行原位PCR扩增,在扩增过程中掺入地高辛标记的尿核苷酸,再用免疫组织化学的方法加以检测.比较SNC66在大肠癌、胃癌、肝癌组织与相应的正常配对组织中的表达情况.结果:10个循环时,37例大肠癌标本中有14例呈阴性,18例弱阳性,5例强阳性;20例胃癌标本中有6例呈阴性,9例弱阳性,5例强阳性;所有肝脏组织和肝癌标本都呈阴性表达.25个循环时,大肠癌10例阴性,27例强阳性;胃癌4例阴性,16例强阳性;所有肝脏组织和肝癌组织标本都呈阳性表达.相应大肠粘膜和胃粘膜标本则无论是25个循环,还是10个循环,都呈强阳性表达,但着色程度前者高于后者.结论:原位RT-PCR是一种检测内源性基因低拷贝转录产物mRNA的灵敏方法.基因SNC66是一个消化道肿瘤相关性基因,在大肠癌和胃癌组织中存在明显的表达降低或缺陷,但与肝癌之间不存在相关性.SNC66可作为侯选的消化道肿瘤的抑癌基因加以进一步研究.