简介：摘要目的对延庆区新冠肺炎聚集性疫情进行流行病学调查和基因测序，分析病例的感染来源、传播链条、防控措施，为新冠疫情防控提供参考。方法对病例开展流行病学调查，应用大数据技术对病例的活动轨迹进行核查，对风险点位进行调查管控，判定和管理密切接触者，并对人员和环境开展核酸检测，对溯源重点人群采集血清标本进行抗体检测，对报告的病例进行全基因组测序、比对，分析感染来源和传播链。结果2022年7月4日至7月10日，延庆区聚集性疫情共涉及16例新冠病毒确诊病例（普通型1例、轻型15例），其中延庆区8例，顺义区5例，通州区、昌平区、丰台区各1例，毒株分型均为新冠病毒Omicron亚型变异毒株BA.5，潜伏期中位数为3 d。指示病例为1例从美国入境人员，6月15日至6月30日在上海隔离点隔离，7月1日隔离期满后返京，7月4日诊断为确诊病例，在工作单位传播给同工作、同餐人员引起的聚集性疫情。结论OmicronBA.5亚分支正成为全球主要流行毒株，要加强入境人员管理，做好口岸城市疫情防控工作。加强疫苗接种、核酸检测等常态化防控措施落实，早期发现疫情后，采取科学精准的防控措施。

简介：摘要目的分析北京市境外输入新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因组特征及变异情况。方法2020年2—3月收集北京市来自5个国家的12例输入性新冠肺炎病例呼吸道标本，采用高通量测序法对病毒基因组测序，对序列进行比对和分析，并采用最大似然法构建系统发育树。结果共获得12条长度为29 826~29 903 bp的SARS-CoV-2基因组序列，与Wuhan-Hu-1参考株的核苷酸和氨基酸序列一致性中位数分别为99.97%（99.94%~99.98%）和99.96%（99.88%~99.98%）。12例基因组共发现22个氨基酸突变位点，其中ORF1ab的P4715L和S蛋白的D614G为最常见突变位点；未发现已报道可明确导致病毒传播力和致病性改变的变异位点，未发现插入和缺失变异。系统发育分析显示，10例欧美国家输入的病毒基因组均位于S-D614G进化支，2例伊朗输入病毒基因组均位于ORF1ab-V378I进化支。结论未发现北京市2020年2—3月份境外输入的12例病毒基因组携带已报道可明确导致病毒传播力和致病性发生变化的变异位点，仍需持续关注病毒变异情况。

简介：摘要目的对一起在北京市顺义区局部地区发生的新冠肺炎本地聚集性疫情进行调查，分析其感染来源。方法应用流行病学调查和大数据技术核查病例的活动轨迹，对活动轨迹涉及的点位进行密切接触者追踪、人员和环境采样检测，对溯源重点人群采集血清标本进行抗体检测，对疫情早期报告的病例和环境核酸阳性标本进行全基因组测序、比对分析，分析感染来源和传播链。结果2020年12月23日至2021年1月16日，顺义区局部地区聚集性疫情报告42例新型冠状病毒感染者。感染来源为1例从印度尼西亚入境的境外输入无症状感染者，2020年11月26日从印度尼西亚入境，11月26日至12月10日在集中观察期间5次新冠病毒核酸检测、1次血清抗体检测，结果均为阴性。12月10日隔离期满后到京，12月28日诊断为无症状感染者。在入京后传播给合租房屋的租户1人，在A商场购物期间传播给该商场服装售货员1人，同时传播给在A商场购物的同一家庭3人。随后在顺义区多个点位发生续发病例，并在顺义区某工业园区引发局部暴发疫情。结论此次疫情为入境人员集中隔离期满、解除隔离后导致的聚集性疫情，提示应适当延长入境人员集中隔离时间，并加强对入境人员的样本采集检测。

简介：摘要目的研究日本在举办东京奥运会期间（包括前后14 d）的新型冠状病毒肺炎（简称"新冠肺炎"）疫情特点，为今后大型国际性体育赛事的防疫提供参考。方法收集东京奥运会期间的全球、日本及涉奥人员新冠肺炎发病数据，用描述性流行病学方法、分布滞后回归分析和卡方检验对疫情特征进行分析，探讨东京奥运会防疫措施及效果。结果2021年7月6日至8月22日，日本新冠肺炎新增确诊病例数共468 564例，东京新冠肺炎新增确诊病例数共138 690例，发病均呈急剧升高趋势。日本3 d前和东京1 d前的发病率与奥运代表团的发病率正相关。涉奥人员中新冠肺炎新增确诊病例数共538例，发病呈先升后降的趋势，病例主要集中在奥运服务人员，占总病例数的53.72%。各大洲代表团发病率之间有差异（P=0.026），中美洲代表团发病率最高（6.06%），北美洲代表团发病率最低（0.33%）；团体项目的发病率（0.83%）与单人项目的发病率（0.32%）比较，差异存在统计学意义（x2=5.004，P=0.030）。结论东京奥运会期间，日本采取的防疫措施具有一定效果，涉奥场所未发生大规模的新冠肺炎暴发疫情，疫情总体可控。

简介：摘要目的分析新型冠状病毒肺炎（COVID-19）病例N基因Ct值与其密切接触者续发风险的关系，进而探索呼吸道病毒载量与其传染力的关系。方法选择北京市发病0~7 d内有N基因Ct值记录的COVID-19确诊病例，将其密切接触者作为研究对象。收集密切接触者相关信息，主要包括性别、年龄、隔离方式、暴露方式、转归情况（发病与否）等变量。应用非条件多因素logistic回归模型分析COVID-19病例发病0~7 d内N基因Ct值与其密切接触者转归之间关联。结果在1 618名密切接触者中，77人转归为COVID-19确诊病例或无症状感染者，续发率为4.8%。多因素分析显示，通过同餐（OR=2.741，P=0.054）、同住（OR=9.721，P<0.001）方式暴露、非集中隔离（OR=18.437，P<0.001）、对应病例发病0~7 d内N基因Ct值<20（OR=8.998，P=0.004）或Ct值在20~25之间（OR=3.547，P=0.032）是密切接触者续发风险增加的危险因素。结论COVID-19病例呼吸道病毒载量与其传染力之间存在明确的正相关，提示COVID-19病例N基因Ct值可以作为其密切接触者管理的参考指标之一。

简介：摘要目的了解干扰素诱导跨膜蛋白3（IFITM3）基因rs12252多态性与新型冠状病毒感染之间的关联。方法选择2020年1月至2021年1月北京市监测发现的新型冠状病毒肺炎病例及无症状感染者446例和健康对照人群65例。提取呼吸道样本基因组DNA，使用Sanger测序法检测IFITM3基因rs12252多态性。结果无症状感染者、轻型病例、普通型病例中rs12252基因型分布频率与对照组无显著性差异（P值均>0.05），但重型病例中基因型分布具有显著差异（P<0.05）。60%的重型病例为CC基因型，明显高于其他类型病例、无症状感染者或健康人群。隐性遗传模型显示CC基因型个体比TT基因型和CT基因型个体有更高的风险发展为新冠肺炎重型或危重型（OR=3.546，95%CI：1.084~11.595）。结论IFITM3 rs12252CC基因型会导致较高的新冠肺炎重症感染风险。