简介：摘要目的了解人腺病毒(human adenovirus，HAdV)在不同疾病病原谱中的检出情况。方法对符合纳入标准的284个研究进行HAdV检出率的Meta分析，分析内容包括异质性检验、随机效应模型合并效应量、Meta回归、敏感性分析和发表偏倚。结果284个研究检出率波动较大、异质性较高，分别采用不同的方法降低或分析异质性：随机效应模型合并总检出率为4.21%(95%CI：3.80%～4.66%)；亚组分析各组检出率分别为胃肠道症状疾病5.06%(95%CI：4.22%～6.06%)、呼吸道症状疾病3.97%(95%CI：3.53%～4.46%)、儿童4.50%(95%CI：4.06%～4.99%)、成人2.09%(95%CI：1.22%～3.56%)、抗原检测1.94%(95%CI：1.64%～2.30%)、核酸检测5.82%(95%CI：5.21%～6.49%)、抗体检测5.60%(95%CI：4.17%～7.48%)、中国东部地区3.67%(95%CI：3.18%～4.24%)、中部地区6.07%(95%CI：5.20%～7.08%)、西部地区5.00%(95%CI：4.03%～6.18%)、≤1 000样本量6.10%(95%CI：5.39%～6.91%)、>1 000样本量2.66%(95%CI：2.32%～3.05%)；Meta回归分析有显著性的因素为疾病种类、年龄、检测方法、研究地区、样本量，调整R2＝37.15%。结论HAdV检出率的研究，在异质性较大时，Meta分析对率的合并仍有待完善。不同疾病种类、不同年龄、检测方法、研究区域和样本量大小是引起异质性的部分原因。

简介：摘要目的了解2014年湖南省C亚属人腺病毒(HAdV-C)分离株的基因特征。方法2014年从湖南省长沙市严重急性呼吸道感染儿童病例咽拭子标本中分离到一株HAdV-C病毒株(Hunan2014-s024)，分段扩增目的基因片段，拼接后获得全基因组序列，同时下载GenBank数据库中国内外流行的HAdV-C代表株全基因组序列构建HAdV-C数据库，使用生物信息学软件进行全基因组序列特征分析。结果Hunan2014-s024株与2006年山西省健康儿童粪便标本中分离到的HAdV-C病毒株(MK041244-CHN-2006)的同源性最高，并以该病毒基因组元件为主要骨架，在penton base基因上交换了2012年湖南省急性下呼吸道感染患儿分离株(MK041246-CHN-2012)的基因片段。结论2014湖南株(Hunan2014-s024)为2006年山西省病毒株(MK041244-CHN-2006)与2012年湖南株(MK041246-CHN-2012)的重组病毒，由于其致病性可能发生了改变，因此有必要加强HAdV-C的分子流行病学监测，以了解其潜在疾病负担和公共卫生意义。

简介：摘要目的了解我国河南省漯河市严重急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection，SARI)病例人腺病毒(human adenovirus，HAdV)基因特征。方法对2017年10月至2019年2月SARI病例中鉴定的HAdV阳性标本进行病毒分离后，扩增并测定其Hexon基因的Loop2区域，初步鉴定病毒分离株型别。然后根据初筛结果，分别使用HAdV各型特异性引物扩增病毒株3个靶基因(Penton base、Hexon和Fiber)的序列全长，并与各型原型株以及国内外相应型别代表株进行系统发育和序列同源性分析，以确定HAdV病毒株型别并了解其基因特征。结果从河南省漯河市783份SARI病例中鉴定的27份HAdV阳性咽拭子标本中，共分离获得18株病毒分离株，分子分型结果显示，这些毒株分属于B亚属(HAdV-3、HAdV-7和HAdV-55)、C亚属(HAdV-1、P1H2F2、Px1/Ps3H5F5、P89H5F5和HAdV-6)和E亚属(HAdV-4)。其中C亚属HAdV-1分离阳性率最高(33.3%)，其次为B亚属HAdV-3(22.2%)和C亚属P1H2F2(11.1%)。本研究4种HAdV病毒株(HAdV-3、HAdV-4、HAdV-7和HAdV-55)基因组序列在时间和空间上具有显著的保守性和稳定性特点，而HAdV-C鉴定了3种基因重组模式(P1H2F2、Px1/Ps3H5F5和P89H5F5)，其潜在的公共卫生意义需进一步研究证实。结论2017—2019年河南省漯河市SARI病例HAdV感染主要以C亚属为主，其次为B亚属和E亚属，该数据为当地腺病毒相关传染病的预防控制提供了科学依据。

简介：摘要人副流感病毒（HPIVs）是引起儿童急性呼吸道感染的主要病原体之一，根据其血清学及基因组特征，可分为HPIV1~HPIV4四种血清型别。不同血清型HPIVs导致的临床疾病谱、流行特征和疾病负担都有所不同。基于病毒结构蛋白基因的核苷酸差异，HPIVs可进一步划分为具有不同时空分布特征的基因型和基因亚型。标准的分子分型方法有助于阐明HPIVs在人群传播过程中的基因进化和传播模式，然而，由于国内外至今未建立统一且标准化的分子分型方法，阻碍了对HPIVs分子流行病学的研究。因此，本研究就HPIVs的病毒特征、基因组结构、现有的基因分型方法及进化加以综述，并筛选出分子分型参考株，以完善对HPIVs基因特征以及分子分型的认识，为我国开展HPIVs分子流行病监测和研究提供重要的科学依据。

简介：摘要目的分析泉州2018—2019年人呼吸道合胞病毒（HRSV）流行情况和基因特征。方法样本来自2018年11月至2019年5月福建省泉州市儿童医院送检的下呼吸道感染患儿咽拭子样本，共141份。采用RT-PCR法进行HRSVG基因3′末端靶基因扩增，使用sequencher 5.0以及MEGA5.05软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果HRSV阳性样本25份，17份样本成功获得靶基因序列，其中HRSVA 13份，HRSVB 4份；共鉴定出两个基因型：ON1基因型（13份，HRSVA）和BA9基因型（4份，HRSVB）。5条ON1基因型靶基因序列与2012—2015年北京、长春和浙江流行的ON1基因型序列汇聚为一簇（Cluster1）；1条（FJ19-02）与2012—2015年我国多个地区流行的ON1基因型序列汇聚为一簇（Cluster2）；其余7条为独立的一簇（Cluster-FJ）。HRSVB亚型中FJ18-02、FJ19-14、FJ19-15与2015年在吉林长春流行的BA9基因型序列汇聚在一起；FJ19-13则与2013年在广州和浙江两地流行的BA9基因型序列具有较近的亲缘性。ON1基因型和BA9基因型均在重复插入的72和60个碱基片段区出现了核苷酸和氨基酸变异。Cluster-FJ分支靶基因序列出现了特征性氨基酸突变（H266L）；FJ19-13出现了H261Q和Q265L的独立突变。结论2018—2019年福建泉州流行的HRSV基因型为BA9和ON1，Cluster-FJ为新发现的独立传播链，有可能在泉州建立了本土循环流行。

简介：摘要目的了解青海省流行风疹病毒(Rubella virus，RV)基因型及基因特征。方法2010年和2019年分别采集2个市州疑似风疹病例的咽拭子标本，经核酸检测和病毒分离后，扩增并测定阳性病毒分离株基因分型靶基因序列，即E1基因的739个核苷酸片段，然后与世界卫生组织(World Health Organization, WHO)推荐的13个基因型的32株参考株序列进行比对以确定基因型别，同时与我国其他省份流行RV株序列进行基因亲缘性关系分析。结果本研究分离获得4株RV病毒株，经基因亲缘性关系分析显示，这些病毒株分属于1E-Cluster A基因亚型和2B-Cluster C基因亚型，与我国同期其他省份RV流行趋势基本一致。青海省4株病毒株在氨基酸水平高度保守，但也存在地区特异性的突变位点。结论本研究为青海省风疹防控策略的制定提供了一定的实验室数据。

简介：摘要目的分析2020年青海省风疹流行特点和流行风疹病毒(rubella virus, RV)基因特征，为当地优化和完善风疹防控策略提供科学依据。方法汇总国家法定传染病报告系统中的青海省2020年风疹发病数据，分析其流行病学特征；依托青海省麻疹/风疹实验室网络，采集并鉴定2020年疑似风疹暴发和散发病例咽拭子标本，阳性标本盲传3代后获得RV分离株，提取病毒核酸后扩增并测定E1基因的739个核苷酸片段，用于鉴定2020年青海RV株基因型和亚型，并分析其与我国流行RV的分子差异。结果2020年青海省风疹发病呈现明显回升态势，发病年龄已后移至10~19岁年龄组青少年(占比94.9%)；2020年从青海省4个风疹高发市州共分离到29株RV病毒株，经鉴定所有RV株均属于2B-L2c基因亚型，也是目前我国RV流行的优势基因亚型。此外，病毒学监测数据显示，2020年青海省存在着不同的2B-L2c基因亚型RV传播链，且一起暴发疫情可能由不同的传播链病毒引起。结论2020年青海省流行RV为2B-L2c基因亚型，该病毒的流行导致了青海省2020年风疹疫情的回升以及部分市州的暴发流行。

简介：摘要目的基于血凝素-神经氨酸酶蛋白(hemagglutinin-neuraminidase，HN)基因分析我国流行人副流感病毒3型(human parainfluenza virus 3, HPIV3)的基因变异规律和进化特征。方法采用多重荧光PCR方法对2007—2020年5个省市(北京、浙江、安徽、河南、湖南)急性呼吸道感染病例的咽拭子标本进行常见病原体核酸筛查，对HPIV3阳性标本进行HN基因序列测定，与GenBank数据库的国外和我国10个省的HPIV3流行代表株HN基因序列进行比对，应用多种生物信息学方法开展分子进化分析。结果本研究期间从5个省市共获得49株HPIV3的HN基因序列，核苷酸同源性在96.6%~100%之间，其中48株为C3基因亚型，1株为C5基因亚型。系统进化分析显示，我国12个省市在2003—2020年间存在C1、C3和C5基因亚型的毒株共流行，毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为95.4%~99.8%和97.9%~100%，其中C3是我国的优势流行基因亚型，分属于C3a、C3b、C3c、C3e和C3f进化分支，以C3f的传播范围和流行时间最为广泛。对C3基因亚型的进化分析显示，其最近共同祖先形成时间(tMRCA)可追溯到1990年，有效群体规模在2002—2010年间逐渐扩张而后趋于平稳；C3各进化分支HPIV3的HN基因进化速率在3.69×10-4~5.82×10-4替换/位点/年之间；C3基因亚型毒株HN蛋白共享N308、N351、N485和N523潜在N-糖基化位点，选择压力以负向选择为主。结论C3基因亚型是我国的本土优势HPIV3流行型别，形成了广泛传播和持续流行态势，并在流行过程中形成多个进化分支共同循环。

简介：摘要目的了解2017—2019年河南省漯河市住院严重急性呼吸道感染病例（SARI）的病毒性病原谱特征。方法通过“SARI病例监测平台”，收集2017年11月到2019年2月河南省漯河市中心医院的SARI病例。最终纳入783例SARI病例，所有病例在入院24 h内采集咽拭子，并记录人口学特征、发病时间、临床特点等信息，同时进行病毒检测和鉴定，并分析不同年龄和时间SARI病例的病毒检出情况。结果783例SARI病例年龄M（P25，P75）为3（1，5）岁，范围为1月龄~95岁，以<5岁儿童为主（71.01%）；男性（61.81%）多于女性（38.18%）。783份SARI病例咽拭子标本中，共有64.88%（508/783）咽拭子标本检出至少1种病毒，共检出9种病毒。流感病毒、人呼吸道合胞病毒检出率较高，均为20.18%（158例）。各病毒混合感染率达15.84%（124/783），其中双重感染最常见，占混合感染病例的85.48%（106/124）；混合感染病例中主要以人呼吸道合胞病毒、人鼻病毒、人流感病毒最常见。<5岁儿童与60~95岁老人两个年龄组病毒检出率较高，分别为68.71%和63.27%。冬春季以流感和人呼吸道合胞病毒感染为主，夏季以人副流感病毒感染为主。结论2017—2019年河南省漯河市SARI病例咽拭子标本以流感病毒和人呼吸道合胞病毒为主要病毒，各病毒的流行特征存在年龄和时间差异。

简介：摘要目的了解我国九省份发热呼吸道症候群（FRS）监测病例中常见病毒感染情况。方法研究资料来源于中国疾病预防控制中心“传染病监测技术平台信息管理系统”中九省份（安徽、北京、广东、河北、湖南、吉林、山东、陕西和新疆）2009年1月至2021年6月间的FRS病例监测数据，最终将具有8种病毒［人流感病毒（HIFV）、人呼吸道合胞病毒（HRSV）、人腺病毒（HAdV）、人副流感病毒（HPIV）、人鼻病毒（HRV）、人偏肺病毒（HMPV）、人冠状病毒（HCoV）以及人博卡病毒（HBoV）］核酸检测结果的8 243例FRS监测病例纳入研究。采用χ²检验/Fisher确切概率法分析不同年龄组、不同地区和不同季节病例的病毒检出率差异。结果8 243例FRS病例年龄M（Q1，Q3）为4（1，18）岁，<5岁以下儿童占56.56%（4 662例）；男性占58.1%（4 792例）；病例主要来源于门、急诊病例和住院病例，其中门急诊病例数为2 043例，住院病例数为6 200例。FRS病例的病毒检出率从高到低依次为HRSV、HIFV、HPIV、HRV、HAdV、HMPV、HCoV和HBoV。有524例病例同时检出两种及两种以上病毒，占病毒检测阳性病例数的15.66%。不同年龄组中病毒检出率的差异具有统计学意义（均P<0.05），<5岁以下儿童的病毒检出率较高（49.96%）。南方任一病毒阳性检出率高于北方（P<0.001）。FRS病毒阳性病例全年均有检出，HRSV检出率在秋、冬季较高，HIFV检出率在冬季较高，HMPV检出率在冬、春季较高；而HPIV、HRV、HCoV和HBoV的检出率在夏、秋季节较高，而HAdV在不同季节检出率的差异无统计学意义。与2009—2019年相比，2020—2021年的任一病毒阳性检出率有所下降，由原来的41.37%下降至37.86%；HIFV检出率由原来的10.62%急剧下降至1.37%；HPIV检出率由原来的8.24%下降至5.88%。而HRV和HBoV的检出率则由原来的5.43%和1.79%，分别上升至9.67%和3.19%。结论2009—2021年中国九省份FRS病例以HRSV和HIFV感染较为常见，8种常见呼吸道病毒的流行特征存在年龄、地区和季节差异。