简介：摘要目的了解我国河南省漯河市严重急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection，SARI)病例人腺病毒(human adenovirus，HAdV)基因特征。方法对2017年10月至2019年2月SARI病例中鉴定的HAdV阳性标本进行病毒分离后，扩增并测定其Hexon基因的Loop2区域，初步鉴定病毒分离株型别。然后根据初筛结果，分别使用HAdV各型特异性引物扩增病毒株3个靶基因(Penton base、Hexon和Fiber)的序列全长，并与各型原型株以及国内外相应型别代表株进行系统发育和序列同源性分析，以确定HAdV病毒株型别并了解其基因特征。结果从河南省漯河市783份SARI病例中鉴定的27份HAdV阳性咽拭子标本中，共分离获得18株病毒分离株，分子分型结果显示，这些毒株分属于B亚属(HAdV-3、HAdV-7和HAdV-55)、C亚属(HAdV-1、P1H2F2、Px1/Ps3H5F5、P89H5F5和HAdV-6)和E亚属(HAdV-4)。其中C亚属HAdV-1分离阳性率最高(33.3%)，其次为B亚属HAdV-3(22.2%)和C亚属P1H2F2(11.1%)。本研究4种HAdV病毒株(HAdV-3、HAdV-4、HAdV-7和HAdV-55)基因组序列在时间和空间上具有显著的保守性和稳定性特点，而HAdV-C鉴定了3种基因重组模式(P1H2F2、Px1/Ps3H5F5和P89H5F5)，其潜在的公共卫生意义需进一步研究证实。结论2017—2019年河南省漯河市SARI病例HAdV感染主要以C亚属为主，其次为B亚属和E亚属，该数据为当地腺病毒相关传染病的预防控制提供了科学依据。

简介：摘要目的探讨实时荧光RT-PCR方法检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸在疾病诊断中的应用。方法从中国疾病预防控制信息系统选取截至2020年3月5日录入的河南省COVID-19的实验室检测数据和病例基本信息。所有信息都由当地医院和疾控中心录入系统，医院或者区县疾控中心负责采样，河南省各省辖市疾控中心负责核酸检测。结果共纳入6 714份标本，SARS-CoV-2核酸检测阳性率为23.82%。标本来源于3种诊断类型，确诊病例1 200例，疑似病例2 178例，无症状感染者77例，SARS-CoV-2感染核酸确诊率为36.96%(1 277/3 455)。所有诊断类型标本中，鼻拭子、痰液和咽拭子的SARS-CoV-2核酸检测阳性率分别为19.38%、28.59%、23.53%，差异有统计学意义(χ2＝15.896，P<0.01)。确诊病例的呼吸道标本SARS-CoV-2核酸检测阳性率为63.10%。鼻拭子、痰液和咽拭子的核酸阳性率分别为50.80%、58.71%、65.21%，差异有统计学意义(χ2＝18.612，P<0.01)。所有诊断类型发病后当天、1周、2周、3周、4周和5周及5周以上呼吸道标本SARS-CoV-2核酸检测阳性率依次为43.51%、23.98%、22.82%、12.17%、14.46%、13.21%，在确诊病例中的阳性率依次为89.03%、86.57%、52.30%、17.53%、17.69%和24.14%。结论实时荧光RT-PCR方法检测SARS-CoV-2核酸是最有效的早期病原学诊断方式，COVID-19发病后1周内核酸检出率最高，核酸检出时间最晚是发病后38 d。

简介：摘要目的基于血凝素-神经氨酸酶蛋白(hemagglutinin-neuraminidase，HN)基因分析我国流行人副流感病毒3型(human parainfluenza virus 3, HPIV3)的基因变异规律和进化特征。方法采用多重荧光PCR方法对2007—2020年5个省市(北京、浙江、安徽、河南、湖南)急性呼吸道感染病例的咽拭子标本进行常见病原体核酸筛查，对HPIV3阳性标本进行HN基因序列测定，与GenBank数据库的国外和我国10个省的HPIV3流行代表株HN基因序列进行比对，应用多种生物信息学方法开展分子进化分析。结果本研究期间从5个省市共获得49株HPIV3的HN基因序列，核苷酸同源性在96.6%~100%之间，其中48株为C3基因亚型，1株为C5基因亚型。系统进化分析显示，我国12个省市在2003—2020年间存在C1、C3和C5基因亚型的毒株共流行，毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为95.4%~99.8%和97.9%~100%，其中C3是我国的优势流行基因亚型，分属于C3a、C3b、C3c、C3e和C3f进化分支，以C3f的传播范围和流行时间最为广泛。对C3基因亚型的进化分析显示，其最近共同祖先形成时间(tMRCA)可追溯到1990年，有效群体规模在2002—2010年间逐渐扩张而后趋于平稳；C3各进化分支HPIV3的HN基因进化速率在3.69×10-4~5.82×10-4替换/位点/年之间；C3基因亚型毒株HN蛋白共享N308、N351、N485和N523潜在N-糖基化位点，选择压力以负向选择为主。结论C3基因亚型是我国的本土优势HPIV3流行型别，形成了广泛传播和持续流行态势，并在流行过程中形成多个进化分支共同循环。

简介：摘要目的了解2017—2019年河南省漯河市住院严重急性呼吸道感染病例（SARI）的病毒性病原谱特征。方法通过“SARI病例监测平台”，收集2017年11月到2019年2月河南省漯河市中心医院的SARI病例。最终纳入783例SARI病例，所有病例在入院24 h内采集咽拭子，并记录人口学特征、发病时间、临床特点等信息，同时进行病毒检测和鉴定，并分析不同年龄和时间SARI病例的病毒检出情况。结果783例SARI病例年龄M（P25，P75）为3（1，5）岁，范围为1月龄~95岁，以<5岁儿童为主（71.01%）；男性（61.81%）多于女性（38.18%）。783份SARI病例咽拭子标本中，共有64.88%（508/783）咽拭子标本检出至少1种病毒，共检出9种病毒。流感病毒、人呼吸道合胞病毒检出率较高，均为20.18%（158例）。各病毒混合感染率达15.84%（124/783），其中双重感染最常见，占混合感染病例的85.48%（106/124）；混合感染病例中主要以人呼吸道合胞病毒、人鼻病毒、人流感病毒最常见。<5岁儿童与60~95岁老人两个年龄组病毒检出率较高，分别为68.71%和63.27%。冬春季以流感和人呼吸道合胞病毒感染为主，夏季以人副流感病毒感染为主。结论2017—2019年河南省漯河市SARI病例咽拭子标本以流感病毒和人呼吸道合胞病毒为主要病毒，各病毒的流行特征存在年龄和时间差异。