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  • 简介:摘要目的应用低深度高通量全基因拷贝变异测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)技术分析颈项透明层(nuchal translucency,NT)增厚胎儿的遗传学病因,初步探讨胎儿NT增厚与染色体异常的关系。方法回顾性收集2018年1月至2020年12月在郑州大学第一附属医院遗传与产前诊断中心进行CNV-seq检测的487例NT增厚胎儿的资料,根据胎儿NT厚度分为≥3.0~<3.5 mm(n=129)和≥3.5 mm(n=358)。采用χ2检验或Fisher精确概率法对染色体异常分布情况及2染色体异常率进行分析。结果487例NT增厚胎儿中,共检出染色体异常126例(25.9%),其中染色体非整倍体107例(22.0%),致病/可能致病拷贝变异(copy number variation,CNV)19例(3.9%)。NT≥3.5 mm胎儿的非整倍体检出率高于NT≥3.0~<3.5 mm[14.0%(18/129)与24.9%(89/358),χ2=6.58,P=0.010]。而2胎儿致病/可能致病CNV检出率比较,差异无统计学意义(χ2=0.30,P=0.584)。结论NT增厚胎儿染色体非整倍体发生风险随NT厚度的增加而增加,致病/可能致病CNV发生风险与NT增厚程度无关,但因样本量较少,需进一步验证。CNV-seq可用于NT增厚胎儿遗传学病因的检测。

  • 标签: 颈部透明带检查 染色体畸变 DNA拷贝数变异 高通量核苷酸序列分析
  • 简介:摘要目的评估低深度全基因测序技术(copy number variations sequencing,CNV-seq)在鼻骨发育不良胎儿遗传学病因中的诊断价值。方法选择2017年12月至2020年12月本院发现的217例鼻骨发育不良胎儿为研究对象,分为孤立型鼻骨发育不良及合并其他异常,进行CNV-Seq检测,并分析拷贝变异(copy number variations,CNVs)的情况。结果在217例胎儿中共检出40例异常,异常率为18.4%,其中包括31例非整倍体(14.3%,31/217)和9例CNVs(4.1%,9/217)。孤立共检出5例21三体(3.5%, 5/144)和2例临床意义未明CNVs(1.4%,2/144)。合并检出26例非整倍体(35.6%,26/73),包括19例21三体、6例18三体及1例13三体,另发现5例致病性CNVs(6.8%,5/73)以及2例临床意义未明CNVs(2.7%,2/73)。经卡方检验,两差异具有统计学意义(P<0.01)。结论CNV-Seq技术对于鼻骨发育不良的胎儿的染色体异常具有较高的检出率,尤其在合并其他超声异常的病例中检出非整倍体及致病性CNVs的概率更高。

  • 标签: 鼻骨发育不良 低深度全基因组测序 拷贝数变异
  • 简介:摘要目的评估低深度全基因拷贝变异测序技术(copy number variation sequencing, CNV-seq)在胎儿肠管回声增强(echogenic fetal bowel, EB)孤立型及合并其他超声软指标(合并型)中的诊断价值及遗传病因分析,为临床遗传咨询提供指导。方法以2017年12月至2021年6月就诊于本中心共163例为研究对象。采集羊水(162例)或绒毛(1例)进行CNV-Seq检测,结合生物信息学分析其致病性CNVs情况。结果163例中共检出13例(8.0%)阳性,包括9例(5.5%)非整倍体及4例(2.4%)CNVs。其中孤立型EB和合并型EB阳性率分别为1.7%(1/58)和11.4%(12/105),经卡方检验,两者存在显著差异(P<0.05)。两中各发现一例Xp22.1重复,为女性DMD携带者,后健康出生。合并型EB中发现9例非整倍体及2例致病性/疑似致病性CNVs,均引产。结论合并型EB胎儿的非整倍体及致病性CNVs阳性率远高于孤立型EB,且大部分终止妊娠。这提示在临床上相对于孤立型EB,需要更加关注合并型EB胎儿,及时进行产前诊断及遗传咨询。

  • 标签: 肠管回声增强 基因组拷贝数变异 低深度全基因组拷贝数变异测序
  • 简介:摘要目的分析7例低深度全基因测序(copy number variation sequencing,CNV-seq)检出仅涉及NRXN1基因的2p16.3杂合缺失胎儿的遗传学检查结果、拷贝变异(copy number variation, CNV)来源及妊娠结局,为产前诊断和遗传咨询提供依据。方法7例产前诊断样本均通过CNV-seq检测发现2p16.3杂合缺失,进一步通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)进行验证,明确涉及的NRXN1基因缺失的具体区域,并对CNV进行父母验证和妊娠结局的随访。结果在16 502例样本中共检出7例胎儿染色体2p16.3区存在120 ~ 900 kb的微缺失,发生率为0.424‰。该区域主要位于2号染色体的50 200 000-51 880 000位置,仅覆盖了NRXN1基因。qPCR验证了7例胎儿的CNV,其中2例涉及NRXN1基因第1 ~ 6外显子杂合缺失,1例涉及第1 ~ 19外显子杂合缺失,1例涉及第19 ~ 22外显子杂合缺失,3例涉及第6 ~ 7内含子杂合缺失。亲代验证发现父源性1例,母源性1例,新发2例,其余3例拒绝亲代验证。经随访,除1例引产,1例尚未出生外,其余5例均健康出生,年龄5个月~ 3岁,均未发现NRXN1相关的精神发育异常。结论CNV-seq检出7例胎儿涉及NRXN1基因的2p16.3杂合缺失,经qPCR验证NRXN1基因的具体缺失位置,通过结合CNV来源、家系分析以及妊娠结局,对每个家庭进行了个体化的遗传咨询及生育指导。

  • 标签: 低深度全基因组测序 产前诊断 NRXN1基因 2p16.3微缺失
  • 简介:摘要目的探讨一个同时患有单纯型甲基丙二酸血症(methylmalonic acidemia, MMA)和血友病A(hemophilia A, HA)患者生育史的家系的病因,为该家系的遗传咨询和产前诊断提供指导。方法采用高通量测序对亲代进行全外显子测序,采用Sanger测序对变异进行验证并对再次妊娠的胎儿进行产前诊断。进一步采用长距离PCR(long distance PCR,LD-PCR)检测HA患儿(先证者弟弟,Ⅱ-2)和母亲F8基因第22内含子倒位(intron 22 inversion, Inv22)变异。最后,对第三次妊娠胎儿同时进行MMA和HA致病基因的产前诊断。结果该家系父亲携带单纯型MMA相关MMUT基因c.729_730insTT(p.D244fs)杂合变异,母亲携带MMUT基因c.1853T>C(p.L618P)杂合变异。先证者弟弟(Ⅱ-2)为F8基因Inv22引起的HA患者,同时为c.729_730insTT(p.D244fs)杂合变异携带者,其母亲为Inv22携带者。胎儿产前诊断结果显示为MMUT基因c.1853T>C(p.L618P)杂合变异携带者。结论高通量测序有助于为先证者临床诊断明确但无法进行基因检测的家系寻找遗传学病因,LD-PCR可快速有效的进行F8基因Inv22检测,为家系遗传咨询和产前诊断提供依据。

  • 标签: 甲基丙二酸血症 血友病 高通量测序 基因诊断
  • 简介:摘要目的探讨1例特殊面容、癫痫、智力低下、长期便秘伴颈部和上肢色素减退的患儿的遗传学病因。方法对患儿进行全外显子检测,对候选变异用Sanger测序进行家系验证。结果先证者携带ZEB2基因c.586G>T(p.Glu196*)杂合无义变异,既往未见报道。先证者父母未检测到相同变异。结论ZEB2基因c.586G>T(p.Glu196*)杂合无义变异可能是患儿发生Mowat-Wilson综合征的原因,颈部及上肢的色素减退考虑与该综合征相关,其母亲再次怀孕时需接受产前诊断。

  • 标签: Mowat-Wilson综合征 ZEB2基因 无义变异 产前诊断