简介:摘要目的对2017年山东省临沂市手足口病(hand, foot and mouth disease,HFMD)患儿粪便标本进行病毒分离与鉴定,并对其基因特征进行分析。方法对HFMD患儿粪便标本进行核酸检测。用人横纹肌肉瘤细胞进行病毒分离。对病毒进行全基因组序列测定,通过与人类肠道病毒比较,对分离株进行系统发育分析和基因重组分析。结果自重症HFMD患儿粪便标本中成功分离到1株柯萨奇病毒A组2型(coxsackievirus A group 2 type, CoV-A2),命名为CoV-A2 SD17-430,系统进化分析进一步确定其基因型属于D2基因型。SD17-430衣壳蛋白编码区与CoV-A2国际原始株同源性高,在非结构蛋白编码区与CoV-A4(MH086949)和CoV-A14(KP036482)同源性高。结论与原始毒株相比,CoV-A2 SD17-430株发生了较大程度的遗传变异,其进化过程中可能与多个A组肠道病毒发生了基因重组。应继续加强对HFMD病原的全面监测,以便进一步了解其病原谱变化,为制定更有效的HFMD防控策略提供数据参考。
简介:摘要目的研究中国地区发热伴血小板减少综合征病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus, SFTSV)分离株已上传至GenBank序列中M片段基本特征及该病毒的遗传和进化规律。方法从GenBank中获取2020年6月25日前分离于中国的SFTSV毒株M片段全序,利用BioEdit软件进行多序列比对,MEGA5.0软件构建系统发生树,比较不同型别及不同来源SFTSV核苷酸和氨基酸的同源性。结果在GenBank数据库收集到203株中国地区发热伴血小板减少综合征病毒分离株的M片段全序,其中分离于人的毒株185株,占总毒株的91.1%,分离于蜱的毒株共11株,占总毒株的5.4%,分离于其他动物如羊、鼠、刺猬的共5株,占总毒株的3.5%。系统发生树分析显示中国地区流行优势株为C2基因亚型,占总毒株的42.4%,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为96.4%~100.0%和94 .5%~100.0%。人源毒株与动物分离株同源性极高,核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为92.5%~100.0%和92.0%~100.0%。结论对分离自中国的发热伴血小板减少综合征病毒分离株优势株为C2型,且存在着多种型别的共循环。SFTSV可能有从C型向J型进行适应性转换的可能。