简介:摘要随着基因治疗技术的不断发展,越来越多的新技术被逐步应用于疾病的实验室研究和临床治疗中。在艾滋病的治疗中,基因治疗技术相较于传统的抗病毒逆转录治疗有明显优势。近年来,短发夹RNA(short hairpin RNA, shRNA)技术、成簇规律间隔短回文重复序列(clustered regulatory interspaced short palindromic repeat, CRISPR)技术、类转录激活因子效应物核酸酶(transcription activator-like effector nucleases, TALEN)技术、锌指核酶(zinc finger nucleases, ZFN)技术等基因治疗技术在艾滋病治疗中的应用已经取得较多成果。本文综述了自基因治疗技术出现以来在艾滋病治疗领域的重大突破,以及近年来所取得的最新研究进展,旨在为该技术在艾滋病治疗中的更广泛应用提供参考。
简介:摘要目的利用全外显子测序技术(WES)对比检测泪腺良性淋巴上皮病变(LGBLEL)和黏膜相关淋巴组织(MALT)淋巴瘤的基因序列,筛选差异表达基因并进行分析。方法采用横断面研究方法,连续纳入2015年1月至2017年11月就诊于首都医科大学附属北京同仁医院的5例LGBLEL患者和5例泪腺MALT淋巴瘤患者,收集患者外周血标本和临床资料。提取外周血DNA,利用WES进行基因测序,应用BWA软件进行差异基因筛选,应用HaplotypeCaller软件进行基因组变异筛查,用ANNOVAR软件对变异结果进行注释,用Varscan软件筛查单核苷酸变异和小插入/缺失基因,用ExomeCNV软件鉴定外显子拷贝数变异。通过蛋白互作网络分析以及功能模块网络构建,筛选出最大团中心值最高的突变枢纽基因。结果平均每个样本检出16.63 Gb数据。单核苷酸变异结果显示各样本常见的突变类型为同义突变和错义突变,LGBLEL组和MALT淋巴瘤组同义突变、错义突变的基因个数比较差异均无统计学意义(均P>0.05),LGBLEL组终止密码子缺失的基因个数多于MALT淋巴瘤组,差异有统计学意义(P<0.05)。小插入/缺失基因结果显示常见的突变类型是移码突变、非移码突变的插入突变和缺失突变,LGBLEL组与MALT淋巴瘤组的插入/缺失基因个数比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。LGBLEL组和MALT淋巴瘤组发生外显子拷贝数变异的个数均较少,对最终结果无明显影响。对蛋白互作网络分析和功能模块网络的结果进行综合分析,最终共得到6个差异表达的关键基因,即IGFN1、TCP10、SLC45A4、BTBD7、PHGR1和PIEZ02基因。结论IGFN1、TCP10、SLC45A4、BTBD7、PHGR1及PIEZ02基因是LGBLEL和MALT的差异表达关键基因,可能与LGBLEL发展为MALT淋巴瘤的机制有关。
简介:摘要目的本研究通过对来自GEO数据库的数据和实验室测序数据进行生物信息学分析,分析ATP结合盒(ATP-binding cassette,ABC)转运蛋白基因在类风湿关节炎中的表达情况,分析ABC转运蛋白在类风湿关节炎中的作用机制。方法采用R语言软件对人类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)、骨关节炎(osteoarthritis,OA)滑膜组织以及正常(normal,N)滑膜组织,体外实验中的人类滑膜成纤维细胞中肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor-α,TNF-α)实验组和对照组的多基因差异表达谱数据集进行综合分析。将ABC转运蛋白的差异基因与其他差异基因相关联,以获得相关性更大的差异基因。使用KEGG对具有更高相关性的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行通路富集。利用Cytospace软件的STRING在线数据库,通过蛋白质相互作用(PPI)网络分析鉴定枢纽(Hub)基因。结果ABC转运蛋白基因差异表达:RA组与N组相比,ABCC4和ABCG1的表达显著增加,而ABCA8的表达显著降低(P<0.001);RA组与OA组相比,ABCC4的表达显著增加,ABCA8的表达显著降低(P<0.001);与对照组相比,TNF-α组ABCA5的表达显著增加。与上述ABC家族具有高度相关性的差异表达基因的KEGG通路和蛋白质相互作用(PPI)网络分析进一步发现,大多数已确定的通路参与炎症、增殖、细胞存活和血管生成的调节。结论本研究发现了在类风湿关节炎中潜在的一组ABC家族差异基因,这将为RA的早期诊断提供潜在的生物标志物,并将有助于研究ABC转运蛋白在RA中的作用机制以及分子靶向治疗。
简介:摘要目的探讨肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)基因多态性及血浆可溶性TRAIL(sTRAIL)水平与克罗恩病(CD)的关系,并回顾性分析TRAIL基因变异及血浆sTRAIL水平对英夫利昔单抗(IFX)临床应答的影响。方法2012年1月至2021年1月,从温州医科大学附属第二医院消化内科收集312例CD患者[男205例,女107例,年龄(33.9±9.8)岁]和514名性别、年龄相匹配的正常对照者[男304名,女210名,年龄(34.9±9.4)岁]。患者中72例对传统药物治疗无效或不耐受的活动期CD患者接受IFX(5 mg/kg)规范治疗,第14周时依据Harvey-Bradshaw指数(HBI)和CD简化内镜评分(SES-CD)的变化分为应答组[HBI下降≥3分和(或)SES-CD下降≥50%]和无应答组。采用基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱技术检测TRAIL(rs1131568)基因多态性,酶联免疫吸附法检测血浆sTRAIL水平。依据“蒙特利尔CD表型分类标准”将患者分层(确诊年龄、疾病部位、疾病行为)。全面分析rs1131568基因多态性和血浆sTRAIL水平与CD发病风险、临床病理特征及IFX临床应答的关系。结果隐性模型分析显示,中重度活动期CD患者中rs1131568纯合子变异基因型(CC)的频率高于轻度活动期CD患者(45.34%比29.23%,P=0.005)。(狭窄型+穿透型)CD患者中rs1131568变异等位基因(C)和纯合子变异基因型(CC)的频率均高于非狭窄非穿透型CD患者(65.48%比57.53%,P=0.046;49.21%比31.18%,P=0.001)。显性模型分析发现,合并肛周病变的CD患者中变异等位基因(C)和变异基因型(TC+CC)的频率均高于无肛周病变的CD患者(66.83%比58.17%,P=0.037;92.31%比78.37%,P=0.002)。CD组中血浆sTRAIL平均水平高于正常对照组[(243.04±42.74)ng/L比(194.16±31.14)ng/L,P<0.001]。中重度活动期CD患者中血浆sTRAIL水平高于轻度活动期CD患者[263.47(242.09,281.91)ng/L比231.13(211.11,247.11)ng/L,P<0.001]。(狭窄型+穿透型)CD患者中血浆sTRAIL水平高于非狭窄非穿透型CD患者[266.18(246.68,289.91)ng/L比227.19(204.57,249.59)ng/L,P<0.001]。合并肛周病变的CD患者中血浆sTRAIL平均水平亦高于无肛周病变的CD患者[(261.40±41.51)ng/L比(233.86±40.41)ng/L,P<0.001]。CD患者中血浆sTRAIL水平分别与rs1131568纯合子变异基因型(CC)(β=16.814,P<0.001)和疾病活动度(β=22.640,P<0.001)呈正相关。IFX治疗第14周时,应答组(60例)血浆sTRAIL水平低于无应答组(12例)[(205.98(190.72,214.56)ng/L比(238.33±29.38)ng/L,P<0.001],并且应答组的血浆sTRAIL水平较其第0周的基线平均水平降低[(205.98(190.72,214.56)ng/L 比(239.89±42.43)ng/L,P<0.001]。非条件logistic回归分析发现,应答组中rs1131568的变异等位基因(C)频率及变异基因型(TC+CC)频率均低于无应答组(53.33%比70.83%,P=0.037;70.00%比91.67%,P=0.036)。结论血浆sTRAIL水平增高可能是CD发病的风险因素。TRAIL(rs1131568)基因变异和血浆sTRAIL水平增高可能与CD疾病活动度增高相关,并可能是CD患者发生狭窄、穿透和肛周病变的风险因素。此外,TRAIL(rs1131568)基因变异或血浆sTRAIL水平增高可能与CD患者对IFX治疗无应答相关。
简介:摘要目的对云南省一傣族家族性扩张型心肌病(FDCM)家系进行基因测序,寻找该家系的致病基因,并分析基因型与临床表型的关系。方法入选2018年8月到云南省第一人民医院心血管内科就诊的一傣族FDCM家系,包括DCM患者3例及其家系成员共28名。详细询问先证者及该家系成员的病史,完善体格检查、常规心电图和超声心动图检查,同时对该家系成员采外周血,利用芯片捕获测序技术捕获遗传性心肌病及遗传性心律失常相关基因所有的外显子及剪切位点,应用高通量测序技术检测这些基因的突变情况。应用Sanger测序技术对检测到的变异位点进行验证,对其家系成员及220名来自于云南省第一人民医院体检中心的健康对照组人群进行检测,并分析其临床表型。结果对该家系DCM患者与正常人测序结果进行比对分析,同时经过多个生物数据库数据过滤,发现该家系中3例DCM患者(Ⅱ1、Ⅱ3、Ⅱ5)携带电压门控-钠通道α亚基(SCN5A)Arg1139Gln错义突变,先证者的母亲(I 2)、弟弟(Ⅱ7)和侄女(Ⅲ9)也检出相关基因突变位点,但无临床症状,心电图及超声心动图检查均未见明显异常。其余家系成员及健康对照人群均未检出上述基因突变位点。结论本研究发现云南省一傣族FDCM家系携带SCN5A基因Arg1139Gln错义突变,此位点在DCM家系中为首次报道,其可能与FDCM发病相关。