简介：摘要目的探索吸烟肺腺癌组织中和自噬相关联的基因，并确定吸烟导致肺腺癌的潜在的自噬相关因素和预后因素。方法从GEO数据库下载2个数据集(GSE32863和GSE75037)的基因表达谱，同时下载来自TCGA数据库的吸烟肺腺癌患者的数据集。采用R中的微阵列数据包的线性模型探索来自吸烟的肺腺癌患者的样本与癌旁肺组织之间的差异基因。采用数据库DAVID进行差异基因的富集分析。采用相互作用基因/蛋白质检索的搜索工具和Cytoscape软件获得蛋白质-蛋白质相互作用网络并识别关键基因。此外，构建自噬相关基因和差异基因之间的网络。采用Kaplan-Meier分析总生存率。结果在GSE32863数据集确定了71个差异基因，在GSE75037数据集确定了641个差异基因，在TCGA数据集中确定了4 070个差异基因。3个数据集的交集显示了52个差异基因，并选择这些数据进行进一步研究。采用GO基因功能注释将52个差异基因分为生物学过程、分子功能和细胞组分3个类别，进行京都基因和基因组百科全书分析。总共有17个差异基因和自噬相关基因密切关联，其中LYVE1、RGCC、FOSB、ETV4、CDC20与自噬基因关联最为密切。LYVE1、CDC20的表达量在吸烟肺腺癌人群和不吸烟肺腺癌中比较，差异均有统计学意义(P值均<0.05)，且与肺腺癌患者总生存率相关(P值均<0.05)，RGCC、FOSB、ETV4表达量在吸烟肺腺癌人群和不吸烟肺腺癌中比较，差异均无统计学意义(P值均>0.05)。结论确定了LYVE1，CDC20为吸烟肺腺癌患者特异性的自噬相关基因。这些基因与患者的预后密切相关，可能为肺腺癌的治疗提供新的靶点。

简介：摘要目的结合生物信息学分析结果研究死亡蛋白相关激酶2(DAPK2)在肺纤维化中的作用及分子机制。方法从GEO数据库下载特发性肺纤维化(IPF)数据集GSE150910进行自噬相关基因的差异表达分析，利用极端梯度提升法筛选出关键基因。用t分布随机邻域嵌入法在单细胞测序数据集GSE135893中验证关键基因在细胞中的表达，采用Kaplan-Meier法在GSE28221和GSE93606数据集中绘制DAPK2高、低表达组患者的生存曲线。将12只6~8周龄的C57BL/6小鼠随机分为对照组和实验组，每组6只，实验组小鼠气管内滴注博来霉素构建肺纤维化模型，取小鼠肺组织进行Masson染色、免疫组织化学染色和实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测DAPK2的蛋白和mRNA表达水平。将人肺成纤维细胞分为空载体慢病毒组、转化生长因子β1(TGF-β1)组、空载体慢病毒+TGF-β1组、过表达DAPK2慢病毒+TGF-β1组，应用蛋白质印迹法检测各组自噬相关蛋白以及Ⅰ型胶原蛋白(Collage Ⅰ)、Ⅲ型胶原蛋白(Collage Ⅲ)的表达，并应用MDC染色检测各组细胞的自噬小体所占比例。结果GSE150910数据集中筛选出32个差异表达的衰老相关基因，其中8个上调，24个下调。极端梯度提升法筛选出关键自噬相关基因DAPK2。单细胞测序分析提示DAPK2主要表达于肺成纤维细胞中，且在IPF患者肺组织内成纤维细胞的表达量低于正常肺组织(P<0.05)；高表达DAPK2的IPF患者总体生存时间较低表达DAPK2的IPF患者更长(P<0.05)。Masson染色提示小鼠肺纤维化模型造模成功，RT-qPCR及免疫组织化学染色结果提示DAPK2在博来霉素诱导的小鼠肺纤维化组织中为低表达(P值均<0.05)。与TGF-β1组和空载体慢病毒+TGF-β1组比较，过表达DAPK2慢病毒+TGF-β1组细胞中的LC3Ⅱ和Beclin 1蛋白表达水平升高，而哺乳动物雷帕霉素靶蛋白、Collage Ⅰ、Collage Ⅲ降低(P值均<0.05)；自噬相关蛋白及Collage Ⅰ、Collage Ⅲ在TGF-β1组和空载体慢病毒+TGF-β1组间差异均无统计学意义(P值均>0.05)。MDC染色结果提示过表达DAPK慢病毒+TGF-β1组细胞内绿色点状荧光亮度明显增强，荧光斑点的数目也增多。结论DAPK2在博来霉素诱导的小鼠肺纤维化组织内呈低表达，过表达DAPK2可以促进细胞自噬减轻TGF-β1诱导的肺成纤维细胞分泌胶原蛋白，从而抑制肺纤维化的进展。

简介：摘要目的探讨白细胞介素-10(IL-10)基因多态性与原发性肾病综合征(PNS)的相关性。方法选取2019年6月至2021年1月本院收治的83例PNS患者作为PNS组，另选83例体检人群作为对照组。分别采用酶联免疫吸附测定(ELISA)法检测血清IL-10，哈德-温伯格平衡(HWE)定律检测各基因型在两组中是否达到遗传平衡，凝胶电泳观察基因分型，多因素logistic回归分析探讨PNS的危险因素。结果与对照组比较，PNS组的血清IL-10表达水平更高，差异有统计学意义(P<0.001)；与治疗前比较，治疗后PNS组的血清IL-10表达水平降低，差异有统计学意义(P<0.001)；位点rs1800871在PNS组和对照组中均符合HWE定律(P>0.05)；PNS组的C/C基因型频率高于对照组，C/T基因型频率低于对照组，差异均有统计学意义(均P<0.05)；两组的T/T基因型比较，差异无统计学意义(P>0.05)。多因素logistic回归分析结果显示，rs1800871位点的C/T基因型是发生PNS的保护因素，rs1800871位点的C/C基因型和家族PNS病史是发生PNS的危险因素(P<0.001)。结论IL-10基因的rs1800871位点C/C基因型可能会促进IL-10的表达，从而增加PNS的患病风险。

简介：摘要目的通过生物信息学方法筛选出患新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的女性和男性的差异基因，寻找COVID-19男女患者间的免疫机制的不同。方法从GEO数据库下载3个COVID-19数据集(GSE152641、GSE157103、GSE157789)，在GSE152641中，运用R软件进行差异基因分析和加权基因共表达网络分析，将上述所得的基因进行功能富集分析、蛋白质相互作用网络分析以及免疫细胞浸润分析，并使用cytoscape软件进行数据可视化，用cytohubba工具筛选出核心基因LCK，用皮尔森相关性分析分别分析在男性和女性患者中LCK与22种免疫细胞的关系，在GSE157103数据集中验证LCK的表达及男女患者间免疫细胞浸润的差异。应用统一流形逼近与投影算法对GSE157789数据集中的单细胞测序数据降维，分析LCK在男女患者全血中调节性T细胞的差异表达。结果在GSE152641数据集中共筛选出差异基因27个，加权基因共表达网络分析关键模块基因382个，两者的基因富集于淋巴细胞激活的调节、T细胞激活、淋巴细胞分化等生物学过程和功能中。同时这些基因在原发性免疫缺陷、细胞因子与细胞因子相互作用以及病毒蛋白与细胞因子受体相互作用等通路均有富集。免疫细胞浸润分析提示与男性患者相比，女性患者的未活化CD4+记忆T细胞占比更高(P＝0.003)，而巨噬细胞M0型和中性粒细胞占比更低(P值均<0.05)；cytohubba工具筛选出核心基因为LCK，在女性患者中为低表达；在男性和女性患者中，核心基因LCK的表达量与中性粒细胞占比均呈正相关关系(cor＝0.50，P＝0.01；cor＝0.77，P＝0.005)。在GSE157103验证集中，女性患者全血LCK的表达也低于男性患者(P<0.05)，且女性患者的中性粒细胞占比也低于男性(P＝0.025)。GSE157789数据集中LCK主要在调节性T细胞中表达，女性患者调节性T细胞中的LCK相对表达量低于男性患者(t＝32.83，P<0.001)。结论女性与男性COVID-19患者的免疫机制具有性别特异性，LCK基因与中性粒细胞的免疫细胞浸润相关。

简介：摘要目的探讨富含脯氨酸小蛋白2A(SPRR2A)在肺鳞癌中的表达及其可能的作用机制。方法实验性研究。采用生物信息学方法，在GTEx数据库和TCGA数据库中检索分析SPRR2A在多种肿瘤组织和肺鳞癌中的表达，用ROC曲线分析SPRR2A诊断肺鳞癌的价值。收集2018年1月至2020年12月间于成都医学院第一附属医院外科手术的肺鳞癌标本及癌旁正常组织标本，通过RT-qPCR和Western blot技术进行实验验证，并进一步在4种肺鳞癌细胞株中再次验证。收集TCGA数据库中486例肺鳞癌患者基因表达谱数据及临床资料，根据SPRR2A表达水平的中位值，分为高、低表达组，采用GSEA4.1.0软件对差异基因富集的信号通路进行分析。采用Kaplan-Meier法分析SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组肺鳞癌患者的无疾病进展生存期和总生存期的差异。选用肺鳞癌SK-MES-1，构建SPRR2A表达载体shRNA SPRR2A质粒，应用Transwell方法验证干扰SPRR2A基因表达后，SK-MES-1细胞迁移和侵袭能力是否受到影响。结果与癌旁正常组织比较，SPRR2A基因mRNA在肺鳞癌组织中的表达水平明显升高，且有较高的诊断价值(AUC＝0.899%)；临床标本及肺鳞癌细胞株验证结果与生物信息分析结果一致。肺鳞癌组织SPRR2A mRNA和SPRR2A蛋白均高于癌旁正常组织，分别为(128.45±12.44)和(36.88±2.77)比(10.11±1.32)和(1.46±0.04)，差异有统计学意义(P<0.05)。TCGA数据库中，SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组患者差异基因共有528个，包括348个下调的基因和180个上调的基因，这些基因主要富集于细胞黏附分子和囊泡运输的相互作用两个信号通路。预后分析显示，肺鳞癌患者SPRR2A mRNA高表达组的总生存时间和无疾病进展生存时间明显短于低表达组。Transwell实验结果显示，敲减了SPRR2A基因的肺鳞癌SK-MES-1的细胞迁移和侵袭能力均受到显著抑制(P<0.05)。结论肺鳞癌组织中SPRR2A基因的表达水平明显上调，高表达SPRR2A与肺鳞癌患者的预后不良有关，靶向敲减SK-MES-1细胞中的SPRR2A后能抑制其迁移和侵袭。