摘要近年来，新型冠状病毒肺炎、流行性感冒、埃博拉出血热等病毒性疾病呈现愈演愈烈、愈发愈快的趋势。为保障人民健康和国民经济的稳定运行，研究病毒的致病机理与宿主免疫调控机制，解析病毒与宿主的基因表达调控规律，监测病原病毒与防治病毒病的重要性逐渐凸显。转录组测序是一类在RNA水平上关注基因在特定时空状态下表达特征的技术，是分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着分子生物学实验技术的进步和生物信息学分析平台的成熟，转录组学研究向着低成本、低技术门槛的方向发展，逐渐从理论研究领域向临床实验室过渡，改变着临床工作人员对病毒与病毒病的传统认知，被越来越多的用于病毒转录机制、病毒与宿主的免疫互作、追踪疾病进展以及抗病毒药物研发等方面研究。本文主要对宏转录组的技术流程、常用软件以及病毒与病毒病方向的应用场景进行综述，并对细胞群转录组、单细胞转录组、单细胞核转录组以及空间转录组的方法与应用进行简要介绍，以期为病毒转录机制研究与病毒病的防控提供方法学参考。
