摘要目的了解中国大陆肠道病毒71型(EV71)VP1区基因特征和基因亚型，为更好地预防和控制儿童感染EV71型手足口病提供参考。方法在GenBank检索并下载中国大陆1996至2018年全部EV71病毒株(除去重复序列，共计3 102株)及已知EV71基因亚型参考株(30株)的VP1基因序列，使用MEGA 6.0软件进行比对分析和构建种系进化树，分析VP1蛋白氨基酸同源性、遗传变异情况和基因亚型。结果3 102株分离株(不包括参考株)的同源性为88.33%～100.00%，包括参考株的同源性为87.34%～100.00%，与疫苗株H07的氨基酸同源性为93.47%～100.00%，与疫苗株FY7VP5及FY-23K-B的氨基酸同源性均为93.04%～100.00%。2000年起，EV71的流行株以C4亚型为主，2005至2018年以C4a亚型为主，C4b亚型次之，其他亚型散在出现。EV71的VP1区部分氨基酸变异频率较高，包括A293S(16.75%)、S283T(15.73%)、A289T(12.44%)、E98K(7.22%)、H22Q(6.66%)、N31D(4.50%)和V249I(4.40%)。结论中国大陆EV71分离株与疫苗株C4a亚型相匹配，疫苗基本能有效控制中国大陆EV71感染。持续监测EV71的遗传特征对于预防和控制儿童的EV71型手足口病及疫苗的设计至关重要。
