为建立穿心莲甲基化敏感扩增多态性(methylationsensitivityamplificationpolymorphism,MSAP)反应体系,本研究以穿心莲叶片为材料,提取总基因组DNA,采用L25(55)正交试验对穿心莲MSAP的预扩增和选择性扩增的相关参数进行了优化,并对MSAP引物进行了筛选,以期建立穿心莲MSAP最佳反应体系。优化后的体系具有稳定的图谱,清晰丰富的条带。运用优化后的体系,在穿心莲MSAP的80对引物中筛选出8对有效引物。筛选出的引物组合特异性良好,能够用于后续穿心莲甲基化的相关研究。为其他药用植物MSAP分析提供参考。