2007~2011年,在深圳湾共记录鸟类13目40科141种。物种数排名前四的科是鹬科（28种）、鸭科（11种）、鹭科（11种）和鸻科（9种）,其物种数之和占总物种数的41.8%。水鸟是深圳湾鸟类的主要生态类群,共有79种,占56.0%。冬候鸟和过境鸟为主要居留型,有91种,占64.5%;有留鸟41种,占29.1%;有夏候鸟8种,占5.7%。在141种鸟中,有国家Ⅱ级重点保护野生动物12种,包括黑脸琵鹭（Plataleaminor）、鹗（Pandionhaliaetus）、黑耳鸢（Milvuslineatus）、白腹海雕（Haliaeetusleucogaster）、普通鵟（Buteobuteo）、白肩雕（Aquilaheliaca）、白腹鹞（Circusspilonotus）、日本松雀鹰（Accipitergularis）、游隼（Falcoperegrinus）、红隼（Falcotinnunculus）、大杓鹬（Numeniusmadagascariensis）、褐翅鸦鹃（Centropussinensis）和雕鸮（Bubobubo）;有世界自然保护联盟（InternationalUnionforConservationofNature,IUCN）濒危和易危等级鸟类各1种;有中国物种红色名录濒危等级和易危等级鸟类各1种,近危等级鸟类2种;有1种被列入濒危野生动植物种国际贸易公约（ConventiononInternationalTradeinEndangeredSpeciesofWildFaunaandFlora,CITES）附录Ⅱ。2007~2011年期间,累计记录鸟类320962只,其中有水鸟314743只（98.1%）;深圳湾鸟类数量、种类总体上在增加,2007~2010年期间,鸟类物种数在95~99种之间窄幅波动,2011年,物种数显著增加,达110种。水鸟种类组成较稳定,林鸟的种数增加是鸟种数增加的主要因素。部分种类在数量方面占据明显优势,19种优势度指数≥0.01的鸟类的5a累计数量之和占累计总数量的90.4%,其数量由多到少依次是琵嘴鸭（Anasclypeata）、反嘴鹬（Recurvirostraavosetta）、红嘴鸥（Larusridibundus）、环颈鸻（Charadriusalexandrinus）、凤头潜鸭（Aythyafuligula）、黑翅长脚鹬（Himantopushimantopus）、泽鹬（Tringastagnatilis）、普通鸬鹚（Phalacrocoraxc
