随着南海区域周边经济的快速发展和资源勘探开发的不断深入,南海海洋环境面临沿海栖息地退化、过度捕鱼和陆源污染等巨大风险。台湾在南海问题上与大陆有着同样的根本立场和面临着同样严峻的生态环境问题与挑战,因此两岸在南海区域进行合作具有必然性。在合作机制上应确立基本原则、完善公众参与制度;进一步加强海洋环境监测及执法合作等方面的研究。以台湾、福建、广东、广西、海南所环绕的南海北部区域是两岸沿海经济发展的重要依托,也是两岸南海合作的核心区域及发展平台,在国内一体化进程中尝试将包括台湾在内的南海北部区域进行＂一体化＂构建,并对该过程中各单元立法协调机制进行研究,为两岸合作及整个南海区域生态环境保护合作机制提供一个新思路。
