简介:目的克隆、测序近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列并进行生物信息学分析。方法运用生物信息学的方法,通过与白念珠菌ERG11基因碱基序列同源性比对,在近平滑念珠菌基因组(www.sanger.ac.uk/sequencing/Candida/parapsilosis/)中寻找可能的ERG11基因序列(CpERG11),并据此序列设计引物,经PCR扩增近平滑念珠菌标准株(ATCC22019)的ERG11基因片段,产物经电泳、纯化、克隆到质粒prG-AMAI-NotI中,转染DH10B大肠杆菌细胞,并酶切鉴定筛选阳性克隆测序分析。结果近平滑念珠菌ERG11编码区由1569个碱基组成,编码一段含522个氨基酸的多肽。近平滑念珠菌ERG11的编码区序列与白念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、酿酒酵母菌ERG11基因的同源性分别为74%、75%、65%、64%。该近平滑念珠菌ERG11的编码区为唑类药物作用靶酶基因。结论成功克隆、测序、并生物信息学分析近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列,为进一步的功能研究奠定基础。
简介:目的:获得齐口裂腹鱼过氧化物酶体增殖物激活受体Y辅助活化因子1a(PGC-1a)cDNA序列,探讨其在齐口裂腹鱼肌肉组织中的表达规律。方法:根据斑马鱼基因PGC-1a序列设计引物,提取齐口裂腹鱼肌肉组织总RNA,经RT-PCR扩增PGC-1a仪基因序列;利用半定量RT-PCR分析齐口裂腹鱼PGC-1a基因在红肌和白肌中的mRNA表达特性。结果:获得齐口裂腹鱼PGC-1a基因序列2633bp,GenBank登陆号为JNl95738,其中ORF为2631bp,编码876个氨基酸残基,与同鲤科的斑马鱼、草鱼和金鱼的同源性较高,为88%~93%,但与哺乳动物和禽类如人、小鼠、大鼠、猪、牛和鸡的同源性较低,为49%~50%。在基础状态下,PGC-1a在齐口裂腹鱼红肌中的表达显著高于白肌,禁食可显著诱导PGC-1a在红肌和白肌中的表达水平。结论-首次克隆得到齐口裂腹鱼PGC-1a基因序列,其在红肌中的表达显著高于白肌中,禁食可显著诱导其在红肌和白肌中的表达,为研究PGC-1a在齐口裂腹鱼肌肉中的作用提供了理论依据。
简介:T细胞表位在抗病毒的T细胞免疫中发挥核心作用,目前已在多种病原微生物的蛋白序列上发现存在T细胞表位的聚集现象。本文建立了一套功能学与结构学结合的策略鉴定病原体上细胞毒性T细胞(CytotoxicTLymphocyte,CTL)表位富集区的方法,并以严重急性呼吸道综合征(SARS)相关冠状病毒(SARS.CoV)的M蛋白为例,成功地鉴定了一个HLA—A2限制性的表位富集区。首先通过生物信息学的方法预测并合成M蛋白跨膜区的HLA—A2潜在结合多肽,通过体外复性实验和T2细胞结合实验验证多肽与HLA.A2的结合力;然后在HLA—A2.1/Kb转基因小鼠中检测这些多肽的免疫原性;最后通过x射线衍射技术,成功解析了其中一条多肽与HLA—A*0201的复合物结构,其结构显示该多肽具有典型的HLA—A*0201表位的结构特点,但却呈现出与以往鉴定多肽不同的构象和锚定残基。本文对于理解机体对SARS—CoV等病原体产生的T细胞免疫反应,以及为更广泛的人群设计T细胞疫苗具有重要意义。
简介:目的:采用巢式PCR对甲型H1N1流感病毒血凝素单克隆抗体的轻链和重链基因进行扩增,对获得的基因进行序列分析,并找出克隆鼠Igκ轻链和重链可变区基因的通用方法。方法:设计22对扩增鼠Igκ轻链可变区和重链可变区基因的引物,对6株鼠抗人甲型H1N1流感病毒血凝素单克隆抗体的轻链和重链可变区基因进行克隆并测序,与NCBI公布的鼠免疫球蛋白序列比对分析。结果:巢式PCR方法可以有效避免单克隆抗体克隆过程的假基因,并且得到的单克隆抗体的氨基酸序列均符合鼠免疫球蛋白可变区特征。结论:建立了克隆鼠免疫球蛋白轻链和重链可变区基因的通用方法,为后期克隆鼠源性单克隆抗体的可变区基因提供了基础,并为研究甲型H1N1流感病毒血凝素与抗体的结合位点提供了实验数据。