简介:摘要目的探讨胎儿额外小标记染色体(small supernumerary marker chromosomes,sSMC)的来源并推测其发生机制,为临床遗传咨询提供参考。方法对3例无创产前筛查(noninvasive prenatal testing,NIPT)提示染色体异常的胎儿进行羊水细胞G显带核型分析和单核苷酸多态性微阵列技术( single nucleotide polymorphism array, SNP-array )检测,同时对胎儿父母行相关检测,分析验证胎儿sSMC的片段来源、区域大小及遗传效应。结果SNP-array检测提示例1胎儿额外小标记染色体来源于4p16.3p15.2及18p11.32-q11.2区域(重复大小分别为24.7 Mb和20.5 Mb),经FISH验证该变异遗传自父亲46, XY, t(4;18)(p15.2q11.2)染色体重排;例2 sSMC来源于15q11.2-q13.3(9.7 Mb)属于新发变异,病例3来源于21q11.2-q21.1(8.3 Mb),可能遗传自母亲。结论从NIPT筛查到SNP-array分子遗传学诊断分析能有效检出sSMC,SNP-array技术可精确定位异常染色体的来源和片段大小,明确胎儿基因型与临床表型的对应关系,为sSMC的产前诊断提供参考。
简介:采用SRAP技术分析了来源于不同国家和地区的42个大花蕙兰品种及4个国兰原生种之间的遗传亲缘关系。34对引物组合中筛选出29对带型稳定、多态性较好的引物组合,共扩增出398条谱带,其中387条为多态带,多态性比率97.2%,平均每个引物组合扩增多态性带13.3条。46份种质之间的相似系数变化范围为0.60-0.99,平均为0.76。基于29个SRAP标记的扩增结果,利用NTSYS2.10e软件计算Dice遗传相似系数,并建立UPGMA聚类图,结果表明:在遗传相似系数0.69处将供试材料分为4类,较好地揭示了大花蕙兰品种及国兰原生种间的遗传多样性与亲缘关系,可为大花蕙兰种质资源利用及杂交育种中亲本选择提供科学依据。
简介:利用微卫星(SSR)标记技术,从600对SSR引物中筛选86对扩增条带清晰的引物,检测了来自我国不同地区37个肉质不同颜色萝卜品种的遗传多样性。86对引物共扩增到976个条带,每对引物扩增出2~17个条带,平均为10.7个,其中多态性条带892个,多态性条带比例为91.39%;共检测出753个基因型,每对引物检测2—20个基因型,平均8.7个,其中有效基因型443.99,有效基因型比例为58.96%;Shannon多态性指数变幅为0.44~2.77,平均1.76。当相似系数为0.81时,可将供试萝卜分成3类,第1类包括6份白色肉质萝卜,第11类包括3份红色肉质萝卜和6份白色肉质萝卜,第1II类包括22份红色肉质萝卜。各红色肉质萝卜品种间的遗传相似系数有97%大于0.80,而各白色肉质萝β品种间的遗传相似系数有91%大于0.80。红色肉质萝卜遗传多样性略低于白色肉质萝卜,红色肉质萝p与白色肉质萝P间平均相似系数为O.83,说明不同肉色的萝卜间亲缘关系较密切,在分类上红色肉质萝卜可能是白色萝卜的一个变种。
简介:摘要放疗通过放射线诱导肿瘤细胞DNA双链断裂来治疗癌症,但肿瘤细胞中异常的DNA双链断裂修复往往会导致放疗抵抗,而表观遗传学在其中发挥至关重要作用。靶向表观遗传学相关的重要分子可能是潜在的肿瘤放射增敏手段,但将表观遗传学药物与放疗联合的临床应用还需要进一步的机制研究。本文将对表观遗传学在肿瘤放射性DNA损伤修复中的作用最新进展进行综述。
简介:摘要目的构建适用于评估和校准人类生物学年龄的表观遗传学时钟模型。方法于2019年7月1日至11月30日从广西壮族自治区长寿队列选取186名研究对象,于2020年10月1日至12月31日从解放军总医院第七医学中心体检人群选取124名研究对象。采用自制问卷收集人口学特征、家族疾病史等资料,通过体格检查测量对象的心率和血压,采集空腹外周静脉血,分别检测空腹血糖(FBG)、总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)和端粒长度,采用靶向甲基化位点测序检测EDARADD cg09809672、IPO8 cg19722847、NHLRC1 cg22736354、P2RX6 cg05442902和SCGN cg06493994基因位点的甲基化水平。排除DNA甲基化和端粒长度检测质量控制不合格的54名对象,最终对256名对象资料进行分析。分析不同年龄段甲基化水平变化情况,采用多重线性回归法构建生物学年龄预测模型,采用Kendal秩相关分析评价年龄差值[即(公历年龄-生物学年龄)]与端粒长度的相关性,比较各年龄组不同年龄差值对象的健康相关指标。结果对象年龄的M(Q1,Q3)为67(51,91)岁,其中女性166名(64.84%)。随年龄增加,基因位点甲基化水平分别呈下降(EDARADD cg09809672、IPO8 cg19722847和P2RX6 cg05442902)和上升趋势(NHLRC1 cg22736354和SCGN cg06493994)(均P<0.05)。所构建的生物学年龄预测模型为:Y=-53.121×EDARADD cg09809672-137.564×IPO8 cg19722847+141.040×NHLRC1 cg22736354-67.893×P2RX6 cg05442902+149.547×SCGN cg06493994+4.592×sex+64.185(R2=0.86,P<0.001),式中Y为生物学年龄,方程各项依次为5个基因位点甲基化水平、性别(男性=1,女性=2)和截距。年龄差值与端粒长度Kendall秩相关系数为0.731(P<0.001)。与年龄差值<0的对象相比,年龄差值≥0的对象未成年期收缩压较高[分别为(88.50±8.89)和(109.83±9.48)mmHg,1 mmHg=0.133 kPa],青壮年期TC较低[分别为(5.48±0.23)和(3.98±0.54)mmol/L],TG较低[分别为(3.51±0.32)和(3.41±0.20)mmol/L],中年期FBG较低[分别为(6.17±0.67)和(5.37±0.79)mmol/L],高龄老年期舒张压较高[分别为(76.99±6.78)和(83.97±9.36)mmHg](均P<0.05)。结论所构建的表观遗传学时钟模型可用于评估和校准人类生物学年龄。
简介:摘要目的:探讨沉默信息调节蛋白1(SIRT1)对人葡萄膜黑色素瘤细胞增殖的影响。方法:实验研究。通过定量PCR和Western blot法检测SIRT1在葡萄膜黑色素瘤细胞(M23和SP6.5)和正常人葡萄膜黑色素细胞(DM78、UM95和UM96)中的表达。在葡萄膜黑色素瘤细胞(M23、SP6.5)中,用EX527抑制SIRT1活性,以溶剂DMSO作为阴性对照组;用SIRT1小干扰RNA(siSIRT1)转染细胞抑制SIRT1表达,以无义小干扰RNA(NC)转染作为阴性对照组。细胞增殖实验(MTS)、流式细胞术、平板克隆形成实验分别检测细胞活性、细胞周期以及细胞克隆形成能力。裸鼠眼内成瘤实验检测葡萄膜黑色素瘤细胞眼内成瘤能力。Western blot法检测增殖相关蛋白。组间数据均采用独立样本t检验进行比较。结果:与葡萄膜黑色素细胞相比,葡萄膜黑色素瘤细胞(M23、SP6.5)中SIRT1 mRNA(t=17.08,P<0.001;t=13.24,P<0.001)和蛋白(t=6.26,P=0.008)表达水平显著升高。MTS结果显示,EX527抑制M23和SP6.5细胞活性,并呈药物浓度依赖性;与NC转染组相比,siSIRT1转染组细胞活性显著减弱(t=5.94,P<0.001;t=10.73,P<0.001)。与溶剂DMSO组相比,EX527处理组(t=5.10,P=0.047;t=7.57,P=0.002)和SIRT1 siRNA转染组(t=6.41,P=0.003;t=6.10,P=0.004)中处于G1期的细胞比例均显著升高。另外,M23和SP6.5细胞EX527处理组(t=5.04,P=0.001;t=5.93,P<0.001)和siSIRT1转染组(t=11.44,P<0.001;t=8.24,P<0.001)克隆形成数量显著降低。在裸鼠眼内成瘤实验中,与NC组相比,siSIRT1转染组眼内瘤体大小显著变小(t=5.50,P<0.001)。Western blot结果显示,与DMSO处理组相比,EX527处理组中P21(t=4.63,P=0.010;t=7.90,P=0.001)表达升高,E2F1(t=12.10,P=0.003;t=5.96,P=0.004)、CYCLIND2(t=36.28,P<0.001;t=16.58,P<0.001)、p-RB(t=17.55,P<0.001;t=21.34,P<0.001)表达降低,p-AKT表达下调。与NC转染组相比,siSIRT1转染组中,P21(t=5.88,P=0.004;t=10.51,P<0.001)表达升高,E2F1(t=4.60,P=0.01;t=4.89,P=0.008)、CYCLIND2(t=5.13,P=0.007;t=5.63,P=0.005)、p-RB(t=4.45,P=0.011;t=6.53,P=0.003)表达水平降低,p-AKT(t=9.61,P<0.001;t=6.44,P=0.003)表达下调。结论:抑制SIRT1活性或表达可以明显抑制葡萄膜黑色素瘤细胞的增殖,提示SIRT1可以作为治疗葡萄膜黑色素瘤的一个新靶标。
简介:摘要表观遗传学改变包括染色体易位、多梳蛋白(polycomb)功能和非编码RNA异常等,对儿童急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)基因组的研究表明,这些相关异常在其发病中起重要作用,并且表观遗传异质性与AML预后不良及易复发相关。目前儿童AML的总体生存率(overall survival,OS)有所提高,但难治性或复发AML(refractory/relapsed acute myeloid leukemia,r/r AML)患儿的预后及治疗效果仍然不佳,表观遗传学相关的治疗方法有望进一步提高AML的疗效。儿童AML表观遗传学异常的特点与成人不同。针对表观遗传学改变的相关药物,如DNA甲基转移酶抑制剂、IDH抑制剂等已经用于儿童AML的治疗。该文拟就儿童AML中表观遗传调控异常的研究及临床应用方面的相关进展进行综述。
简介:对悬钩子皮下盘菌(Hypodermarubi)15个菌株进行RAID分析,从RAPD-PCR扩增结果得知此菌种内遗传多样性丰富。利用DPS软件,根据类平均法(UPGMA)对各菌株构建遗传距离聚类图。结果是15个菌株在遗传距离4.84水平上被分为3大类:第一类包括8个菌株,寄主相同的菌株和采集地相同的菌株分别优先聚在一起;第二类包含3个菌株,它们均采自同一地点,亲缘关系相近的菌株被优先聚类;第三类包括4个菌株,也是寄主相同的菌株优先聚在一起。该结果表明,寄主和采集地对悬钩子皮下盘菌种内亲缘关系均产生影响,且寄主的影响较大。另外,菌株间差异与寄生部位无明显相关性。
简介:研究甘蓝型油菜种质的遗传多样性,以提高甘蓝型油菜种质的利用效率。本研究从140对甘蓝型油菜SSR引物中,筛选出40对多态性好的SSR标记,并结合植株田间农艺性状特征鉴定,对63份来自四川的甘蓝型油菜种质资源进行遗传多样性、群体结构和性状关联分析。研究结果表明:40对多态性好的引物共检测到152个等位变异,引物平均多态性位点3.8,平均多态信息量(PIC)0.8497;在带型分析基础上,根据相似系数将参试材料聚为5大类群,多数参试材料属于第2、3大类群;在SSR多态信息基础上,对参试材料进行群体结构分析,将参试材料分为4个群体,86%的参试材料Q值大于0.70。对40个SSR位点与8个主要农艺性状用TASSEL软件的GLM(generallinearmodel)模型进行关联分析,共检测到15个位点与农艺性状显著相关,其中6个位点极显著相关。这6个SSR位点分别为:yw222和ywy05标记与全株角果数极显著相关,yw140和yw134标记与主序角果数极显著相关,ywy19和yw138标记与一次分支数极显著相关;其中ywy19同时与每角粒数、主序角果数、主序有效长显著相关。研究结果表明,本研究参试材料具有较好的代表性,遗传多样性较丰富;研究分析所得与农艺性状极显著关联的SSR标记位点在提高甘蓝型油菜种质的利用效率方面具有重要的实践意义。
简介:摘要目的对3例微小额外标记染色体(small supernumerary marker chromosomes,sSMC)的来源与结构进行鉴定,探讨其发生机理,为临床遗传咨询提供参考。方法应用染色体显带技术(G带、C带、N带)进行染色体核型分析,基因芯片技术明确sSMC片段的来源和区域,并用荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术进行验证。结果例1 外周血染色体核型为47,XY,+mar,为新发变异,sSMC为双着丝粒双随体结构,芯片结果示未包含已知人类疾病相关致病基因,推测不增加子代表型异常的风险。例2胎儿染色体核型结果为47,XY,+mar[17]/46,XY[33],为新发变异,常规显带技术提示mar上有常染色质,芯片检测结果为arr[hg19]5p12q11.1(45 694 574-49 475 697)×3,经FISH验证,明确胎儿sSMC片段含有HCN1基因部分区段的5p12片段。例3胎儿染色体核型为45,XY,-13[25]/46,XY,r(13)[18]/46,XY,-13,+mar[7],夫妻双方拒绝进一步检查。结论传统的显带技术联合分子检测技术能对sSMC的结构及来源进行分析,可明确sSMC的致病性,为临床遗传咨询提供参考。