简介:目的建立水产品中溶藻弧菌的基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)的快速鉴定方法。方法以溶藻弧菌标准菌株(CICC10889)为研究对象,采集不同样品处理方法(直接涂抹法和甲酸提取法)、激光强度和菌株传代次数的MALDI-TOFMS图谱并加以分析比较,探讨上述因素对方法准确性的影响。将溶藻弧菌标准菌株(CICC10889)的MALDI-TOFMS图谱主产物(MSP)添加到数据库中,使用36株分离菌株及8株与溶藻弧菌近缘的弧菌标准菌株验证数据库的补充对鉴定结果可信度的影响。结果甲酸提取法处理所得图谱特征峰多、基线平滑、信噪比高,图谱质量优于直接涂抹法;激光强度对MALDI-TOFMS图谱有影响,过高或过低均会导致图谱质量的下降;标准菌株补充数据库后可提高鉴定可信度,分离株的鉴定分值均达到2.300以上;传代次数对鉴定结果没有影响。结论MALDI-TOFMS方法可将溶藻弧菌准确鉴定到种水平。该方法准确、可靠,可用于溶藻弧菌的快速鉴定。
简介:目的建立椰毒假单胞菌酵米面亚种荧光标记扩增片段长度多态性(FAFLP)分型方法,并对4株模式菌株和19株分离菌株进行分型。方法选用4种低频限制性内切酶(ApaⅠ、EcoRⅠ、HindⅢ和PstⅠ)和2种高频限制性内切酶(MseⅠ和TaqⅠ)进行组合,对FAFLP预扩增和选择性扩增体系进行优化,用BioNumerics软件对分离株的指纹图谱进行聚类分析,并与VITEK2GN生化结果和16SrDNA序列分析进行比较。结果ApaⅠ-G/TaqⅠ-G组合将19株椰毒假单胞菌酵米面亚种分为7个群,菌株间最低相似度为80.85%,最高相似度为98.77%。PstⅠ-T/TaqⅠ-G组合将19株椰毒假单胞菌酵米面亚种分为10个群,菌株间最低相似度为48.68%,最高相似度为99.67%。两种FAFLP组合均能将菌株进行完全区分,而VITEK2GN和16SrDNA序列分析无法将菌株进行完全区分。结论ApaⅠ-G/TaqⅠ-G组合与PstⅠ-T/TaqⅠ-G组合FAFLP对椰毒假单胞菌酵米面亚种具有足够的分辨率,本研究建立的FAFLP分型方法可应用于椰毒假单胞菌酵米面亚种的分子分型和溯源。
简介:目的建立不同水源中GⅡ型诺如病毒(NoVGⅡ)实时荧光逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测方法,对某市疾病预防控制中心送检的10份疑似引起诺如病毒中毒的水样进行NoVGⅡ检测。方法以瓶装水、河水和生活污水为研究对象,采用硝酸纤维素膜-聚乙二醇(PEG)沉淀法富集病毒,对取样体积、病毒洗脱条件、PEG终浓度及PEG沉淀条件等进行了优化,提取病毒RNA、建立实时荧光RT-PCR检测方法;通过外加MS2计算方法的回收率,评价所建方法对水样中诺如病毒的回收效果。结果建立的方法对瓶装水、河水和生活污水中NoVGⅡ的平均回收率分别为(60.1±8.0)%、(22.0±6.5)%和(35.7±8.1)%,10份送检水样中3份检出NoVGⅡ。结论建立的实时荧光RT-PCR方法适用于瓶装水、河水和生活污水中NoVGⅡ的检测,饮用水被NoVGⅡ是引发某市人员中毒的原因之一。