简介：摘要目的研究宏基因组二代测序技术（mNGS）对不同类型结核病的诊断价值。方法回顾性分析2019年1月1日至12月31日上海市肺科医院收治的行mNGS检测并行结核分枝杆菌（MTB）抗酸染色涂片法、MTB培养法及利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测技术（Xpert MTB/RIF）检测的疑似结核病患者，研究共纳入疑似结核病205例，男120例，女85例，中位年龄为34 （16， 70）岁。其中结核病165例，男92例，女73例，中位年龄30（12， 67）岁；非结核病40例，其中感染性疾病28例，恶性肿瘤12例，男28例，女12例，中位数年龄45（24， 78）岁。以最终诊断为参考标准，计算mNGS对不同类型的结核病（肺结核与肺外结核）及与不同诊断方法诊断效率的差异，P<0.05为差异有统计学意义。结果以临床诊断结果作为参考标准，mNGS诊断结核病的敏感度为60%（99/165，95%CI为0.53~0.67），特异度为100%（40/40，95%CI 为0.90~1.00）， 阳性预测值为100%（99/99， 95%CI为0.95~1.00），阴性预测值为38%（40/106，95%CI为0.29~0.48）。mNGS诊断肺结核的敏感度为59% （59/100），显著高于涂片法（15%，15/100）和培养法（26%，26/100）， 差异均有统计学意义（均P<0.001），但与Xpert法（52%，52/100）比较差异无统计学意义（P=0.090）；mNGS诊断肺外结核的敏感度为62%（40/65），显著高于涂片法（5%，3/65）、Xpert法（31%，20/65）及培养法（18%，12/65）， 三者比较差异均有统计学意义（均P<0.001）。结论mNGS法检测MTB快速、高效，对于结核病特别是肺外结核病的诊断优于其他常用的诊断方法。

简介：摘要目的分析宏基因组二代测序(mNGS)技术在重症肺炎病原菌未明患者中的应用价值。方法回顾性分析扬州大学附属医院2019年6月至2020年2月采用肺泡灌洗液mNGS技术辅助诊疗的重症肺炎病原菌未明患者8例的临床资料，包括肺泡灌洗液涂片、培养、mNGS检测等结果，分析患者的临床特点与mNGS检测情况。依据mNGS结果并结合临床医师的判断，将是否明确为病原菌分为病原菌确定组、病原菌未确定组，比较两组辛普森菌群多样性指数。结果8例患者中，男5例，女3例；年龄范围41～71岁，中位年龄62.5岁。除1例患者无慢性疾病外，其余患者合并糖尿病、慢性阻塞性肺疾病、肾脏移植等。8例患者mNGS检测阳性，3例患者常规检测阳性。病原菌确定组(n＝5)与病原菌未确定组(n＝3)辛普森菌群多样性指数比较，差异有统计学意义[(0.398±0.222)比(0.763±0.061)，t＝2.709，P＝0.035]。2例患者mNGS检测阳性与常规检测阳性结果不同。3例卡氏肺孢子虫mNGS检测阳性患者的核酸序数为120～15 580，相对丰度为24.6%～99.8%。结论肺泡灌洗液mNGS技术有助于医师快速、全面掌握病原菌信息，特别适用于重症肺炎病原菌未明患者。

简介：摘要目的探讨非小细胞肺癌（NSCLC）多样本二代测序（NGS）检测基因突变状态的临床意义，为个体化靶向治疗提供依据。方法回顾性分析浙江大学医学院附属第一医院2016年6月至2019年2月收治的NSCLC患者51例，收集患者的年龄、性别、吸烟情况、病理类型、肿瘤分期、胸膜侵犯情况、脑膜侵犯情况等资料，对组织、脑脊液、胸腔积液及血浆标本行NGS检测。采用χ2检验或Fisher确切概率法分析驱动基因[表皮生长因子受体（EGFR）、间变性淋巴瘤激酶（ALK）、c-ros癌基因1（ROS1）]突变状态与患者临床病理特征之间的相关性，采用Cohen Kappa系数分析比较不同标本间NGS检测结果的一致性。结果51例患者中7例送检了3种不同类型标本，其中3例脑脊液标本驱动基因突变均阳性，2例胸腔积液标本存在双基因突变。驱动基因突变多见于女性[90.48%（19/21）比50.00%（15/30），χ2=9.107，P=0.003]、非吸烟[80.00%（24/30）比47.62（10/21），χ2=5.829，P=0.016]、腺癌[72.34%（34/47）比0，P=0.017]和合并恶性胸腔积液[92.86%（13/14）比56.76%（21/37），χ2=4.443，P=0.035]患者，差异均有统计学意义，但驱动基因突变率在不同年龄和肿瘤分期患者间差异均无统计学意义（均P>0.05）。37例患者血浆标本与配对组织标本间驱动基因突变检测结果一致率为70.27%（26/37），κ值为0.430，二者一致性良好。结论晚期NSCLC伴脑膜转移的患者行脑脊液基因检测具有较高的应用价值，伴胸腔积液患者行胸腔积液基因突变状态检测是筛选靶向治疗药物的有效手段。多样本NGS检测能更好地反映基因突变状态，可用于指导NSCLC患者个体化靶向治疗。

简介：摘要目的探讨二代冷冻球囊消融上腔静脉（SVC）的有效性和安全性。方法连续纳入2017年1月至2018年12月中国医学科学院阜外医院心律失常中心接受二代冷冻球囊治疗阵发性心房颤动（房颤）患者共806例。所有患者先行肺静脉隔离，最终23例患者电生理检查证实SVC起源触发灶，其中，男12例，年龄（58.1±6.2）岁。将28 mm冷冻球囊放置于SVC-右心房交界处进行冷冻隔离。回顾性分析术中隔离时间、隔离温度、冷冻次数等冷冻参数、并发症及术后随访情况。结果23例患者术中均可实时记录SVC电位，18例（78.3%，18/23）成功冷冻消融隔离SVC，冷冻1~4（2.1±1.1）次，SVC隔离时间为7~40（22.3±14.0） s，冷冻时间为30~150（96.0±23.6） s。术中5例（21.7%，5/23）患者出现一过性膈神经损伤，2例患者首次冷冻时出现一过性窦房结损伤。随访6~24（13.2±5.8）个月，4例患者出现房颤复发。结论二代冷冻球囊可有效隔离SVC，一过性膈神经损伤发生率相对较高，术中需密切关注膈神经情况。

简介：摘要目的探讨二代测序(NGS)技术在Lynch综合征相关基因胚系突变检测中的价值。方法采用免疫组化方法检测2016—2018年在山东省立医院手术切除的肿瘤组织中MutL homolog 1 (MLH1)、PMS1 homolog 2(PMS2)、MutS homolog 2(MSH2)和MutS homolog 6(MSH6) 4种DNA错配修复(MMR)蛋白的表达情况。根据MMR的表达情况和临床资料，选取45例疑似Lynch综合征患者，提取其经显微镜证实无癌累及正常组织的DNA，对MLH1和MSH2等12个基因进行NGS测序分析，应用生物信息学技术分析基因胚系突变位点和意义。采用Sanger测序对10例患者的可疑致病位点进行验证。结果免疫组化检测显示，45例肿瘤组织标本中，MLH1和PMS2表达缺失22例，MSH2和MSH6表达缺失16例，MMR蛋白表达正常7例。NGS显示，28例结肠癌患者的正常组织样本中，4例有MLH1致病性突变，1例有MLH1疑似致病性突变，2例有MSH2致病性突变，2例有MSH2疑似致病性突变。6例直肠癌、6例胃癌和7例免疫组化检测MMR表达正常结直肠癌患者的正常组织样本中均未见明显MMR基因突变。5例子宫内膜癌患者的的正常组织样本中，MLH1和MSH2致病性突变各1例，MLH1疑似致病性突变1例。此外，NGS还检测到许多其他基因异常和未见报道的基因突变。Sanger测序均检测到与NGS检测结果相同的MLH1和MSH2基因突变位点。结论高通量NGS技术可以快速、准确、可靠地检测到疑似Lynch综合征患者的异常基因，对消化道等遗传性肿瘤的相关基因检测具有广阔的应用前景。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术检测支气管肺泡灌洗液(BALF)的病原微生物在异常肺部影像诊断中的临床应用价值。方法回顾性研究。空军特色医学中心2018年9月至2020年11月收治的58例异常肺部影像患者的临床资料，BALF均行mNGS检测和常规病原微生物检测(普通细菌及真菌培养，涂片包括：抗酸染色、Grocntt六胺银染色、吉姆萨染色，病毒核酸检测)，比较2种方法在病原检测上的特点。结果确诊为感染性肺部疾病42例(感染组)，非感染性肺部疾病16例(非感染组)，感染组BALF中的中性粒细胞百分比高于非感染组(P<0.05)；mNGS检测病原微生物的检出率(81.0%，47/58)明显高于常规方法(8.6%，5/58)，差异有统计学意义(χ2＝61.486，P<0.001)。mNGS的检测时间少于常规方法(2.00±0.01) d比(3.25±0.50) d(P＝0.002)；mNGS的检测法较常规检测法检测病原的敏感度、准确度、阴性预测值均较高，假阴性较低，88.1%比9.5%、74.1%比32.8%、54.5%比28.3%、11.9%比90.1%。结论异常肺部影像患者，mNGS检测技术检测BALF中病原微生物检出率、敏感度、准确度高，结合临床，可快速且精准诊断，阴性结果有排除感染性疾病的价值。

简介：无

简介：摘要目的分析宏基因组二代测序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）技术在脑脓肿病原菌检测中的应用价值。方法回顾性分析天津市环湖医院2019年1月至2021年12月年脑脓肿患者资料，所有患者均行立体定向下脓肿穿刺引流。根据病原菌检测方法不同，分为细菌培养组（仅行细菌培养）与mNGS组（行mNGS同时行细菌培养）。比较两组患者的临床症状、脓肿部位、细菌培养和mNGS结果，抗生素应用方案及预后，对两组患者细菌检测结果进行分析，并对患者抗生素应用情况及预后进行比较。采用X2检验或精确概率法及Mann-Whitney U检验，比较两组差异有无统计学意义。结果共纳入脑脓肿患者43例，其中细菌培养组21例，mNGS组22例。细菌培养组细菌阳性率42.9%（9/21），mNGS组细菌培养阳性率45.5%（10/22）。mNGS检测阳性率100%（22/22），细菌培养组仅3例有较明确的细菌来源，mNGS组根据细菌结果17例明确细菌来源，两组差异有统计学意义（χ2=19.69，P<0.001）。细菌培养回报时间为7.0（4.0，7.0）d，mNGS回报时间为1.5（1.5，1.5）d，两组细菌回报时间差异有统计学意义（Z=0.00，P<0.001），细菌培养组抗生素使用费用为2.40（0.56，3.10）万元，mNGS组抗生素使用费用为1.20（0.21，2.00）万元，两者差异有统计学意义（Z=5.22，P=0.026）。结论mNGS能够快速准确地明确脑脓肿病原菌种类及来源，指导临床更有针对性地应用抗生素，降低抗生素使用费用，是脑脓肿病原菌检测的有效手段。

简介：摘要目的探讨二代测序(NGS)技术在Lynch综合征相关基因胚系突变检测中的价值。方法采用免疫组化方法检测2016—2018年在山东省立医院手术切除的肿瘤组织中MutL homolog 1 (MLH1)、PMS1 homolog 2(PMS2)、MutS homolog 2(MSH2)和MutS homolog 6(MSH6) 4种DNA错配修复(MMR)蛋白的表达情况。根据MMR的表达情况和临床资料，选取45例疑似Lynch综合征患者，提取其经显微镜证实无癌累及正常组织的DNA，对MLH1和MSH2等12个基因进行NGS测序分析，应用生物信息学技术分析基因胚系突变位点和意义。采用Sanger测序对10例患者的可疑致病位点进行验证。结果免疫组化检测显示，45例肿瘤组织标本中，MLH1和PMS2表达缺失22例，MSH2和MSH6表达缺失16例，MMR蛋白表达正常7例。NGS显示，28例结肠癌患者的正常组织样本中，4例有MLH1致病性突变，1例有MLH1疑似致病性突变，2例有MSH2致病性突变，2例有MSH2疑似致病性突变。6例直肠癌、6例胃癌和7例免疫组化检测MMR表达正常结直肠癌患者的正常组织样本中均未见明显MMR基因突变。5例子宫内膜癌患者的的正常组织样本中，MLH1和MSH2致病性突变各1例，MLH1疑似致病性突变1例。此外，NGS还检测到许多其他基因异常和未见报道的基因突变。Sanger测序均检测到与NGS检测结果相同的MLH1和MSH2基因突变位点。结论高通量NGS技术可以快速、准确、可靠地检测到疑似Lynch综合征患者的异常基因，对消化道等遗传性肿瘤的相关基因检测具有广阔的应用前景。

简介：摘要目的比较宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing，mNGS)与传统病原学诊断方法对艾滋病患者肺部感染病原学诊断的优劣，为临床诊治提供参考依据。方法回顾北京佑安医院感染科2019年7月至2021年1月行mNGS检测的艾滋病患者其出院主诊断为肺部感染者。对mNGS送检呼吸道样本的病例进行分析，比较mNGS检测与传统临床检测结果对肺部感染诊断的敏感性、诊断效能及在不同病原体中的检测价值。结果共55例艾滋病合并肺部感染患者入组。29例送检呼吸道样本的病例中，mNGS检测对肺部感染病原诊断敏感性显著高于传统检测方法(89.7% vs. 37.9%, P<0.001)。二者诊断结果一致性较差(Kappa＝0.249，P＝0.170)，体现在mNGS在诊断细菌性感染(90.9% vs. 9.1%, P<0.001)、肺孢子菌(仅mNGS检测到)及非结核分枝杆菌感染(仅mNGS检测到)中优于传统诊断方法。结论相较于传统临床诊断方法，mNGS检测对诊断艾滋病患者肺部感染具有较高敏感性，尤其在细菌、肺孢子菌及非结核分枝杆菌感染的诊断中更具优势。

简介：摘要葡萄膜黑色素瘤作为成人最常见的眼内恶性肿瘤，转移后治疗效果不佳。近年来，二代测序技术在研究疾病遗传特征上得到越来越多的应用。本文从基因组学，表观基因组和转录组角度出发，概括了二代测序技术应用下葡萄膜黑色素瘤致病相关的基因组变异，表观基因组调控机制变化和转录组水平上肿瘤免疫特征，尤其从染色体拷贝数变异、基因突变和DNA甲基化水平改变等方面进行阐述。

简介：摘要目的对3例无焦痂恙虫病患儿的病原宏基因组二代测序技术(mNGS)检测结果进行分析，探讨其在临床的应用价值。方法回顾性分析。2018年6月至2019年10月温州医科大学附属第二医院、育英儿童医院收治的3例重症无焦痂儿童恙虫病的临床资料，2例为5岁男童，1例为6岁女童。3例患儿的外周血均进行mNGS检测。结果3例患儿经mNGS检测后均提示恙虫病东方体感染，且未并其他病原感染。例1死亡，例2和例3治愈出院。结论无焦痂恙虫病患儿早期诊断困难。对于临床感染性疾病，特别是早期无法确诊的疑难危重性感染性疾病，mNGS能够提供快速准确的病原学诊断支持，为精准治疗提供帮助。

简介：无

简介：摘要目的分析鹦鹉热衣原体肺炎的临床表现及辅助检查特征，旨在提高对该病的认识及诊疗水平。方法收集首都医科大学大兴教学医院2021年5月至2022年3月基于宏基因组二代测序(mNGS)诊断的鹦鹉热衣原体肺炎病例8例，分析其临床表现、实验室检查、影像学表现及治疗经过。结果8例患者中，男3例，女5例，中位年龄55岁，年龄范围为42~76岁。7例有禽类接触史，主要表现为高热(8/8)、咳嗽(7/8)、头痛(5/8)、呼吸困难(4/8)。白细胞计数大多正常(6/8)，C反应蛋白升高(8/8)，肝酶、心肌酶升高(5/8)，血钠降低(4/8)，凝血功能异常(8/8)。8例患者胸部CT均表现为大片斑片实变影，单肺病变(7/8)，右侧为主，2例伴胸腔积液。诊断后给予四环素类、大环内酯类或喹诺酮类药物治疗，7例好转出院，1例死亡。结论鹦鹉热衣原体肺炎通常表现为高热、咳嗽伴肺部斑片实变影，对临床可疑病例应加强询问流行病学史，尽早行mNGS检测明确病原体，及时针对性抗感染治疗。

简介：摘要目的研究脑脊液二代测序(Next-generation sequencing，NGS)在中枢神经系统布鲁菌感染诊断中的应用价值。方法对2018年1至6月郑州大学人民医院住院并临床疑诊为中枢神经系统布鲁菌感染的3例患者的临床资料进行回顾性分析，3例患者均行常规脑脊液及NGS检测，并进行病原分析。结果3例患者中2例有牛羊接触史，1例有饮用生羊奶史，急性起病，主要症状为头痛、发热。影像学表现为柔脑膜、腰髓或脑室旁受累。脑脊液常规白细胞计数升高，以单核细胞为主，蛋白质水平增加，葡萄糖水平降低。脑脊液NGS检出布鲁菌的核酸序列数为(47～16 411)条，覆盖度为(0.092～4.340)%。结论脑脊液NGS能够辅助中枢神经系统布鲁菌感染的临床诊断。

简介：摘要目的通过二代冷冻球囊消融隔离犬上腔静脉（SVC），探讨其有效性和安全性，为临床开展冷冻球囊消融SVC提供证据。方法本研究共选取14只犬，通过二代冷冻球囊消融SVC，根据冷冻球囊消融时间用随机数字表法随机分为2组：90 s组和120 s组。术前行SVC造影显示SVC-右心房交界处，将28 mm冷冻球囊放置于SVC-右心房交界处进行冷冻。术后观察40~60 d后再次行电生理检查，之后处死行组织学病理检查。比较术中冷冻参数、并发症及术后窦房结恢复时间等指标。结果2组犬均成功隔离SVC。90 s组与120 s组犬在SVC隔离时间[（24.3±8.1）s对（22.7±9.0）s，P=0.297]、隔离温度[（-23.4±12.5）℃对（-21.5±11.1）℃，P=0.370）]及最低温度[（-51.2±6.2）℃对（-53.3±7.0）℃，P=0.195]均差异无统计学意义。术中90 s组1只犬出现暂时性膈神经损伤，120 s组1只犬出现一过性窦性心动过缓。术后平均观察51 d，90 s组有1只犬出现SVC电位恢复，120 s组全部犬SVC电位均保持隔离（85.7%对100.0%，P=0.299）。术后组织病理显示所有隔离的SVC均达到环形冷冻透壁损伤，高倍镜下未发现窦房结及膈神经损伤。结论二代冷冻球囊可安全有效的消融SVC，且有效冷冻剂量为90 s。

简介：无

简介：摘要目的探讨串联质谱联合二代测序技术在遗传代谢病(inborn errors of metabolism，IEM)诊断中的应用价值。方法采用串联质谱技术对2018年1月至2019年12月西北妇女儿童医院新生儿筛查中心的60 272例新生儿进行遗传代谢病筛查，对其中34例阳性患者采用高通量测序技术进行遗传学分析。结果39例患者被确诊为遗传代谢病，包括氨基酸代谢病18例(46.15%)，有机酸代谢病15例(38.46%)和脂肪酸氧化障碍类疾病6例(15.38%)，本地区IEMs发生率为1∶1545。高苯丙氨酸血症和甲基丙二酸血症是两种最常见的遗传代谢病，占所有确诊病例的66.67%(26/39)。高苯丙氨酸血症的PAH基因c.728G>A和c.721C>T、甲基丙二酸血症的MMACHC基因c.567dupT和c.609G>A、MMUT基因c.323G>A和c．1630_1631delGGinsTA以及希特林蛋白缺乏症的SLC25A13基因c.852_855del是常见的突变位点。结论串联质谱新生儿筛查与二代测序技术的联合应用能够有效地提高遗传代谢病的诊断效率。遗传代谢病在陕西地区并不罕见，初步呈现了本地区遗传代谢病的发病率、疾病谱及遗传特征，为串联质谱技术在陕西地区新生儿筛查中的推广应用及基因检测的临床实践奠定基础。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在免疫缺陷并发重症肺炎患儿中的应用，了解病原体分布，为临床经验性预防和治疗提供参考。方法收集2019年7月至2020年7月在我院PICU确诊为重症肺炎的免疫缺陷患儿的一般临床资料、传统检测方法报告及mNGS结果，评估两者与临床判断的一致性。结果23例患儿中，男15例，女8例，年龄1个月28 d～10岁，平均年龄(3.67±3.20)岁，共7例治愈，2例好转，14例死亡。均行mNGS检测，其中血标本21例，肺泡灌洗液标本2例。23例患儿中，单一感染者5例，混合感染15例。检测的病原中真菌15例(65.22%)，其中耶氏肺孢子菌12例，烟曲霉2例，白色念珠菌2例；病毒14例(60.87%)，其中巨细胞病毒10例(8例合并有耶氏肺孢子菌感染)，疱疹病毒3例，细环病毒2例(1例合并疱疹病毒感染)；细菌10例，其中不动杆菌3例，肺炎克雷伯杆菌1例，嗜麦芽窄食单胞菌1例，皮疽诺卡菌1例，葡萄球菌4例，地衣芽孢杆菌1例；支原体3例，且均为混合感染。mNGS的检验阳性率及与临床判断符合率均高于传统检验方法，差异有统计学意义(P<0.05)。共19例使用激素或免疫抑制剂，当发生重症肺炎时，使用时间1～6个月者达17例。结论免疫缺陷并发重症肺炎患儿多为混合感染，其常见病原菌为耶氏肺孢子菌及巨细胞病毒，使用mNGS可显著提高病原检出率，有效指导治疗。

简介：摘要目的探讨肺泡灌洗液(BALF)宏基因二代测序技术(mNGS)在诊断肿瘤重症患者重症肺炎(SP)中的临床应用价值。方法选取2020年7月至2022年8月期间江苏省肿瘤医院重症监护室42例SP患者，所有患者均进行BALF-mNGS检测和病原微生物培养，回顾性分析其临床特点、实验室检查、影像学检查及诊治过程，评价BALF-mNGS在诊断肿瘤重症患者SP的临床应用价值。结果42例患者中，传统病原微生物培养阳性24例(57.14%)，其中混合感染6例(14.29%)，共检出31株病原菌；BALF-mNGS检测阳性36例(85.71%)，其中混合感染29例(69.05%)，共检出148株病原菌；BALF-mNGS检测的阳性率与2种及以上病原菌感染检出率均高于传统病原微生物培养[85.71%(36/42)比57.14%(24/42)，χ2＝8.400，P<0.05；69.05%(29/42)比14.29%(6/42)，χ2＝25.910，P<0.05]。以传统培养为"金标准"，BALF-mNGS检测的敏感度、特异度、阳性预测值及阴性预测值，结果分别为95.8%、27.8%、63.9%、83.3%。单因素分析显示，未见BALF-mNGS对病原菌检出率的影响因素存在(P>0.05)。结论在肿瘤重症患者SP中，BALF-mNGS对病原菌检出率高于传统培养方法，且干扰因素少，有助于指导肿瘤重症患者SP的诊断和治疗。