简介:高通量测序技术速度快、成本低、通量高,广泛应用于miRNA领域研究。本研究基于高通量测序技术所产生的海量小RNA数据,结合已有的数据分析软件,开发了一套快速高效一键化的miRNA分析流程。该流程整合多个生物信息学数据分析软件,对多个miRNA高通量测序数据集进行标记、整合和去冗余分析,只需运行一次核心程序就可以实现对多个miRNA高通量测序数据的分析,避免每个样本单独数据分析的技术重复,精简后的数据集能大幅度减少软件计算量,显著提高软件运行效率。本研究利用快速高效miRNA分析流程分析黄颡鱼性腺XX卵巢、XY精巢、YY精巢的miRNA高通量测序数据,获得一批准确的黄颡鱼保守miRNA。在相同参数设置下,miRNA分析流程可以显著节约分析时间。该流程最终输出结果为多样本整合后的miRNA表达数据,便于研究者直接进行样本之间的比较和miRNA的表达差异,减少研究者手动整合分析结果的操作步骤。miRNA分析流程针对多样本miRNA测序数据具有明显的优势,样本越多测序量越大,软件运行效率越高。针对日益积累的海量小RNA测序数据,miRNA分析流程高效快速一键化数据处理优势将会越来越明显。
简介:2011年9~10月,对逊别拉河底栖动物进行了调查研究,并利用生物指数对水质进行评价。结果表明,共采集到15目28科55种底栖动物,其中水生昆虫种类最多为37种,分属7目16科,占总数的67.27%。出现频率排在前三位的分别是粗腹摇蚊(Pentaneurasp.)、狭萝卜螺(Radixlagotis)和半球多脉扁螺(Polypylishemisphaerula)。底栖动物平均密度为64.80ind.m-2、生物量为4.43g.m-2。功能摄食类群以捕食者占优势,共计为23种,刮食者15种,收集者11种,撕食者6种。BI生物指数评价结果表明,逊别拉河水质比较清洁。
简介:采用实验生态学方法,在16、20、24、28和32℃下测定了当年(体质量0.57~3.82g)和1冬龄(17.39~54.40g)拉氏Phoxinuslagowskii的耗氧率及其昼夜变化和窒息点。结果表明:拉氏昼间耗氧率高于夜间,当年苗种耗氧率峰值在中午和傍晚,而成鱼的仅在傍晚;在16~32℃范围内,体质量为(1.72±0.60)g的拉氏耗氧率(OR)随温度(T)升高而增加,其关系式为OR=0.1734e0.2277T(R2=0.9911),窒息点在1.53~1.65mg·L-1之间,平均(1.59±0.04)mg·L-1;在20~24℃下,拉氏(0.77~52.4g)耗氧率(OR)随体质量(W)增加而呈下降趋势,其关系式为OR=0.3248W-0.2206(R2=0.8076),窒息点在1.10~1.55mg·L-1之间,均值为(1.29±0.19)mg·L-1。
简介:用线粒体DNA的D-loop和Cytb基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏PhoxinuslagowskiiDybowsky的遗传多样性。经PCR扩增和测序,获得了783~785bpD-loop和818bpCytb的同源序列。两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cytb)个变异位点,分别检测出15(D-loop)和11(Cytb)个单倍型,总群体单倍型(H_d)分别为0.8966(D-loop)和0.8990(Cytb),核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.0246(D-loop)和0.0498(Cytb),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cytb)。分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02%(D-loop)和81.69%(Cytb)变异来自群体间,20.98%(D-loop)和18.31%(Cytb)来自群体内。单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主。拉氏的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显。该结果可为拉氏的种质资源保护提供参考。
简介:2010年9~10月,对逊别拉河自然保护区浮游动物群落结构进行了初步研究。结果表明,共鉴定出4类20种浮游动物,其中轮虫类9种,占45.0%;原生动物7种,占35.0%;桡足类3种,占15.0%;枝角类1种,占5.0%;数量均值为1132ind.L-1。原生动物数量较多,占69.4%;轮虫类次之,占30.3%;桡足类仅占0.3%;生物量均值为0.206mg·L-1。轮虫类生物量最高,0.137mg·L-1,占66.5%;桡足类0.045mg·L-1,占21.9%;原生动物仅占11.6%;优势种类为原生动物的沙壳虫Difflugiasp.、侠盗虫StrobiLidiumsp.、焰毛虫Askenasiasp.;轮虫类的蒲达臂尾轮虫Brachionusbudapestiensis、螺形龟甲轮虫Keratellacochlearis和桡足类的无节幼体nauplius为主。多样性指数H’、J显示逊别拉河自然保护区H’平均值为1.58,J平均值为0.81,表明保护区浮游动物的多样性比较丰富,物种分布均匀度较好,为保护鱼类的生存和繁衍提供了良好的生态环境。