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11 个结果
  • 简介:选用60个结构多样的HCV复制抑制剂分子作为数据集,随机选择其中46个分子作为训练集,剩余14个分子作为验证集.采用多元线性回归(MLR)和主成分分析(PCA)方法对每个分子的646个理化和结构参数进行了线性回归分析,并分别建立各自的最优模型.结果表明MLR中的逐步和向前法所建模型最佳,模型结果为:训练集R2=0.827,验证集R2=0.850,模型能够直观地反映影响化合物活性的主要因素.该模型将有助于筛选和开发新的HCV复制抑制.

  • 标签: HCV复制抑制剂 定量构效关系 多元线性回归 主成分分析
  • 简介:研究了68个TR(ThyroidHormoneReceptor,甲状腺激素受体)配体化合物的化学结构与活性的定量效关系.采用实验室新近提出的三维原子场全息相互作用矢量,对化合物进行了结构参数化表达,采用逐步回归对变量进行筛选后,建立了定量效关系模型.复相关系数和交互检验复相关系数R^2=0.767,Q^2=0.625(TRα),R^2=0.734,Q^2=0.61(TRβ).模型具有良好的稳定性和预测能力,证明了该三维原子场全息相互作用矢量在分子结构表征和生物活性预测上的适用性,并可应用于潜在和新型的TR配体化合物的设计和开发.

  • 标签: 三维原子场全患相互作用矢量(3D—HoVAIF) 甲状腺激素受体(TR)配体 定量构效关系(QSAR)
  • 简介:用量子化学密度泛函理论(DFT)、分子力学(MM)及模式识别方法,对34个新型均三氮苯类衍生物进行了结构活性关系研究.结果表明,影响此类衍生物分子除草活性的主要因素有C(1)上所带的电荷Qc(1),分子总能量E,分子生成热Ef,溶剂可及面积SGrid,分子体积V和C(3)上所带的电荷Qc(3)等参数.通过在C(1)上加上吸电子基,降低C(1)上的电荷,以及在C(3)上连接单取代氨基可以提高除草活性.所得模型对化合物生物活性有较好的预测效果.

  • 标签: 量子化学 密度泛函理论 构效关系 模式识别
  • 简介:建立糖原合成激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的三维效关系,可预测新的糖原合成激酶-3β抑制剂.通过确定分子的药效构象,与选定的模板分子进行叠合,采用比较分子力场分析法(CoMFA)和比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)分别建立38个糖原合成激酶-3β抑制剂的3D-QSAR模型.比较分子力场分析法所建立的模型的决定系数q2=0.711,非交叉验证系数r2=0.887,标准偏差ES=0.411,显著系数F=109.856;比较分子相似性指数分析法所建立模型的决定系数q2=0.605,非交叉验证系数r2=0.931,标准偏差ES=0.326,显著系数F=122.122.该模型在一定程度上反映了结合部位的性质要求,解释马来酰胺类抑制剂的效关系,具有较好的预测能力.

  • 标签: 糖原合成激酶-3β抑制剂 三维定量构效关系 比较分子力场分析法 比较分子相似性指数分析法
  • 简介:应用AM1法几何全优化计算获得47个靛红衍生物的电子结构、几何结构和分子性质的各种参数,然后采用多元线性回归方法,构建化合物对急性单核组织细胞淋巴瘤细胞U937的体外抗肿瘤活性的预测模型.模型复相关系数(R。)、留一法(LOO)交互检验复相关系数(Rcv2)和均方根误差分别为0.851,0.825和0.347,用预测集样本进行了外部预测,所得外部预测集交互检验系数Qext^2为0.725,表明所建QSAR模型具有较好的稳健性和较强的预测能力,模型外推有效.模型结果表明:疏水参数logP越大,ELUMO越负,化合物抗肿瘤活性越大.对模型应用域(AD)进行了表征,所建模型可以应用于应用域内靛红衍生物对U937抑制活性的预测,具有潜在应用价值.

  • 标签: 靛红衍生物 U937 AM1 定量构效关系 应用域
  • 简介:采用密度泛函理论B3LYP方法计算了13个13位取代苦参碱衍生物的电子结构,研究了化合物结构与抑制人肝癌细胞HepG2抗癌活性的定量效关系(QSAR).结果表明:(1)13位取代的苦参碱类衍生物的最低空轨道能ELUMO越低,最低空轨道与最高占据轨道的能隙ΔE越小,化合物抗癌活性越高;(2)分子的能量Etotal、面积S以及体积V越大,其极化度P越大,活性越大;(3)分子的油水分配系数logP越大,活性越大,即分子的疏水性增大活性增强.综合得到了显著性较好的QSAR方程:-lgIC50=97.008-11.759ΔE+818.602QC2-2.132×10-4Etotal,可用于预测该类衍生物抑制人肝癌细胞HepG2的活性并进行分子设计.

  • 标签: 苦参碱 抗癌活性 密度泛函理论 定量构效关系(QSAR)
  • 简介:在模拟人体生理条件下,采用紫外光谱法、荧光光谱法、DNA热变性及黏度法研究欧前胡素及同分异构体异欧前胡素与DNA的作用机制,并探讨其效关系.紫外光谱表明,加入DNA后,欧前胡素和异欧前胡素的紫外光谱均呈现减色效应;荧光光谱显示,随着欧前胡素或异欧前胡素浓度的增大,DNA—BR的荧光被猝灭,表明欧前胡素和异欧前胡素对BR与DNA的结合存在竞争性抑制;盐效应、DNA热变性温度、黏度法等实验进一步证明欧前胡素和异欧前胡素与DNA的作用模式均为嵌插与静电混合作用模式.研究表明,欧前胡素和异欧前胡素均与DNA发生作用,且欧前胡素与DNA作用强于异欧前胡素.

  • 标签: 欧前胡素 异欧前胡素 小牛胸腺DNA 紫外光谱法 荧光光谱法 黏度法
  • 简介:汽巴精化公司将投资1亿美元在新加坡建设塑料抗氧剂装置,到2008年该装置将成为亚洲最大的抗氧剂装置。汽巴精化公司特种化学品如抗氧剂业务现在的年销售额达56.5亿美元。据预测,今后20年内,与塑料有关的产品需求将以两位数增长,亚洲增长将尤为强劲。

  • 标签: 汽巴精化公司 塑料抗氧剂 新加坡 装置 特种化学品 产品需求
  • 简介:鲍曼不动杆菌已成为最普遍的医院致病菌,且耐药情况严峻.LpxC作为新抗菌药物靶点被大量研究,但鲍曼不动杆菌LpxC晶体尚未解析得到,基于其结构的药物设计等工作无法开展.以铜绿假单胞菌LpxC晶体结构为模板,通过同源模方法获得鲍曼不动杆菌LpxC结构模型.较好的Ramachandranplot分布和Profile-3D结果验证了模型的合理性.用分子动力学模拟优化鲍曼不动杆菌LpxC模型,修补部分不合理构象.后续分子对接结果显示S构型的苄氧乙酰基羟肟酸类抑制剂比R构型分子能更有效地结合在F191,H237和K238组成的较浅口袋中,这可能是S构型抑制剂活性更高的主要因素,模拟结果与实验数据吻合较好.

  • 标签: 鲍曼不动杆菌 LpxC 同源模建 分子对接 分子动力学模拟
  • 简介:以β2肾上腺素受体(2β-AR)为模板,采用同源模建和分子动力学模拟构建了人类α1A-肾上腺素受体(α1A-AR)的三维结构模型,并利用PROCHECK,PROSA和WHAT-IF评估了模型的合理性.所得的结构采用分子对接程序Flexidock与激动剂去甲肾上腺素和拮抗剂西罗多辛分别进行对接,结果表明,2种配基具有相似的结合位点,配体可与同源模型的氨基酸残基Asp106,Ser188和Ser192产生氢键作用,进一步证实了模型的合理性.研究结果对于基于受体的α1-AR的激动剂和拮抗剂的药物开发具有理论指导意义.

  • 标签: α1A-肾上腺素受体 同源模建 分子动力学 对接 激动剂和拮抗剂
  • 简介:利用荧光光谱、紫外吸收光谱并结合分子模拟技术对3种分子结构相似,仅母核上C环3位取代功能团不同的黄酮小分子槲皮素、金丝桃苷及芦丁对蛋白质的构象影响进行了对比研究.探讨黄酮分子相同位置上功能团不同对相互作用体系的结合常数、结合位点数、结合作用力及蛋白质构象的影响.实验表明黄酮母核C环3位上单糖苷的存在抑制了其药效的发挥,而单糖苷递增为双糖苷时这种抑制作用会有所减弱.

  • 标签: 分子模拟 光谱法 槲皮素 金丝桃苷 芦丁 蛋白质