简介:生物信息的途径补充了试验性的努力到inventorize植物miRNA目标。我们执行了产生通常认为的miRNA的一张全面的表的transcriptome指向的米饭(Oryzasativa)的全球计算分析。我们的预言(684个唯一的抄本)证明米饭miRNAs调停包括抄写(41%)的多样的功能的规定,催化作用(28%),绑定(18%),和transporter活动(11%)。在预言的目标之中,61.7%点击在编码区域,将近72%目标让独居的miRNA撞击。学习预言了通常认为地调整象压力反应,催化作用,和绑定一样的函数的34miRNAs的超过70个新奇目标。非常,目标的一半(55%)在O之间被保存,这被观察。sativaindica和O。sativa装饰用的梨树。31个miRNA家庭的成员被发现拥有在米饭之间并且至少的保存目标另外的草家庭成员之一。大约44%唯一的目标在二个不一样的miRNA预言算法之间是普通的。跨种类的保存和算法的一致的如此的程度在在这研究预言的米饭miRNA目标的表授与信心。
简介:摘要:miRNA (microRNA)与疾病关联关系预测是生物信息学研究领域中一直备受关注的问题。开发出能够快速准确识别miRNA-疾病关联关系的计算方法可以帮助研究人员系统和有效地预测miRNA与疾病的潜在关联性,对指导生物实验、降低实验成本、提高实验效率,进一步为人类的健康做出更大贡献。多视角的miRNA和疾病数据库已成为研究这些关系的有力工具,现在的miRNA-疾病关联预测的方法也从不同角度改善了预测中的一些局限性。
简介:摘要目的探讨淫羊藿素调控miRNA-329(miR-329)、miRNA-1236(miR-1236)抑制肝癌细胞增殖的分子机制。方法采用2.5、5.0、10.0、20.0、40.0 μmol/L淫羊藿素处理肝癌细胞株HepG2,对照组仅加入二甲基亚砜(DMSO),培养36 h后采用CCK-8法检测淫羊藿素对HepG2细胞的半数抑制浓度(IC50)及细胞增殖率。使用400 μg/L甲胎蛋白(AFP)处理HepG2细胞0、12、24、36、48、60 h后,CCK-8法检测AFP对HepG2细胞增殖的影响。构建AFP-3'UTR荧光素酶报告质粒pmirGLO-AFP-3'UTR质粒,将pmirGLO空白载体质粒、pmirGLO-AFP-3'UTR质粒及miR-329或miR-1236的模拟物或抑制剂、相应的模拟物的对照质粒(NC)、相应的抑制剂的对照质粒(INC)分别共转染HepG2细胞,培养24 h后双荧光素酶报告基因检测miR-329和miR-1236对荧光素酶活性的影响。蛋白质印迹法和实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)分别检测淫羊藿素对HepG2细胞AFP、miR-329和miR-1236表达的影响。使用miR-329、miR-1236的模拟物和抑制剂分别转染HepG2细胞,检测miR-329、miR-1236对AFP水平的影响。结果2.5、5.0、10.0、20.0、40.0 μmol/L淫羊藿素组和对照组细胞增殖率分别为(80.4±2.3)%、(73.2±1.6)%、(51.7±3.3)%、(38.2±4.6)%、(29.5±4.3)%和(94.0±2.9)%,差异有统计学意义(F=75.65,P<0.01);不同浓度淫羊藿素组HepG2细胞增殖率分别与对照组比较,差异均有统计学意义(均P<0.01)。淫羊藿素对HepG2细胞的IC50为10 μmol/L。2.5、5.0、10.0、20.0、40.0 μmol/L淫羊藿素组和对照组AFP mRNA的相对表达量分别为0.83±0.06、0.69±0.02、0.53±0.07、0.45±0.01、0.33±0.07和1.00±0.01,差异有统计学意义(F=42.67,P<0.01);不同浓度淫羊藿素组AFP mRNA的相对表达量分别与对照组比较,差异均有统计学意义(均P<0.01)。400 μg/L AFP作用HepG2细胞0、12、24、36、48、60 h,细胞增殖率分别为(102±5)%、(138±13)%、(186±24)%、(260±12)%、(311±15)%、(348±25)%,差异有统计学意义(F=27.483,P<0.01);AFP作用不同时间分别与0 h细胞增殖率比较,差异均有统计学意义(均P<0.01)。与对照组比较,不同浓度淫羊藿素均能够促进miR-329和miR-1236表达(均P<0.01)。miR-329和miR-1236模拟物与AFP-3'UTR共转染后,荧光素酶活性均降低了约40%;miR-329、miR-1236抑制剂与AFP-3'UTR共转染后,荧光素酶活性均增加约1.5倍。miR-329和miR-1236均可降低AFP蛋白和mRNA的表达水平(均P<0.05)。结论淫羊藿素体外通过增加miR-329和miR-1236表达,促进miR-329、miR-1236与AFP-3'UTR的结合,抑制AFP mRNA的稳定性和翻译活性,抑制AFP表达,从而抑制肝癌细胞增殖。
简介:目的分析南阳地区矮身材患儿的病因。方法2009年10月至2015年2月南阳市中心医院儿科收治矮小症患儿155例,详细记录患儿一般资料及病史,了解患儿父母及其他家族成员身高和生长发育情况,进行体格检查和辅助检查。结果155例矮身材患儿中生长激素缺乏症72例(46.45%),特发性矮身材50例(32.26%),体质性青春发育期延迟10例(6.45%),小于胎龄儿5例(3.23%),甲状腺功能减低症6例(3.87%),性早熟4例(2.58%),Turner综合征3例(1.94%),软骨发育不全3例(1.94%),黏多糖病2例(1.29%)。结论南阳地区矮身材患儿病因多为生长激素缺乏症和特发性矮身材。
简介:摘要目的探讨miRNA-146a(miR-146a)、miRNA-196a2(miR-196a2)和miRNA-499(miR-499)单核苷酸多态性与肝细胞癌遗传易感性的关系。方法采用病例对照研究设计。选取扬州大学附属医院2015年4月至2019年3月收治的肝细胞癌患者175例(肝细胞癌组)及同时期门诊体检的302名健康体检者(对照组)。应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性法检测两组外周血中miR-146a、miR-196a2和miR-499基因分型的分布情况,采用logistic回归模型分析3个miRNA的基因型、肝炎病毒感染者基因型与肝细胞癌遗传易感性的关系,采用Spearman相关分析法研究miR-146a基因多态性与人口学因素及临床特征间的关系。结果肝细胞癌组miR-146a单核苷酸多态性位点CC、CG、GG基因型分别为52例(29.7%)、86例(49.1%)、37例(21.1%),对照组分别为137名(45.4%)、135名(44.7%)、30名(9.9%),两组间基因型分布差异有统计学意义(χ2=17.23,P<0.05);两组间miR-196a2和miR-499各基因型分布差异均无统计学意义(χ2=0.51,P=0.776;χ2=0.05,P=0.976)。单因素logistic回归分析显示,miR-146a基因型共显性模型中,与CC基因型相比,CG基因型(OR=1.96,95% CI 1.13~3.41,P=0.017)和GG基因型(OR=3.30,95% CI 1.85~5.89,P<0.01)发生肝细胞癌的风险升高;在显性模型中,与CC基因型相比,CG+GG基因型发生肝细胞癌的风险升高(OR=1.97,95% CI 1.33~2.93,P=0.001);在隐性模型中,与CG+GG基因型相比,GG基因型发生肝细胞癌的风险升高(OR=2.43,95% CI 1.44~4.11,P=0.001)。单因素logistic回归分析显示,在miR-196a2和miR-499基因型共显性、显性及隐性模型中,各基因型间肝细胞癌发生风险差异均无统计学意义(均P>0.05)。在乙型肝炎病毒(HBV)阳性的肝细胞癌患者中,miR-146a的CG和GG基因型发生肝细胞癌的风险分别是CC基因型的2.02倍(95% CI 1.06~5.07)和3.12倍(95% CI 1.66~10.07),CG+GG基因型是CC基因型的1.91倍(95% CI 1.85~3.38),GG基因型是CG+GG型的1.54倍(95% CI 1.15~6.08);在丙型肝炎病毒(HCV)感染或无HBV和HCV感染的肝细胞癌患者中,未发现miR-146a基因多态性增加肝细胞癌发生的风险。Spearman相关分析显示,miR-146a多态性与患者年龄、性别、吸烟、饮酒、肿瘤家族史、丙氨酸氨基转移酶、天冬氨酸氨基转移酶均无相关性(均P>0.05)。结论miR-146a的GG和CG基因型增加肝细胞癌尤其HBV感染患者的遗传易感性;miR-196a2和miR-499单核苷酸多态性未增加肝细胞癌的发生风险。
简介:目的:分析物种间miRNA序列的共同点和差异点,为后续miRNA研究奠定基础。方法:从miRBase数据库下载8种模式生物,即智人、小鼠、大鼠、果蝇、线虫、拟南芥、水稻、玉米的全部miRNA,通过生物信息学相关软件及方法对其进行分析。结果:各物种成熟miRNA序列长度均约为22nt,植物miRNA长度分布范围较动物更集中;而pre-miRNA则相反,植物pre-miRNA的长度变异远大于动物;各物种miRNA序列第一个碱基倾向于U,而其他位点的碱基在不同物种间变异较大;miRNA的保守性有一定的范围,不存在在所有物种中均保守的miRNA。结论:找到了miRNA间的一些共同点及差异点,可为后续miRNA鉴定注释提供借鉴。
简介:BackgroundAlthoughmiRNAshavebeenshowntoassociatewithavarietyofdiseases,whethermiRNAsinmonocyteassociateheartfailure(HF)hasbeennotwellstudied.MethodsEightpatientswithischemicHF(IHF),8patientswithnon-ischemicHF(NIHF)and8healthyvolunteerswererecruited.Clinicalcharacteristicsofallparticipantswerecollected.PeripheralbloodsamplesweredrawnforanalysisofmiRNAexpressioninmonocytes.ResultsAllparticipantsweremaleandtheparticipantsinIHFgroupwereolderandhadhigherpercentageofsmokeranddiabetesmellitusthanintheothertwogroups(P<0.05).SerumlevelsofcreatinineandNT-proBNPweresignificantlyhigherinIHFpatientscomparedtotheothertwogroups(P<0.05).MoreparticipantsinIHFgroupweretreatedwithACEI/ARB,beta-blockerandstatins.ParticipantswithNYHAgradeIIIaccountedfor62.5%inIHFgroup,whileparticipantswithNYHAgradeIVaccountedfor87.5%inNIHFgroup.Thelevelsof11miRNAsinmonocytesweresignificantlyhigherintheIHFgroup,andthelevelsof7miRNAsweresignificantlyincreasedintheNIHFgroup.OtherdifferencesinmiRNAslevelsbetweenIHFandNIHFgroupswerealsoobserved.ConclusionourpresentstudyrevealedthattherearesubstantialdifferencesinmiR-NAsbetweenHFpatientsandhealthyvolunteer.