简介:目的通过生物信息学分析方法筛选滑膜肉瘤组织中关键lncRNA、microRNAs和mRNA,阐述其互相作用机制以及关键信号通路。方法通过GeneExpressionOmnibus(GEO)在线数据库检索并下载人滑膜肉瘤转录组数据,并应用基因本体论分析(GeneOntology,GO)、京都基因和基因组百科全书(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes,KEGG)、竞争性内源RNA(competingendogenousRNAs,ceRNAs)互作网络分析和蛋白互作网络分析(Protein-ProteinInteraction,PPI)对差异表达基因进行深入分析。结果共4个数据集纳入本项研究包括GSE28866,GSE18546,GSE2719和GSE42977,包含21个滑膜肉瘤组织和56个正常对照组织,在这些数据集中共获取了12个差异表达的lncRNA,119个差异表达的miRNA和1637个差异表达的mRNA。构建ceRNA调控网络并展示lncRNA-miRNA-mRNA之间的调控作用,发现6个lncRNA(RP11-123K19.1,RP11-261N11.8,MEG3,FOXD2-AS1,CTD-2228K2.7,LINC00982)和7个miRNA(hsa-miR-142-5p,hsamiR-548c-3p,hsa-miR-1224-5p,hsa-miR-133b,hsa-miR-206,hsa-miR-378-3p,hsa-miR-765)在滑膜肉瘤病变中具有重要作用。KEGG分析示滑膜肉瘤病变与47个信号通路显著相关(P〈0.05),特别是癌症中转录失调的信号通路(P=5.56×10-8)。PPI互作网络分析展示了154种蛋白质,6种转录因子和10个信号通路之间的相互作用。结论通过对在线数据库进行生物信息学分析,滑膜肉瘤的多个关键分子靶点和信号通路被确认,有助于对滑膜肉瘤病变分子发病机制进行深入研究。
简介:胶质瘤临床化疗效果不理想,大多对常用化疗药物不敏感,已有用肿瘤细胞系及临床观察研究发现肿瘤甲基化类抗癌药耐药与MGMT表达相关。本研究将体外药敏结果与同一病人肿瘤组织中MGMT表达水平进行相关性分析,以期进一步证实MGMT表达在胶质瘤耐药中的作用。方法:采用MTT法对34例胶质瘤病人新鲜标本,进行了3种脑肿瘤常用化疗药物的体外敏感性测定。并采用RT-PCR方法检测MGMT的表达,随后将肿瘤标本中的MGMT表达与体外药敏试验结果进行相关性分析。结果:RT-PCR结果显示MGMT在获得有效RNA的26个胶质瘤标本中的表达状况为:8例几乎不表达,相对表达值范围是0~2;有8例弱表达,相对表达值范围是2~5;有10例强表达,相对表达值均大于5。三种脑肿瘤常用化疗药物中MeCCNU对大多数胶质瘤不敏感,但DDP和VM-26相对敏感的较多。DDP和MeCCNU的IC50与MGMT基因表达之间呈正相关(r=0.613、P=0.001;r=0.696、P=0.002),VM-26的IC50与MGMT表达无显著相关。结论:临床标本中,多数有MGMTmRNA的表达,其强弱有较大的差异。MeCCNU和DDP的IC50和MGMT的mRNA之间有显著的相关性,支持MGMT基因表达与胶质瘤对烷化剂类耐药相关。因此,检测MGMT的表达也可以为临床胶质瘤病人个体化化疗提供参考。
简介:目的评价P53、血管内皮生长因子(VEGF)、上皮钙黏附蛋白(ECD)、α连环蛋白(αCA)及β连环蛋白(βCA)在结直肠癌转移潜能和预后判断中的价值.方法应用免疫组织化学ABC法检测76例结直肠癌组织中P53、VEGF、ECD、αCA及βCA的表达.结果(1)结直肠癌组织中P53表达阳性率为47.4%,伴有肝转移的结直肠癌P53阳性表达率明显高于无肝转移者(P<0.05);VEGF表达阳性率为57.9%,VEGF表达阳性的结直肠癌易发生淋巴结转移和肝转移(P<0.01);ECD、αCA和βCA表达在结直肠癌组织中均明显减弱,且与结直肠癌的分化程度密切相关(P<0.01);ECD表达与结直肠癌转移无明显的相关关系(P>0.05);αCA、βCA表达减弱与结直肠癌淋巴结转移显著相关(P<0.01),但与肝转移发生无相关(P>0.05).(2)P53与VEGF表达显著相关(P<0.05).(3)Cox模型多因素分析表明,P53和VEGF表达阴性的结直肠癌患者预后较好,而αCA和βCA表达减弱者预后较差(P<0.01).结论结合分析P53、VEGF、αCA及βCA的表达有助于对结直肠癌转移方式、转移潜能及预后的判断.
简介:据2012年7月31日GovanJM(AngewChemIntEdEngl,2012Jul31.doi:10.1002/anie.2012.3222.)报道,美国北卡罗来纳州立大学的研究人员利用细胞内自然产生的过氧化氢开发出一种开启基因表达的方法。该方法也可用作一种高度敏感的过氧化氢检测器,从而可能有助于科学家们确定这种分子在细胞健康和疾病中所发挥的作用。在功能正常的细胞中,过氧化氢作为一种信使发挥作用:它携带信号进入细胞以便让细胞对外部刺激或事件作出反应。一旦信息传递完毕。过氧化氢就扩散开来并消失掉。过氧化氢通过氧化或修饰蛋白中的某些氨基酸从而影响蛋白的功能。研究人员研究目的是是否能够利用过氧化氢的氧化能力来控制基因表达.为此他们利用一种让萤火虫发光的基因作为测试对象,设计出一种分子:它对过氧化氢比较敏感,而且能够让活的哺乳动物细胞中的萤火虫荧光素酶基因表达。当过氧化氢存在时.荧光素酶基因表达.从而导致细胞发光。
简介:目的构建6种分别携带GJB2基因错义突变A40G、V37I、L90P、L90V、V84L和W44C的真核表达载体,转染HEK293细胞,建立6种错义突变的稳定表达细胞系。方法以野生型Cx26-EGFP融合蛋白质粒为模板,用Stratagene公司定点突变试剂盒构建错义突变表达载体,直接测序鉴定序列正确性,选取含有突变的载体转染HEK293细胞,G418选择性培养2周,流式细胞仪筛选表达阳性细胞,扩增培养形成稳定表达人Cx26突变的HEK293细胞系。培养细胞用4%多聚甲醛固定,鬼笔环肽和4',6-二脒基-2-苯基吲哚衬染细胞核,荧光显微镜下检测结果。结果6种突变表达载体经过测序,均含有相应突变,无多余突变出现,转染后均可在细胞间形成缝隙连接,呈现绿色荧光。结论成功构建6种携带GJB2基因错义突变的真核表达载体,为进一步研究错义突变致聋原因奠定了实验基础。
简介:目的从新生隐球菌的基因组中扩增出STE12α基因,并构建相应的表达载体,以进一步研究STE12α基因对隐球菌的生长特性及致病性的影响。方法采用PCR方法以及基因重组方法扩增并克隆新生隐球菌基因组中的STE12α基因,建立具有表达野生型STE12α基因的表达载体。结果从新生隐球菌的基因组获得STE12α全基因,建立重组子pUCm—STE12α/NovaBlue以及重组表达载体质粒pGAPZ—STE12α,实现了STE12α基因的转化并获得表达。结论成功地克隆了新生隐球菌STE12α基因并构建了可表达野生型STE12α基因的表达载体,为进一步研究STE12α基因功能打下了良好的基础。
简介:目的在血管内皮细胞建立时空表达可控的转基因动物模型调控体系.方法培育两个配套的转基因动物品系,利用组织专一性启动子确保转基因表达的空间专一性,利用四环素诱导系统对转基因表达在时间上实施调控.结果将血管内皮细胞特异性表达的VE-cadherin基因启动子与人工融合的转录因子tTA基因连接,建立转基因小鼠品系VE-cadherin:tTA;将tetoperon的启动子与myrAktl连接,建立转基因小鼠品系TET:myrAktl.两系鼠杂交的子代,筛选的阳性纯合子,能可控性地在血管内皮细胞特异性表达目的基因Akt1/PKB.结论利用VE-cadherin基因启动子和tet-off诱导表达系统,可以达到在时间上和空间上都能人为控制目的基因在血管内皮细胞上特异性表达的目的.
简介:目的探讨Src基因mRNA、wtp53基因mRNA、nm23基因mRNA和bcl-2基因mRNA在乳腺癌预后中的意义。方法采用分子原位杂交技术检测133例乳腺癌组织中Src基因mRNA、wtp53基因mRNA、nm23基因mRNA和bcl-2基因mRNA表达水平,并对患者生存率进行了回顾性随访。结果Src基因mRNA、wtp53基因mRNA和nm23基因mRNA在乳腺癌阳性组与阴性组生存率差异有显著性(P=0.0004,P=0.0033,P=0.0226)。腋下淋巴结转移阴性组与阳性组生存率差异也有显著性(P=0.0005)。Src基因mRNA、wtp53基因mRNA和nm23基因mRNA在乳腺良、恶性肿瘤的表达,差异具有显著性意义(P<0.05)。bcl-2基因mRNA在乳腺良、恶性肿瘤表达差异无显著性(P>0.05)。结论经COX比例风险模型多变量分析,最具价值的指标是Src基因mRNA和wtp53基因mRNA。此外,nm23基因mRNA、腋下淋巴结转移也是重要的预后指标。多种指标的联合应用,有助于提高判断的正确性。
简介:菰黑粉菌与寄主互作形成膨大肉质茎——茭白,已成为我国第二大水生蔬菜.作为一种二态性真菌,菰黑粉菌的二型态转换与其致病力密切相关,对茭白孕茭至关重要.研究发现,尿素水解酶可能作用于真菌二型态转换.本文克隆了菰黑粉菌的尿素水解酶编码基因UeUal,发现该基因全长2598bp且无内含子,与宾地瘤黑粉菌的尿素水解酶基因近源.该蛋白的功能区域包含尿素水解酶γ亚基、尿素水解酶α亚基、尿素水解酶β亚基以及酰胺氢区域.利用qRT-PCR检测菰黑粉菌二型态转换过程中UeUal的表达变化,发现该基因在融合菌丝形成后表达量显著性升高,推测该基因与菰黑粉菌二型态转换后期的菌丝生长有密切联系.以上结果为进一步研究菰黑粉菌二型态转换机制及菰黑粉菌与茭白互作机制提供了基础材料.
简介:摘要目的分析抑郁症患者较健康人各脑区转录组基因的差异表达情况。方法在基因表达谱数据库(gene expression omnibus,GEO)中搜索抑郁症病例-对照设计并含有原始数据的研究,设定物种为人。以各数据集所有转录组基因为观察变量,利用在线软件Network Analyst进行主成分分析(principal component analysis,PCA),整体评估抑郁症患者各个脑区(包括前额叶、前扣带回、杏仁核、海马)相对正常人各脑区的转录组改变差异的程度。利用limma算法分别筛选倍数变化为1.2倍、1.5倍、2.0倍的差异基因(differentially expressed gene,DEG),P<0.05为差异有统计学意义。对来源于不同数据集不同脑区的差异基因进行维恩分析,以获取该脑区稳定的差异表达基因。利用DAVID在线软件对稳定差异表达的基因进行功能富集分析,探讨抑郁症患者不同脑区的GO功能及KEGG通路的改变情况。结果抑郁症患者各个脑区(前额叶、前扣带回、杏仁核)相对健康对照各个脑区的转录组整体水平改变程度较轻,基于转录组基因表达水平进行的主成分分析无法有效区分健康-疾病状态;几乎不存在倍数变化大于2.0倍的差异表达基因;维恩分析结果提示不同脑区的多个数据集差异基因无交集;倍数变化大于1.2倍相对稳定的差异表达基因功能与抑郁症无直接关联。结论抑郁症疾病状态下,患者脑组织转录组水平改变微乎其微,因多方面限制识别抑郁症易感特定基因仍具有挑战性。
简介:摘要目的探讨CLOCK mRNA及蛋白表达水平与鼻咽癌患者临床特征的关系。方法收集2018—2019年贵州医科大学附属肿瘤医院33例鼻咽癌患者的冰冻组织标本,收集2019年贵州医科大学附属医院17例鼻咽部慢性炎症组织标本,收集2008—2014年贵州医科大学附属肿瘤医院鼻咽癌组织蜡块68例及鼻咽慢性炎症组织蜡块37例。采用实时荧光定量PCR方法和Western blot法检测CLOCK mRNA和蛋白的表达情况。培养鼻咽癌细胞CNE1、CNE2、5-8F与正常鼻咽上皮细胞NP69,采用实时荧光定量PCR法检测各细胞中CLOCK mRNA在ZT2、ZT6、ZT10、ZT14、ZT18、ZT22时间点的表达水平,采用余弦法拟合CLOCK mRNA在鼻咽癌中表达的节律性。采用免疫组化法检测68例鼻咽癌和37例鼻咽慢性炎症组织蜡块中CLOCK蛋白的表达。生存分析采用Kaplan-Meier法和Log rank检验,影响因素分析采用Cox回归模型。结果CNE1、CNE2和5-8F细胞中CLOCK mRNA表达水平(分别为0.63±0.07、0.91±0.02和0.33±0.04)均低于NP69细胞(1.00±0.00,均P<0.05)。CNE1、CNE2和5-8F细胞中CLOCK蛋白表达水平(分别为0.79±0.06、0.57±0.05和0.74±0.10)均低于NP69细胞(1.00±0.00,均P<0.05)。鼻咽癌细胞CEN1、CNE2、5-8F和正常鼻咽上皮细胞NP69中CLOCK mRNA在不同时间点表达不同,存在时相性波动。CLOCK mRNA在CNE1、CNE2、5-8F、NP69细胞中的波动周期分别为16、14、22和24 h,其波峰和波谷时间分别为ZT10:40和ZT18:40、ZT10和ZT3、ZT14:30和ZT3:30、ZT12:39和ZT0:39。鼻咽癌组织中CLOCK mRNA和蛋白表达水平(分别为0.37±0.20和0.20±0.26)均低于鼻咽慢性炎症组织(分别为1.00±0.00和0.51±0.41,均P<0.05)。CLOCK蛋白高表达组(CLOCK蛋白表达水平≥0.178)患者1、3、5年生存率分别为96.2%、92.1%和80.1%,高于低表达组(CLOCK蛋白表达水平<0.178,分别为92.9%、78.6%和57.1%,P=0.009)。CLOCK蛋白高表达组患者1、3、5年无进展生存率分别为96.2%、87.8%和87.7%,高于低表达组(分别为92.7%、82.2%和70.8%,P=0.105)。CLOCK蛋白高表达组患者1、3、5年无复发生存率(分别为100.0%、95.7%和95.7%)与低表达组(分别为100.0%、96.9%和90.0%)比较,差异无统计学意义(P=0.514)。CLOCK蛋白高表达组1、3、5年无远转转移生存率(分别为96.2%、92.0%和92.0%)与低表达组(分别为92.7%、82.2%和79.3%)比较,差异无统计学意义(P=0.136)。CLOCK蛋白表达和T分期为总生存的独立影响因素(均P<0.05)。结论鼻咽癌细胞及鼻咽癌组织中的CLCOK基因均为低表达,时钟基因CLOCK在鼻咽癌细胞与正常鼻咽上皮细胞中均呈节律性表达;相比于正常鼻咽上皮细胞,鼻咽癌细胞的波动周期均缩短,CLOCK蛋白高表达组的总生存情况优于低表达患者,CLOCK蛋白的表达是影响总生存的独立影响因素,CLOCK基因在鼻咽癌中可能是一个潜在的抑癌基因。
简介:摘要目的通过对比分析SMG基因家族在主动脉夹层和正常主动脉壁组织中的表达水平,研究SMG基因家族成员的表达及其与主动脉夹层发生的联系。方法收集31例正常主动脉壁和65例Stanford A型主动脉夹层患者的主动脉壁组织,通过实时荧光定量PCR检测主动脉壁中SMG家族的mRNA水平,并分析SMG家族成员的表达与夹层患者主动脉直径之间的相关性。结果实时荧光定量PCR结果显示,与正常主动脉壁比较,主动脉夹层患者主动脉壁中SMG3(0.642±0.529对1.126±0.858,P=0.023)、SMG6(0.737±0.652对1.877±1.902,P=0.005)、SMG7(0.624±0.449对1.339±0.866,P=0.00067)的mRNA水平均显著升高,而SMG1、SMG2、SMG4、SMG5、SMG8、SMG9的mRNA水平在两组间差异无统计学意义。此外,SMG3、SMG6、SMG7的表达均与主动脉直径无明显相关性。结论SMG3、SMG6、SMG7的mRNA表达水平在主动脉夹层患者中显著升高,提示其可能促进主动脉夹层的发生发展,靶向SMG家族成员有望成为主动脉夹层预防和治疗的新靶点。
简介:摘要目的探讨CLOCK mRNA及蛋白表达水平与鼻咽癌患者临床特征的关系。方法收集2018—2019年贵州医科大学附属肿瘤医院33例鼻咽癌患者的冰冻组织标本,收集2019年贵州医科大学附属医院17例鼻咽部慢性炎症组织标本,收集2008—2014年贵州医科大学附属肿瘤医院鼻咽癌组织蜡块68例及鼻咽慢性炎症组织蜡块37例。采用实时荧光定量PCR方法和Western blot法检测CLOCK mRNA和蛋白的表达情况。培养鼻咽癌细胞CNE1、CNE2、5-8F与正常鼻咽上皮细胞NP69,采用实时荧光定量PCR法检测各细胞中CLOCK mRNA在ZT2、ZT6、ZT10、ZT14、ZT18、ZT22时间点的表达水平,采用余弦法拟合CLOCK mRNA在鼻咽癌中表达的节律性。采用免疫组化法检测68例鼻咽癌和37例鼻咽慢性炎症组织蜡块中CLOCK蛋白的表达。生存分析采用Kaplan-Meier法和Log rank检验,影响因素分析采用Cox回归模型。结果CNE1、CNE2和5-8F细胞中CLOCK mRNA表达水平(分别为0.63±0.07、0.91±0.02和0.33±0.04)均低于NP69细胞(1.00±0.00,均P<0.05)。CNE1、CNE2和5-8F细胞中CLOCK蛋白表达水平(分别为0.79±0.06、0.57±0.05和0.74±0.10)均低于NP69细胞(1.00±0.00,均P<0.05)。鼻咽癌细胞CEN1、CNE2、5-8F和正常鼻咽上皮细胞NP69中CLOCK mRNA在不同时间点表达不同,存在时相性波动。CLOCK mRNA在CNE1、CNE2、5-8F、NP69细胞中的波动周期分别为16、14、22和24 h,其波峰和波谷时间分别为ZT10:40和ZT18:40、ZT10和ZT3、ZT14:30和ZT3:30、ZT12:39和ZT0:39。鼻咽癌组织中CLOCK mRNA和蛋白表达水平(分别为0.37±0.20和0.20±0.26)均低于鼻咽慢性炎症组织(分别为1.00±0.00和0.51±0.41,均P<0.05)。CLOCK蛋白高表达组(CLOCK蛋白表达水平≥0.178)患者1、3、5年生存率分别为96.2%、92.1%和80.1%,高于低表达组(CLOCK蛋白表达水平<0.178,分别为92.9%、78.6%和57.1%,P=0.009)。CLOCK蛋白高表达组患者1、3、5年无进展生存率分别为96.2%、87.8%和87.7%,高于低表达组(分别为92.7%、82.2%和70.8%,P=0.105)。CLOCK蛋白高表达组患者1、3、5年无复发生存率(分别为100.0%、95.7%和95.7%)与低表达组(分别为100.0%、96.9%和90.0%)比较,差异无统计学意义(P=0.514)。CLOCK蛋白高表达组1、3、5年无远转转移生存率(分别为96.2%、92.0%和92.0%)与低表达组(分别为92.7%、82.2%和79.3%)比较,差异无统计学意义(P=0.136)。CLOCK蛋白表达和T分期为总生存的独立影响因素(均P<0.05)。结论鼻咽癌细胞及鼻咽癌组织中的CLCOK基因均为低表达,时钟基因CLOCK在鼻咽癌细胞与正常鼻咽上皮细胞中均呈节律性表达;相比于正常鼻咽上皮细胞,鼻咽癌细胞的波动周期均缩短,CLOCK蛋白高表达组的总生存情况优于低表达患者,CLOCK蛋白的表达是影响总生存的独立影响因素,CLOCK基因在鼻咽癌中可能是一个潜在的抑癌基因。
简介:在高三复习阶段要围绕《考试说明》中的要求复习相关知识点,在一轮复习中掌握课本基础知识之后,二轮复习重在培养学生应用知识的能力,如何将学到的知识应用到新情景中,这是教师应该重点关注的,新情景的选择可以来自科学史、重大科研进展、生物科学论文、国外教材、高校教材的相关内容等。在基因的表达专题复习过程中,笔者选择对高校与国外教材中的相关内容进行加工,根据情景材料提出与本专题相关的多个问题,编制了超长题,