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  • 简介:据中国农科院最新消息,该院蔬菜花卉研究所蔬菜功能基因组学创新团队与国内外同行合作,发现了一个大片段DNA序列拷贝数变化可以决定黄瓜的性别。相关成果发表于最新一期国际著名学术期刊《植物细胞》。团队首席、中国农科院蔬菜花卉所研究员、深圳农业基因组所副所长黄三文介绍,大片段DNA序列的结构变异(StructuralVariation,简称SV)包括插入/缺失、拷贝数变化和倒位等多种类型,可引起许多人类疾病(如自闭症和精神分裂症)的发生;

  • 标签: DNA序列 拷贝数 中国农科院蔬菜花卉所 性别 黄瓜 蔬菜花卉研究所
  • 简介:本文提出DNA序列相似度指标,建立DNA序列比对算法。首先,将水生生物DNA样本序列与现有的基因库中的DNA序列逐项比对;其次,在满足特定阈值条件下,确认样本序列的分类。利用Java编程语言来实现算法,通过MonteCarlo模拟和实际应用,验证算法的有效性。理论结果表明:在满足特定阈值条件下,通过计算DNA序列相似度,能够确定数据库中与未知DNA样本序列最相似的序列,判断样本序列的分类。模拟实验、对比研究和应用结果表明:相似度指标算法在有效判别DNA序列的分类,提高DNA序列匹配成功率,降低程序复杂度等方面具有优良特征。

  • 标签: DNA序列相似度指标 水生生物 MONTECARLO模拟
  • 简介:阿根廷科学家近日成功将该国国歌旋律以人工基因编码形式植入某种细菌染色体中。这一方法不仅可以用来存储音乐旋律,还可能发展为一种拥有巨大应用潜力的信息存储方式。

  • 标签: 存储器 科学家 DNA序列 信息 细菌 音乐旋律
  • 简介:高通量测序技术的飞速发展让生物信息领域迎来了大数据时代。新技术在提供海量生物遗传信息的同时,也给分析这些数据带来了新的挑战。DNA序列比对是信息分析流程中的关键步骤,为后续的变异检测提供序列比对信息。2015"深圳杯"数学建模夏令营B题以DNA序列比对为研究课题,希望参赛学生给出序列快速比对的最佳方案。本文简要点评了各参赛队伍的解答情况,然后介绍了现有DNA序列比对软件中用到的算法和数据结构。

  • 标签: 字符串匹配 DNA序列比对 哈希算法 字典树 后缀数组 BWT压缩
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  • 简介:目的获得东方田鼠的特异DNA序列.方法Aβ基因使用PCR,基因克隆,斑点杂交,DNA序列分析,生物信息学技术.结果根据小鼠MHCⅡ外显子2及其两侧序列,合成引物并扩增东方田鼠基因组DNA,将PCR产物回收、测序后,分别设计内引物扩增东方田鼠基因组DNA,其中一对引物可得到特异性扩增带,将得到的DNA片段插入PGEM-Teasy载体,进行序列分析.用这对引物扩增人、昆明小鼠、BALB/c小鼠及C57BL/6J小鼠基因组DNA,均无扩增产物.以东方田鼠特异性扩增产物为探针进行斑点杂交,除东方田鼠基因组DNA外,其他几种动物基因组DNA均为阴性结果.进一步对该DNA片段进行了BLAST同源性搜索和外显子预测,在Genbank中没有发现高度同源序列,并且找到一个可能的外显子,该外显子由69个氨基酸组成.结论获得的DNA片段为东方田鼠的特异片段,这将为从分子水平深入研究东方田鼠的遗传背景、生物进化规律以及东方田鼠抗日本血吸虫的机理奠定基础.

  • 标签: 东方田鼠 扩增 外显子 DNA片段 斑点杂交 引物
  • 简介:为研究人血小板因子4(hPF4)的生物学性能和用于肿瘤生物治疗的可能性,运用反转录聚合酶链反应(RTPCR)从人红白血病细胞系HEL细胞总RNA中扩增出hPF4基因cDNA序列,将其克隆至pUC18载体中.序列分析证实克隆片段与文献报道的hPF4基因cDNA序列完全一致,说明已成功克隆到hPF4基因cDNA.

  • 标签: 人血小板因子4 CDNA克隆 序列测定
  • 简介:目的探讨用凝胶成像分析系统进行DNA定量的DNA含量的检测范围。方法将已知含量的质粒DNA样本稀释成不同含量的DNA样本,进行琼脂糖凝胶电泳。利用凝胶成像系统进行观察及图像采集,并应用IMAGEJ软件对DNA的电泳图谱进行灰度分析,用EXCEL软件对已知含量的DNA的灰度值与含量之间进行相关性分析,建立线性方程式。用上述线性方程式计算出样本的DNA含量。结果DNA灰度值与DNA含量之间呈正相关关系,但不成正比关系;DNA灰度值与DNA含量在一定范围内呈现良好的线性关系。通过所建立的线性关系式可以确定DNA含量的检测范围,在此范围内可较好地进行DNA的定量。结论通过建立DNA灰度值与DNA含量之间的良好线性关系,可以较好地确定凝胶成像分析系统进行DNA定量的DNA含量的检测范围。

  • 标签: DNA含量 凝胶成像分析系统 灰度值 线性关系
  • 简介:采用聚合酶链反应从炭疽芽孢杆菌减毒株YB1中扩增其保护性抗原(PA)的编码区基因,将其克隆至pGEM-T载体中,并分步测定序列序列测定表明,该基因长2205bp,编码735个氨基酸残基,与文献报道的标准菌株Sterne株的PA序列只有4个碱基的差异。

  • 标签: 炭疽杆菌 保护性抗原 基因克隆 序列分析
  • 简介:摘要线粒体是细胞质中含量最丰富的细胞器,为细胞内各种代谢提供能量,在卵母细胞减数分裂、受精和早期胚胎发育的过程中发挥着巨大的作用。卵母细胞线粒体DNA含量的高低与其后续的胚胎发育潜能密切相关。本文从无创性测定线粒体DNA含量角度出发,就颗粒细胞、卵裂球及滋养外胚层细胞和胚胎剩余培养基及囊胚腔液中线粒体DNA含量测定在胚胎评估上的研究做一综述,并探讨其在早期胚胎评估中的应用前景。

  • 标签: DNA 线粒体 颗粒细胞 滋养外胚层 胚胎剩余培养基 囊胚腔液
  • 简介:目的对我国登革2型病毒1998年广东省南海市流行株GD08/98结构蛋白基因进行序列测定及分析,为追踪其地域来源、基因组结构与致病性的关系及研究开发登革病毒新型疫苗奠定基础.方法根据登革2型国际标准株NGC序列,设计2对重叠引物,RT-PCR扩增,分别克隆到pMD18-T载体,转化受体菌DH5α,挑取阳性克隆进行PCR、酶切鉴定及序列测定.结果此登革病毒株结构蛋白基因序列长度为2325bp,编码775个氨基酸.与其它登革2型病毒株ThNH81/93、NGC、44、TSV01、04及S1进行比较,其核酸序列同源性分别为98%、94%、94%、92%、92%、90%.结论GD08/98病毒株的结构基因序列基本类似于已发表的其它登革2型病毒株.GD08/98株与ThNH81/93株同源性最高,推测其可能来源于泰国.

  • 标签: 南海市 登革病毒 流行株结构 基因序列 结构基因 致病性
  • 简介:序列比对是将蛋白质中的基因或氨基酸进行对齐的动作,目的是要找出两序列的相似程度,而多重序列比对则是同时比对多个DNA或蛋白质序列,找出此序列群组中最佳的比对结果.本研究结合遗传算法及模拟退火算法,先利用遗传算法优化种群的概念,随着世代演进逐渐产生近似最佳解,再利用模拟退火算法进行小区块内的比对修正.实验结果显示,利用遗传算法与模拟退火算法的结合,使得遗传算法在跳脱局部最佳解的时候能有更大空间移动,而且也让模拟退火算法能有效解决经由遗传算法初步比对之后所产生的不良区域.两种算法结合的序列比对结果比任何单一算法的结果好,因此可以提升整体比对效果,将来能够为生物学家在判断未知序列功能时提供适当的帮助.

  • 标签: 序列比对 多重序列比对 遗传算法 模拟退火算法
  • 简介:以从我国湖南长沙和湘西犬小肠中采集的2条泡状带绦虫作为研究对象,用引物JB11及JB12扩增泡状带绦虫的pnad1片段,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,同时利用DNAscar5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果显示来自湖南长沙和湘西的2条泡状带绦虫的pnad1序列均为391bp。研究结果为泡状带绦虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。

  • 标签: 泡状带绦虫 线粒体DNA nad1基因 序列分析
  • 简介:设计合成两对覆盖PCV2基因组奎长的引物,对PCV2分离株S2、P11、L进行全基因测序。将所测序列与GenBank上已公布的PCV2毒株序列进行同泺性比较,并绘制系统发育进化树。结果显示。所测毒株与其它地城的24株PCV2分离株的基因组序列同源性很高。3个分离株之问的奎基因核苷酸同源性在95.4%-99.3%。序列分析表明欧洲分离株和美洲分离株分别构成PCV2的两个夫的分支:欧洲系和美洲系。S2、P11属于欧洲系,L属于美洲系。

  • 标签: 猪圆环病毒 克隆 序列测定与分析
  • 简介:十二音体系的建立,对传统的旋律组织法作了彻底的变革,在音乐中奠定了序列主义的基础。但作曲家们并没有满足于“音高”的序列化,为了创造全新的音乐语言,他们的下一个目标是彻底改革传统的“节奏”组织法。

  • 标签: 序列主义 音乐语言 二音 序列化 三十二分音符 布列兹
  • 简介:摘要目的对呼吸道标本中新型冠状病毒进行二代测序(NGS),获取基因组序列并分析测序影响因素。方法2020年1月,收集广东省新型冠状病毒感染病例的上呼吸道和下呼吸道标本共计8份,运用RNA建库的方法进行测序,获得新型冠状病毒的基因组序列,采用生物信息学软件包(CLC Genomics Workbench 12.0)对基因组序列进行分析比较。结果从8例呼吸道标本中获得5个新型冠状病毒基因组序列,其中2份来自下呼吸道标本。与新冠病毒的核苷酸同源性为97.74%~99.90%。Ct值低的样本,测序深度、覆盖度和相对丰度高。结论标本中新型冠状病毒的Ct值低,测序质量好。

  • 标签: 新型冠状病毒 二代测序 影响因素
  • 简介:无论是高贵优雅的气质淑女,还是青春逼人的靓丽少女,皮草衣都能轻松满足你的需求,打造属于你的个人风格。皮草衣奢华、高贵的属性,致使根根皮草就像分子般进行着扩散运动,时时飘散出独特出众的女性魅力。

  • 标签: DNA 潮流 个人风格 扩散运动 女性魅力 皮草
  • 简介:<正>陈老师是女老师,有点胖,戴副眼镜,唐山人。初二时,新开历史课,她教我们历史。中国历史开课不久,讲到类人猿,给我印象最深。不是我尤其喜欢类人猿,而是因为陈老师的口音。

  • 标签: 历史课 陈老师 唐山人 女老师 DNA 我自己