简介:基因表达综合数据库(GeneExpressionOmnibus),简称GEO数据库,由美国生物技术信息中心(NCBI)开发的一个完全公开的高通量基因分子丰度数据库,是一个公共功能基因组数据存储库,接受基于数组和序列的数据。该数据库主要储存基因表达数据,涵盖多个生物学领域的高通量实验数据,其提供工具帮助用户查询和下载实验和管理基因表达谱,为生物信息学研究提供了大量与疾病相关的基因表达谱信息。研究者通过对基因芯片提供的大量基因表达谱数据信息的深度挖掘和分析,有助于了解基因的功能以及基因间的相互作用关系,解读基因表达的代谢过程,分析基因的遗传特征和功能,研究疾病的发生发展规律,为疾病的诊断与治疗提供科学参考。本文旨在介绍GEO数据库的架构、申请方式及公开数据的提取方法。
简介:摘要 目的:通过分析 GEO数据库中食管癌的芯片数据集,挖掘差异表达基因,并在 TCGA数据库中验证,寻找食管癌的候选肿瘤标志物。方法:分析 GEO数据库中食管癌的三个芯片数据集 GSE17351、 GSE75241、 GSE89102,分别搜索差异表达基因,利用韦恩软件寻找核心基因。在 TCGA数据库中验证核心基因,并且进行 GO功能注释和 KEGG代谢通路分析。最后对通过验证的核心基因进行生存分析。结果: GSE17351芯片数据集筛选出 618个差异表达基因,其中下调基因 265个,上调基因 353个; GSE75241芯片数据集筛选出 1652个差异表达基因,其中下调基因 481个,上调基因 1171个; GSE89102芯片数据集筛选出 7939个差异表达基因,其中下调基因 312个,上调基因 7627个。利用韦恩软件,发现核心基因 115个,上调基因 94个,下调基因 94个。在 TCGA数据库中进行了验证、 GO功能注释和 KEGG代谢通路分析。对通过验证的核心基因进行生存分析,发现 CDKN3、 NUP155、 RAD51AP1可以作为食管癌的候选肿瘤标志物。
简介:摘要 目的:利用在线 GEO数据库构建喉鳞状细胞癌的 ceRNA调控网络,并且挖掘喉鳞状细胞癌的关键 miRNAs。方法:利用 GEO数据库中的 GSE137308高通量测序数据,分析在喉鳞状细胞癌组织中表达异常的 miRNA、 lncRNA和 mRNA( |logFC|>1, p<0.05)。根据 ceRNA调控网络理论,构建喉鳞状细胞癌的 lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,并使用 Cytoscape软件可视化。根据 miRNA在 ceRNA调控网络中的节点数,挖掘喉鳞状细胞癌的关键 miRNAs。 结果:在喉鳞状细胞癌组织中,发现了 1342个差异表达 mRNA,其中上调 926个,下调 416个; 25个差异表达的 miRNA,其中上调 15个,下调 10个; 989个差异表达的 lncRNA,其中上调 644个,下调 345个。构建了喉鳞状细胞癌的 ceRNA调控网络,发现了喉鳞状细胞癌的两个关键 miRNAs( hsa-miR-1299、 hsa-miR-6720-5p)。
简介:摘要近几年,随着我国大规模的基础建设发展,山区公路建设也经历跨越式发展,在公路建设中形成大量高边坡,存在产生滑动变形的隐患,因此根据相关勘察资料对高边坡稳定性进行正确分析,指导治理工程设计,确保边坡稳定具有重要意义。本文以某路堑高边坡为例,利用Geo-slope/W软件对削坡后边坡稳定性进行计算分析,并提出合理的削方及处治方案。