简介:目的建立不同水源中GⅡ型诺如病毒(NoVGⅡ)实时荧光逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测方法,对某市疾病预防控制中心送检的10份疑似引起诺如病毒中毒的水样进行NoVGⅡ检测。方法以瓶装水、河水和生活污水为研究对象,采用硝酸纤维素膜-聚乙二醇(PEG)沉淀法富集病毒,对取样体积、病毒洗脱条件、PEG终浓度及PEG沉淀条件等进行了优化,提取病毒RNA、建立实时荧光RT-PCR检测方法;通过外加MS2计算方法的回收率,评价所建方法对水样中诺如病毒的回收效果。结果建立的方法对瓶装水、河水和生活污水中NoVGⅡ的平均回收率分别为(60.1±8.0)%、(22.0±6.5)%和(35.7±8.1)%,10份送检水样中3份检出NoVGⅡ。结论建立的实时荧光RT-PCR方法适用于瓶装水、河水和生活污水中NoVGⅡ的检测,饮用水被NoVGⅡ是引发某市人员中毒的原因之一。
简介:摘要目的建立一种灵敏、特异的实时荧光定量TaqMan反转录聚合酶链式反应(RT-PCR),用于快速、准确地检测西藏环状病毒(Tibet orbivirus, TIBOV)。方法收集GenBank数据库中全部TIBOV基因序列,利用Clustal X 2.1软件进行比对,根据分析结果选择TIBOV VP4基因保守区域设计特异性引物、探针;以体外转录的RNA为标准品,建立检测TIBOV的TaqMan RT-PCR方法,绘制荧光定量标准曲线;对该方法的特异性、灵敏度、重复性进行评价。结果引物与探针具有良好的特异性,对多种虫媒病毒无交叉反应。检测反应灵敏度为1.0×102拷贝/反应,在1.0×102~8拷贝/反应模板范围内具有良好的扩增曲线,同一样品重复检测循环阈值(Ct)的变异系数均小于1.5%。对西藏自治区、云南省、湖南省和广东省采集的蚊虫样本进行筛查,结果均为阴性。TIBOV模拟样本检出率为100%。结论该方法灵敏度高、特异性强,可用于TIBOV的常规监测。
简介:摘要目的探讨荧光定量聚合酶链式反应联合检测性传播疾病病原微生物的临床价值。方法选取来我院妇科、皮肤科和泌尿外科等就诊的疑有性传播疾病患者100例作为研究对象,用实时定量PCR(FQ-PCR)方法,对淋球菌(NG)、解脲支原体(UU)、人乳头瘤病毒(HPV)6/11型以及16/18型四种性传播疾病病原微生物进行定量检测,并与定性PCR结果比较。结果100例标本均对四种性传播疾病病原微生物进行FQ-PCR检测,结果按感染率从高到低依次排列为UU(36.00%)、HPV6/11(23.00%)、HPV16/18(13.00%)和TP(10.00%);随机抽取50例标本,并对其分别进行FQ-PCR与PCR检测,结果显示两种检测方法之间对于四种性传播疾病病原微生物的阳性率并无明显差异(P>0.05)。结论临床上利用荧光定量聚合酶链式反应联合检测性传播疾病病原微生物具有快速便捷以及高效的优点,对监测、预防和控制以及预后评估等方面都具有较高的临床价值,值得广泛推广应用。
简介:建立免疫磁珠分离(ImmunomagneticSeparation,简称“IMS”)联合荧光定量聚合酶链式反应PCR(PolymeraseChainReaction,简称“PCR”)快速检测阪崎肠杆菌的方法。制备以生物素介导偶联的链霉亲和素免疫磁珠,优化偶联和捕获条件。合成阪崎肠杆菌ITS(InternalTranscribedSpacer简称“ITS”)靶基因序列的引物和探针,同时构建内参质粒(InternalAmplificationControl,简称“IAC”),建立能够实时监控反应过程的荧光定量PCR反应体系。在1mL体系中添加粒径为80nm的链霉亲和素免疫磁珠0.3mg,孵育30min,可获得80.5%以上的捕获效率。建立的基于内参的荧光PCR体系针对质粒检测时,Ct值(Cyclethreshold,简称“Ct值”)与模板拷贝数有着良好的线性关系(R2=0.998),IMS-PCR检测体系对阪崎肠杆菌菌液的检测灵敏度为33.3CFU/mL,可在3h内完成。针对4株阪崎肠杆菌标准菌株和5株非阪崎肠杆菌菌株的检测也显示出较好的特异性和稳定性,人工模拟样品的检测结果与采用国标法检测的结果完全一致,可用于快速检测样品中的阪崎肠杆菌和疾病预防。
简介:目的:利用TaqMan实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(FQ—RT—PCR)检测强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞白细胞介素-2受体α(IL-2Rα)mRNA的表达水平,并进行疾病的活动性相关分析。方法:用PrimerExpressv2.0软件,根据GenBank提供的序列,在人IL-2RαmRNA的第2和第3外显子之间设计一对引物和一条TaqMan探针。提取总RNA,加入已优化的一步法FQ—RT—PCR反应体系,扩增产物经凝胶电泳后切胶回收,并与pUCm—T载体连接。制备好的重组质粒转化感受态细胞进行克隆。经测序分析确定为特异性片段后,用T7RNA聚合酶转录为cRNA,作为FQ—RT—PCR系列浓度标准品。评价FQ—RT—PCR检测IL-2RαmRNA的特异性、线性、精密度和探针稳定性等。定量测定HLA—B27阳性活动组与阴性非活动组强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞IL-2RαmRNA基因的表达水平,结合血浆可溶性白细胞介素-2受体(sIL-2R)浓度,探讨与炎症活动的相互关系。结果:成功构建了cRNA标准品。该方法的线性范围为7~107cells/ml,其批内CV8.4%,批间CV9.6%;扩增产物克隆的双向测序结果经BLAST比较、分析,证实为IL-2RαmRNA特异性片段。对各30例HLA—B27阳性与阴性的强直性脊柱炎的测定表明:与正常人对照组结果比较,HLA—B27阳性组与HLA—B27阴性组IL-2RαmRNA和sIL-2R都有明显增加(P<0.01)。IL-2RαmRNA对炎症活动评价的灵敏度为96.7%。结论:FQ—RT—PCR具有灵敏、特异、结果重复性好等优点;IL-2RαmRNA与sIL-2R比较更能反映强直性脊柱炎患者的免疫状态,可能为免疫药物的疗效评价和药物筛选提供基因表达水平上的信息。
简介:摘要目的建立一种实时荧光逆转录重组酶介导的等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)技术检测寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)的方法,以实现ZIKV的现场快速筛查及诊断。方法通过基因组序列比对,选择ZIKV保守序列设计RT-RAA特异性引物和探针,并用系列稀释的ZIKV重组质粒与毒株核酸验证方法的灵敏性与重复性,通过检测登革病毒、基孔肯雅病毒、西尼罗病毒等其他虫媒病毒验证方法的特异性。结果建立的RT-RAA方法可在39 ℃恒温条件下30 min内对ZIKV进行高效扩增,检测系列稀释的ZIKV重组质粒,其95%检测限可达到15拷贝/反应,特异性强,与登革病毒、基孔肯雅病毒、西尼罗病毒虫媒病毒无交叉反应,且重复性好。结论本研究建立的ZIKV的RT-RAA等温扩增方法,具有反应迅速,无需精密仪器,操作简单等优点,适合于应急快速检测。
简介:目的:建立SYBRGreenI实时RT-PCR快速检测呼吸道合胞病毒(respiratorysyncytialvirus,RSV)A、B亚型的方法。方法:根据RSVG蛋白编码基因的核苷酸序列设计三条引物,其中P1为RSV通用引物,P2、P3分别为A、B亚型特异性引物。使用SYBRGreenI荧光染料结合熔解曲线分析进行检测,根据产物特征性熔解温度(meltingtemperaturesTm)鉴别RSVA、B亚型。结果:本法对RSVLong株(A亚型)和CHl8375株(B亚型)进行检测,其Tm值分别为84.06和89.06℃;与常见呼吸道病毒间无交叉反应;48例临床标本中检出RSV阳性29例,其中A亚型占72.4%(21/29),B亚型占27.6%(8/29)。结论:SYBRGreenI实时RT-PCR结合熔解曲线分析检测RSV亚型具有快速、简便、特异等特点,可对临床标本直接分型。
简介:摘要:梅毒是常见的性传播疾病,其不仅引起泌尿生殖道的硬下疳等局部损伤,还可引起全身症状,甚至引发神经、心脏等重要脏器的疾患,对患者身心造成极大伤害。早期诊断是梅毒治疗和预防控制的关键,实验室检查是梅毒的诊断的重要手段,本文就聚合酶链反应(PCR)在梅毒实验诊断中的应用做一综述。
简介:摘要目的探讨极速实时荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)、实时荧光PCR、酶联免疫吸附测定(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)和胶体金免疫层析法(gold immunochromatography assay,GICA)4种方法检测新型布尼亚病毒的特异度和灵敏度,为发热伴血小板减少综合征的早期诊断提供依据。方法采集2017年6月1日至9月30日山东大学附属济南市传染病医院86例临床诊断为发热伴血小板减少综合征患者的血清样本,分别应用极速实时荧光PCR、实时荧光PCR、ELISA和GICA 4种方法进行检测。统计学分析采用χ2检验。结果86份患者血清标本中,极速实时荧光PCR、实时荧光PCR、IgM-ELISA、IgG-ELISA、IgM-GICA、IgG-GICA的新型布尼亚病毒阳性分别为82份(95.34%)、79份(91.86%)、41份(47.67%)、8份(9.3%)、19份(22.09%)和3份(3.49%)。极速实时荧光PCR特异度为100%,灵敏度达到1×103拷贝/mL,3次重复扩增试验显示其Ct值变异系数均<2%。在发热伴血小板减少综合征进展的1期、2期、3期病程中,极速实时荧光PCR的阳性检出率为41份(97.62%)、34份(94.44%)、7份(87.50%),实时荧光PCR的阳性检出率为39份(92.86%)、33份(91.67%)、7份(87.50%),在1期和2期两个病程,极速实时荧光PCR阳性检出率略高;IgM-ELISA阳性检出率从1期(28.57%)到3期(87.50%)显著增高,2期、3期与1期相比,差异均有统计学意义(χ2=8.347、7.561,均P<0.01);IgM-GICA的阳性检出率从1期(14.29%)到2期(33.33%)也有增高,差异有统计学意义(χ2=3.962,P<0.05),但与其他方法相比,其检出率偏低。1期,实时荧光PCR阳性检出率显著高于ELISA(IgM和IgG)和GICA(IgM和IgG),差异均有统计学意义(χ2=33.740、55.080、49.010、64.340,均P<0.01)。2期,实时荧光PCR的阳性检出率高于ELISA(IgM和IgG)和GICA(IgM和IgG),差异均有统计学意义(χ2=7.700、46.720、23.700、50.630,均P<0.01)。3期,极速实时荧光PCR、实时荧光PCR和IgM-ELISA表现出同样高的阳性检出率,远高于IgG-ELISA和GICA(IgM和IgG)。实时荧光PCR阳性检出率和IgG-ELISA、IgM-GICA、IgG-GICA之间差异均有统计学意义(均χ2=6.250,P<0.05)。结论极速实时荧光PCR在新型布尼亚病毒的早期检测中有更高的灵敏度和特异度,且重复性好、稳定度高,与传统实时荧光PCR相比大大缩短了扩增时间,对发热伴血小板减少综合征的早期快速诊断具有重要价值。
简介:摘要目的通过罗氏固体培养法,对环介导等温扩增技术(LAMP)和实时聚合酶链反应(RT-PCR)检测痰结核分枝杆菌的优劣评价。方法选择临床经罗氏固体培养为阳性痰标本68份,阴性标本68份,分别采用LAMP和RT-PCR方法进行结核分枝杆菌检测结果,两者阳性检出率分别为88.2%.85.3%,两者差异没有统计学意义(P>0.05);培养阳性标本经LAMP、RT—PCR检测结果灵敏度分别为91.2%和82.4%,两者差异没有统计学意义(P>0.05);培养阴性标本经LAMP、RT—PCR检测结果的特异性分别为85.3%和88.2%,两者差异没有统计学意义(P>0.05)。结论LAMP检测法阳性率高于RT-PCR法,但两者之间的差别尚无统计学意义,LAMP具有简单快速、准确,LAMP检测阳性标本灵敏度比RT-PCR好,LAMP检测阴性标本特异性稍低,LAMP具有简单、快速、准确,不需要昂贵的检验设备和严格的实验室设置,更适合基层结核病的实验诊断推广应用。