简介:摘要目的建立纹带棒状杆菌的多位点序列分型(MLST)方法,探讨临床分离纹带棒状杆菌的种群结构和遗传进化关系。方法筛选出7个管家基因(gyrA、gyrB、hsp65、sodA、secA1、rpoB、16S rRNA),设计引物并进行PCR扩增和测序,测序所得序列通过SeqMan 软件进行拼接。采用DnaSP 5.10.01软件、Splits tree 4.14.2软件对管家基因的多样性及基因重组特征进行评价;采用MEGA 7.0.14软件基于序列型别(ST)采用M-L法构建系统发育树,采用BioNumerics软件基于ST特征值构建最小生成树,并用eBURST软件分析ST间遗传进化关系。结果所选的7个位点在所有试验菌株中均获得了预期的扩增产物;Splits tree表明所有纹带棒状杆菌的聚类一致,提示基因重组是推动纹带棒状杆菌进化的潜在动力;MLST将344株纹带棒状杆菌分成72个STs,85.7%的菌株形成克隆复合体(CC)结构,CC19形成了优势克隆复合体,但包含菌株数最多的ST为该克隆复合体中的ST16。ST具有一定的地域聚集性且与分离年份具有一定的相关性。结论我国纹带棒状杆菌呈现高度的遗传多样性,CC19为优势克隆复合体。本研究建立的MLST分型方案可用于纹带棒状杆菌的分型,但尚需优化改进。
简介:目的分析白假丝酵母菌多位点序列分型(MLST)与标本来源、药物敏感性之间的关系,探讨菌株间的亲缘关系及其分子流行病学特征。方法收集2015年4—5月某院新生儿科病房分离的白假丝酵母菌,采用试剂盒对菌株进行体外药物敏感性测试,并采用MLST方法对菌株进行分型,分析菌株间的同源性及分子流行病学特征。结果共分离15株白假丝酵母菌,来自4例患儿和1名医务人员,15株白假丝酵母菌经MLST获得3个序列型(ST),其中13株为ST1997,另外2株分别为ST1359和ST1933。经eBURST软件对ST分型进行聚类分析,ST1997菌株属于Group13,ST1359菌株属于Group1,ST1933菌株属于Group20。同一患者外周血和外周静脉导管分离的白假丝酵母菌属于同一克隆株。结论新生儿科病房存在白假丝酵母菌血流感染的暴发,应积极制定相应的预防控制措施,加强对新生儿科病房的医院感染管理。
简介:摘要目的了解四川省人间布鲁氏菌病(简称布病)分离菌株的分型情况。方法66株菌株分离自2014 - 2020年四川省人间布病确诊病例,分别应用BCSP31-PCR、AMOS-PCR方法对分离菌株进行属、生物型鉴定;选用多位点序列分型(MLST)-9方法对分离菌株进行分型实验,通过在线全球MLST数据库对比序列型(ST);并通过BioNumerics 7.6软件,使用最小生成树(MST)对新发现和已知ST序列进行聚类分析。结果2014 - 2020年四川省自人间布病确诊病例分离的66株菌株均为布鲁氏菌属,其中羊种布鲁氏菌65株,牛种布鲁氏菌1株。存在3个已知ST(ST-8、ST-39、ST-2)和1个新发现型别(ST-101)。其中,ST-8为四川省主要ST(90.91%,60/66),另有4株羊种布鲁氏菌为ST-39,1株牛种布鲁氏菌为ST-2。新发现型别ST-101于2019年分离自乐山市,属羊种布鲁氏菌克隆群,与ST-8进化关系紧密。结论四川省布鲁氏菌主要流行株为羊种布鲁氏菌,主要基因型为ST-8,同时存在少量ST-39、ST-101、ST-2。
简介:摘要目的分析并焦磷酸测序法与Sanger测序法检测在丙型肝炎病毒基因分型中的应用情况。方法选取2018年3月——2018年11月期间100例丙型肝炎患者,收集其血浆标本,分成相等的2份,其中1份采用焦磷酸测序法进行检测,另外1份采用Sanger测序法检测,对2种检测方法在丙型肝炎病毒基因分型结果进行对比。结果通过焦磷酸测序法和Sanger测序法对HCV-RNA进行基因分型,100例标本共有93例结果一致,其余7例结果不一致,一致率达到93.0%;焦磷酸测序法和Sanger测序法在高病毒载量检出率对比上无明显差异(P>0.05);焦磷酸测序法和Sanger测序法在低病毒载量检出率对比上存在明显差异性(P<0.05)。结论焦磷酸测序法对丙型肝炎患者开展病毒基因分型,检测结果可靠、准确,与Sanger测序法相比,焦磷酸测序法敏感度更高。
简介:目的:建立并改良磁珠提取基因DNA的方法,以应用于HLA常规测序分型。方法:使用磁珠法自动提取系统从全血中提取基因组DNA,利用DNA定量仪测定DNA浓度与纯度,利用测序仪对PCR扩增产物进行测序及相关的分析软件进行HLA分型结果分析。比较改良前后DNA浓度与纯度、HLA分型结果成功率、信噪比及测序胶图的反应格局。结果:改良后96份DNA浓度的均一性、纯度均优于改良前;32份HLA分型结果中HLA-A、B位点成功率改良后高于改良前,差异有统计学意义(P〈0.01);改良后32人份HLA-B第二外显子信噪比(N/S)合格率均高于改良前,差异有统计学意义(P〈0.01);改良后32份分型胶图反应格局均优于改良前。结论:改良磁珠提取DNA法能稳定、可靠地应用于HLA测序分型,具有快速、高通量化的特点和广泛的应用前景。
简介:摘要目的探讨1例ABO血型血清学正、反定型不符的血样标本的分子遗传学基础。方法采用试管法对此例血样进行ABO血型正、反定型,应用直接测序及单倍型测序的方法确定其基因型。结果此例样本血型血清学结果显示,其正定型为AwB型,反定型为B型;直接测序及单倍型测序最终结果显示,其中一条等位基因为O01,另一条等位基因与A101标准序列相比,存在c.297A>G、c.657C>T、c.796C>A、c.803G>C及c.930G>A碱基突变。结论经基因测序证实,此例血清学定型困难的样本基因型为O01/B(A)new型,此突变类型的B(A)型既往未见报道。
简介:日子一叶一叶地从生命之树飘落,不经意间,才蓦然发现岁月已给它套上了十三圈年轮,同时也围住了一个青春少年的心。五天与家人见一面的生活已经习惯,只是妈妈还像以前那样整天没完没了地问:“作业都写完了吧?
简介:爬上一个土冈,急转一个弯儿,穿过一条窄窄的土街,在一个突然出现的开阔地上,半截车就像一个终于找到自家圈棚的牲口,抖了抖身子,熟练地来了个一百八十度转弯,之后,喘息着停了下来。"嘿这老哥,像上自个家,倍儿熟。"孔宪林并非在夸司机,而是下意识在向身边的小高强调一个事实:这地场他们太熟了,搞了四年生态移民,他和司机来了六次,每一次,都是在这家门口停车。也是怪了,这户人家仿佛早就知道会有这么一天似的,把门口山泉