简介:人工核酸酶介导的基因组编辑(genomeeditingwithengineerednucleases)技术是近几年发展起来的一种技术手段,被《NatureMethods》杂志评为2011年的年度技术。家蚕的基因组编辑在研究家蚕功能基因、培育家蚕新型素材、家蚕生物反应器开发领域有着巨大的应用潜力。西南大学家蚕功能基因组研究团队紧跟国际上基因组编辑技术的最新发展趋势,迅速在家蚕基因组编辑研究领域开展相关研究工作。2012年9月,该团队在《PLoSONE》杂志上公布了其利用近期发展起来的基因组编辑工具-TALE核酸酶技术(TALEN)实现对家蚕内源靶基因的可遗传敲除的研究成果,该论文发表以后受到国内外众多媒体的转载与评论,发表之后的短短一年时间内即被包括《NatRevMolCellBiol》、《GenomeRes》等高水平杂志在内的论文引用28次。随后,研究团队又围绕着建立高效的家蚕基因组编辑技术平台开展研究工作,建立了适用于家蚕基因组编辑的TALEN高效组装技术体系和活性检测平台。通过组装平台,研究人员可以高效的对人工设计的TALEN打靶载体进行组装。通过活性检测平台,研究人员可以便利地对组装的TALEN打靶载体的打靶效率进行评估,筛选高活性的TALEN打靶载体,这对提高对家蚕功能基因敲除,尤其是可遗传敲除的成功率有着重大意义。该体系的建立标志着家蚕基因组编辑技术平台的完善和成熟,为实现家蚕功能基因的大规模敲除打下了坚实基础。相关研究论文“High-efficiencysystemforconstructionandevaluationofcustomizedTALENsforsilkwormgenomeediting”于2013年9月28号在国家权威杂志《MolecularGeneticsandGenomics》上在线发表(http://link.springer.com/article/10.1007/s00438-013-0782-4)。西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室博士研究生王峰、马三垣为论文�
简介:11月15日,中国科学院和重庆市人民政府,联合在重庆市召开新闻发布会宣布,中国家蚕基因组框架图绘制完成.
简介:水稻粒形相关基因,对于调控作物产量和品质都具有十分重要的作用,但关于其进化缺少一个系统的、全基因组尺度的比较基因组学分析。研究以已鉴定的水稻粒形相关基因为目标序列,在8个禾本科植物中进行比较基因组学分析,旨在全基因组范围揭示不同粒形基因在多个禾本科作物种系中的进化规律。基于同源比对分析发现,不同基因组中粒形相关基因数量不具有明显差异,平均每个基因组中粒长和粒宽相关的基因分别有364和75,其中较多的是谷子,有423粒长、71粒宽调控基因。基因组同源共线分析,发现全基因组加倍和串联重复对于家族基因拷贝数增加具有重要贡献,但是重复基因丢失可能维持了基因数量的稳定。通过粒形基因中旁系同源基因对间的同义核苷酸置换率(Ks)比较,揭示不同的粒形基因具有不同的进化速率,进化最快的是粒长调控相关基因An-1。本研究为认识水稻粒形调控相关基因进化提供了重要的理论基础,对于禾本科粒形相关基因从全局尺度到单基因的进化具有极为重要的意义。
简介:著名昆虫学家美国MR.Goldsmith教授说:"这是一个巨大的成就."著名昆虫学家美国加尼福利亚大学的SarjeetS.Gill教授评价说:"对于你们所取得的家蚕基因组成就,我表示热烈的祝贺……并感谢你们所做出的巨大努力……"
简介:为了解香蕉NBS抗病基因的密码子使用特点,掌握其基因编码规律,以香蕉全基因组NBS基因的74条高置信蛋白编码信息为数据来源,借助CodonW等软件对蛋白质的每个氨基酸编码数据进行了统计分析。结果表明,G+C含量范围为32.8%~45.4%,共鉴定获得了GUC和UAC等8个最优密码子且全部以G或C结尾。中性绘图分析发现,大部分基因分布在对角线及其附近区域,ENC与GC3的关联分析显示大部分基因落在标准曲线附近,这些都表明密码子偏好性受到碱基突变影响较大。密码子各参数相关性分析表明,ENC和G3s、C3s的大小都呈显著负相关,在基因表达密码子使用时,更倾向于选择第三位碱基是G/C的同义密码子。本研究分析了香蕉全基因组NBS基因的密码子偏好性,为通过密码子优化来提高NBS基因在香蕉中的表达,对香蕉进行抗性改良具有十分重要的指导作用。