简介:摘要目的探索可能影响肾脏衰老的相关基因,并验证时钟基因Arntl在衰老肾脏中的表达变化。方法通过全转录组测序鉴定C57BL/6雄性24月龄小鼠(衰老组)和3月龄小鼠(年轻组)的差异表达基因,并通过生物信息学方法分析其所富集的生物学通路及关键蛋白。应用实时荧光定量PCR和Western印迹验证Arntl的mRNA及蛋白表达量。结果(1)全转录组测序结果显示在C57BL/6衰老组小鼠及年轻组小鼠中共筛选出119个显著差异表达基因。差异表达基因主要富集于节律过程、昼夜节律、基因表达的昼夜调控等生物学过程(均P<0.001)。蛋白质互作网络分析结果显示,Nfil3、Hspa8、Arntl、Hlf、Rorc、Per3、Npas2等是差异表达基因中的关键蛋白。时钟基因Arntl、Nfil3、Npas2、Per3在衰老组及年轻组小鼠之间的mRNA表达差异(均P<0.05)与测序结果一致。(2)相较于C57BL/6年轻组小鼠和SAMR1快速老化小鼠,Arntl蛋白表达量在衰老组小鼠和SAMP8快速老化小鼠肾脏组织中均有下降趋势。结论时钟基因及其参与的昼夜节律生物学通路可能在肾脏衰老过程中发挥重要作用。Arntl在衰老肾脏中表达量有下降趋势。
简介:摘要目的建立稳定的KIR2DS4基因测序分型法并研究KIR2DS4在中国汉族人群中等位基因多态性。方法采用PCR序列特异性引物(sequence specific primer,SSP)分析法对222名随机中国汉族个体基因组中的KIR2DS4基因进行阴阳性初筛鉴定,对KIR2DS4阳性的标本采用高保真、长片段PCR测序分型技术(PCR-sequence based typing, PCR,PCR-SBT)对KIR2DS4基因的第4、5外显子的片段进行扩增、测序及分型。结果建立的PCR-SBT方法成功扩增出KIR2DS4基因的第4、5外显子序列,长度达3.2 kb。探究中国汉族人群中KIR2DS4等位基因型及频率。检出KIR2DS4阳性个体为209个,阳性率为94.1%。测序分型共发现12种基因型和7种等位基因,6种已知的等位基因及其检出频率为:KIR2DS4*00101/011(180次,81.1%), KIR2DS4*010(53次,23.9%),KIR2DS4*004(34次,15.3%), KIR2DS4*003(15次和6.8%), KIR2DS4*006(2次,0.9%)以及KIR2DS4*015(1次,0.5%)。发现并鉴定一个新等位基因KIR2DS4*016,与其最相近的等位基因KIR2DS4*010区别在第5外显子,KIR2DS4*010的第5外显子是22 bp缺失型,而KIR2DS4*016的第5外显子为完整型。该新等位基因在受检人群中被发现3次,频率为1.4%,并非罕见等位基因,该等位基因序列已向GenBank(登录号:KC414890)及IPD-KIR数据库(提交号:IWS40001804)提交,并获得世界卫生组织HLA系统命名因子委员会的命名。结论本文中我们成功建立了KIR2DS4基因4、5外显子测序分型方法,并对其等位基因多态性进行了探究,发现了新的KIR2DS4等位基因型,丰富了中国汉族人群KIR2DS4基因多态性数据。
简介:摘要目的探讨一种新型的组织芯片手工制作方法。方法3M硅胶条按包埋模具内径修剪到合适大小,底面粘贴在模具上,另一面按照组织芯的孔径宽度,修剪出合适宽度的条状粘贴带。将组织芯按顺序逐一粘贴在条状粘贴带上,包埋模具内缓慢注入液态热蜡,待热蜡与组织芯完全融合后,加盖包埋框注满液态热蜡,待冷却后剥离便制成蜡块。结果本研究制作出的组织芯片各个位点清晰可见,排列整齐,组织芯与石蜡结合紧密,未见气泡产生。对比常规HE染色,结果无差异,且免疫组织化学染色结果与常规免疫组织化学进行对比,各指标的染色强度和特异性均无差异。结论使用粘贴固定包埋的方法来制作组织芯片,与传统相比,方法便捷的同时,组织芯与周围蜡融合的更加紧密,切片质量更高,因此此方法可以在基层医院及科研单位使用。
简介:摘要目的利用生物信息学方法挖掘呼吸机相关性肺损伤(VILI)小鼠的差异表达基因(DEG),并通过构建VILI小鼠模型对关键基因进行验证。方法①实验1(生物信息学分析):从基因表达数据库(GEO)下载VILI与自主呼吸对照组小鼠的肺组织基因芯片数据GSE9368和GSE11662,通过统计分析获得DEG,运用韦恩图获得两个数据的共同DEG,然后使用DAVID在线数据库对共同DEG进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科(KEGG)通路富集分析,最后利用基因与蛋白质相互作用检索在线数据库(STRING)对共同DEG进行基因编码蛋白相互作用(PPI)分析,并运用CytoScape软件、分子复合物检测分析插件(MCODE),以及CytoHubba插件中最大团中心性(MCC)、最大邻居连通度(MNC)与度(degree)算法进行拓扑分析,筛选出关键基因。②实验2(相关基因编码蛋白验证):构建C57BL/6小鼠大潮气量(20 mL/kg)VILI模型,并设自主呼吸对照组。取小鼠肺组织进行苏木素-伊红(HE)染色,观察肺组织病理学改变;并对实验1中筛选出的关键基因编码蛋白进行免疫组化验证。结果①实验1结果:GSE9368数据中筛选出114个DEG,其中上调99个,下调15个;GSE11662数据中筛选出258个DEG,其中上调188个,下调70个;获得共同DEG 66个,其中上调61个,下调5个。GO功能注释结果表明,共同DEG参与炎症反应、免疫应答、白细胞及中性粒细胞趋化浸润等过程;KEGG通路富集分析提示共同DEG主要富集于细胞黏附、细胞因子-细胞因子受体相互作用及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。通过STRING及CytoScape构建差异基因PPI网络图和重要子模块,并获得拓扑分析MCC、MNC及degree算法得出的交集基因,分别为细胞因子信号转导抑制因子3(SOCS3)、白细胞介素-1β(IL-1β)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、整合素Itgam、CXC型趋化因子配体2(CXCL2)、CXC型趋化因子受体2(CXCR2)、L-选择素Sell及CC型趋化因子受体1(CCR1)。②实验2结果:构建大潮气量VILI小鼠模型结果显示,与自主呼吸对照组相比,机械通气结束后0 h小鼠肺组织有所损伤;通气结束后6 h肺组织结构受损明显,肺泡腔可见不同程度出血和塌陷,肺泡壁明显增厚,肺泡腔及间质还可见炎症细胞浸润。对拓扑分析交集前3位基因IL-1β、SOCS3、MMP-9的编码蛋白进行免疫组化染色,结果显示,随通气时间延长,小鼠肺组织中IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白表达逐渐上调,6 h时与自主呼吸对照组比较差异均有统计学意义〔IL-1β(积分A值):8.40±2.67比5.10±0.94,SOCS3(积分A值):9.74±1.80比5.95±1.31,MMP-9(积分A值):11.45±6.20比5.36±1.28,均P<0.05〕。结论基于GSE9368和GSE11662数据的生物信息学分析发现,VILI与炎症损伤、细胞因子及免疫细胞浸润相关;IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白可能为VILI生物标志物。
简介:摘要类器官模型在发育生理学研究、疾病模型构建、药物筛选中发挥着日趋重要的作用。然而传统的类器官培养方式操作繁复、标准化程度低、无法复现体内生理/病理微环境,导致获得的类器官产量低、均一性差、成熟度低,难以满足研究及应用需求。作为一种精确操控微量流体的新兴技术,微流控芯片既可对类器官培养的微环境因素(如生化因子浓度、流体剪切力、营养供应等)进行精确控制,也能够与微加工技术、传感技术等集成以构建器官特异性微环境并实现对类器官的连续监测,有望替代传统培养方式,使类器官在基础研究和生物医学应用中发挥更大的作用。本综述系统介绍了微流控芯片技术在不同来源的类器官的研究中的应用,并对其局限性和发展前景进行了探讨。
简介:AbstractBackground:The CHA2DS2–VASc score was initially applied to stratify stroke risk in patients with atrial fibrillation (AF) and was found to be effective in predicting all-cause mortality outcomes. To date, it is still unclear whether circulating long non-coding RNAs (lncRNAs) as emerging biomarkers, can improve the predictive power of the CHA2DS2–VASc score in stroke and all-cause mortality.Methods:Candidate lncRNAs were screened by searching the literature and analyzing previous RNA sequencing results. After preliminary verification in 29 patients with AF, the final selected lncRNAs were evaluated by Cox proportional hazards regression in 192 patients to determine whether their relative expression levels were associated with stroke and all-cause mortality. The c-statistic, net reclassification improvement (NRI), and integrated discrimination improvement of the patients were calculated to evaluate the discrimination and reclassification power for stroke and all-cause mortality when adding lncRNA expression levels to the CHA2DS2–VASc score model.Results:Five plasma lncRNAs associated with stroke and all-cause mortality in AF patients were selected in our screening process. Patients with elevated H19 levels were found to have a higher risk of stroke (hazard ratio [HR] 3.264, 95% confidence interval [CI]: 1.364–7.813, P = 0.008). Adding the H19 expression level to the CHA2DS2–VASc score significantly improved the discrimination and reclassification power of the CHA2DS2–VASc score for stroke in AF patients. In addition, the H19 level showed a marginally significant association with all-cause mortality (HR 2.263, 95% CI: 0.889–5.760, P = 0.087), although it appeared to have no significant improvement for the CHA2DS2–VASc model for predicting all-cause mortality.Conclusions:Plasma expression of H19 was associated with stroke risk in AF patients and improved the discriminatory power of the CHA2DS2–VASc score. Therefore, lncRNA H19 served as an emerging non-invasive biomarker for stroke risk prediction in patients with AF.
简介:【摘要】目的:分析微流控多重PCR芯片快速监测多种重要病原菌的方法。方法:选取我院2021年5月至2022年6月收治的患者200例,采集标本,选择微流控多重PCR芯片技术开展临床微生物检测,对检测结果进行观察分析。结果:本次共收集粪便标本120例,分别检出41株沙门菌,25株副溶血性弧菌,11株肠出血性大肠杆菌O157:H7,检出率分别为34.17%、20.83%、9.17%。本次共收集脓液标本80例,分别检出15株金黄色葡萄球菌,11株化脓性链球菌,检出率分别为18.75%、13.75%。微流控多重PCR芯片快速检测技术的特异性、敏感度较好。结论:在对多种重要病原菌进行检测时,采用微流控多重PCR芯片快速检测能进行精确定量,具有较高的特异性和敏感度,值得推广。
简介:摘要目的探索将微流控芯片用于遗传性耳聋基因热点突变的分型检测。方法将专门设计加工的微流控芯片与KASP扩增整合,借助激光共聚焦荧光扫描仪实现遗传性耳聋常见4个相关基因的23个热点突变分型检测,采集276例(听障组:成都市2019年出生并诊断为听力损失的131例新生儿;对照组:成都市2020年出生且听力筛查结果为双耳通过的145例新生儿)新生儿的足跟血斑样品验证其结果准确性和临床应用可行性。结果微流控芯片通过聚类分析对全部质控品均实现准确分型,其最低检测限可达1 mg/L。276例新生儿血斑样品的微流控芯片分型结果全部通过复核确认。听障组131例新生儿,检出66例阳性携带者,阳性携带率50.4%;对照组145例新生儿,检出40例阳性携带者,阳性携带率27.6%。其中携带率最高的突变热点为GJB2基因c.109G>A,在听障组和对照组中阳性携带率分别为46.6%(61/131)和23.4%(34/145)。结论微流控芯片可用于遗传性耳聋相关热点突变的分型检测,具有准确性高、防污染能力强、操作简单、用时短等优势,能更好地满足新生儿耳聋基因筛查等遗传性耳聋基因检测需求。
简介:【摘要】目的:探讨基因芯片在胃癌及肿瘤球细胞差异表达基因筛选中的应用价值。方法:有血清培养液的条件下、无血清培养液的条件下,分别进行人胃癌细胞HCG-27的培养,进行总RNA的提取、纯化、基因表达谱芯片杂交处理,采集芯片图像,读取和分析相关数据。结果:应用DMEM培养基,在有血清培养液培养的过程中,可见胃癌细胞HCG-27均匀生长。应用DMEM/F12培养基,在无血清培养液培养的过程中,可见致密状态肿瘤球形成。在总RNA提取后,应用基因芯片技术进行试验。经过基因表达谱芯片杂交,采集芯片图像以及读取、校正和数据,对照胃癌细胞HCG-27和肿瘤球细胞,存在差异表达基因 924条。
简介:摘要目的探讨数字化组织芯片在胃炎和胃癌病理学实验教学中的应用价值。方法将胃炎和胃癌的传统组织切片构建成数字化组织芯片。2020年9月,选择武汉大学第一临床学院2017级临床医学专业76名学生作为研究对象,采用随机数字表法将其分为试验组和对照组,每组各38名学生。在胃炎和胃癌病理学实验教学中,试验组学生采用数字化组织芯片进行教学,对照组学生采用传统组织切片进行教学。通过读片考试的方式评价两组学生教学效果的差异。对试验组学生进行教学改革满意度调查和访谈。采用t检验对两组学生的读片考试成绩进行统计学分析。结果试验组学生读片考试总成绩高于对照组学生[(91.05±8.63)分比(78.95±9.06)分],同时,试验组学生对肿瘤生物学行为掌握的单项评分高于对照组学生[(36.32±4.89)分比(27.37±4.46)分],其差异均具有统计学意义(均P<0.05)。试验组学生的教学改革满意度调查和访谈结果显示,本次教学改革促进了病理学相关临床知识和病理形态学的掌握,并且降低了实验操作难度。结论采用基于数字化组织芯片的教学方式,有助于提高胃炎和胃癌病理学实验课程的教学效果。
简介:摘要目的建立基于圆盘式(CD)微流控芯片的CALR基因突变的快速检测方法,初步评价其用于脑梗死患者CALR-1和CALR-2基因突变检测的应用价值。方法基于微流控技术和环介导等温扩增(LAMP)技术建立一个用于CALR-1和CALR-2基因突变同步检测的CD微流控芯片检测平台,并验证该平台检测的灵敏度、特异性、重复性和准确性。前瞻性选取2019年11月至2021年3月复旦大学附属华山医院收治的124例脑梗死患者为脑梗死组,80名健康体检者为对照组。用CD微流控芯片法检测抗凝外周全血样本中的CALR-1和CALR-2基因突变情况,每块芯片同时检测4个样本,同步检测每个样本的3个指标,等温扩增40 min后读取结果。同时采用测序法对检测结果进行验证,比较2种检测结果的一致性。结果采用CD微流控芯片平台,无需热循环,40 min即可完成样本中3个指标的同步扩增,样本的整个检测过程在60 min内完成。对核酸靶标浓度较高的样本,扩增10 min即可出现阳性信号,收到样本后30 min内报告检测结果。CD微流控芯片法针对CALR-1和CALR-2的检测灵敏度分别为1.0%和0.5%突变负荷浓度,对于其非靶标的核酸样本均未发生任何非特异性扩增,特异性良好,批内重复性和批间重复性的符合率均为100%(20/20)。在脑梗死组中发现2例CALR基因突变,且均为CALR-1突变(L367fs*46),对照组中未发现CALR-1和CALR-2基因突变。CD微流控芯片法与测序法结果一致率为100%(204/204)。结论CD微流控芯片法用于检测脑梗死患者样本中CALR-1和CALR-2突变具有灵敏度高、特异性好、检测速度快和检测通量高等优势,有助于明确脑梗死患者的病因。
简介:摘要:目的 分析ICU清醒患者长期使用呼吸机撤机失败原因,讨论综合护理干预措施的效果。方法 选择本院ICU在2019年6月至2022年6月期间收治的68例重症患者,随机分成对照组和研究组,各34例。对照组行常规护理,研究组行综合护理,对比两组患者并发症发生率、撤机时间、撤机成功率和护理满意度。结果 研究组并发症发生率为8.82%,低于对照组的35.29%(P<0.05);研究组撤机时间低于对照组,撤机成功率高于对照组(P<0.05);研究组护理满意度为97.06%,高于对照组的73.53%(P<0.05)。结论 影响ICU清醒患者长期使用呼吸机撤机失败原因较多,包括患者自身因素和护理人员因素,应通过综合护理加以控制,有效提高护理质量。
简介:摘要目的比较CAS和CHA2DS2-VASc评分两种卒中风险评估模型预测非瓣膜性心房颤动(房颤)患者全因死亡、血栓栓塞、大出血事件以及复合终点发生方面的差异。方法本研究为回顾性队列研究。从中国房颤注册研究(CAFR)中,选取年龄>18岁的非瓣膜性房颤患者,随机分为CAS评分组和CHA2DS2-VASc评分组,并根据基线和随访过程中抗凝状态筛选出2组中依从评分规范抗凝的患者纳入本研究。收集并比较两组患者的年龄、性别等基本信息,并定期进行随访,随访内容包括是否接受抗凝治疗以及终点事件。终点事件为全因死亡、血栓栓塞和大出血事件,复合终点事件为全因死亡和血栓栓塞事件。分析CAS评分组和CHA2DS2-VASc评分组相关终点事件发生情况,并采用多因素Cox比例风险模型比较两组相关终点事件发生率的差异。结果共纳入5 206例房颤患者,年龄(63.6±12.2)岁,女性2 092例(40.2%)。其中CAS评分组2 447例(47.0%),CHA2DS2-VASc评分组2 759例(53.0%)。CAS组左心室射血分数<55%、非阵发性房颤、口服华法林比例以及HAS-BLED评分低于CHA2DS2-VASC组,而既往糖尿病病史和抗血小板药物服药史比例高于CHA2DS2-VASC组,其余基线资料差异无统计学意义。随访(82.8±40.8)个月,CAS评分组中有225例(9.2%)发生全因死亡,186例(7.6%)发生血栓栓塞事件,81例(3.3%)发生大出血事件,368例(15.0%)发生复合终点事件。CHA2DS2-VASc评分组有261例(9.5%)发生全因死亡,209例(7.6%)发生血栓栓塞事件,112例(4.1%)发生大出血事件,424例(15.4%)发生复合终点事件。两组患者在全因死亡、血栓栓塞、大出血事件以及复合终点事件发生方面差异均无统计学意义(log-rank P值分别为0.643、0.904、0.126、0.599)。Cox多因素回归分析结果也显示,两组患者在全因死亡、血栓栓塞、大出血事件以及复合终点发生方面差异均无统计学意义,HR值(95%CI)分别为0.95(0.80~1.14)、1.00(0.82~1.22)、0.83(0.62~1.10)、0.96(0.84~1.11),P均>0.05。结论在中国非瓣膜性房颤患者中,CAS评分和CHA2DS2-VASc评分在预测全因死亡、血栓栓塞事件以及大出血事件方面效价相同。