简介:高通量测序技术速度快、成本低、通量高,广泛应用于miRNA领域研究。本研究基于高通量测序技术所产生的海量小RNA数据,结合已有的数据分析软件,开发了一套快速高效一键化的miRNA分析流程。该流程整合多个生物信息学数据分析软件,对多个miRNA高通量测序数据集进行标记、整合和去冗余分析,只需运行一次核心程序就可以实现对多个miRNA高通量测序数据的分析,避免每个样本单独数据分析的技术重复,精简后的数据集能大幅度减少软件计算量,显著提高软件运行效率。本研究利用快速高效miRNA分析流程分析黄颡鱼性腺XX卵巢、XY精巢、YY精巢的miRNA高通量测序数据,获得一批准确的黄颡鱼保守miRNA。在相同参数设置下,miRNA分析流程可以显著节约分析时间。该流程最终输出结果为多样本整合后的miRNA表达数据,便于研究者直接进行样本之间的比较和miRNA的表达差异,减少研究者手动整合分析结果的操作步骤。miRNA分析流程针对多样本miRNA测序数据具有明显的优势,样本越多测序量越大,软件运行效率越高。针对日益积累的海量小RNA测序数据,miRNA分析流程高效快速一键化数据处理优势将会越来越明显。
简介:在水温25~33℃下,将平均体质量74.8±1g的草鱼Ctenopharyngodonidellus放养在池塘网箱中,投喂以豆油、鱼油、氧化鱼油为饲料脂肪源的5组等氮等能半纯化饲料(豆油组6S、鱼油组6F、2%氧化鱼油组2OF、4%氧化鱼油组4OF,及6%氧化鱼油组6OF),采用荧光定量PCR(qRT-PCR)方法,测定了草鱼肝胰脏中谷胱甘肽(GSH)/谷胱甘肽转移酶(GST)通路中GCLC、GSR、GSTPI、MGST1基因的表达活性及GSH的含量和超氧物歧化酶(SOD)的活性,研究了氧化鱼油对草鱼肝胰脏抗氧化防御能力的影响。72d的养殖结果显示:6F组GCLC的表达活性显著下调(P〈0.05),其余各组间均无显著差异(P〉0.05);各试验组GSR的表达活性均下调,6F和4OF组间显著下调(P〈0.05);GSTPI的表达活性均显著下调(P〈0.05),与饲料中(EPA+DHA)含量呈线性负相关关系;除6F组外,其余各组MGST1的表达活性均较6S组显著下调(P〈0.05),且MGST1的表达活性与饲料丙二醛(MDA)含量呈二项式关系,与6S组相比,其余各组肝胰脏中GSH含量及SOD活性均显著下调(P〈0.05)。氧化鱼油引起草鱼GSH/GST合成通路基因表达相适应,肝胰脏GSH合成相关基因和MGST1的表达活性下调,而GSTPI的表达活性增强。GSH/GSTs通路基因表达活性和GSH含量随饲料中氧化鱼油的增加呈梯度变化。