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13 个结果
  • 简介:以氨基酸组成为特征对膜蛋白的分类,忽略了序列残基之间的相关性信息,而采用传统支持向量机算法作为分类算法,在解决多类问题时会出现分类盲区问题。针对这两种情况,计算蛋白质序列的氨基酸组成、二肽组成以及6种氨基酸相关系数,将三类特征结合,作为膜蛋白序列的特征向量;同时采用模糊支持向量机作为分类器,解决了传统支持向量机在多类数据识别中的盲区问题。测试结果表明,在相同特征输入下,模糊支持向量机分类性能优于传统支持向量机;在相同分类器的情况下,氨基酸组成、二肽组成和相关系数组合的特征选择方法的分类性能优于只使用其中一类或两类特征的方法;而采取组合特征和模糊支持向量机相结合的分类策略,在独立性数据集测试中的整体预测精度达到97%,优于现有的多种分类策略,是目前最有效的膜蛋白分类方法之一。

  • 标签: 模糊支持向量机 自相关函数 分类策略 膜蛋白 跨膜蛋白
  • 简介:本研究提出基于三类解剖特征的SVM建模方法,探索样本、特征及算法选择三个因素,对阿尔茨海默症(AD)及其前驱阶段分类的重要性。该方法以三维重构sMRI后不同大脑区域的灰质体积、皮层表面积及其平均厚度三类特征作为SVM模型的输入参数,并采用十折交叉验证方法对AD患者、轻度认知损害患者和健康者进行分类识别,并与其他文献结果进行比较分析。实验结果表明,为了达到更高的分类准确率,选择合适的样本和特征,比选择算法更重要。此结论为未来AD的计算机辅助诊断研究工作提供了有益的指导。

  • 标签: 阿尔茨海默症 轻度认知损害 结构化磁共振图像 三维重构 支持向量机
  • 简介:目的通过功能富集与网络分析方法,对肝癌浸润相关候选基因进行生物信息学分析,旨在从分子水平系统探究肝癌浸润的发病机制,并为后续实验提供一些有意义的信息。方法首先,从与肝癌相关公共数据库Liverome下载与肝癌浸润相关的差异表达基因,共涉及278个相关候选基因。然后,通过ToppFun、STRING、NetworkAnalyzer等生物信息学分析工具,对涉及的278个与肝癌浸润相关候选基因进行系统的分析。最后,通过网络映射分析方法,对与肝癌浸润相关候选基因进行关键基因(HubGene)筛选,并通过iHOP在线软件,以及Pubmed文献检索方法对这些基因进行文献挖掘分析。结果通过对与肝癌浸润相关候选基因进行功能富集分析发现,这些基因主要参与细胞周期与增殖、细胞迁移与黏附、细胞骨架、血管形成等生物过程,而且这些基因共表达于肝癌与肝癌转移上调和下调等基因功能。对相关基因进行通路富集分析发现,这些基因参与调控细胞周期与增殖、能量供给、赖氨酸降解等生物通路,对肝癌浸润的发生、发展发挥调控作用。除此之外,通过网络分析方法,找到PLK1、AURKB、CDC20、CDK4、MCM3等20个处于网络关键节点的基因(HubGene)。之后,通过文献检索方式,对关键基因进行与肝癌浸润相关的功能验证,发现并预测CDC20、CDCA8、NUP37、ZWINT基因与肝癌浸润过程存在关联但作用机制尚未被挖掘。结论利用生物信息学手段,能够有效分析肝癌浸润的相关基因,并可以从分子水平系统探究其发病机制,为临床诊疗及后续实验提供一些有价值的信息。

  • 标签: 肝癌 浸润生长 生物信息学 生物工程 生物通路
  • 简介:目的探讨脊柱截骨矫正后凸畸形的生物力学特点。方法12具新鲜猪胸腰椎段脊柱标本,随机分成截骨组和对照组,每组6具,截骨组标本截骨两处并行椎弓根钉固定,在生理负荷下进行前屈、后伸、左右侧屈和顺逆时针轴向旋转6种运动范围的测试,记录载荷值大小,并行统计学分析。结果生理负荷下截骨组屈伸、侧屈和轴向旋转运动稳定性与对照组无差异性。结论脊柱截骨后采用椎弓根钉固定后的稳定性能够达到对照组水平。

  • 标签: 脊柱后凸 手术 生物力学
  • 简介:Nkx2.5,Mef2c,Gata4/5/6,Tbx5和Hand1等基因作为脊椎动物心脏发育相关基因调控网络的核心基因,对脊椎动物的心脏发育起核心调控作用。本研究主要通过对小鼠心脏发育相关核心基因的生物信息学分析,研究Nkx2.5,Mef2c,Gata4,Gata6,Tbx5和Hand1等核心转录因子之间的相互调控关系,得到小鼠心脏发育的核心基因调控网络(GRNs)。与文献中总结的小鼠的GRNs作比较,发现Nkx2.5在小鼠心脏发育基因调控网络中的核心地位没有改变,并且Nkx2.5在网络中主要扮演了调控者的角色,它直接调控很多转录因子。Gata4是另一个主要起调控者作用的转录因子。另外小鼠的Mef2c和Hand1处于被多个转录因子调控的地位。变化比较大的是Tbx5所涉及的调控网络,主要有两点:Nkx2.5对Tbx5的表达有没有调控作用以及Tbx5对自身的表达有没有调控作用。研究表明生物信息学分析对具体实验研究有一定方向性指导意义。

  • 标签: 小鼠 心脏发育 基因调控网络 生物信息学 转录因子
  • 简介:目的 探讨脊髓髓内动静脉畸形(SAVM)的血管构筑从而选择适宜的治疗方式。材料和方法 回顾性分析本中心治疗的120例SAVM病人的临床资料、血管造影影像资料及治疗方法和效果。结果 根据脊髓髓内动静脉畸形团的形状,将AVM分成两种类型:团块型和幼稚型。血管构筑学分析包括供血动脉、供血方式、伴随病变。其供血动脉为脊髓前动脉、脊髓后动脉和/或软膜动脉。经超选择脊髓血管造影可见畸型团有5种构筑方式:(1)终末供血形式,本组104例行栓塞治疗,其中85例单纯栓塞,70例神经功能恢复与改善;19例行术前栓塞、减少术中出血;(2)穿支供血形式本组16例,少量部分的用颗粒栓塞,栓塞后症状均改善;(3)动静脉直接交通1例;(4)AVM伴有动脉瘤13例,首先行动脉瘤栓塞;(5)AVM含有静脉动脉瘤样扩张2例。结论 脊髓髓内AVM的血管构筑学有助于选择治疗方案,终末型供血可行胶栓塞。穿支供血只能少量部分的用颗粒栓塞。AVM内的动脉瘤应首先栓塞,可明显减少再出血的危险。团块型AVM术前栓塞有利于手术切除。幼稚型AVM只能栓塞治疗。

  • 标签: 脊髓动静脉畸形 治疗 血管构筑学
  • 简介:通过径向基函数神经网络的分析,对神经元脉冲电位信号提出了新的分类方法。对原始信号进行峰电位检测,获得脉冲电位信号样本,以主成分进行预分类,选取与类中心方差小的典型脉冲电位集合作为径向基网络的训练样本,让神经网络进行自适应学习,以实现对原始信号的分类。仿真结果表明,在对模拟的脉冲电位信号进行分类时此方法的错误率比主成分聚类法和形状聚类法小。多电极细胞外记录的海马神经元细胞电活动信号应用此方法分类也取得了较好的效果。

  • 标签: 径向基函数神经网络 脉冲电位分类 多电极阵列 主成分分析 海马神经元网络
  • 简介:胸痛三联征在临床上有相似的胸痛症状,误诊率居高,其确切病因尚不十分明确。针对经典支持向量机不适用于胸痛三联征此类非平衡数据集分类的缺点,本研究结合径向基核函数、布谷鸟算法以及支持向量机,提出一种基于布谷鸟算法优化支持向量机的分类识别模型,用于胸痛三联征的分类诊断。在收集到的735例有效样本数据集上,采用Java程序抽取平衡数据集。实验结果显示,基于平衡数据集,该模型的平均正确率为80.667%;基于非平衡数据集,其平均正确率为97.767%,相比经典支持向量机、粒子群算法-支持向量机、遗传算法-支持向量机均有不同程度的提高。因此,本研究模型对胸痛三联征的分类诊断具有一定的参考价值。

  • 标签: 布谷鸟算法 支持向量机 胸痛三联征 非平衡数据 主动脉夹层 肺栓塞
  • 简介:为了从微观的角度分析左心室射血能力,建立了仿真的动态左心室运动模型,通过估算左心室室壁微面元做功量来分析左心室功能的方法。实验结果表明,通过正常人MRI切片作比较,利用微面元的思想,计算出心动周期内做功量为0.52J,与其他方法得到的结果近似,证明了微面元思想的可行性。

  • 标签: 左心室 射血能力 MRI 微面积功 响应分析
  • 简介:生物医学中的数学建模已受到研究人员的普遍关注。然而,由于生物医学中研究对象与研究方法有着自身的工作特点,它和传统的物理工程系统相比有较大的差异,如对这些特点没有明晰的认识,对于要想利用数学模型研究生伞现象的土物医学工作者和数理工作者的工作都会有所妨碍。人们已就数学方法在生物医学中的作用、生物医学数学模型的构造、运用的原则与方法作过方法学的探讨。本文拟着重从方法论的角度论述生物医学数学建模中的若干问题。

  • 标签: 生物医学 数学建模 模型选择
  • 简介:目的研究虚拟人体器官三维影像轮廓的计算机仿真建模。方法以肝脏虚拟影像轮廓的三维数学建模为例,以人体肝脏的声阻二维分布为依据,应用曲面拟合的数值方法进行研究。结果计算机仿真证明了该建模方法的正确性和有效性。结论人体器官的虚拟超声成像是医学超声仿真系统的一项关键技术,在医务人员上岗培训中具有重要的意义。该文所提出的数学建模方法对于虚拟器官三维影像轮廓的仿真切实可行。

  • 标签: 医学超声成像 仿真 曲面拟合 数学建模